Изучение молекулярных механизмов эволюции вирулентности и клонального доминирования эпидемических штаммов хламидий у сельскохозяйственных животных

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 17-16-01099

НазваниеИзучение молекулярных механизмов эволюции вирулентности и клонального доминирования эпидемических штаммов хламидий у сельскохозяйственных животных

Руководитель Федорова Валентина Анатольевна, Доктор медицинских наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Федеральный исследовательский центр вирусологии и микробиологии" , Владимирская обл

Конкурс №18 - Конкурс 2017 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки; 06-203 - Ветеринария

Ключевые слова Chlamydia, MLST, omp1, генотипирование, филогенетический анализ, хламидиоз, мультилокусное секвенирование-типирование, SNP, HLA, спекл-микроскопия, DWS

Код ГРНТИ68.41.35

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Хламидиозы – группа контагиозных заболеваний млекопитающих, рептилий, птиц, рыб и аквакультуры, отличающихся высоким полиморфизмом клинических проявлений и вызываемых генетически родственными грамотрицательными микроорганизмами, облигатными внутриклеточными паразитами (Обухов, Васильев, 2003). Особое место среди них занимает хламидиоз сельскохозяйственных животных, который Решением комиссии Евроазиатского таможенного союза в 2010 г. включен в перечень опасных и карантинных инфекционных болезней. Согласно закону РФ о ветеринарии от 14.05.1993 г. № 4979-1, хламидиозы относятся к заразным болезням, общим для человека и животных, способным нанести ощутимый экономический ущерб животноводству, который складывается из недополучения прироста живой массы и приплода, увеличения падежа и вынужденного убоя животных, а также затрат на проведение мероприятий по профилактике и ликвидации болезни (Ковалев, 1971; Моисеев, 2000; Чугунова, 2004; Равилов, 2010; Фомченко, Наконечный, 2013; Митрофанов, 2013). В последние годы хламидийная инфекция получила повсеместное распространение, и в настоящее время представляет собой реальную угрозу для здоровья как животных, так и людей, в первую очередь, постоянно контактирующих с животными по роду своей деятельности - профессиональные зоонозы (Макеева, 2001; Караваев и др., 2005; Нехороших и др., 2005; Митрофанов, Митрофанова, 2009; Обухов, 2013). По официальной статистике, в РФ количество неблагополучных по хламидиозу хозяйств в 2008-2010 г составило 28,9-69%, а заболеваемость – 6,2-18,9%, соответственно. В последние годы отмечаются трудности диагностики хламидиозов и появление случаев бессимптомного течения хламидийной инфекции, приводящих к спонтанным абортам, в частности, у овец (Полянина с соавт., 2010, 2014; Федорова с соавт., 2016). В определенной степени это может быть связано с низкой концентрацией хламидий в клиническом образце, зачастую находящейся за пределами чувствительности рутинных методов диагностики, в частности, бактериоскопии, прямой иммунофлуоресценции (ПИФ), РСК, индикаторных полосок, культурального метода и т.д., что может обеспечивать до 40-70% ложно-отрицательных результатов (Schachter J, 2016). С другой стороны, недавно появились научные доказательства отсутствия у хламидий строгой специфичности по отношению к своим биологическим хозяевам. Так, в последние годы с развитием молекулярно-генетических методов анализа стало появляться все больше сообщений о том, что хламидии, выделенные от животных и птиц, при попадании в организм человека могут вызывать разнообразные по клинической картине заболевания, от легкой формы острого респираторного заболевания и пневмонии до менингоэнцефалита, от энтерита до аборта и тяжелой генерализованной инфекции. Более того, Chlamydia trachomatis, ранее считавшийся традиционно антропонозным патогеном, может вызывать генитальные и генерализованные формы заболевания как у человека, так и у животных, причем могут иметь место и перекрестные заражения (Deptula et al., 1990; Busch et al., 2000; Pospisil, Canderle, 2004; Ozbek et al., 2008; Митрофанов, Митрофанова, 2009 и др.). Также, доказано, что именно C. abortus, первоначально считавшийся исключительно зоонозным патогеном, возбудителем хламидийных генитальных инфекций у крупного рогатого скота (КРС), мелкого рогатого скота (МРС), лошадей, свиней, домашних питомцев, может вызывать заболевания даже у человека (Pantchev et al., 2009; Longbottom et al., 2013 etc.). C. psittaci serovar 1 – «птичий штамм» (avian strain) у животных ассоциируют в основном с респираторными инфекциями (как правило, это «зоонозные» хламидийные пневмонии) (Essig et al., 1995; Vanrompay et al., 1995; Moroney et al., 1998; Roca, 2007; Beeckman et al., 2009; Harkinezhad et al., 2009 и т.д.). Более того, C. psittaci недавно наряду с C. abortus и C. trachomatis был выявлен у женщин с симптоматической хламидийной вагинальной инфекцией (Osman et al., 2012). В то же время C. trachomatis, помимо человека, связывают с развитием генитальных инфекций у некоторых диких и с/х животных (Cevenini et al., 2002; Ozbek et al., 2008; Osman et al., 2012; Feodorova et al., 2013; Федорова с соавт., 2016). Доказано, что возбудитель хламидиоза зоонозного происхождения может являться также одной из причин возникновения рака шейки матки и яичников у человека (Chumduri et al., 2013). Недавно при сравнительном анализе геномов C. pneumoniae, изолированных от коалы и от человека с хламидийной пневмонией, установлена их высокая гомология и подтверждено зоонозное происхождение анцесторных штаммов хламидий, дериваты которых способны в настоящее время вызывать заболевания у человека (Myers et al., 2009). Также на модели этого вида хламидий приведены убедительные доказательства того, что люди были первоначально инфицированы плазмидсодержащим штаммом хламидий зоонозного происхождения, которые впоследствии адаптировались к организму человека, прежде всего, за счет потери некоторых хромосомных генов и плазмиды – т.е. типичного варианта редуктивной эволюции, причем животное больше не является резервуаром и не требуется для передачи инфекции, вызываемой хламидиями C. pneumoniae. Интересно, что в природе встречаются плазмидсодержащие делеционные варианты C. pneumonia, н-р, штамм (N16) с делецией размером 150 кб в криптической плазмиде (Wills et al., 1990), а также другой вид делеционных мутантов, так называемые новые «шведские» варианты, несущие делецию в плазмидном репликоне, но большего размера (377 кб), обнаруженные недавно пока только у C. trachomatis (Ripa, Nilsson, 2006, 2007; Unemo et al., 2007, 2011). Вполне вероятно, что обнаружение и детальное изучение подобных мутантных вариантов хламидий поможет прояснить происхождение, эволюцию и адаптацию хламидий разных видов к «традиционным» хозяевам - представителям животных и людей. Более того, будет способствовать пониманию насколько штаммы хламидий, изолированные от сельскохозяйственных животных с хламидийной инфекцией, являются генетически идентичными клиническим изолятам возбудителя хламидиоза человека, или они не взаимосвязаны и представляют собой различные подвиды данного микроорганизма. Также нет сведений о генетическом разнообразии и распространенности таких штаммов в нашей стране, их роли в развитии инфекционного процесса человека и животных. Не менее важным является прояснение путей и закономерностей их распространения, филогенетический анализ и выявление конкретных популяционных групп хламидий, в частности, C. trachomatis, циркулирующих в регионах РФ, имеющих высокий эпидемический потенциал для сельскохозяйственных животных и людей, профессионально занятых в животноводстве, ветеринарии и других областях сельского хозяйства. Ключевыми также могут быть сведения об иммунобиологических особенностях штаммов хламидий, определяющих способность инфицировать макроорганизм, преодолевать эффективные механизмы врожденного иммунитета путем прерывания развития адекватного адаптивного иммунного ответа, вызывать инфекционный процесс в модельных экспериментах с использованием чувствительных лабораторных животных, а также обеспечивать длительное пребывание возбудителей бактериальных инфекций в клетке-мишени чувствительных млекопитающих с развитием персистирующих латентных форм течения инфекции. Не менее важным является возможная корреляция хламидийной инфекции с развитием злокачественных новообразований. Вместе с тем, определенная роль генетической предрасположенности характера иммунного ответа макроорганизма, во многом предопределяющего особенности развития воспалительных, аллергических и других постинфекционных реакций, также должна быть принята во внимание. Поэтому особую значимость имеет прояснение механизмов повышенной чувствительности последних к инфицированию хламидиями и развитию профессиональных зоонозов хламидийной этиологии (Нехороших и др., 2005), в то время как недавно была установлена генетическая детерминированность хронических хламидиозов у людей по наличию в их геномах аллелей DRB1 или В27 (Sahlberg et al., 2010). Однако остается неясным существует ли подобная взаимосвязь и в отношении «профессиональных» хламидиозов, что позволило бы объединить указанных людей в группу повышенного риска и, тем самым, значительно снизить риск приобретения профессиональных заболеваний хламидийной этиологии. Как известно, в 1966 году на 9-м Международном съезде микробиологов хламидии были исключены из класса вирусов и, в настоящее время, после секвенирования геномов, признаны бактериями, включенными в РФ в 3-ю группу патогенности. Недавно у хламидий, по крайней мере, 6 из 12 известных в настоящее время видов (Sachse et al., 2015) обнаружена способность, как и у других бактерий, приобретать резистентность к антибиотикам в результате точковых мутаций, горизонтального переноса генов, гомологичных рекомбинаций и т.д. (Sandoz et al., 2010). Так, стабильно резистентные штаммы C. suis впервые были изолированы от больных и клинически здоровых свиней еще в середине 90-х гг. в США, а затем обнаружены в назофарингеальных, конъюнктивальных и ректальных образцах людей, обслуживающего персонала свинофермы, в виде моно- или ко-инфекция с C. trachomatis в Бельгии и Непале (Sachse et al., 2015). Примерно 83% позитивных свиноматок с конъюнктивитами и/или диареей оказались инфицированы тетрациклин-резистентными штаммами C. suis в Бельгии, Кипре, Израиле (Borel et al., 2012; Schautteet et al., 2013). Штаммы C. pneumonia обладают устойчивостью к большинству препаратов для лечения инфекций респиранторного тракта (Jama-Kmiecik et al., 2015), а C. trachomatis - к одному или более антибиотикам, включая доксициклин, азитромицин, офлоксацин, тетрациклин, эритромицин, клиндамицин и сульфаметоксазол (Krupp, Madhivanan, 2015), хинолоны (Vougaet al., 2015). Однако сведений о выявлении или выделении в РФ антибиотикорезистентных штаммов хламидий, включая мультиантибиотикорезистентные варианты, отсутствуют. Очевидно, получение такой информации, а также научные доказательства возможности зоонозной трансмиссии как это было сделано недавно зарубежными учеными на модели штаммов C. suis, резистентных к тетрациклину (H. Marti, 2016), является актуальным и составляет особый приоритет настоящего исследования. Таким образом, разработка и проведение типирования хламидий, т.е. возможность выявлять сходство или различия между штаммами клинических изолятов хламидий зоо- и зооантропонозной природы равно как детальное изучение их иммунобиологических характеристик имеют как теоретическую, так и практическую значимость как для решения вопросов локальной и глобальной эпидемиологии, так и – в перспективе – для создания эффективных мероприятий по контролю и прогнозированию распространения патогенных штаммов и клонов хламидий. В настоящее время в России и за рубежом разработаны и широко используются различные молекулярно-генетические методы индикации и типирования патогенных бактерий (Сидоренко и др., 2010; Романов, Дехнич, 2011; Кушнир и др., 2012), позволяющие проводить исследование бактериальной ДНК без выделения чистых культур возбудителя непосредственно в клиническом образце. Основываясь на доступности полных нуклеотидных последовательностей геномов в мировом генном банке, для внутривидового дифференцирования клинических изолятов хламидий по наличию или отсутствию однонуклеотидных полиморфизмов (SNP, Single Nucleotide Polymorphism) предложены: - генотипирование по вариабельности нуклеотидной последовательности гена omp1, кодирующего основной белок наружной мембраны МОМР (Millman et al., 2001; Шаркеев и др., 2005; Quint et al., 2007 etc.); - варианты мультилокусного типирования последовательностей (Multilocus Seguence Typing, MLST) по аннотированным или гипотетическим генам, а также генам «домашнего хозяйства» (Klint et al., 2007; Pannekoek et al., 2008; Dean et al., 2009, 2014; Ikryannikova et al., 2010); - анализ варьирующих по числу тандемных повторов (Variable Number Tandem Repeat, VNTR) (Pedersen et al., 2008; Ikryannikova et al., 2010). При этом исследования проводились с применением клинических образцов только больных хламидиозом людей. Сведения о генетическом разнообразии и эпидемическом потенциале штаммов хламидий, в том числе, C. trachomatis, выделяемых от сельскохозяйственных животных с соответствующей патологией (хламидийной инфекцией) в виде мно- или коинфекции с другими видами хлламидий отсутствуют. Поэтому настоящее исследование будет посвящено изучению генетического разнообразияхламидий в клиническом материале сельскохозяйственных животных с генитальной и генерализованной хламидийной инфекцией с применением комплекса молекулярно-генетических, иммунобиологических и когерентно-оптических методов, включая молекулярное типирование, изучением иммунобиологических характеристик штаммов, прояснением их филогенетического родства и оценкой эпидемического потенциала для людей, профессионально занятых в сельском хозяйстве как этиологического фактора профессиональных зоонозов. Вместе с тем, прояснение роли хламидий в этиологии и патогенезе хламидиозов животных и человека невозможно без проведения полногеномного секвенирования оригинальных клинических изолятов, особенно, природных мутантов и делеционных вариантов, с применением самых современных технологий высокопроизводительного секвенирования следующего поколения. Помимо использования общепринятых методов чрезвычайно перспективным для индикации, тонкой характеристики и мониторинга биологических объектов, в том числе, патогенных бактерий, в различном биоматериале (образцы тканей, крови, биологических жидкостей и т.д.) считаются когерентно-оптические методы диагностики, основанные на принципах высокоразрешающей одно- и двухканальной спекл-микроскопии, интерференционной спекл-микроскопии и LASCA-микроскопии. Преимущества последних, как известно, связаны с возможностью выявления бактерий как в образцах биологических жидкостей, тканей, так и в бактериальных взвесях на этапе выделения чистых культур даже в случае их относительно небольших количеств, не детектируемых рутинными микробиологическими методами (бактериоскопия, ПИФ, РСК и т.д.). Более того, изучение динамики биоспеклов позволяет выявлять и дифференцировать активно растущие (пролиферирующие) и погибшие бактерии (Ulianova et al., 2016), что является большим преимуществом по сравнению с ПЦР, определяющей только наличие или отсутствие ДНК патогена даже в случае, когда сам патоген уже отсутствует в макроорганизме, например, как следствие эффективной антибиотикотерапии или при хронической форме болезни. Сравнительный анализ статистических характеристик спектра типовых биоспеклов позволяет определять малейшие различия, отражающие структурные особенности бактерий и их размеров на уровне индивидуальной бактериальной клетки, позволяя, тем самым, структурное разнообразие, наличие или отсутствие между ними родственных взаимосвязей. В первую очередь, это важно, для выявления природных мутантов и штаммов с резистентностью к антибиотикам (Arun Bhunia, Applied and Environmental Microbiology, 2016), а также для межвидовой и внутривидовой дифференциации хламидий, визуализирующихся как фактически идентичные включения, различить которые методами световой микроскопии на уровне вида не представляется возможным. Особую важность это имеет на этапе оценки эпидемического потенциала штаммов и изучения феномена преодоления межвидовых барьеров у хламидий. Не менее перспективной следует считать возможность успешного применения этого подхода для изучения влияния хламидий на рост новообразований в организме инбредных линий лабораторных животных (Ulyanov et al., 2012). Для достижения поставленной цели планируется решить следующие основные задачи: 1. Провести детальные комплексные исследования клинического материала от сельскохозяйственных животных и обслуживающего персонала из неблагополучных по хламидиозу хозяйств Российской Федерации на наличие хламидий видов C. psittaci, C. abortus, C. pneumoniae и C. trachomatis или их генетического материала с применением молекулярно-генетических, микробиологических, иммунобиологических и когерентно-оптических методов, биоинформатики, а также верифицированных коммерческих и экспериментальных диагностических тестов. 2. Изучить полиморфизмы генов «домашнего хозяйства», omp1 и других таргетных регионов, отличающихся высокой степенью внутривидовой вариабельности, в соответствии с рекомендациями (Klint et al., 2007; Pannekoek et al., 2008; Pedersen et.al., 2008; Dean et al., 2009, 2014; Ikryannikova et al., 2010), у штаммов хламидий, выявляемых в клиническом материале от сельскохозяйственных животных, сравнить полученные данные с расшифрованными нуклеотидными последовательностями, депонированными в GenBank, с последующим построением филогенетических деревьев. 3. Изучить основные иммунобиологические характеристики изолятов хламидий классическими микробиологическими (бактериоскопия, способность формировать вакуоль, накапливать гликоген, инфицировать куриные эмбрионы, клеточные линии разных видов животных и чувствительные биомодели), иммуносерологическими (РСК, ТИФА, ПИФ и иммуноблот с хламидийными антителами), иммунологическими методами для определения способности оказывать влияние на адекватный провоспалительный ответ со стороны макроорганизма. С этой целью будет изучена способность хламидий к Th1/Th2/Th17-поляризации иммунного ответа на клеточном и организменном уровнях в модельных экспериментах in vitro и in vivo по уровню спонтанной и антиген-/митоген-стимулированной продукции цитокинов Th1 (IL-2, IFN-gamma, IL-12, TNF-alfa) и Th2 ряда (IL-4, IL-5, IL-6, IL-10, IL-13), Th17 (IL-17A), а также когерентно-оптические методами для выявления особенностей биоспеклов диких типичных и мутантных штаммов возбудителя хламидиоза. Составить карту сравнительных статистических характеристик биоспеклов, типичных для штаммов хламидий видов C. psittaci, C. abortus, C. pneumoniae и C. trachomatis, в том числе, диких и мутантных вариантов. 4. Исследовать клинические изоляты хламидий на наличие естественной или индуцированной в культуре in vitro резистентности к антибиотикам с последующим сопоставлением с данными интерактивной карты резистентности к антимикробным препаратам Resistance Open для мониторинга, организации и визуализации отчетов о характеристиках штаммов, вызывавших глобальные вспышки заболевания неблагополучных по хламидиозу хозяйствах в РФ. 5. Изучить влияние штаммов хламидий на рост новообразований в организме инбредных линий лабораторных животных с применением когерентно-оптических методов диагностики в соответствии с рекомендациями (Ulyanov et al., 2012). 6. Провести полногеномное секвенирование оригинальных клинических изолятов хламидий, изолированных от сельскохозяйственных животных (Feodorova et al., 2013; Федорова с соавт., 2016), с применением современных технологий высокопроизводительного секвенирования следующего поколения. 7. Исследовать роль аллелей МНС I-II класса в потенциальной генетической предрасположенности к профессиональным зоонозам хламидийной этиологии у людей, профессионально занятых в сельском хозяйстве и постоянно контактирующих с больными хламидиозами животными из неблагополучных по хламидиозу хозяйств РФ с применением HLA-B27- и DRB1*15(2)-типирования. 8. Определить эпидемический потенциал штаммов хламидий, детектируемых в клинических образцах животных, и создать общую базу данных, доступную для широкой научной общественности в РФ и за ее пределами. Научная новизна исследования связана с тем, что впервые с помощью современных молекулярно-генетических, микробиологических, иммунобиологических и когерентно-оптических методов будет проведено комплексное изучение генетического разнообразия штаммов хламидий из клинического материала больных сельскохозяйственных животных с верифицированным диагнозом генитальный или генерализованный хламидиоз. Впервые по результатам кластерного анализа будет определено количество основных групп/типов штаммов хламидий с построением филогенетического дерева, их распространенность среди сельскохозяйственных животных в неблагополучных по хламидиозу хозяйствах, выявлены особенности геномов внутри каждой популяционной группы, наиболее значимые с точки зрения локальной и глобальной эпидемиологии, изучено наличие или отсутствие родственных связей с возбудителем хламидиоза у людей. Научный приоритет будут иметь сведения о распространенности на территории РФ новых вариантов хламидий несущих делеции в плазмиде, прояснении их вклада в развитие инфекционного процесса человека и животных, оценке эпидемического потенциала и понимании основных трендов в эволюции патогенности и преодолении межвидовых барьеров у хламидий. Особую значимость будут иметь данные о наличии и распространенности штаммов хламидий с естественной резистентностью к антибиотикам.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Ульянов С.С., Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Федорова В.А. Statistics on gene-based laser speckles with a small number of scatterers: implications for the detection of polymorphism in the Chlamydia trachomatis omp1 gene Laser Physics Letters, Volume 15, Number 4 (год публикации - 2018)
10.1088/1612-202X/aaa11c

2. Федороа В.А., Коннова С.С., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Субботина И.А., Полянина Т.И., Ульянов С.С., Ламерс С.Л., Гайдос С.А., Куин Т.С., Мотин В.Л. Urogenital Chlamydia trachomatis multilocus sequence types and genovar distribution in chlamydia infected patients in a multi-ethnic region of Saratov, Russia PLOS ONE, Vol. 13, No. 4. (год публикации - 2018)
10.1371/journal.pone.0195386

3. Ульянова О.В., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Ляпина А.М., Ульянов С.С., Федорова В.А. Application of s-LASCA technique for processing of GB-speckles, coding sequences of nucleotide sequences of omp1 gene of Chlamydia trachomatis Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0I (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522584

4. Ульянова О.В., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ляпина А.М., Скрипаль А.В., Добдин С.Ю., Ларионова О.С., Ульянов С.С., Федорова В.А. Detection of viability of chicken embryo by method of laser Doppler diagnostics Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0M (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522993

5. Ульянова О.В., Колосова А.А., Филонова Н.Н., Ляпина А.М., Салтыков Ю.В., Субботина И.А., Зайцев С.С., Грашкина И. Г., Ульянов С.С., Федорова В.А. Detection of blood microcirculation of chicken embryo using LASCA-imaging with application of the new techniques of optical clearing Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0N (год публикации - 2019)
10.1117/12.2523025

6. Федорова В.А., Салтыков Ю. В., Зайцев С.С., Ульянов С. С., Ульянова О. В. Application of virtual phase-shifting speckle-interferometry for detection of polymorphism in the Chlamydia trachomatis omp1 gene proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160M (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314700

7. Федорова В.А., Ульянов С. С., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Ульянова О. В. Optimization of algorithm of coding of genetic information of Chlamydia proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160Q (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314640

8. Ульянова О. В., Субботина И. А., Филонова Н. Н., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Полянина Т. И., Ляпина А. М., Ульянов С.С., Ларионова О. С., Федорова В.А Application of LASCA imaging for detection of disorders of blood microcirculation in chicken embryo, infected by Chlamydia trachomatis proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160K (год публикации - 2018)
10.1117/12.2313867

9. Ульянова О. В. Моисеева Ю. М., Филонова Н. Н., Субботина И. А., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Полянина Т. И., Ляпина А. М., Ульянов С.С., Ларионова О. С., Утц С. Р., Федорова В.А. Development of principles of two-cascaded laser speckle-microscopy with implication to high-precision express diagnostics of chlamydial infection proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160L (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314586

10. Ульянов С.С., Филонова Н. Н., Субботина И. А., Моисеева Ю. М., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Полянина Т. И., Ляпина А. М., Ульянова О.В., Ларионова О. С., Утц С. Р., Федорова В.А. Detection of the presence of Chlamydia trachomatis bacteria using diffusing wave spectroscopy with a small number of scatterers proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160O (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314570

11. Ульянов С.С., Ларионова О. С., Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Полянина Т. И., Ляпина А. М., Субботина И. А., Филонова Н. Н., Калдузова И., Утц С.Р., Моисеева Ю. М., Федорова В.А. Application of laser scanning speckle-microscopy for high-resolution express diagnostics of chlamydial infection proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160N (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314703

12. Ульянов С.С., Филонова Н. Н., Ульянова О.В., Утц С.Р., Моисеева Ю. М., Субботина И. Калдузова И., Ларионова О. С Федорова В.А. Using of dynamic speckles with a small number of scatterers for study of suspension of Chlamydia proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160P (год публикации - 2018)
10.1117/12.2315142

13. Федорова В.А., Салтыков Ю. В., Зайцев С.С., Султанахметов Э. С., Утц С.Р., Мотин В. Л. Detection and Chlamydia trachomatis genovar distribution in blood and genital samples of Chlamydia patients FEBS Open Bio, Vol. 8. P. 490 (год публикации - 2018)
10.1002/2211-5463.12453

14. Федорова В.А., Коннова С. С., Салтыков Ю. В., Зайцев С.С., Субботина И. А., Ляпина А. М., Ульянов С.С., Ульянова О.В., Мотин В. Л. Chlamydia trachomatis biodiversity detected in clinical urogenital samples in the Southeastern European Region of Russia FEBS Open Bio, Volume 8, P.489 (год публикации - 2018)
10.1002/2211-5463.12453

15. Федорова В.А., Султанахметов Э. С., Салтыков Ю. В., Зайцев С.С., Утц С.Р., Корбел М. Д., Гайдос Ш. А., Квин Т. С., Мотин В. Л. First Detection of Chlamydia trachomatis 'Swedish' Variant (nvCT) in a Russian Couple with Infertility The Open Microbiology Journal, 12:343-352 (год публикации - 2018)
10.2174/1874285801812010343

16. Богун А.Г., Федорова В.А., Кисличкина А.А., Сизова А.А., Дятлов И.А. Изучение геномной организации Chlamydia psittaci с применением алгоритмов метагеномных исследований Бактериология, том 3, №3, с. 7–13. (год публикации - 2018)
10.20953/2500-1027-2018-3-7-13

17. Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю. В., Ляпина А. М., Субботина И. А., Филонова Н. Н., Ульянов С.С., Федорова В.А. Speckle-interferometry and speckle-correlometry of GB-speckles Frontiers In Bioscience, 24, 597-597 (год публикации - 2019)
10.2741/4744

18. Федорова В.А., Салтыков Ю.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Зайцев С.С., Ульянова О.В., Ларионова О.С., Евстифеев В.В., Ревзина Е.М., Ульянов С.С., Мотин В.Л. Детекция нового шведского варианта Chlamydia trachomatis у крупного рогатого скота Ветеринария, Вып.7, С. 27-31 (год публикации - 2019)
10.30896/0042-4846.2019.22.7.27-31

19. Филонова Н.Н., Ульянова О.В., Субботина И.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ульянов С.С., Ларионова О.С., Моисеева Ю.М., Федорова В.А. Перспектива применения когерентно-оптических методов для ранней диагностики хламидиоза Аграрный Научный Журнал, № 3, С. 51-54. (год публикации - 2019)

20. Ульянова О.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Дыкман Л.А., Ульянов С.С., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ляпина А.М., Грашкина И.Г., Ларионова О.С., Федорова В.А. Amplification of output signal of laser scanning speckle-microscope using gold nanoparticles for detection of Chlamydia trachomatis bacteria. Part 1: theoretical study Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0O (год публикации - 2019)
10.1117/12.2523029

21. Ульянова О.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Дыкман Л.А., Ульянов С.С., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ляпина А.М., Ларионова О.С., Федорова В.А. Amplification of output signal of laser scanning speckle-microscope using gold nanoparticles for detection of Chlamydia trachomatis bacteria. Part 2: experiments Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0F (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522578

22. Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Ляпина А.М., Бакулев А.Л., Ульянов С.С., Федорова В.А. Study of statistical properties of GB-speckles, generated on nucleotide sequences of omp1 gene of Chlamydia trachomatis, simulated using different algorithms of re-coding. Part II. Statistics of phase fluctuations Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0H (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522583

23. Ульянова О.В., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ляпина А.М., Скрипаль А. В., Добдин С.Ю., Ларионова О.С., Ульянов С.С., Федорова В.А. In-vivo pulse wave diagnostics of chicken embryo using high-frequency modulation of intensity of illuminating laser light Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0L (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522990

24. Федорова В.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Султанахмедов Э.С., Бакулев А.Л., Ульянов С.С., Мотин В.Л. An Asymptomatic Patient with Fatal Infertility Carried a Swedish Strain of Chlamydia trachomatis with Additional Deletion in The Plasmid orf1 that Belonged to A Different MLST Sequence Type Microorganisms, Vol. 7, No. 187, P. 1-12. (год публикации - 2019)
10.3390/microorganisms7070187

25. Федорова В.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ульянов С.С., Мотин В.Л. Multi-locus sequence analysis reveals a novel sequence type of Chlamydia trachomatis in Saratov Region, Russia New Microbes and New Infections, Vol. 3, P.100584 (год публикации - 2019)
10.1016/j.nmni.2019.100584

26. Ульянова О.В., Филонова Н.Н., Ульянов С.С., Дыкман Л.А., Ларионова О.С., Федорова В.А. Amplification of speckle-microscope signal by using gold nanoparticle stable of contents Frontiers in bioscience (Elite edition) (год публикации - 2020)

27. Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Ляпина А.М., Бакулев А.Л., Ульянов С.С., Федорова В.А. Study of statistical properties of GB-speckles, generated on nucleotide sequences of omp1 gene of Chlamydia trachomatis, simulated using different algorithms of re-coding. Part I. Statistics of intensity fluctuations Proceedings of SPIE, Vol. 20, No. 55, P. 11065 0G (год публикации - 2019)
10.1117/12.2522580

28. Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Федорова В.А Молекулярно-генетическое типирование штаммов Chlamydia trachomatis Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, Т. 37- С.27 (год публикации - 2019)
10.17116/molgen2019s-tez

29. Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Яковлев С.И., Ларионова О.С., Евстифеев В.В., Федорова В.А. Результаты пилотного секвенирования штамма хламидий зоонозного происхождения на платформе Illumina HiSeq 2500 Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, Т. 37, С. 27 (год публикации - 2019)
10.17116/molgen2019s-tez

30. Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Субботина И.А., Федорова В.А. Полиморфизм гена omp1 Chlamydia trachomatis Молекулярная генетика, микробиология и вирусология, Т. 37, С. 57 (год публикации - 2019)
10.17116/molgen2019s-tez

31. Филонова Н.Н., Ульянова О.В., Субботина И.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ульянов С.С., Федорова В.А. Когерентно-оптические методы – как один из способов ранней диагностики инфекций Агрофорсайт, № 1., C. 6 (год публикации - 2019)

32. Федорова В.А., Ляпина А.М., Хижнякова М.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Колосова А.А., Ларионова О.С., Ульянова О.В., Грашкина И.Г., Ульянов С.С., Мотин В.Л. Хламидиозы животных и человека ФГУП "Издательство "Наука", г. Москва, 135 с. (год публикации - 2019)

33. Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ляпина А.М., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Ульянов С.С., Федорова В.А. Speckle-interferometry and speckle-correlometry of GB-speckles Frontiers in Bioscience, Landmark, № 24, С. 700-711 (год публикации - 2019)
10.2741/4744

34. Ульянов С.С., Ларионова О.С., Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Полянина Т.И., Ляпина А.М., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Калдузова И.А., Утц С.Р., Моисеева Ю.М., Федорова В.А. Application of laser scanning speckle-microscopy for high-resolution express diagnostics of chlamydial infection Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160N (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314703

35. Ульянов С.С., Филонова Н.Н., Ульянова О.В., Утц С.Р., Моисеева Ю.М., Субботина И.А., Калдузова И.А., Ларионова О.С., Федорова В.А. Using of dynamic speckles with a small number of scatterers for study of suspension of Chlamydia Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160P (год публикации - 2018)
10.1117/12.2315142

36. Федорова В.А., Ульянов С.С., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Ульянова О.В. Optimization of algorithm of coding of genetic information of Chlamydia Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160Q (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314640

37. Ульянов С.С., Ульянова О.В., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Моисеева Ю.М., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Полянина Т.И., Ляпина А.М., Калдузова И.А. Ларионова О.С., Утц С.Р., Федорова В.А. Detection of the presence of Chlamydia trachomatis bacteria using diffusing wave spectroscopy with a small number of scatterers Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160O (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314570

38. Ульянов С.С., Зайцев С.С., Ульянова О.В., Салтыков Ю.В., Федорова В.А. Using of methods of speckle optics for Chlamydia trachomatis typing Proceedings of SPIE, UNSP 103360D; T.10336 (год публикации - 2017)
10.1117/12.2270760

39. Федорова В.А., Салтыков Ю.В., Зайцев С.С., Ульянов С.С., Ульянова О.В. Application of virtual phase-shifting speckle-interferometry for detection of polymorphism in the Chlamydia trachomatis omp1 gene Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160M (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314700

40. Ульянова О.В., Моисеева Ю.М., Филонова Н.Н., Субботина И.А., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Полянина Т.И., Ляпина А.М., Ульянов С.С., Ларионова О.С., Утц С.Р., Федорова В.А. Development of principles of two-cascaded laser speckle-microscopy with implication to high-precision express diagnostics of chlamydial infection Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160L (год публикации - 2018)
10.1117/12.2314586

41. Полянина Т.И., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Федорова В.А Получение хламидийных антител с использованием инбредных мышей линии BALB/c Ветеринария и кормление, № 4 стр.30-33 (год публикации - 2017)

42. Ульянова О.В., Субботина И.А., Филонова Н.Н., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Полянина Т.И., Ляпина А.М., Ульянов С.С., Ларионова О.С., Федорова В.А. Application of LASCA imaging for detection of disorders of blood microcirculation in chicken embryo, infected by Chlamydia trachomatis Proceeding of SPIE, Vol. 10716 107160K (год публикации - 2018)
10.1117/12.2313867

43. Федорова В.А., Султанахмедов Э.С., Салтыков Ю.В., Утц С.Р., Мотин В.Л. Совершенствование лабораторной диагностики урогенитальной хламидийной инфекции у пациентов с нарушением репродуктивной функции, инфицированных новым «шведским» штаммом Chlamydia trachomatis Вестник дерматологии и венерологии, №2 2017 стр. 34-44 (год публикации - 2017)

44. Ульянов С.С., Ульянова О.В., Зайцев С.С., Салтыков Ю.В., Федорова В.А. Statistics on gene-based laser speckles with a small number of scatterers: implications for the detection of polymorphism in the Chlamydia trachomatis omp1 gene Laser Physics Letters, Volume 15, Number 4 (год публикации - 2018)
10.1088/1612-202X/aaa11c

Публикации