Аннотация результатов, полученных в 2016 году
Данный проект направлен на разработку метода оценки статуса Т клеточного иммунитета при различных иммунодефицитных состояниях. На первом году выполнения проекта были стандартизованы протоколы по клеточной сортировке наивных Т клеток, получению кДНК библиотек бета и альфа цепей Т клеточных рецепторов (ТКР) с использованием молекулярного барркодирования. На первом этапе мы провели исследование изменений структуры репертуара наивных ТКР. Фактор биологического возраста использовался, как модель естественного иммунодефицита. Были сформированы 3 группы доноров разных возрастных групп, по 3 донора в каждой группе. В процессе разработки методики стала очевидна необходимость более комплексного анализа репертуара ТКР, то есть включая в анализ данные не только по бета цепям репертуара ТКР, но и данные по альфа цепям. Используя стандартизованные протоколы, за отчетный период были подготовлены все необходимые кДНК библиотек альфа и бета цепей ТКР. Для части приготовленных кДНК библиотек были получены данные секвенирования и проведен первичный анализ. В результате были разработаны требования к глубине высокопроизводительного секвенирования, а также к стадиям обработки данных. Была продемонстрирована необходимость перекрестного анализа параллельно собранных популяций CD4+ и CD8+ клеток памяти для устранения контаминаций крупными клонами Т клеток памяти. Определено направление дальнейшей работы. На следующем этапе будет сделан акцент на анализ структуры репертуара наивных Т лимфоцитов с точки зрения: - клональной структуры репертуара; - представленности и распределения публичных (часто встречающихся в популяции) клонотипов; - биофизических характеристик репертуара и распределения этих характеристик по частотам клонотипов в рамках наивного репертуара Т-лимфоцитов.

Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Данный проект направлен на разработку метода оценки статуса Т клеточного иммунитета при различных иммунодефицитных состояниях. На втором году выполнения проекта был проведен анализ клональной структуры наивных CD4+ и CD8+лимфоцитов трех возрастных групп доноров, который позволил определить ряд параметров, достоверно детектирующих возрастные изменения в его структуре. Апробирована статистическая метрика, позволяющая: детектировать изменения клональности репертуара наивных лимфоцитов независимо от глубины секвенирования репертуаров; сопоставлять результаты, полученные в разных экспериментах без количественной нормировки. Разработана шкала для анализа содержания наивных лимфоцитов CD4+ и CD8+ в периферической крови, с помощью которой удалось, во-первых, установить долгосрочный эффект ионизирующего излучения на содержание наивных лимфоцитов в периферической крови доноров разного возраста; во-вторых, провести сравнительный анализ содержания наивных популяций лимфоцитов у здоровых доноров и доноров с иммунодефицитом. Разработан подход анализа биофизических характеристик гипервариабельных сегментов цепей Т клеточных рецепторов наивных популяций Т лимфоцитов для данных, полученных разными протоколами и с разной глубиной секвенирования. Выявлен ряд таких характеристик достоверно определяющий возрастные изменения свойств наивных CD4+ лимфоцитов. Разработан подход к анализу изменений доли публичных клонотипов в наивных репертуарах ТКР доноров разного возраста.

Аннотация результатов, полученных в 2018 году
Данный проект направлен на разработку метода оценки статуса Т клеточного иммунитета. Разработан комплексный подход к анализу репертуара наивных Т клеточных популяций. Используя стандартизованные на предыдущих этапах протоколы клеточной сортировки и пробоподготовки для секвенирования, были получены и проанализированы репертуары пациентов с первичным В-клеточным иммунодефицитом. Впервые было показано, что репертуар наивных Т лимфоцитов у таких пациентов обогащен Т клетками, несущими высоко аффинные ТКР, что может обусловливать развитие аутоиммунных заболеваний. Установлено, что разнообразие репертуаров бета цепей ТКР у пациентов с XLA существенно снижено по сравнению со здоровыми людьми такого же возраста и соответствует уровню разнообразия в репертуаре пожилых доноров. Наиболее значительные изменения в структуре репертуара наивных лимфоцитов детектируются в CD4 лимфоцитах, а не в CD8. С целью детального изучения возрастных изменений в этом клеточном пуле были получены и проанализированы репертуары нескольких наивных CD4 популяций: недавних тимусных эмигрантов, регуляторных Т клеток и зрелых наивных CD4. Показано, что с возрастом меняется характер периферической селекции зрелых CD4 лимфоцитов, в результате значительно увеличивается доля публичных клонотипов в репертуаре ТКР. В то же время, в структуре репертуара ТКР наивных регуляторных Т клеток, которые представляют ключевое звено адаптивного иммунитета, существенных изменений с возрастом не выявлено.