КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 16-15-10178

НазваниеИсследование механизмов нарушения регенерации скелетной мускулатуры и патологического замещения функциональной мышечной ткани на жировую.

РуководительДмитриева Рената Игоревна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр имени В.А. Алмазова" Министерства здравоохранения Российской Федерации, г Санкт-Петербург

Период выполнения при поддержке РНФ 2016 г. - 2018 г.  , продлен на 2019 - 2020. Карточка проекта продления (ссылка)

Конкурс№13 - Конкурс 2016 года на получение грантов по приоритетному направлению деятельности РНФ «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины, 04-106 - Биология развития

Ключевые словавзрослая стволовая клетка, миобласты, скелетная мускулатура, регуляция миогенеза, регенерация, преадипоциты, регуляция адипогенеза, эпигенетический контроль, мышечная дистрофия, ламинопатия, сердечная недостаточность, инсулинрезистентность, персонализированные физические нагрузки, физическая реабилитация, биоинформатика

Код ГРНТИ34.03.37


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Выявление молекулярных механизмов регуляции патологического замещения функциональной мышечной ткани на жировую ткань является серьезной нерешенной проблемой фундаментальной медицины. Известно, что скелетные мышцы обладают значительным потенциалом к регенерации, который реализуется сателлитными клетками, локализованными между базальной ламиной и клеточной мембраной (сарколеммой) скелетного мышечного волокна. При нарушениях программы регенерации мышечная ткань деградирует и начинает замещаться жировой и фиброзной тканью. Спектр заболеваний и состояний, при которых происходит замещение мышечной ткани на жировую и фиброзную достаточно широк и включает в себя как заболевания, обусловленные генетическими нарушениями, например мышечная дистрофия и кардиомиопатии, вызванные мутациями в гене ламина LMNA/C, так и хронические заболевания, связанные с системными метаболическими нарушениями, в том числе сердечная недостаточность. Какие молекулярные механизмы отвечают за замещение мышечной ткани на жировую in vivo точно не известно, также не существует эффективных препаратов для лечения/предотвращения/замедления развития дегенеративных изменений мышечной ткани. Единственным терапевтическим подходом для замедления дегенеративных изменений в мышечной ткани является лечебная физкультура, однако, несмотря на то, что физиологические аспекты физических нагрузок исследуются на протяжении столетий, сведения о молекулярных механизмах терапевтических эффектов физических упражнений остаются ограниченными. Основной гипотезой, которую мы проверяем в предлагаемом проекте, является предположение о том, что жировая и мышечная ткани происходят из одного типа стволовой клетки и именно взрослая стволовая клетка может стать мишенью для эффективной терапии заболеваний, характеризующихся патологическим замещением функциональной ткани на жировую. Также, мы предполагаем, что эпигенетические механизмы играют важную роль как в развитии этой группы заболеваний, так и в механизмах, определяющих терапевтические эффекты физической реабилитации таких пациентов. В нашем проекте мы планируем определить роль отдельных сигнальных путей/генов в поддержании баланса между формированием жировой и мышечной клетки из клетки-предшественника при запуске естественной регенерации мышечной ткани, а также нарушения в результате которых происходит замещение мышечной ткани на жировую. Исследование будет выполнено с использованием двух моделей развития патологии: (а) дегенерация мышечной ткани как результат генетических нарушений: мутации R232E и А146D в гене ламина LMNA/C; (б) дегенерация мышечной ткани как результат системных метаболических нарушений, обусловленных хронической сердечной недостаточностью. Выявленные сигнальные пути могут стать мишенью для разработки и создания новых прогностических маркеров и терапевтических/профилактических стратегий и технологий, стимулирующих естественные регенеративные процессы мышечной ткани при патологиях, связанных с дегенерацией мышечной ткани. Общий дизайн проекта включает в себя: - Получение биопсии мышечной ткани от здоровых доноров и пациентов с сердечной недостаточностью. Забор биопсии у пациентов будет осуществляться до прохождения персонализированного курса физической реабилитации и через 16 недель после начала программы. Из материала биопсии будут получены и забанкированы: взрослые стволовые клетки мышечной ткани, образцы ДНК и РНК, препараты для иммуногистохимического анализа. Преимуществом предлагаемого проекта является возможность выполнить масштабное комплексное исследование полученного биологического материала. - Взрослые стволовые клетки мышечной ткани здоровых доноров и пациентов (сателлитные клетки и стромальные клетки-предшественники) будут охарактеризованы и использованы для получения in vitro моделей исследования механизмов дегенерации мышечной ткани, обусловленной хронической сердечной недостаточностью: будет выполнен анализ параметров миогенной дифференцировки, исследованы сигнальные пути, отвечающие за метаболизм мышечной ткани и ее регенерацию. - Изучение механизмов мышечной дегенерации, обусловленной мутациями ламина с использованием модели мышечной дифференцировки in vitro клеток линии эмбриональных миобластов человека Е6, трансдуцированных лентивирусными частицами, несущими ген ламина с мутациями R232E и А146D, которые вызывают конечностно-поясничную форму мышечной дистрофии. С использованием этой модели также будет выполнен анализ параметров миогенной дифференцировки, исследованы сигнальные пути, отвечающие за метаболизм мышечной ткани и ее регенерацию. - Для выяснения роли эпигенетических модификаций (метилирование ДНК) в развитии мышечной дегенерации при хронической сердечной недостаточности и в достижении терапевтического ответа на физические тренировки пациентов с сердечной будет выполнено полногеномное исследование метилирования ДНК с использованием образцов ДНК здоровых доноров, пациентов с хронической сердечной недостаточностью до прохождения курса физической реабилитации и после прохождения курса реабилитации. Будет исследована корреляции изменения паттерна метилирования с изменениями экспрессии РНК. Актуальность изучения механизмов мышечной дегенерации, вызванной хронической сердечной недостаточностью определяется широкой распространенностью заболевания, крайне неблагоприятным прогнозом и большими финансовыми затратами. Так, пациентов с сердечной недостаточностью только в Европейском Союзе зарегистрировано более 14 миллионов, а в России более 5 миллионов (при этом специалисты считают, что эта цифра занижена и людей, страдающих от сердечной недостаточности в России не менее 9 миллионов) и смертность в течение года в этой популяции в России остается высокой - до 26-29%. Мышечная дегенерация развивается примерно у 16% пациентов с сердечной недостаточностью и в этой когорте смертность составляет уже около 50%. Актуальность исследования механизмов развития мышечных ламинопатий продиктована крайне тяжелым течением болезни, неблагоприятным прогнозом и потенциальной возможностью разработки новых терапевтических подходов к лечению этой группы заболеваний.

Ожидаемые результаты
Основной гипотезой, которую мы проверяем в предлагаемом проекте, является предположение о том, что жировая и мышечная ткани происходят из одного типа стволовой клетки и именно взрослая стволовая клетка может стать мишенью для эффективной терапии заболеваний, характеризующихся патологическим замещением функциональной ткани на жировую. В нашем исследовании мы планируем определить роль отдельных сигнальных путей/генов в поддержании баланса между формированием жировой и мышечной клетки из клетки-предшественника при запуске естественной регенерации мышечной ткани, а также выявить сигнальные пути, отвечающие за нарушение этого баланса при заболеваниях, сопровождающихся замещением мышечной ткани на жировую. Выявленные сигнальные пути могут стать мишенью для разработки и создания новых прогностических маркеров и терапевтических/профилактических стратегий и технологий, стимулирующих естественные регенеративные процессы мышечной ткани для широкого спектра заболеваний, связанных с дегенерацией мышечной ткани.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2016 году
На первом этапе выполнения проекта была создана экспериментальная и методическая база для реализации цели нашего исследования - выявления механизмов дегенерации-регенерации мышечной ткани и патологического замещения ее на жировую. Были выбраны модели мышечной дифференцировки для выполнения функциональных экспериментов in vitro. стромальные клетки мышечной ткани человека будут использованы в проекте для анализа динамики мышечной дифференцировки у здоровых доноров и пациентов с сердечной недостаточностью, а также в исследованиях направленных на изучение механизмов развития метаболических нарушений, связанных с сердечно-сосудистыми заболеваниями; линии мышиных миобластов С2С12 будет использована в экспериментальной модели исследования механизмов патологического замещения мышечной ткани на жировую а также в экспериментах направленных на изучение механизмов мышечной дистрофии вызванной мутациями в гене ламина LMNA/C. Был проведен мутагенез и получены лентивирусные частицы, несущие ген ламина с мутациями R232E и А146D, и для каждого вируса выбраны экспериментальные условия трансдукции. Выполнены пилотные эксперименты, показывающие возможность дифференцировки трансдуцированных вирусом LMNA/C A146D мышиных миобластов в клетки, аккумулирующие жировые капли. Из биопсийного материала были получены и забанкированы образцы ДНК и РНК от четырех здоровых доноров и семи пациентов с сердечной недостаточностью. Получены, фенотипированы и забанкированы для дальнейших исследований сателлитные клетки и стромальные клетки-предшественники мышечной ткани. Набор пациентов и доноров в исследование продолжается. Апробированы методы анализа сайтов метилирования промоторных участков генов, отвечающих за метаболизм и структурное ремоделирование мышечной ткани с использованием MEDIP-PCR технологии. Результаты наших исследований были представлены на международных и Российских конференциях.

 

Публикации

1. Лелявина Т.А., Ситникова М.Ю., Галенко В.Л. Effects of aerobic interval training on quality of life and on exercise capacity in patients with heart failure and CRT EUROPEAN JOURNAL OF HEART FAILURE, Vol.18, pp 406, P1710 (год публикации - 2016) https://doi.org/10.1002/ejhf.539

2. Лелявина Т.А., Ситникова М.Ю., Галенко В.Л. Predictors of post-rehabilitation exercise capacity in heart failure patients. EUROPEAN JOURNAL OF HEART FAILURE, Vol.18, pp407, P1712 (год публикации - 2016) https://doi.org/10.1002/ejhf.539

3. Лелявина Т.А., Ситникова М.Ю., Шляхто Е.В., Галенко В.Л. Exercise training heart failure rehabilitation program in Federal Almazov Medical Research Centre in Russia EUROPEAN JOURNAL OF HEART FAILURE, Vol.18, pp114, P458 (год публикации - 2016) https://doi.org/10.1002/ejhf.539


Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Главным результатом нашей работы в 2017 году стало экспериментальное подтверждение на разных моделях концепции о том, что развитие, регенерация и метаболизм мышечной ткани определяются комплексным ответом на про-миогенные и про-адипогенные стимулы и нарушения в сбалансированности этого ответа, вызванные как генетическими факторами (мутациями гена LMNA), так и метаболическими нарушениями (разрастание жировой ткани, кардиометаболический синдром) могут приводить к мышечной дегенерации, нарушению баланса быстрых и медленных волокон, баланса производства и потребления клеточной энергии и замещению мышечной ткани на жировую. Нами была создана экспериментальная и технологическая база для выполнения экспериментов, включающих полногеномные исследования с использованием ChIP-Seq и MeDIP для выявления тонких молекулярных механизмов и механизмов эпигенетического контроля развития и функционирования скелетной мускулатуры. Мы показали, что стимуляция стволовых клеток скелетной мускулатуры комбинацией миогенной и адипогенной среды приводит к более полноценной мышечной дифференцировке, чем при воздействии индивидуальными (миогенными или адипогенными) стимулами. Наши данные позволяют утверждать, что комбинированная стимуляция позволяет воспроизвести in vitro ту значимую часть взаимодействия между адипоцитами и миоцитами, которая, несомненно, присутствует в живой мышечной ткани. Также мы показали, что адипогенная стимуляция значимо увеличивает расход энергии по пути гликолиза, что свойственно для волокон «быстрого» типа, в то время как миогенная и комбинаторная стимуляция вызывают дифференцировку с предпочтительным образованием волокон «медленного» типа, что позволяет создавать экспериментальные модели с контролируемым балансом мышечных волокон разного типа. Мы предполагаем, что именно нарушения в согласованной регуляции про-миогенных и про-адипогенных сигналов в мышечной ткани, а также нарушения в согласованном ответе на эти сигналы резидентными стволовыми клетками мышечной ткани являются причиной патологического замещения мышечной ткани на жировую и других дегенеративных изменений в скелетной мускулатуре. Кроме того, мы показали что динамика и механизмы мышечной дифференцировки в экспериментальных клеточных моделях, основанных на стволовых клетках мускулатуры мыши и стволовых клетках мускулатуры человека существенно различаются. В клинической части исследования были выявлены изменения в экспрессии маркеров отвечающих за производство и утилизацию энергии в мышечной ткани у здоровых доноров и пациентов с сердечной недостаточностью, а также коррекция этих изменений в ходе физической реабилитации.

 

Публикации

1. Лелявина Т., Ситникова М., Галенко В., Борцова М. AEROBIC TRAINING IN HEART FAILURE PATIENTS WITH OPTIMAL HEART FAILURE THERAPY – A PROSPECTIVE RANDOMIZED STUDY World Journal of Pharmaceutical Research, v 6, Issue 02, 59-57 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.20959/wjpr20170-7673

2. Лелявина Т.А., Ситникова М. Ю., Галенко В. Л., Козлов П.С., Борцова М. А. Длительные аэробные тренировки способствуют развитию физиологического обратного ремоделирования миокарда у больных хронической сердечной недостаточностью Медицинский алфавит. Кардиология., N13 (310), Том 1, стр. 16-20 (год публикации - 2017)

3. Перепелина К., Дмитриева Р.И., Игнатьева Е., Бородкина А., Костаева А., Малашичева А. Lamin A/C mutation associated with lipodystrophy influences adipogenic differentiation of stem cells through interaction with Notch signaling Biochemistry and Cell Biology, e-first (год публикации - 2017) https://doi.org/10.1139/bcb-2017-0210

4. Иванова О.А., Комарова М.Ю., Хромова Н.В., Костарева А.А., Дмитриева Р.И. Согласованная регуляция про-миогенных и про-адипогенных сигнальных путей в миобластах линии С2С12 Гены и Клетки, Том ХII, N3, стр. 104 (год публикации - 2017)

5. Комарова М.Ю., Иванова О.А., Галенко В.Л., Лелявина Т.А., Н.В., Дмитриева Р.И. Исследование влияния сердечной недостаточности на функциональные характеристики скелетной мускулатуры и резидентных стволовых клеток мышечной ткани Гены и Клетки, Том ХII, N3, стр. 125 (год публикации - 2017)

6. Перепелина К.И., Дмитриева Р.И., Малашичева А.Б. Взаимодействие ламина А/С с сигнальными путями NOTCH И WNT при дифференцировке клеток Гены и Клетки, Том ХII, N3, стр. 192 (год публикации - 2017)

7. Хромова Н., Галенко В., Смирнов М., Тиканова П., Лелявина Т., Дмитриева Р. Alterations in natriuretic peptides system in adult stem cells in heart failure EUROPEAN JOURNAL OF HEART FAILURE, v. 19 S1 p.161 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.1002/ejhf.833

8. Т.А. Лелявина, В.Л. Галенко Способ подбора режима интенсивности аэробных тренировок в реабилитации больных с хронической сердечной недостаточностью -, RU2623068C1 (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2018 году
В течение 2018 года с использованием комбинации экспериментальных и аналитических/биоинформатических методов мы завершили разработку и детальное описание комплексной клеточной модели, которая позволяет исследовать in vitro молекулярные механизмы физиологического и патологического ответа на воздействия внешних сигналов и генетических модификаций. Благодаря использованию технологии SeaHorse модель была дополнена детальными исследованиями клеточного метаболизма и энергетики миотрубок, дифференцировка и развитие которых проходили в разных экспериментальных условиях под давлением адипогенных, миогенных и смешанных стимулов. Полученные данные хорошо согласовывались с результатами анализа транскриптома. Протоколы анализа транскриптома, разработанные для оценки результатов данного исследования выложены веб-сервисе для хостинга IT-проектов GitHub со ссылкой на грант РНФ (https://github.com/apredeus/myodiff) и могут быть использованы широким кругом исследователей для решения похожих экспериментальных и аналитических задач. Таким образом мы получили в распоряжение надежную клеточную модель, основанную на использовании миобластов мыши, которая позволяет манипулировать как внешними, например метаболическими, воздействиями, так и генетически модифицировать клеточные образцы чтобы по изменению динамики мышечной/жировой дифференцировок и паттерна изменения сигнальных путей, выявлять критические изменения в судьбе клетки-предшественника или коммитированной клетки мышечной ткани которые определяют рост и развитие скелетной мускулатуры, регенерацию мышечной ткани, ее энергетику, а также развитие патологических состояний, в том числе жировую дегенерацию мышечной ткани. Данная система может быть полезна не только для изучения фундаментальных аспектов развития мышечной ткани, но и для тестирования фармакологических препаратов которые могут быть потенциально использованы для лечения и профилактики дегенеративных изменений скелетной мускулатуры. Важным результатом выполненных в отчетном году исследований является выделение и описание популяции мезенхимных клеток-предшественников мышечной ткани человека, которые, как и миобласты мыши, отвечают формированием миотрубок на индукцию как миогенных, так и адипогенных сигнальных путей. Эти результаты подтверждают фундаментальную роль взаимодействия миогенных и адипогенных стимулов в формировании мышечной ткани.

 

Публикации

1. Галенко В., Лелявина Т. А., Ситникова М. Ю. Response predictors for physical training HFrEF patients/Предикторы ответа на физические тренировки у больных СНнФВ Кардиология, т.4 стр. 22-28 (год публикации - 2018) https://doi.org/10.18087/cardio.2434

2. Дмитриева Р.И., Лелявина Т.А., Комарова М.Ю., Галеенко В.Л., Иванова О.А., Хромова Н.В., Головкин А.С., Борцова М.А., Сергушичев А., Ситникова М.Ю., Костарева А.А. Skeletal muscle resident progenitor cells co-express mesenchymal and myogenic markers and are not affected by chronic heart failure - induced dysregulations. Stem Cells International, - (год публикации - 2019)

3. Игнатьева Е.В., Смирнов Д.Д., Костарева А.А., Дмитриева Р.И. Особенности пробоподготовки в протоколах исследования роли эпигенетических модификаций хроматина (метилирования ДНК и модификаций гистонов) в регуляции экспрессии генов. Трансляционная Медицина, том 5, №2 (год публикации - 2018) https://doi.org/10.18705/2311-4495-2018-5-2-47-59

4. Н.В. Хромова, К.И. Перепелина, О.А. Иванова, А.Б. Малашичева, А.А. Костарева, Р.И. Дмитриева Мутация гена LMNA R482L изменяет динамику мышечной дифференцировки С2С12 и стимулирует формирование внутримышечных липидных капель Биохимия/BIOCHEMISTRY (MOSCOW), т. 84 №3 in press (год публикации - 2019)

5. А Предеус, О Иванова, Н Хромова, А Киселев, Д Полев, Т Смолина, А Костарева, Р Дмитриева Pathway analysis of RNA-sequencing of various stages of myodifferentiaion identifies conditions favoring type i and type II fibers, and highlights increased efficiency of combined differentiation CARDIOVASCULAR RESEARCH, том 114 стр. S16 (год публикации - 2018)

6. Галенко ВЛ, Лелявина ТА, Ситникова МЮ Non-response predictors to physical rehabilitation in heart failure patients EUROPEAN JOURNAL OF HEART FAILURE, том 20(S1) стр.582 (год публикации - 2018)

7. К Перепелина, Р Дмитриева, А Костарева, А Малашичева. Lamin A/C mutation associated with mandibuloacral dysplasia influences osteogenic differentiation of stem cells through interaction with Notch signaling CARDIOVASCULAR RESEARCH, т.114 стр.S109 (год публикации - 2018)

8. Хромова Н., Перепелина К., Костарева А., Дмитриева Р. Maintenance and metabolism of lipid droplets is altered during muscle differentiation in myoblasts bearing LMNA G232E mutation CARDIOVASCULAR RESEARCH, т 114 стр 141-142 (год публикации - 2018)

9. - Изучена способность к восстановлению мышечной ткани у пациентов с сердечной недостаточностью -, - (год публикации - )


Возможность практического использования результатов
1. Оригинальные протоколы анализа транскриптома, разработанные для оценки результатов данного исследования выложены на веб-сервисе для хостинга IT-проектов GitHub (https://github.com/apredeus/myodiff) и могут быть использованы широким кругом исследователей для решения похожих экспериментальных и аналитических задач. 2. Описанная нами клеточная модель может быть полезна не только для изучения фундаментальных аспектов развития мышечной ткани, но и применяться для тестирования фармакологических препаратов для лечения и профилактики дегенеративных изменений скелетной мускулатуры. 3. Метод, описанный в патенте "Способ подбора режима интенсивности аэробных тренировок в реабилитации больных с хронической сердечной недостаточностью" успешно применяется кардилогами нашего Центра