КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 17-71-10076

НазваниеРазработка математического и программного обеспечения экспертной телемедицинской системы генерации заключений врача на основе лабораторных исследований

РуководительКопаница Георгий Дмитриевич, Кандидат технических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Национальный исследовательский Томский политехнический университет", Томская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 07.2017 - 06.2019 

Конкурс№23 - Конкурс 2017 года по мероприятию «Проведение инициативных исследований молодыми учеными» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными.

Область знания, основной код классификатора 01 - Математика, информатика и науки о системах, 01-201 - Искусственный интеллект и принятие решений

Ключевые словаМедицинская информатика, телемедицина, экспертная система, методы логического вывода, анализ прецедентов, медицинский стандарт

Код ГРНТИ20.23.25


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Современный этап развития телемедицины позволяет решать ряд актуальных задач здравоохранения, одной из которых является удаленное взаимодействие медицинского специалиста с пациентом, что кратно позволяет повысить доступность необходимой медицинской помощи населению. В настоящее время наблюдается тенденция развития телемедицинских систем в сторону интеллектуальной обработки медицинских данных. При таком подходе процесс реализации клинических консультаций населения осуществляет не медицинский специалист, а интеллектуальная медицинская информационная система (ИМИС). Функционал ИМИС реализуется на базе методов искусственного интеллекта (ИИ), который позволяет эффективно обрабатывать разрозненные клинические данные. Одним из наиболее распространенных направлений развития ИМИС являются экспертные медицинские системы. При проектировании компонентов экспертных систем наибольшее внимание уделяется разработке базы знаний, представляющей собой формализованные эмпирические знания высококвалифицированных медицинских специалистов – экспертов области здравоохранения, а также алгоритмам логического вывода. Именно при проектировании алгоритма вывода необходимо учитывать такие особенности предметной области здравоохранения как нечеткость, неопределенность и персонифицированность медицинских данных. В большинстве современных экспертных медицинских систем в качестве математических моделей алгоритмов логического вывода используются такие методы как байесовские сети (Bayesian Networks), нечеткая логика (Fuzzy logic), метод опорных векторов (Support Vector Machines), метод k ближайших соседей (k-Nearest Neighbor), метод Мамдани, технология Data Mining и тд. Однако среди данных методов существуют значительные недостатки, так например, метод опорных векторов из-за ограниченности области применения позволяет решать только задачи бинарной классификации, а алгоритм k-NN не детерминирует важность, вес и мощность связи различных улов. В качестве способа разрешения недостатка алгоритма k-NN исследователями было предложено использование нечеткой логики, что позволило дополнить модель нечетким выводом. Это обеспечило достоверность результатов обработки при использовании слабо формализованных данных. Таким образом, гибридизация различных моделей и технологий логического вывода повышает эффективность обработки слабоформализуемых медицинских данных и достоверность результатов логического вывода. Учитывая сложность формализации области здравоохранения, следует отметить, что вопросам гибридизации математических моделей и аппарата нечеткой логики уделено недостаточно внимания, а существующие математические формализмы не позволяют в полной мере эффективно решать задачи, сопровождающие процесс телемедицинской консультации населения. Одной из таких задач является автономное формирование врачебных заключений на основе лабораторных исследований. Актуальность разрешения такой задачи подтверждена проведенными ранее исследованиями, результатом которых является разработанная и внедренная в промышленную эксплуатацию экспертная система DoctorEase, позволяющая в автоматическом режиме формировать заключения медицинского специалиста на основе результатов лабораторных исследований, что позволило для пациента получать интерпретированные данные лабораторных исследований на доступном языке, а лабораторной службе – повысить процент повторных обращений пациентов как за более глубокими исследованиями, так и за обследованием и лечением. Однако, несмотря на успешную реализацию, функционал системы является ограниченным из-за использования логики исчисления предикатов первого порядка в качестве алгоритма логического вывода. Таким образом, несмотря на наличие моделей и средств интеллектуальной обработки медицинских данных, задача разработки экспертной телемедицинской системы высокоэффективной обработки медицинских данных в современных условиях неопределенности и генерации врачебных заключений на основании лабораторных исследований является неразрешенной, что определяет актуальность настоящего исследования. Для решения такой задачи предполагается разработать новую математическую модель интеллектуальной обработки медицинских данных на основе гибридизации нечеткой логики и метода анализа прецедентов (CBR, case-based reasoning), позволяющую обеспечить эффективный и достоверный вывод при обработке медицинских данных для автономного формирования врачебных заключений при программной интерпретации набора результатов лабораторных исследований. Парадигма CBR в медицине основана на сопоставлении исследуемого клинического случая с наиболее ему соответствующими в предположении, что результат исследуемого клинического случая будет наиболее идентичным прецедентным результатам. В случае генерации врачебных заключений на основе лабораторных исследований концепция CBR позволит по прецедентным случаям производить поиск наиболее близких результатов лабораторных исследований и последующих за ними врачебных рекомендаций, что позволит с большой долей вероятности адаптировать данные рекомендации к исследуемым лабораторным результатам. В качестве метрики формализованных для анализа лабораторных исследований планируется использовать значение Евклидова расстояния между полученными векторами n – мерного пространства. Для физического хранения медицинских данных экспертной системы будет применен стандартизированный подход на основе архетипов. Таким образом, совокупность нечеткой логики, анализа прецедентов и стандартизированный подход к хранению и передаче лабораторных данных позволит спроектировать и в полной мере реализовать поставленную задачу разработки экспертной системы, апробация которой будет осуществлена в лечебно-профилактических учреждениях г. Томска, использующих технологии телемедицины.

Ожидаемые результаты
В ходе выполнения проекта будут разработаны: • Математическая модель интеллектуальной обработки данных медицинских лабораторных исследований на основе гибридизации аппарата нечеткой логики и метода анализа прецедентов, что позволит эффективно решать задачи автономного формирования врачебных заключений, проводя анализ результатов лабораторных исследований. • Базовый алгоритм расчета меры близости формализованных результатов лабораторных исследований на основе метрики Евклидового расстояния. Тривиальность данного подхода позволит затрачивать минимальное количество времени на осуществление поиска наиболее близких прецедентов. • Адаптированная модель хранения и передачи данных результатов лабораторных исследований на основе архетипного стандартизированного подхода, позволяющий кратно повысить интероперабильность медицинских данных при осуществлении их передачи как между различными информационными системами внутри одной медицинской организации, так и при обмене данными между различными организациями. • Алгоритм экспертной телемедицинской системы генерации заключений врача на основе лабораторных исследований с использованием аппарата нечеткой логики, метода анализа прецедентов и стандартизированного архетипного подхода. • Программный модуль алгоритмической и информационной поддержки, а также визуализации врачебных решений экспертной телемедицинской системы автономной генерации заключений врача на основе лабораторных исследований с применением разработанных моделей. Таким образом, полученные практические результаты проекта будут в дальнейшем использованы в объектах социальной сферы – медицинских организациях. Теоретические результаты проекта будут опубликованы в серии статей в рецензируемых журналах и монографиях.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2017 году
Актуальность разработки экспертных систем в медицине обусловлена по причине возникновения частых диагностических ошибок при интерпретации результатов лабораторных исследований, некорректных назначений молодых медицинских специалистов, а также ошибок опытных специалистов в смежных областях медицинского знания. Однако среди экспертных медицинских систем можно выделить класс ориентированных на пациента, позволяющих автономно генерировать медицинские заключения на основе имеющихся знаний в доступной для пациента форме. Такой подход наиболее эффективно работает с пациентами, имеющими хронические заболевания, которые прошли специальное обучение и хорошо осведомлены как о своей болезни, так и об особенностях работы экспертной медицинской системы, осуществляющей интерпретацию введенных пациентом данных и формирующей врачебные заключения. Настоящее исследование посвящено разработке гибридного подхода для эффективной интеллектуальной обработки медицинских данных - результатов лабораторных исследований. В качестве компонентов гибридной модели группой исследователей решено использовать синтез аппарата нечеткой логики, модели анализа прецедентов (Case-based reasoning, CBR), а также стандартизированного архетипного подхода для хранения и передачи медицинских данных. Технология CBR для решения задач генерации врачебных заключений на основании лабораторных исследований совмещает использование накопленных лабораторных результатов, алгоритмов их формализма в виде объектов многомерного пространства, а также способы расчета расстояний между формализованными объектами. Так при рассмотрении результатов лабораторных исследований осуществляется поиск наиболее подобных, имеющихся в базе прецедентов. Подобными случаями являются наиболее близкие формализованные результаты лабораторных исследований относительно исследуемых. В качестве метрики определения расстояния было использовано Евклидово расстояние. Простота вычислений данной метрики позволит минимизировать временные ресурсы при формировании ограниченной выборки прецедентов. Таким образом, преимущество технологии CBR состоит в том, что она позволяет повысить эффективность работы модели за счет использования накопленного опыта. Использование в настоящем исследовании аппарата нечеткой логики определяет базис логического вывода. На основании полученной ограниченной выборке прецедентов появляется возможность их дальнейшей обработке и реализации логического вывода врачебных заключений, принимая во внимание фактор неопределенности. Одним из основных элементов систем нечеткого вывода является база знаний. Для решения задач разрабатываемой экспертной системы база знаний была сформирована с привлечением медицинских специалистов г. Томска. Стандартизированный архетипный подход позволил обеспечить интероперабильность разрабатываемой системы, что позволит осуществлять обмен медицинскими данными без семантических потерь между исследователями, медицинскими организациями и лабораториями Томска. Более того, использование такого подхода к хранению и передачи медицинских данных обеспечило универсальность разрабатываемой системы для интеграции в информационные системы медицинских организаций, а также обеспечит серьёзный рыночный потенциал. Таким образом, полученным результатом являться впервые предложенный гибридный метод эффективной интеллектуальной обработки медицинских данных для реализации экспертной телемедицинской системы генерации заключений врача по результатам лабораторных исследований на основании использования аппарата нечеткой логики, прецедентного анализа, а также стандартизированного архетипного подхода. Разработанные методы, модели и алгоритмы создания экспертной телемедицинской системы поддержки принятия решения для пациентов открывают возможность применения систем поддержки принятия решений, основанных на неклассических логиках в здравоохранении. Развитие стандартов состава, хранения и передачи медицинских данных с учетом обеспечения работы интеллектуальных компонентов позволит развивать методологию единого интеллектуального информационного пространства в здравоохранении. Другое направление развития темы - интеграция разработаннойz методологии с подходами к оказанию экстренной медицинской помощи и медицине катастроф, требующих быстрого обмена медицинскими данными и эффективной поддержки принятия решений.

 

Публикации

1. Kopanitsa, G., Kopanitsa, Z. Implementation and evaluation of a decision support systems for the patients of a laboratory service Communications in Computer and Information Science, Volume 756, 2017, Pages 119-128 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.1007/978-3-319-67642-5_10

2. Копаница Г.Д. Integration of hospital information and clinical decision support systems to enable the reuse of electronic health record data Methods of Information in Medicine, Volume 56, Issue 3, 2017, Pages 238-247 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.3414/ME16-01-0057

3. Копаница Г.Д. A Qualitative Study of the Barriers and Opportunities for Adoption of Web-Portals for Doctors and Patients in Russia Journal of Medical Systems, Volume 41, Issue 4, Article number 62 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.1007/s10916-017-0713-8

4. Тараник М.А., Копаница Г.Д. Decision support system for medical care quality assessment based on health records analysis in Russia Communications in Computer and Information Science, Volume 756, 2017, Pages 203-209 (год публикации - 2017) https://doi.org/10.1007/978-3-319-67642-5_17


Аннотация результатов, полученных в 2018 году
Мы разработали телемедицинскую систему поддержки принятия клинических решений для пациентов, которая решает классификационную проблему путем сопоставления результатов анализов со списком диагнозов. Поддержка принятия решений основана на алгоритме классификации, который позволяет сделать следующие выводы: Найден список диагнозов, которые могут быть связаны с результатами теста; Не нашли подходящих диагнозов; Для определения правил вывода мы разработали язык представления знаний, основанный на нечеткой логике, что позволяет медицинским работникам определять правила системы. Для пилотного проекта мы выбрали ограниченный набор лабораторных тестов, которые могут быть автоматически интерпретированы системой. Мы опросили 3 врача-лаборантов и 3 врача-специалиста (гинеколога, уролога и терапевта), чтобы определить правила вывода для системы. Система реализована с использованием следующих технологий: Пользовательские интерфейсы и внутренний интерфейс основаны на .NET Core 2.0. Хранение данных основано на PostgreSQL. Оценка Точность поддержки принятия решений Для оценки точности результатов, полученных системой, мы провели валидацию 1000 случайно сгенерированных отчетов. Отчеты были сгенерированы таким образом, чтобы можно было проверить все 89 алгоритмов поддержки принятия решений. Отчеты были направлены двум независимым экспертам по патологии для независимой оценки. Результаты экспертизы были использованы для расчета следующих критериев: Коэффициент ошибок как средняя ошибка классификации Точность как средняя эффективность классификатора Точность ((Все понятия) /Ошибки)/Все понятия), Recall (соотношение истинных положительных и (истинных положительных + ложных отрицательных)), и F-measure (2∙(recall∙точность)/(recall+точность)). Разногласия рецензентов были урегулированы на основе консенсуса. Cohen cappa была рассчитан для того чтобы оценить разногласия между рецензентами. Принятие пользователем Для оценки приемлемости этой системы для пользователей была применена разработанная Уилсоном и Лэнктоном модель принятия пациентами электронных решений в области здравоохранения. Модель позволила измерить следующие критерии: поведенческие намерения (BI) в использовании, внутренняя мотивация (IM), воспринимаемая простота использования (PEOU) и предполагаемая полезность (PU) системы поддержки принятия решений. BI представляет собой намерение использовать систему и полагаться на поддержку принятия решений, которую она предоставляет; IM - готовность использовать систему при отсутствии прямой компенсации; PEOU - степень, в которой предоставленные отчеты четко представлены и понятны пользователям; PU - степень, в которой пациенты считают, что использование системы поддержки принятия решений улучшит их опыт с лабораторными тестами. Мы применили разработанный Уилсоном и Лэнктоном пересмотренный вариант метода Дэвиса и др. для измерения BI, PEOU и PU. Интенсивная мотивация измерялась с помощью метода Дэвиса и др. Система поддержки принятия клинических решений состоит из следующих модулей, которые обеспечивают основные характеристики системы: - Система извлечения данных получает данные из внешних источников, таких как больничные или лабораторные информационные системы. Он проверяет синтаксическую достоверность данных и отправляет их в базу данных. - База данных получает и сохраняет факты из внешней лабораторной информационной системы. - Редактор Базы знаний предоставляет экспертам интерфейс для определения правил вывода, которые отправляются в Базу знаний. - В базе знаний хранятся правила вывода. - Механизм вывода применяет правила из базы знаний к фактам из базы данных для вывода результатов и отправляет их в систему пояснений и генератор отчетов. - Система пояснений тщательно изучает последовательность применяемых правил вывода, чтобы продемонстрировать, как был достигнут результат. - Генератор отчетов создает удобочитаемый отчет из результатов вывода и отправляет его в хранилище отчета. Язык представления знаний системы построен на логике предикатов первого порядка. - Основным объектом, который обрабатывает система, является конфигурация лабораторных испытаний, состоящая из лабораторного испытательного объекта и перечня правил прямого вывода, которые могут быть связаны с этим объектом. - Объект лабораторных испытаний представляет собой модель, которая включает в себя перечень атомных компонентов теста, например, полный анализ крови включает 22 атомных компонента. - Для каждого компонента теста мы определяем список правил прямого вывода, которые имеют условия для включения этих компонентов в вывод. Условия представлены в виде операторов сравнения: =, <>, включает (>= или =<), исключает (>= и =<). Внутри правила, условия связаны логическими операторами "и", "или" и "нет". - Для каждого прямого правила эксперт может смоделировать перечень правил исключения, чтобы исключить прямое правило из процесса вывода, если условия исключения выполнены. - Заказ группирует объекты лабораторных исследований Взаимодействие с пользователями Система поддержки принятия решений состоит из двух основных интерфейсов: для экспертов для моделирования знаний и правил вывода и для пациентов для доступа к результатам тестов и их интерпретации. Интерфейс эксперта Мы разработали веб-приложение для управления знаниями, которое предоставляет следующие возможности: - Создать и редактировать правила для выводов - Правила групповых выводов - Создавайте и редактируйте артефакты с рекомендациями врача, которые формируют отчет о поддержке принятия решений в результате логического вывода. Правило состоит из нескольких условий, связанных логическими операторами, и полученного артефакта, который представляет собой текст с рекомендациями для пациента. Артефакты могут быть созданы с помощью интерфейса. Пользовательский интерфейс пациента Пациент имеет доступ к результатам анализов через веб-портал, на котором представлен список доступных тестов. Для каждого теста пациент может получить обзор результатов. Результаты представлены в виде таблицы со следующими колонками: Название параметра, Мои результаты и контрольный интервал. Одним из показателей осуществимости является процент пациентов, согласившихся принять участие в тестировании инструментария поддержки принятия решений. Показатель 86% пациентов, согласившихся принять участие в исследовании, показывает высокий интерес и мотивацию, что подтверждается количественными измерениями, которые были проведены в рамках исследования. Оценка приемлемости системы для пользователей проводилась по истечении двух месяцев эксплуатации. Показатели приема были высокими, все они превысили 5,7 баллов из 7. Частичные корреляции, рассчитанные с использованием шкал, полученных для этих параметров, предполагают, что простота использования и полезность влияют друг на друга таким образом, что улучшения в простоте использования повышают баллы полезности и наоборот. В то время как и простота использования, и полезность определяют удовлетворенность от использования, имеющего сравнительно меньшее влияние. Пользователи более гибко оценивают свою Полезность, когда у них есть только ограниченный опыт работы с системой. К сожалению, мы не смогли сравнить их с аналогичными исследованиями, так как не нашли ориентированную на пациента систему поддержки принятия решений, для которой была проведена оценка приемлемости для пользователя. Однако мы попытались сравнить полученные результаты с аналогичными системами, не ориентированными на пациента. Последствия Результаты нашего исследования подтверждают и другую литературу, свидетельствующую о том, что пациентам нужна своевременная и подробная информация, и они хотят получать уведомления обо всех результатах лабораторных исследований, даже если они являются нормальными. Тем не менее, наши результаты противоречат предыдущим, поскольку пациенты предпочитают телефонные звонки и запечатанные письма веб-методам оповещения. Результаты этого исследования дают ценные выводы для разработки и внедрения систем оповещения пациентов. Мы обнаружили, что пациенты в целом находят подробные уведомления полезными, мотивированы к их использованию и не сталкиваются со значительными трудностями при принятии таких решений. Очень важно при разработке и внедрении систем оповещения пациентов сделать их надежными, простыми и удобными в использовании. Для достижения этой цели мы рекомендуем, чтобы эксперты протестировали экспериментальное применение системы поддержки принятия решений для проверки и подтверждения правильности правил, а потенциальные пользователи - для их принятия пользователями, с тем чтобы на этапе внедрения можно было внести исправления в целях повышения надежности и приемлемости системы. Результаты нашего исследования свидетельствуют о том, что на использование уведомлений о результатах анализов существенное влияние оказывают привычки пациентов. Продвижение телемедицинских сервисов по-прежнему требует значительных коммуникационных усилий для укрепления как намерений, так и их связи с поведением.

 

Публикации

1. Дудченко А, Копаница Г, Кнауп П, Ганцингер М. A Predictive Model for Patient Similarity: Classes Based on Secondary Data and Simple Measurements as Predictors Studies in Health Technology and Informatics, 2018;249:167-172. (год публикации - 2018) https://doi.org/10.3233/978-1-61499-868-6-167

2. Копаница Г., Семенов И. Patient facing decision support system for interpretation of laboratory test results BMC Medical Informatics and Decision Making, - (год публикации - 2018)

3. Копаница Г.Д., Ленивцева Ю.Д. Investigation of Content Overlap in Proprietary Medical Mappings Studies in Health Technology and Informatics, 2019;258:41-45. (год публикации - 2019) https://doi.org/10.3233/978-1-61499-959-1-41

4. Семенов И.А., Копаница Г.Д. Денисов Д.Д., Яковенко А.А., Осенев Р.А., Андрейчук Ю.В. Patients Decision Aid System Based on FHIR Profiles Journal of Medical Systems, J Med Syst. 2018 Jul 31;42(9):166. doi: 10.1007/s10916-018-1016-4. (год публикации - 2018) https://doi.org/10.1007/s10916-018-1016-4


Возможность практического использования результатов
Результаты проекта могут быть использованы для повышения эффективности принятия решений области здравоохранения, для чего были созданы методы, модели и алгоритмы разработки интеллектуальных медицинских информационных систем. Разработанные методы могут быть использованные для создания широкого круга интеллектуальных медицинских информационных систем с компонентами поддержки принятия решений Использование разработанных методов, моделей и алгоритмов позволило существенно сократить трудоемкость процесса разработ-ки за счет использования стандартов хранения, передачи и именования медицин-ских данных. Применение разработанных методов интеллектуальной обработки данных на основе нечеткой логик позволит повысить корректность результатов принятия решений за счет расширения языка и правил описания знаний по сравнению с классическими логическими системами. Применение разработанных методов, моделей и алгоритмов при разработке СППР различного назначения обеспечит комплексность разрабатываемых систем, учет интересов всех заинтересованных пользователей. Использование международных стандартов структурирования и кодирования медицинских знаний также позволит сократить трудоемкость разработки.