КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 22-25-00832

НазваниеВыбор оптимального метода для оценки молекулярно-генетических изменений в различных типах клеток венозной стенки при варикозной трансформации

РуководительСметанина Мария Александровна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук, Новосибирская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 2022 г. - 2023 г. 

Конкурс№64 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины, 05-213 - Болезни периферических сосудов

Ключевые словаВарикозная болезнь нижних конечностей (ВБНК), варикозная трансформация венозной стенки, методы дезагрегации вены, эндотелиальные клетки, гладкомышечные клетки, фибробласты, молекулярно-генетические изменения

Код ГРНТИ34.05.17


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Варикозная болезнь нижних конечностей (ВБНК) – основная нозологическая форма хронических заболеваний вен, которая представляет собой серьезную клиническую проблему, от решения которой зависит качество жизни значительного числа трудоспособного населения. Поскольку еще не созданы надежные технологии для лечения ВБНК, то решение этой проблемы наукой не теряет своей значимости и актуальности. В мультифакториальной этиологии ВБНК задействованы наследственные генетические факторы, эпигенетические факторы, а также различные модифицируемые и немодифицируемые факторы риска. Накопленные на сегодняшний день научные данные о молекулярных изменениях при ВБНК, последовательность которых по большей части не ясна, – фрагментарны и слишком скудны для построения стройной теории патогенеза. Для выявления молекулярных механизмов патогенеза ВБНК оказалось недостаточно исследований на органном уровне (с использованием сегментов вен в качестве объекта), о чем также свидетельствуют обоснованные вопросы рецензентов при публикации результатов наших предыдущих работ. Настоящий проект посвящен выбору оптимального метода для оценки молекулярно-генетических изменений в различных типах клеток в зависимости от их принадлежности к определенному слою стенки вены при варикозной трансформации (в рамках изучения механизмов ремоделирования венозной стенки). Основными представителями слоев стенки вены являются три типа клеток: эндотелиальные клетки внутреннего слоя – туники интимы, гладкомышечные клетки среднего слоя – туники медии, а также фибробласты внешнего слоя – туники адвентиции. Получение отдельных клеток или их конгломератов из стенки кровеносного сосуда является ключевым этапом в исследованиях in vivo по изучению роли отдельных типов клеток в функционировании вен человека как в норме, так и при патологии. В научной литературе описан ряд подходов к дезагрегации (разделению) кровеносных сосудов, каждый из которых не лишен существенных недостатков и может быть использован в зависимости от поставленной задачи. Вызов, с которым нам придется столкнуться в плане апробации таких методик применительно к задачам для исследования экспрессии генов, – это уязвимость и быстрая деградация РНК в образцах, а также возможное искажение профилей генной экспрессии из-за влияния манипуляций с клетками во время выполнения процедур по выделению клеток. Мы предлагаем осуществление экспериментов по дезагрегации стенки вены для определения разного участия основных типов клеток венозной стенки в патологических процессах. Для этого будут апробированы такие возможные методы, как лазерная микродиссекция образцов вен, дезагрегация вены с последующим клеточным сортингом (FACS, MACS и др.), а также механическое соскребание клеток деревянным скальпелем под микроскопом. В клетках, полученных апробируемыми методами из образцов варикозных и неварикозных сегментов вен, будет осуществлена проверка полученных нами ранее данных по дифференциальной экспрессии/метилированию ряда генов (т.е. уже не только на органном, но и на клеточном уровне). Это будет являться новизной заявляемого проекта. Ключевым моментом в данном случае будет деэндотелизация, поскольку именно эндотелий внутреннего слоя венозной стенки выступает в роли первой линии взаимодействия с элементами тока крови. Кроме того, эндотелиальные клетки играют регуляторную роль в местных процессах гемостаза, пролиферации и в поддержании тонуса сосудов. При наличии достаточных ресурсов (главным образом, времени) мы планируем осуществить попытку моделирования патологических процессов, запускаемых в каждом отдельном типе клеток, с использованием программных обеспечений. Таким образом, успешный выбор оптимального метода разделения стенки вены на основные клеточные элементы является принципиально важным для определения степени участия этих элементов в молекулярных событиях при варикозной трансформации. Это даст нам возможность применить дорогостоящую технологию анализа транскриптома единичной клетки в будущем, что позволит выявить каскад взаимодействий генов, приводящий к развитию ВБНК.

Ожидаемые результаты
В результате исследования будет определен наиболее оптимальный метод разделения стенки вены на основные типы клеток – представителей ее слоев, позволяющий проводить адекватную оценку происходящих в них молекулярно-генетических изменений при варикозной трансформации и выявить их различное участие в патогенезе ВБНК. Результаты выполнения данного проекта принципиально важны для развития новой научной тематики, т.к. послужат вектором направления для дальнейших исследований в рамках более масштабного проекта с применением высокоточной технологии анализа транскриптома единичной клетки и будут непосредственно использованы для установления генетических и эпигенетических факторов, обуславливающих варикозную трансформацию вены и приводящих к развитию ВБНК. В дальнейшем это будет способствовать выявлению генетической предрасположенности человеческого организма к развитию ВБНК и диагностике на ранней стадии заболевания; а также разработке лекарственных средств и правильной терапии, предотвращающей хирургическое вмешательство или препятствующей возникновению рецидивов после него. Полученные научные результаты будут являться оригинальными и значимыми для развития медицинской науки и будут опубликованы в научных журналах мирового уровня, согласно тематике, а также представлены на российских и международных конгрессах.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Проведен сбор и характеризация послеоперационного биологического материала (варикозно-измененные и неизмененные сегменты вен) от пациентов с варикозной болезнью вен нижних конечностей (ВБНК). Апробированы различные растворы для доставки и хранения материала в зависимости от задач исследования. Апробированы и оптимизованы методы разделения стенки вены по слоям на клеточные элементы: механического соскоба клеток со стенок вен деревянным скальпелем под увеличением и лазерной микродиссекции клеток-представителей слоев стенки вены из тонких замороженных срезов. Из полученного клеточного материала выделена РНК и ДНК, которые охарактеризованы согласно критериям качества и количества. При механическом разделении слоев стенки вены медиана RIN оказалась не намного, но достоверно выше (p=0,007869), при этом не обнаружено какой-либо корреляции между RIN и RIQ. Медиана RIQ оказалась выше при механическом разделении, но недостоверно (p=0,37676). Таким образом, качество выделенных РНК и ДНК при использовании метода механического соскоба под увеличением оказалось приемлемым. Была выявлена дифференциальная экспрессия гена MFAP5 в средней оболочке (t. media) стенки варикозной вены (повышение в 4,16 раз, р<0,05) по сравнению с неварикозной. Проведен количественный анализ митохондриальной ДНК в разных слоях стенки вены от пациентов с ВБНК: выявлено снижение копийности митохондриальной ДНК в средней оболочке (t. media) стенки варикозной вены (в 1,53 раза, р<0,01) по сравнению с неварикозной. Также проведен функциональный сравнительный анализ состояния митохондрий в клетках-представителях слоев стенок варикозно-измененных и неизмененных вен: обнаружено снижение митохондриального мембранного потенциала в клетках внутреннего (t. intima) и среднего (t.media) слоев стенки варикозной вены по сравнению с неварикозной – в 2,63 и 4,06 раз, соответственно. Подготовлены публикации по этой теме. Результаты работ по проекту также были обнародованы на российских и международных научных конференциях.

 

Публикации

1. Сметанина М.А., Оскорбин И.П., Шадрина А.С., Севостьянова К.С., Короленя В.А., Гаврилов К.А., Шевела А.И., Ширшова А.Н., Оськина Н.А., Золотухин И.А., Филипенко М.Л. Quantitative and structural characteristics of mitochondrial DNA in varicose veins Vascular Pharmacology, 145:107021 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1016/j.vph.2022.107021

2. Сметанина М.А., Оскорбин И.П., Шадрина А.С., Севостьянова К.С., Короленя В.А., Гаврилов К.А., Шевела А.И., Ширшова А.Н., Оськина Н.А., Золотухин И.А., Филипенко М.Л. Corrigendum to “Quantitative and structural characteristics of mitochondrial DNA in varicose veins” [Vascular Pharmacology 145 (2022) 107021] Vascular Pharmacology, Available online 8 December 2022, 107138 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1016/j.vph.2022.107138

3. - Новые подходы к лечению варикозной болезни нашли сибирские ученые ИНТЕРФАКС-СИБИРЬ, - (год публикации - )

4. - Новосибирские ученые нашли причину развития варикоза РОССИЙСКАЯ ГАЗЕТА, Исследование выполнили в рамках проекта Российского научного фонда № 22-25-00832. Результаты работы опубликованы в престижном журнале Vascular Pharmacology. (год публикации - )

5. - Развитие варикоза связали с повреждением митохондрий ТАСС, - (год публикации - )

6. - Новые подходы к лечению варикозной болезни нашли в РФ Центральная Служба Новостей, - (год публикации - )

7. - Исследование сибирских ученых поможет в лечении варикоза ПОИСК, Работа выполняется в рамках проекта РНФ № 22-25-00832, результаты опубликованы в престижном журнале Vascular Pharmacology. (год публикации - )

8. - Исследование сибирских ученых поможет в лечении варикоза пресс-служба РНФ, Работа выполняется в рамках проекта РНФ, результаты опубликованы в престижном журнале Vascular Pharmacology. (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
Проведен сбор и характеризация послеоперационного биологического материала (варикозно-измененные и неизмененные сегменты вен) от пациентов с варикозной болезнью вен нижних конечностей (ВБНК). Апробирован и оптимизован метод ферментативной дезагрегации стенки вены с последующим магнитным иммуносортингом клеток, а также дополнительно – метод диссекции поперечных срезов вен иглами под увеличением. Из полученного клеточного материала выделена РНК и ДНК, которые охарактеризованы согласно критериям качества и количества. При использовании магнитного иммуносортинга RIN оказался достоверно выше по сравнению с таковым при механическом разделении слоев венозной стенки (p=3.44E-05, med(сортинг)=4, med(механич)=2.5); метод лазерной захватывающей микродиссекции (ЛЗМ) как неудавшийся исключили еще на предыдущем этапе. Медиана значений соотношения A260/A280 при магнитном иммуносортинге составляла 1,48 для РНК и 1,47 для ДНК; при механическом соскобе – 1,6 для РНК и 1,58 для ДНК; при диссекции поперечных срезов вен иглами под увеличением – 1,8 для ДНК. Таким образом, в результате выполнения проекта определены наиболее оптимальные методы разделения стенки вены на основные типы клеток – представителей ее слоев. Выбор метода, наиболее подходящего для конкретного типа клеток и выделяемых нуклеиновых кислот, может позволить проводить адекватную оценку происходящих в них молекулярно-генетических изменений при варикозной трансформации и выявить степень их участия в патогенезе ВБНК. В результате исследования по профилированию метилирования выявлены эпигеномные изменения в клетках разных слоев венозной стенки в ответ на колебательное напряжение сдвига, действующее на эндотелий и, посредством сигнальных молекул, на клетки подлежащих слоев (ГМК, фибробласты). Эти эпигеномные события могут быть причастны к измененению фенотипов клеток, что наблюдается в варикозных венах. С помощью биоинформатических методов были выявлены ассоциированные с обнаруженными локусами гены, их транскрипционные факторы и мастер-регуляторы [по этой теме опубликована статья https://doi.org/10.3390/epigenomes7010008]. Также была подготовлена к публикации оригинальная статья, которая на данный момент еще находится на рецензии в журнале Bioscience Reports. Статья посвящена исследованию статуса метилирования локусов, ассоциированных с геном MFAP5, участвующим в патогенезе ВБНК. Был определен слой венозной стенки – t. intima, вносящий основной вклад в гипометилирование локуса cg06256735 в стенке вены при варикозной трансформаци. Результаты работ по проекту также были обнародованы на международном научном конгрессе.

 

Публикации

1. Сметанина М.А., Короленя В.А., Кель А.Э., Севостьянова К.С., Гаврилов К.А., Шевела А.И., Филипенко М.Л. Epigenome-Wide Changes in the Cell Layers of the Vein Wall When Exposing the Venous Endothelium to Oscillatory Shear Stress Epigenomes, 7(1):8 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.3390/epigenomes7010008


Возможность практического использования результатов
Варикозная болезнь поражает почти треть взрослого населения и является серьезной медицинской, социальной и экономической проблемой как в Российской Федерации, так и во всем мире. Пациенты с варикозной болезнью сталкиваются с болью, тяжестью в ногах, судорогами, что влечет за собой снижение трудоспособности, качества жизни, а при развитии трофических осложнений заболевания возникает риск инвалидности. Хирургические вмешательства при варикозной болезни поглощают значительный объем финансовых средств системы здравоохранения, но не гарантируют излечения, поскольку более половины пациентов впоследствии сталкиваются с рецидивом заболевания. Согласно Указу Президента РФ от 02.07.2021 N 400 "О Стратегии национальной безопасности Российской Федерации" одним из национальных интересов РФ является «сбережение народа России, развитие человеческого потенциала, повышение качества жизни и благосостояния граждан». Возможность более детального исследования сосудистых патологий человека может позволить использовать полученные знания для усовершенствования методов диагностики и лечения, сократить инвалидизирующие последствия, что связано с повышением уровня жизни и сокращением расходов на здравоохранение и социальные пособия. Некоторые результаты проекта могут быть использованы для разработки коммерческих наборов и протоколов для научных и медицинских исследований.