КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 20-44-07002
НазваниеExCells: биомиметическая геномная платформа для разработки улучшенных эукариотических клеточных линий для биотехнологических целей
Руководитель Шагимарданова Елена Ильясовна, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет" , Республика Татарстан (Татарстан)
Конкурс №48 - Конкурс 2020 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований международными научными коллективами» (совместно с Министерством сельского, лесного и рыбного хозяйства Японии - MAFF/AFFRCS)
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-201 - Структурная, функциональная и эволюционная геномика
Ключевые слова Экстремальные организмы, ангидробиоз, криобиоз, геномика, транскриптомика, секвенирование отдельных клеток, хирономиды, губки, клеточные культуры, клеточная биотехнология
Код ГРНТИ34.03.23
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Целью проекта является массовый и производительный скрининг защитных белков организмов экстермофилов с потенциалом практического использования в медицине, биотехнологии и сельском хозяйстве. Для выполнения проекта планируется привлечь набор взаимодополняющих методов, включая культуральные, молекулярно-биологические методы, секвенирования единичных клеток, биоинформатические подходы корреляционного анализа для выявления ко-эффекта защитных белков из различных организмов. Планируется собрать коллекцию уникальных организмов, которые обладают свойством выживать в экстремальных условиях среды. Планируется получить библиотеку полноразмерных кДНК, клонированной в оригинальный вектор с последующей трансфекцией в культуру клеток насекомых и отбор клеток, которые демонстрируют повышение устойчивости к неблагоприятным факторам по сравнению с контрольными. С помощью технологии single cell sequencing мы планируем идентифицировать набор генов, которые придают устойчивость рекомбинантным клеткам.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Токумото Ш., Мията Ю., Усуи К., Девятияров Р.М., Окава Т., Кондратьева С., Шагимарданова Е., Гусев О., Корнетт Р., Ито М., Наяшизауи Й., Кикавада Т.
Development of a Tet-On Inducible Expression System for the Anhydrobiotic Cell Line, Pv11
Insects, V 11, № 781 (год публикации - 2020)
10.3390/insects11110781
2. Шайхутдинов Н., Клинк Г.,Гарушянц С., Козлова О., Черкассов А., Корнетт Р., Кикавада Т., Окуда Т., Пембае В., Шагимарданова Е., Пенин А., Девятияров Р., Газизова Г., Гусев О. Population genomics of two closely related anhydrobiotic midges reveals differences in adaptation to extreme desiccation COMMUNICATIONS BIOLOGY (год публикации - 2021)
Публикации
1.
Мията Ю., Фузе Х., Токумото Ш., Хики Ю., Девятияров Р.М., Йошида Ю., Ямада Т., Корнетт Р., Гусев О., Шагимарданова Е., Фунахаши А., Кикавада Т
Cas9-mediated genome editing reveals a significant contribution of calcium signaling pathways to anhydrobiosis in Pv11 cells.
SCIENTIFIC REPORTS, V 11, № 1 (год публикации - 2021)
10.1038/s41598-021-98905-w
2. Токумото Ш., Мията Ю., Девятияров Р.М., Ямада Т., Хики Ю., Козлова О., Йошида Ю., Корнетт Р., Фунахаши А., Шагимарданова Е., Гусев О., Кикавада Т. Genome-wide role of hsf1 in transcriptional regulation of desiccation tolerance in the anhydrobiotic cell line, pv11 Insects, V 22, № 11 (год публикации - 2021)
3.
Деацетилазы гистонов в процессе реагрегации клеток губки Halisarca dujardinii
Деацетилазы гистонов в процессе реагрегации клеток губки Halisarca dujardinii
Онтогенез, Т 52, № 5 (год публикации - 2021)
10.31857/S0475145021050050
4. Шайхутдинов Н.,Клинк Г., Гарущянц С., Козлова О., Шагимарданова Е., Газизова Г., Гоголева Н., Пржиборо А., Гусев О., Базыкин Г Genomic adaptations of chironomids to extreme environments MCCMB Proceedings, 10-ая Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии MCCMB'21 [Электронный ресурс] (год публикации - 2021)
Публикации
1.
Кондратьева С.А., Воронина Т.А., Несмелов А.А., Мията Й., Токумото Ш., Корнетт Р., Воронцова М.В., Кикавада Т., Гусев О.А., Шагимарданова Е.И.
Intracellular Localization and Gene Expression Analysis Provides New Insights on LEA Proteins’ Diversity in Anhydrobiotic Cell Line
MDPI, Biology 2022, 11, 487 (год публикации - 2022)
10.3390/biology11040487
2.
Йошида Ю., Шайхутдинов Н., Козлова О., Нишийори-Суеки Х., Коджима-Ишияма М., Нома Ш., Черкассов А., Газизова Г., Насибуллина А., Девятияров Р., Шагимарданова Е., Гусев О., Кикавада Т.
High quality genome assembly of the anhydrobiotic midge provides insights on a single chromosome-based emergence of extreme desiccation tolerance
NAR Genomics and Bioinformatics, 2022 Jun; 4(2): lqac029 (год публикации - 2022)
10.1093/nargab/lqac029
3.
Шагимарданова Е.И., Козлова О.С., Несмелов А.А., Черкасов А.В., Девятияров Р.М., Шайхутдинов Н.М., Газизова Г.Р., Рябова А.В., Корнетт Р., Кикавада Т., Гусев О.А.
New insights on genome organization, gene expression regulation and evolution of the anhydrobiotic midge Polypedilum vanderplanki
ICG SB RAS, Сборник тезисов BGRS 2022, стр 92 (год публикации - 2022)
10.18699/SBB-2022-045
4.
Мията Й., Токумото Ш., Араи Т., Шайхутдинов Н., Девятияров Р., Фузе Х., Гоголева Н., Гарушянц С., Черкассов А., Рябова А., Газизова Г., Корнетт Р., Шагимарданова Е., Гусев О., Кикавада Т.
Identification of Genomic Safe Harbors in the Anhydrobiotic Cell Line, Pv11
Genes, 2022, 13(3), 406 (год публикации - 2022)
10.3390/genes13030406