Новости

15 ноября, 2019 17:04

Описана библиотека ДНК-штрихкодов диатомовых водорослей

Источник: Газета.ru
На основе данных секвенирования геномов и ДНК-штрихкодирования ученые составили уникальную базу данных нуклеотидных последовательностей диатомовых водорослей. Эта общедоступная библиотека стала первой для этих широко распространенных организмов, являющихся важными индикаторами при оценке качества водных экосистем. Работа, опубликованная в журнале Scientific Reports, представляет подробное описание библиотеки. Исследования поддержаны грантом Российского научного фонда.
Картинка: колония диатомовых водорослей. Источник: Максим Куликовский
Диатомовые водоросли (Bacillariophyta) – одноклеточные организмы, отличающиеся наличием кремниевого панциря. Они широко представлены в наземных, воздушных, пресноводных и морских средах и вносят существенный вклад в накопление органических веществ в экосистемах. Большое видовое разнообразие делает их основными индикаторами при оценке качества водных экосистем. Раньше виды диатомовых водорослей определялись на основе строения внешнего скелета с помощью микроскопа, но это долгий и трудоемкий процесс. Сейчас существуют новые молекулярные технологии, такие как прочтение последовательности нуклеотидов ДНК (секвенирование). Также ДНК-штрихкодирование – способ установить принадлежность организма к роду или виду в уже существующей систематике по короткой последовательности нуклеотидов, например, по одному гену. Эти методы позволяют быстро и эффективно анализировать множество образцов.

«Успешное использование ДНК-штрихкодов связано с применением библиотек нуклеотидных последовательностей. На сегодняшний день существует несколько ДНК-библиотек для одноклеточных организмов, однако ни одна из них не посвящена диатомовым водорослям. В нашей работе описывается библиотека с открытым доступом Diat.barcode, функционирующая с 2012 года. Она посвящена диатомовым водорослям с возможностью работы на уровне рода и вида. Эта работа – комплексный анализ создания современной системы мониторинга поверхностных вод в Европейском Союзе и России. Работа направлена на развитие передовых методов исследования в нашей стране», — рассказывает Максим Куликовский, доктор биологических наук и заведующий лабораторией молекулярной систематики водных растений в Институте физиологии растений имени К. А.Тимирязева.

Diat.barcode оперирует, в первую очередь, нуклеотидными последовательностями хлоропластного гена rbcL, в меньшей степени ядерными и митохондриальными генами. Для одного только rbcL библиотека содержит 3482 последовательности диатомовых водорослей из Европы, Северной Америки, Азии, включая Вьетнам, Индонезию, Монголию и Японию. Данные библиотеки поступали из базы нуклеотидов NCBI и неопубликованных данных секвенирования коллекций культур. Библиотека находится в открытом доступе и предоставляет для каждого экземпляра место отбора пробы, протоколы изоляции, изображения организмов.

25 февраля, 2021
Ученые нашли вещество, защищающее клетки от токсичного гербицида
Биологически активные соединения из морского плесневого гриба Penicillium dimorphosporum п...
24 февраля, 2021
Петербургские ученые нашли препарат, облегчающий симптомы болезни Альцгеймера
Ученые Института цитологии РАН (ИНЦ РАН, Петербург) подобрали препарат, предотвращающий гибель нервн...