Изучение озерной системы было начато с самого крупного озера – Селигера. Для реконструкции истории озера в разных его частях со льда были пробурены скважины и получены керны озерных отложений. Результат оказался неожиданным. Во всех скважинах на дне озера вскрыты 2-3-метровые, а в отдельных случаях и 6-метровые озерные илы. Верхняя часть илов имеет темно-серый цвет за счет обогащения органическим веществом. Это отложения голоцена – современной теплой эпохи (последние 11,5 тысяч лет). Нижние слои илов во многих скважинах имеют светло- или сизо-серый цвет, потому что почти не содержат органики. Это признак формирования в условиях холодного климата – в конце последней ледниковой эпохи. Однако главное начинается ниже. Всюду под илами залегают крупнозернистые пески – отложения достаточно быстрого водного потока. Значит, Селигер – не просто остаточное озеро (остаток огромного приледникового водоема). Если бы это было так, под озерными илами залегали бы ледниковые отложения (морена) или отложения, связанные с таянием ледника.
«Почему мы уверены, что под илами именно речные пески, а не отложения, например, потоков талых ледниковых вод? Во-первых, на узком и извилистом Селижаровском плёсе поперечный профиль по поверхности песков получается треугольный, как положено типичной меандрирующей реке: у вогнутого берега реки – глубоко, у выпуклого – мелко, там пляж, - рассказывает заведующий лабораторией эволюционной географии ИГРАН, доктор географических наук, Андрей Панин. – Во-вторых, здесь и на других участках в поверхности песков проявляются две ступени, похожие на дно русла и пойму реки. В-третьих, в основании илов на бывшей пойме встречаются образования, похожие на погребенные почвы, а в двух случаях встречены слои торфяников. Это говорит о длительном периоде субаэрального развития (т.е. на открытом воздухе, а не под водой), что было бы невозможно в случае простого усыхания крупного водоема. Таким образом, после таяния ледника на месте Селигера текла река, видимо, унаследовавшая древнюю, доледниковую речную долину. Затем по неизвестным причинам течение прекратилось и долина была затоплена. На изученных участках уровень воды поднялся на 5-8 метров. Причины этого явления еще предстоит выяснить».
Ключевое значение для понимания причин превращения реки в озеро имеет время, когда (насколько давно) это произошло. Чтобы это выяснить, будут датированы отложения на границе речных песков и озерных илов. Определить возраст отложений можно т.н. радиоуглеродным методом по остаткам растений и другому органическому веществу. В Институте географии РАН действует единственная в России лаборатория, где возможно датировать микрообразцы органики (т.н. ускорительная масс-спектрометрия – AMS). Кроме того, отобраны образцы на оптико-люминесцентное (OSL) датирование. Этот метод позволяет определить, когда были захоронены кварцевые частицы песка.