Новости

16 марта, 2020 10:56

Новый метод покажет, как РНК влияет на активность генома

Международная группа ученых, в которую входит представитель ФИЦ биотехнологии РАН, ИОГЕН и МФТИ, разработала новый, более надежный метод для изучения контактов РНК с ДНК в ядре клеток. Метод поможет определить роль РНК в регуляции работы генов, что в будущем может быть важно, например, для лечения различных заболеваний Статья об исследовании опубликована в Nature Communication. Работа была поддержана Российским научным фондом (РНФ).
Диаграммы, изображающие взаимодействия некодирующих РНК: Neat1 (a, b) и Fgfr2 (c, d) в эмбриональных стволовых клетках мыши (mESC) и клетках-предшественниках олигодендроцитов (mOPC). Neat1 синтезируется с 19-й хромосомы, а Fgfr2 — c 7-й. Источник: Nature
Реализация генов: с ДНК считывается РНК, а с РНК — белок. Источник: Таблица генетического кода
В ядре клетки молекула ДНК упакована с помощью специальных белков в хроматин, из которого и состоит хромосома. Источник: Wiring Diagram Database, Diagram Of Chromatin
а) Реакции, производимые в ядре клетки. Красным показана РНК, черным — ДНК, голубым — белки, синим — связующая молекула. Черная точка — молекула, позволяющая «выцепить» комплекс из раствора. Пояснения даны в тексте. b) Реакции, производимые в растворе: 1)
3 / 4
Диаграммы, изображающие взаимодействия некодирующих РНК: Neat1 (a, b) и Fgfr2 (c, d) в эмбриональных стволовых клетках мыши (mESC) и клетках-предшественниках олигодендроцитов (mOPC). Neat1 синтезируется с 19-й хромосомы, а Fgfr2 — c 7-й. Источник: Nature
Реализация генов: с ДНК считывается РНК, а с РНК — белок. Источник: Таблица генетического кода
В ядре клетки молекула ДНК упакована с помощью специальных белков в хроматин, из которого и состоит хромосома. Источник: Wiring Diagram Database, Diagram Of Chromatin
а) Реакции, производимые в ядре клетки. Красным показана РНК, черным — ДНК, голубым — белки, синим — связующая молекула. Черная точка — молекула, позволяющая «выцепить» комплекс из раствора. Пояснения даны в тексте. b) Реакции, производимые в растворе: 1)

РНК и активность генов

Ранее считалось, что РНК — это лишь промежуточная стадия между ДНК и белком (рисунок 1а). Но когда научный мир начал описывать работу генома, оказалось, что далеко не все участки ДНК кодируют РНК. Более того, даже те, с которых считывается РНК, не обязательно кодируют белки. Функция большинства некодирующих РНК до сих пор неочевидна. В разных типах клеток должны работать разные гены и синтезироваться разные белки: в клетке мозга — одни, в клетке крови — другие. Это значит, что существуют факторы, которые влияют на активность генов. Теперь ученые начали понимать, что некодирующие РНК также являются одним из этих факторов.

Известно, что длинные некодирующие РНК взаимодействуют с хроматином — веществом, которое представляет собой молекулу ДНК, плотно упакованную с помощью белков (рисунок 1б). Хроматин может менять свою структуру: разворачиваться и сворачиваться, открывая гены для считывания или, наоборот, закрывая их. Если некодирующие РНК связываются с определенными участками хроматина, они могут влиять на его структуру и таким образом регулировать активность этих участков. Чтобы понимать, как регулируется активность генов и как это влияет на специализацию клетки, необходимо знать, какие некодирующие РНК с какими участками связываются.

Как это работает

Есть несколько методов, которые позволяют определять места, где взаимодействуют РНК и хроматин. Однако из-за ряда ограничений они пропускают много взаимодействий, к тому же некоторые из них требуют для анализа большого количества материала или разрушения клетки. Авторы работы разработали новый метод, который не разрушает клетку до закрепления контактов РНК и хроматина и показывает более высокую точность, — они назвали его RADICL-seq.

В ядре клетки большинство РНК связаны с хроматином: РНК закрепляется в белках, которые связывают ДНК. Метод RADICL-seq заключается в следующем. В ядро добавляется фермент, который делает разрывы на ДНК и оставляет свободные концы, пригодные к сшивке. Также добавляется фермент, который разрушает свободные РНК и тем самым повышает точность определения контактов. Потом добавляют молекулу, у которой один конец — одноцепочечный и связывается с РНК, а второй — двухцепочечный и связывается с расположенной рядом ДНК (рисунок 2а). Таким образом, эта молекула служит мостиком, скрепляющим РНК и ДНК. Дальше удаляют белки, достраивают вторую цепочку и получившийся ДНК-комплекс готовят к секвенированию (рисунок 2b), где определяют последовательности связанных РНК и ДНК.

Раскодировать некодирующее

Ученые проверили метод RADICL-seq в действии. По сравнению с другими методами, он показал более высокую точность определения хроматин-РНК-взаимодействий. Благодаря высокому разрешению метода авторам удалось найти новые контакты не только некодирующих, но и кодирующих РНК с хроматином, включая те, которые расположены вдали от мест, где данная РНК считывается. Также они показали на клетках мыши, что метод подходит для изучения специфики взаимодействий в разных типах клеток. Они взяли две некодирующие РНК (одна из них, возможно, связана с шизофренией) и построили карту их взаимодействий с геномом в двух типах клеток: эмбриональных стволовых и предшественников олигодендроцитов (нейроглиальных клеток). Карты получились характерными для данных типов клеток и РНК (рисунок 3).

Исследование подтвердило важную роль длинных некодирующих РНК в регуляции участков генома, удаленных от мест считывания этих РНК. Гибкость метода RADICL-seq позволяет получить дополнительную биологическую информацию при внесении изменений в эксперимент. В частности, дает возможность обнаружить взаимодействия РНК-ДНК, не опосредованные белками хроматина. Наличие таких контактов указывает на роль в регуляции экспрессии генов не только канонических взаимодействий (таких как РНК-ДНК двойные спирали), но и неканонических (триплексов РНК-ДНК-), а также на значение некодирующих РНК в нацеливании белковых комплексов в конкретные места генома.

«Мы планируем дальше исследовать, как РНК участвует в регуляции экспрессии генов, архитектуры хроматина и, в конечном счете, на идентичность клеток. Вполне возможно, что в будущем с помощью этих некодирующих РНК можно будет контролировать активность конкретных генов, что важно, например, для лечения различных заболеваний», — прокомментировала Юлия Медведева, заведующая группой регуляторной транскриптомики и эпигеномики ФИЦ биотехнологии РАН и заведующая лабораторией биоинформатики клеточных технологий МФТИ, руководитель проекта по гранту РНФ.

29 февраля, 2024
Химики СПбГУ синтезировали нетоксичные соединения, перспективные для терапии рака груди
Учение разработали линейку соединений, которые могут вмешиваться в метаболические процессы раковых к...
28 февраля, 2024
Вещество из печени дальневосточного кальмара уменьшило воспаление при повреждении почек
Ученые показали, что вещество, выделенное из печени дальневосточного кальмара, снижает воспаление в ...