Аннотация результатов, полученных в 2016 году
Методом CRISPR-CAS9 в хромосомы клеток человека 293T вставлена ДНК,кодирующая так наз. белок-таймер под контролем CMV промотера и получена стабильная линия, экспрессирующая этот белок. Вновь синтезированный белок-таймер имеет синюю флуресценцию, а после созревания приобретает красный цвет. Таким образом отсутствие синей флуоресценции говорит об отсутствии синтеза таймера. Данная конструкция создана для получения в дальнейшем линии клеток, устойчивой к лекарству торину. который используется при лечении онкологических заболеваний. Показано, что в созданной линии белок-таймер в присутствии торина не синтезируется и синяя окраска отсутствует. Предполагается, что устойчивые к торину линии клеток, которые планируется получить в ближайшее время, вновь начнут синтезировать таймер, что будет сопровождаться появлением синей окраски. Такие клетки будут исследоваться для установления молекулярных механизмов резистентности к торину с помощью молекулярно биологических методов и метода рибосомного профайлинга. Предложенный подход может использоваться для анализа возникновения резистентности и к другим лекарствам, что важно для практической онкологии. Параллельно с этими исследованиями, были проведены эксперименты по установлению механизма функционирования белка DAP5 (Death Associated Protein 5), фактора инициации трансляции у животных, который, по-видимому, направляет кеп-независимый способ инициации трансляции. Считается, что кеп-независимый способ инициации трансляции используется в клетках животных при апоптозе, различных стрессовых воздействиях, включая химиотерапию, а в норме при дифференцировке клеток. Как работает DAP5 до сих пор не известно. В настоящее время наиболее популярная идея заключается в том, что этот белковый фактор обслуживает клеточные IRES-элементы. (IRES-элементы это такие структуры в 5' нетранслируемых областях (НТО) мРНК, которые позволяют протекать кеп-независимым механизмам инициации трансляции.) Наши данные, полученные в ходе выполнения этого проекта, не согласуются с этой теорией: белковый фактор DAP5 стимулирует трансляцию любых модельных мРНК, если их 5' НТО не содержат кепа на 5' конце, хотя разные РНК стимулируются в разной степени. Общий вывод состоит в том, что классический кеп-зависимый способ инициации и DAP5-опосредуемый механизм являются скорее всего конкурентными, а не взаимодополняющими механизмами, то есть последний работает тогда, когда отключен стандартный механизм. Методом CRISPR-CAS9 получен нокаут по DAP5 в клеточной линии фибробластов мышей NIH3T3. Отсутствие в клетках NIH3T3 белка DAP5 не влияло драматическим образом на их рост и деление. Это согласуется с общим мнением, что DAP5-опосредованный механизм работает только при определенных условиях и не обязателен для пролиферативного роста клеток. Тем не менее, нами получены данные о том, что отдельные мРНК в большей степени зависят от DAP5, чем большинство других. Их трансляция стимулируется даже в том случае, когда они содержат кеп, то есть находятся в естественном состоянии. Сделано предположение, что существуют некие элементы в структуре мРНК, которые повышают способность мРНК использовать DAP5-зависимый механизм инициации трансляции. Природа этих элементов в настоящее время изучается.

Аннотация результатов, полученных в 2017 году
1. Методом профайлинга протестирован новый мощный ингибитор киназ MNK1 и 2 Sel201, который особенно эффективен против меланомы. 2. Получен новый инструмент для количественного изучения взаимодействия фактора eIF4E c кепом. Это слитный белок нанолюциферазы с eIF4E, фермент совершенно не влияет на свойства этого инициирующего фактора. 3. С помощью математической модели предложена гипотеза о том, что определяющими факторами, влияющими на функцию uORF при стрессе это ее длина и контекст стартового кодона uORF. Это то, что можно будет проверить экспериментально. Подобные опыты планируются. 4. Обнаружена новая крайне необычная рамка считывания, перекрывающаяся с геном митохондриальной ДНК-полимеразы и кодирующая белок с мол. массой около 30 кД, названный нами PolGX. Удивительно, но стартовый кодон PolGX CUG почти столь же эффективен, что и AUG, благодаря особому контексту. Показано, что PolGX связывается с белком С1QBP, у которого есть сигнал митохондриальной локализации. Тем не менее, комплекс PolGX с C1QBP отправляет последний в ядрышко, где C1QBP, по-видимому, принимает участие в сборке цитоплазматических рибосом. Работа готовится к печати. 6. Открыт новый механизм регуляции трансляции, который назван "механизмом формирования молекулярной памяти". С помощью этого механизма регулируется трансляция Amd1 – ключевого фермента в регуляции полиаминов. Этот механизм открыт в том числе с помощью биохимических экспериментов, проведенных членом этого научного коллектива, Д.Е. Андреевым. Работа уже принята для публикации в журнале Nature. 7. Открыта регуляция по обратной связи для мРНК eIF4G2: фактор стимулирует трансляцию мРНК, кодирующего мРНК-связывающий белок PCBP2 (PolyC Binding Protein 2), а последний при накоплении связывается с 5'НТО мРНК eIF4G2 и подавляет его трансляцию.

Аннотация результатов, полученных в 2018 году
Предложена новая модель инициации синтеза белка в клетках млекопитающих, которая может открыть целое новое направление в исследованиях биосинтеза белка. Работа опубликована в авторитетном журнале Trends in Biochemical Sciences: Шатский И.Н., Теренин И.М., Смирнова В.В., Андреев Д.Е. (Shatsky I.N., Terenin I.M., Smirnova V.V., Andreev D.E.) Cap-Independent Translation: What's in a Name Trends in Biochemical Sciences (2018 г.)