Аннотация результатов, полученных в 2017 году
В 2017 году были продолжены исследования по генетике возникающих вирусных инфекций. Для получения целостной картины этого процесса работа проводилась по нескольким направлениям. Поиск новых вирусов - родственных вирусам гепатитов человека у мелких грызунов и флебовирусов в клещах - производился для понимания масштаба биологического разнообразия таких вирусов. Кроме того, новые вирусы позволяют понять, каким путем шло распространение возникающих вирусов в популяции видов - хозяев, насколько часто происходит смена хозяев для того или иного вируса. В 2017 году была выявлена очень высокая распространенность гепатит Е - подобных вирусов у пищух в Казахстане. Анализ геномов этих вирусов, запланированный на 2018 г., позволит более точно проследить эволюционную историю этих вирусов. Выявленные у клещей новые флебовирусы позволяют оценить относительное разнообразие известных флебовирусов человека и неизвестных флебовирусов и оценить риск появления новых флебовирусов. В связи с появлением в последние годы в базах данных большого числа нуклеотидных последовательностей вирусов анализ данных в "ручном режиме" стал невозможен. Мы разработали набор скриптов для автоматизации филогенетического анализа и выполнили исследование закономерностей возникновения и эволюции сразу для 30 самых распространенных типов энтеровирусов. Было показано, что все современные вирусы в мире внутри каждого типа имели общего предка всего около 50-200 лет назад. При этом расчетное время разделения известных типов было 200-500 лет назад. Таким образом, все современные типы энтеровирусов произошли всего несколько сотен лет назад, а затем глобальная популяция отдельных типов регулярно проходила через "бутылочные горлышки", в которых терялась большая часть глобального разнообразия вирусов. Анализ эволюции вируса бешенства также выявил, что все вирусы бешенства в регионах России с умеренным климатом имели общего предка всего около 150 лет назад, а общий предок степного варианта вируса, который сейчас распространен от Белгорода до Монголии, имел общего предка в 1952 году. Таким образом, был сделан вывод, что бешенство в России является с молекулярной точки зрения возникающей инфекцией, популяция вируса нестабильна и может быть элиминирована при помощи вакцинации диких животных. Для обнаружения неизвестных вирусов животных была отработана методика гибридизации в жидкой фазе с вырожденными олигонуклеотидными пробами. В тестовой модели было показано, что система может обогащать в сотни раз генетический материал не только вирусов одного таксономического рода, но также разных родов одного семейства.

Аннотация результатов, полученных в 2018 году
В 2018 году были продолжены исследования по генетике возникающих вирусных инфекций. Для получения целостной картины этого процесса работа проводилась по нескольким направлениям. Для вируса бешенства была изучена динамика естественной рекомбинации. Ранее считалось, что рекомбинация у вируса бешенства не существует. Затем появились сообщения об отдельных рекомбинационных событиях, которые могли оказаться и экспериментальным артефактом. Мы выполнили систематический анализ рекомбинации у вируса бешенства и показали, что рекомбинация у вируса бешенства является хотя и редким, но достаточно закономерным событием. Таким образом, рекомбинация у вируса бешенства ограничена скорее экологическими (распространение генотипов, патогенез инфекции), а не механистическими причинами. Также была изучена филодинамика другого вируса - вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки в Южно-Российском очаге. Ранее нами и другими авторами было показано, что весь очаг вируса Крымской-Конго геморрагической от Астрахани до Балкан возник не более 300 лет назад. В данном исследовании мы показали, что очаг характеризуется неожиданно высокой динамикой вируса в пространстве. Вирус в очаге может перемещаться со скоростью до десятков километров в год, но только в пределах России, не включая Турцию и Иран, где вирус также эндемичен. Сделано предположение о роли антропогенного фактора в поддержании очага. Показано, что реассортация у вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки распространена даже шире, чем считалось ранее, и происходит в среднем не реже чем каждые 10-30 лет. На основании полученных в 2017 году данных и биоинформатических наработок был выполнен дополнительный анализ эволюции генов, кодирующих структурные белки у энтеровирусов, общих закономерностей, возможностей практического использования результатов и существующих ограничений для применения новейших биоинформатических методик в практическом эпидемиологическом надзоре. В частности, было показано, что неравномерность доступных генетических данных является основным лимитирующим фактором для понимания эволюции энтеровирусов в глобальном масштабе. Анализ частичной нуклеотидной последовательности флебовирусов, выявленных у клещей шести различных видов на территории Российской Федерации выявил 8 предположительных новых видов. Показано, что разные виды новых флебовирусов ассоциированы с соответствующими видами клещей - переносчиков, а не с географическим местом сбора клещей. Проводится оценка возможности использования этих данных с целью уточнения таксономических критериев флебовирусов.