Аннотация результатов, полученных в 2019 году
Нами было проведено исследование микробных пейзажей клинического материала, полученного от урологических больных. Образцы мочи, полученные до цистоскопии и спустя 10 дней после проведенной манипуляции в течение 2 часов доставляли в лабораторию. Для выделения бактерий из мочи, у всех групп пациентов были применены универсальные питательные среды. Титр бактерий в моче определяли полуколичественным штриховым методом с помощью тест-системы типа «ДипСтрик». Полученные инокулированные чашки Петри и тест-системы типа «ДипСтрик» в последующем инкубировали в условиях обычной атмосферы при 37°С в течение 22 ч. После инкубации проводили учет результатов с определением морфологических типов выделенных культур и их концентрации. Диагностически значимым титром патогенных бактерий в 1 мкл. исследованной мочи считали титр ≥10/3 КОЕ/мл (для первичных патогенов I группы – E. coli и S. saprophyticus), 10/3 и 10/4 КОЕ/мл (для вторичных патогенов группы II – P. mirabilis), группа KES (бактерии родов Klebsiella spp., Enterobacter spp. и Serratia spp.), P. aeruginosa, P. vulgaris, S. Pneumoniae и др.) при изоляции их от мужчин и женщин в монокультуре соответcтвенно. После идентификации патогенных бактерий определяли чувствительность микроорганизмов к антибактериальным препаратам путем засеивания выделенных культур на агар Мюллера– Хинтона (толщина агара – 4±0,5 мм). Для расчетов описательной статистики использовали программу Microsoft Exсel 2010, с помощью которой проведены объективное сравнение полученных результатов и комплексная оценка достоверности различий данных. Бактериологический анализ мочи, полученной до проведения инстурментального исследования показал отсутствие клинически значимых титров патогенных бактерий в обеих группах пациентов. Спустя 10 дней после проведенного инструментального исследования у 12 пациентов из контрольной группы в микробиологическом анализе мочи было показано наличие бактерий из группы первичных и вторичных патогенов в титре 10/4 и 10/3 КОЕ/мл для E. coli и Enterobacter spp. соответственно (для мужчин) и наличие бактерий из группы первичных патогенов в титре 10/3 и 10/4 КОЕ/мл для E. coli и S. saprophyticus соответственно (для женщин). У всех пациентов (контрольная группа, 12/25) была отмечена субфебрильная температура, а также отмечена умеренно выраженная дизурия. Микробиологический анализ позволил выделить 12 штаммов микроорганизмов, из которых 8 штамма E. coli, 3 штамма Enterobacter spp. и 1 штамм S. saprophyticus. Из общего числа нозокомиальных штаммов E. coli в ассоциацию было выделено более половины (59%). У 9 пациентов из контрольной группы развитие симптоматической мочевой инфекции потребовало проведения системной антибактериальной терапии (у трех пациентов был применен Фосфомицин 3 г. однократно, у 6 – левофлоксацин 500 мг. однократно в срок до 5 дней). Посев клинического материала производили на плотные питательные среды –УРИСЕЛЕКТ АГАР (BIO-RAD) - для выделения и подсчета микроорганизмов из мочевого тракта; cердечно – мозговой агар с 5% бараньей крови (BHI) – для выделения бактерий Streptococcus, Corynebacterium, Arcanobacterium, Neisseria, Moraxella, Acinetobacter, Actinomyces; желточно - солевой агар с маннитом (для выделения и дифференциации стафилококков); дифференциально - диагностические среды Эндо или Левина (для выделения Enterobacteriaceae), среду Сабуро с хлорамфениколом (для выделения дрожжевых и мицелиальных грибов); на BHI с 5% бараньей крови и агар Шадлера (для выделения облигатно анаэробных бактерий Clostridium, Propionibacterium, Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella, Porphyromonas). Засеянные плотные питательные среды инкубировали в термостате при 37°C в течение 24-48 часов. Для создания анаэробных условий использовали анаэробную станцию «Whitley A35», где засеянные питательные среды инкубировали при 37°C от 48 часов до 10 суток. Посевы просматривали, отмечали морфологию выросших колоний, наличие гемолиза, растут ли микроорганизмы в виде монокультуры или в ассоциации. При обнаружении ассоциации на плотной питательной среде отмечали преимущественный рост какого-либо представителя ассоциации. Производили отсевы отдельных колоний на плотные питательные среды с целью получения чистых культур. Полученные чистые культуры микроорганизмов микроскопировали, отмечали их морфологические и тинкториальные особенности, и производили экстракцию этанолом/муравьиной кислотой по стандартной методике, для последующей идентификации до вида методом масс-спектрометрии на время-пролётном масс-спектрометре (MALDI Biotyper, Bruker). В результате проведенной работы проанализирован микробный пейзаж 25 клинических материалов от урологических больных. Выделены и идентифицированы следующие патогенные штаммы актуальные в урологии: 1. Acinetobacter baumannii spp. 2. Enterococcus faecalis 3. Enterobacter cloacae spp. 4. Proteus vulgaris spp. 5. Proteus mirabilis spp. 6. Stenotrophomonas maltophilia 7. Klebsiella pneumonia 8. Klebsiella ozanae 9. Propionibacterium acne 10. Escherichia coli 11. Pseudomonas aeruginosa spp. 12. Staphylococcus aureus spp. 13. Staphylococcus epidermidis spp. 14. Staphylococcus warneri 15. Staphylococcus haemolyticus 16. Staphylococcus capitis 17. Staphylococcus caprae 18. Staphylococcus suсcinus 19. Streptococcus группы Д (по новой номенклатуре Enterococcus faecium) 20. Streptococcus agalactiae Перечисленные патогены были использованы в дальнейшем скрининге перспективных фагов. Первоначальный скрининг бактериальных вирусов позволил выделить по 1-6 фагов для каждого из 20-ти видов патогенов. Все бактериофаги формировали прозрачные пятна лизиса на бактериальных газонах при титрации методом агаровых слоев. Также были выделены преимущества гелевой формы. Гель, входящий в состав разрабатываемого препарата, частично состоит из водорастворимой бланозы и/или лидокаина гидрохлорида и/или хлоргексидина гидрохлорида. Проведенные серии экспериментальных работ позволили выявить ряд уникальных свойств разработанной гелевой субстанции: гель не разжижается при нагревании и не вытекает после нанесения, а отсутствие в его составе спирта не будет вызывать сухость и раздражение кожных покровов и слизистых оболочек органов мочевыделительной системы.

Аннотация результатов, полученных в 2020 году
В ходе реализации Проекта была продолжена активная работа по разработке и внедрению в клиническую практику нового антибактериального и обезболивающего препарата в гелевой форме на основе бактериофагов для профилактики инфекции органов мочевыделительной системы при проведении лечебных и диагностических манипуляций. Благодаря наличию в составе разрабатываемого препарата нескольких видов вирусов с литической активностью по отношению к конкретному патогенному микроорганизму и существенно отличающихся друг от друга по специфике взаимодействия с чувствительной клеткой существенно снижена вероятность формирования фагорезистентных штаммов возбудителей ИМП. Основными задачами на 2020 г. являлись оценка клинической эффективности и безопасности применения комплексного антибактериального обезболивающего препарата на основе бактериофагов в гелевой форме у пациентов (обоих полов) в ходе проведения различных инструментальных исследований и лечебно-диагностических процедур, а также профилактики катетер-ассоциированных инфекций мочевыводящих путей. В начале 2020 г. было продолжено ранее начатое проспективное исследование, в которое было включено 275 пациентов (155 мужчин и 120 женщин), проходивших лечение в ГКБ им. С.И. Спасокукоцкого ДЗМ и в клинике урологии МГМСУ. Средний возраст пациентов мужского пола составил 69,4 ± 1,3 года, женского пола - 65,7 ± 1,9 лет. Всем пациентам при проведении различных инструментальных исследований, лечебно-диагностических процедур и оперативного лечения, а также с целью профилактики катетер-ассоциированных инфекций мочевыводящих путей был использован разработанный препарат на основе бактериофагов в гелевой форме. В группе контроля (n = 275, 160 мужчин и 115 женщин, соответственно) использован гель для местного применения на основе хлоргексидина дигидрохлорида и лидокаина гидрохлорида. Всем пациентам гель вводился интрауретрально после обработки наружного отверстия уретры дезинфицирующим раствором. Для инстилляции в каждом случае применяли по 10 мл исследуемого препарата. Время экспозиции во всех случаях не превышало 5 минут. В рамках исследования нами была изучена эффективность применения разработанного комплексного антибактериального и обезболивающего препарата на основе бактериофагов с определением первичных точек (наличие бактериурии, анализ качественного состава возбудителей инфекций мочевыводящих путей, наличие симптомов мочевой инфекции - субъективно по данным жалоб) и вторичных точек (оценка наличия лихорадки через 1 сутки после проведенной манипуляции (по данным термометрии) и наличия болевого синдрома до и после проведённой манипуляции с использованием визуальной аналоговой шкалы боли (VAS). Были оценены данные бактериального анализа мочи, полученного до и после инструментальных исследований (диагностическая и/или смотровая уретроцистоскопия, диагностическая уретероцистоскопия, трансуретральных операций), лечебно-диагностических процедур (интраоперационная установка уретрального катетера). Анализ данных бактериологического анализа мочи пациентов основной и контрольной группы не выявил существенных изменений по сравнению с исходными данными. Во всех случаях в посеве мочи отсутствовали клинически значимые титры патогенных бактерий, в то время как после проведенных исследований и манипуляций число патогенных бактерий значительно превалировало в контрольной группе (p > 0,04). Выраженность болевого синдрома (через 1 и 3 сутки по данным телефонного анкетирования) и температурный показатель в основной группе больных, проходивших амбулаторное лечение (пациенты, перенесшие цистоскопию) не превышали исходные значения. В контрольной группе отмечено повышение температуры тела в среднем на 0,7°С (в первые сутки) и на 0,4°С (к концу третьих суток); увеличение значение суммарного балла по VAS в среднем на 1,1 ± 0,2 (у мужчин) и 0,7 ± 0,3 (у женщин) с постепенным понижением к концу 3 суток. В 75% случаев в контрольной группе потребовалось применение обезболивающих препаратов в первые сутки после процедуры. Частота дизурии (как одного из проявлений симптоматической катетер-ассоциированной инфекции) после удаления уретрального катетера была ниже в основной группе (p < 0,05). В результате проведенных собственных клинико-экспериментальных исследований было установлено, что гелевый состав разработанного препарата обеспечивает надежную фиксацию средства на слизистой мочеиспускательного канала и обеспечивает превосходный оптический обзор при выполнении трансуретральных процедур и манипуляций. Дизурия в основной группе отсутствовала. Ни у одного из пациентов не было аллергической реакции и непереносимости разработанного препарата. Анализ проведенных научных работ показал, что темпы синтеза новых антибактериальных препаратов уступают скорости развития антибиотикорезистентности, в этой связи лечение и профилактика острых, хронических и рецидивирующих форм инфекций мочевыводящих путей, зачастую, носит неэффективный характер. Вместе с этим рутинное применение антибиотиков может привести к ещё большему росту числа антибиотикорезистентных штаммов и возникновению побочных реакций. Полученные в 2020 г. собственные данные показали эффективность и безопасность разработанного совместными усилиями комбинированного препарата на основе бактериофагов. Причем, принципиальным отличием разработанного комплексного антибактериального и обезболивающего препарата в гелевой форме на основе бактериофагов от уже существующих является то, что в его составе включено более 60 видов бактериофагов (титры по Аппельману 10–8 – 10–9; т.е. фаги с доказанной высокой активностью в отношении условно-патогенных бактерий), лизирующих патогены наиболее часто встречающихся патогенных бактерий, что, в значительной степени, снижает вероятность смены возбудителя инфекций мочевыводящих путей при его наличии.

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Ежегодно исследователи отмечают возрастающее количество мутаций в геномах бактерий, вызывающих инфекционные заболевания, что приводит к образованию все более агрессивных форм возбудителей. От инфекций мочевыводящих путей (ИМП) страдают пациенты женщины всех возрастов, вне зависимости от этнической принадлежности, социального статуса, уровня образования и сексуальной ориентации. Пациенты с инфекционными заболеваниями органов мочевыделительной системы имеют наиболее высокий риск формирования биоплёнок. Наличие устойчивых штаммов патогенных бактерий и развитие бактериальных биоплёнок являются основными проблемами в лечении инфекций органов мочевыделительной системы. Возрастающее число госпитальных штаммов нозокомиальных бактерий увеличивает койко-день в послеоперационном периоде, частоту повторной госпитализации и количество используемых антибактериальных препаратов. В свете возрастающей антибактериальной резистентности резко увеличивается количество использования медицинских ресурсов, что, в конечном счете, приводит к увеличению стоимости лечения. Наряду с этим селекция резистентных штаммов ставит на первый план как рациональное применение антибактериальных препаратов, так и поиск альтернативных методов терапии. Возникновение большого количества устойчивых к различным антибиотикам бактериальных штаммов и их быстрое распространение в окружающей среде привело к росту научного интереса к терапии бактериофагами в качестве альтернативного метода лечения. Бактериофаги используются для лечения бактериальных инфекций с начала прошлого века, однако их активное применение ограничено в основном некоторыми центрами в России, Грузии, Польше, Бельгии и Швейцарии. Фаги можно вводить местно или перорально в виде коктейлей или в виде монотерапии; также их можно сочетать с приемом антибиотиков. С появлением устойчивости к антибиотикам клинический и научный интерес к лечению фагами постепенно вернулся и в многочисленных исследованиях сообщается о сравнительно высокой эффективности бактериофагов при сравнительно небольшом (или полном отсутствии) побочных эффектов, связанных с лечением Сохраняющийся высокий процент инфекционных заболеваний органов мочевыделительной системы побудил нас провести собственное исследование, направленное на оценку разработанного препарата на основе бактериофагов в терапии у пациентов с хроническим рецидивирующим циститом. В исследование было включено 75 пациенток, средний возраст которых составил 50,6 лет. Пациентки были распределены в три группы в соотношении 1:1:1. В основной группе применялся препарат для внутрипузырного введения на основе бактериофагов, а также ректальные свечи с бактериофагами; в группе контроля – только препарат для внутрипузырного введения на основе бактериофагов или ректальные свечи с бактериофагами. Всем пациенткам перед введением исследуемого препарата, а также спустя 14, 30 и 90 дней терапии были проведены клинический анализ крови, общий анализ мочи, бактериологический анализ мочи, а также анализ мочи методом полимеразной цепной реакции для выявления возбудителей. Оценка эффективности предусматривала анализ состояния пациентов в группах по динамике изменения основных клинических симптомов, данных шкалы оценки тазовой боли и ургентности / частоты мочеиспускания и валидизированной шкалы оценки симптомов острого цистита при первом и очередном / контрольном визите, а также динамике изменения объективных параметров лабораторных исследований и возможного изменения чувствительности уропатогенов к антибактериальным препаратам. Во всех трех группах при бактериологическом исследовании мочи отмечен преимущественный рост E. Coli (≥10*4 КОЕ/мл). В ходе проведенного исследования отмечена хорошая переносимость терапии, а также уменьшение клинической симптоматики во всех трех группах пациенток. Суммарный балл по шкале оценки тазовой боли и ургентности / частоты мочеиспускания (три группы пациенток) на первом визите составил 16,6 баллов с последующей тенденцией к уменьшению до 10 баллов на четвертом визите. Суммарный балл типичных и дифференциальных симптомов по шкале оценки симптомов острого цистита (три группы пациенток) на первом визите составил 7,3 и 1,16 балла соответственно, в то время как на четвертом визите данные показатели составили 3,55 и 0,71 балла соответственно. Суммарная оценка динамики изменения состояния в ходе проводимой терапии при контрольном посещении по данным шкалы оценки симптомов острого цистита (три группы пациенток) составила 2,17 балла на втором визите, на четвертом визите - 1,5 балла. Суммарный балл качества жизни по шкале оценки симптомов острого цистита (три группы пациенток) на первом визите составил 3,69 балла, на четвертом визите – 1,5 балла. Общая субъективная эффективность проводимой терапии (три группы пациенток) составила более 80%, безопасность – 100%. Ни у одной из пациенток не было отмечено нежелательных явлений и/или непереносимости препарата. Проведенная серия клинико-экспериментальных работ показала безусловную эффективность и безопасность внутрипузырного и ректального применения препарата на основе бактериофагов не только в комплексной терапии у пациентов с хроническим рецидивирующим циститом, но и для профилактики обострений, что, безусловно, способствует потенциальному его внедрению в рутинную практику врача-уролога амбулаторного и стационарного звена. Возрастает актуальность проблемы о решении формирования биоплёнок при инфекциях мочевых путей, ввиду чего очевидность применения бактериофагов неоспорима. Особо стоят вопросы практического использования фагов для удаления биоплёнок при инфекциях мочевых путей. Эффективность разрушения биоплёнок с помощью фагов, как показали исследования многих авторов, может быть значительна, тем более, если направлять фаги не на среду, а непосредственно на биоплёнки, что и достигается при внутрипузырном применении бактериофагов при инфекции мочевых путей. Очевидно, что в настоящее время не всё понятно в процессах формирования биоплёнок, образования и состава внеклеточной полимерной субстанции, взаимодействий бактерий с фагами, тем более что они происходят в микроскопических масштабах. Взаимодействие фагов с биоплёнками может быть намного сложнее, чем нам может представляться: биоплёнки могут захватывать неспецифические фаги или изменять активность профагов, найденных внутри соответствующих бактериальных лизогенов. Биоплёнки обычно состоят более чем из одного вида бактерий, тем самым усложняя выводы о наличии бактерий для фагов локально внутри биоплёнки. Неясными остаются и ключевые моменты в процессах взаимодействия фагов с биоплёнками: биология и экология самих фагов, процессы моделирования роста фаговых популяций в полутвёрдых средах. Важно изучить взаимодействие фагов с биоплёнкой и проникновение их внутрь биоплёнок, ферментативное влияние фагов на бактериальные микроколонии, этапы уничтожения фагами биоплёнок. Неспособность фага на практике полностью удалить из биоплёнки бактерий-хозяев либо из-за недоступности, либо из-за возникновения стойких штаммов, указывает на недостаточную изученность этого метода. Однако добавление фагов к биоплёнкам, где уже имеют место антагонистические взаимодействия из-за выработки бактериоцина, может создать дополнительную нагрузку и запустить процесс разрушения биоплёнки. Предполагается, что некоторые фаги вообще могут лучше приспосабливаться к росту в биоплёнках или в смешанных культурах. Это тоже область, требующая изучения параллельно с воздействием фагов на биоплёнки. Тем не менее, наше исследование и подобные исследования должны послужить рациональной отправной точкой к дальнейшему пониманию фундаментальных и прикладных аспектов взаимодействия фага с биоплёнкой, а также к разработке и внедрению в клиническую практику более эффективных методов для уничтожения биоплёнок при инфекции мочевых путей посредством фагов. Полученные обнадеживающие результаты способствуют более быстрому внедрению фаготерапии в клиническую практику. Верификация возбудителя ИМП позволяет производить препараты, содержащие фаги, прицельно действующими на бактерии, что делает данные разработки наиболее актуальными в эру антибиотикорезистентности. Фаговая терапия имеет потенциал для борьбы с устойчивыми к антибиотикам бактериальными инфекциями. Критически важным для эффективных и надежных стратегий фаговой терапии является знание полезной микробиоты. В идеале фаговая терапия не должна влиять на полезные микроорганизмы. В отличие от антибиотиков широкого спектра действия фаги могут работать узконаправленно на конкретный патоген.