Аннотация результатов, полученных в 2019 году
В рамках первого этапа Проекта был организован систематизированный и стандартизованный сбор клинического материала в различных регионах Сибири (Новосибирская и Иркутская области, Республика Якутия). Всего в трех регионах Сибири собрано 1752 образца - мазков из носа и зева от пациентов с симптомами ОРВИ. Сформирована коллекция образцов. С врачами из партнерских организаций были проведены обучающие он-лайн семинары, в ходе которых были обсуждены цели и задачи настоящего исследования, проведено обучение технике взятия образцов, условиям хранения и транспортирования собранного материала. В собранном клиническом материале от больных с симптомами ОРВИ выявлен генетический материал респираторных вирусов, включая орто- (hRsv) и метапневмовирусы (hMpv) человека, а также вирусы гриппа (hIfv) А и В, риновирус (hRv), вирусы парагриппа (hPiv), коронавирусы человека (hCov) – OC43, 229E, NL63, HKU1, аденовирус (hAdv) и бокавирус (hBov). В Республике Якутия генетический материал респираторных вирусов был обнаружен в 61%, причем в 46% случаев выявлена моноинфекция, а в 15% - вирусная ко-инфекция. Наиболее часто встречающимися вирусами оказались бокавирус и вирусы парагриппа, составив 31% и 24% из всех проанализированных образцов. Метапневмовирус был выявлен у одного пациента. Хотя бы один из перечисленных вирусов был выявлен в 970 из 1325 (73,2%) образцов, собранных в г. Новосибирске. Показано, что ведущим этиологическим агентом у взрослых пациентов в период с января по апрель 2020 г. явился вирус гриппа, составив 63,9% (163/255) случаев у обследованных пациентов. При этом наблюдалась совместная циркуляция вируса гриппа В (68,7% от всех случаев гриппа) и вируса гриппа A(H1N1)pdm09 (27%), в то время как вирус гриппа A(Н3N2) был выявлен у одного пациента (0,6%), в 3,7% случаев вирус гриппа А не типировался. ОРВИ негриппозной этиологии у взрослых были вызваны преимущественно риновирусом (в 5,1% случаев) и вирусами парагриппа (в 4,3% случаев). Ортопневмовирус человека был выявлен у 2,3% обследованных пациентов, метапневмовирус – у 0,4% пациентов. Ортопневмовирус человека был выявлен у 227 (21,2%) обследованных детей и обнаруживался в течение всего периода наблюдения. Метапневмовирус человека в течение сезона 2019 – 2020 гг. был выявлен только у 1,6% (17/1070) обследованных детей и 0,4% (1/255) взрослых пациентов. При этом наиболее часто он выявлялся у детей возрастной группы 4 – 6 лет. Все образцы клинического материала, собранные в ходе выполнения проекта в 2019 – 2020 гг., а также в течение двух предыдущих эпидемических сезонов, и положительные в ПЦР на ортопневмовирус человека, использовали для выделения штаммов вируса в культурах клеток. Наиболее выраженный цитопатический эффект вируса мы обнаружили при инфицировании суспензии культур клеток HeLa и Hep2 с последующей обработкой инфицированных клеток нейраминидазой, причем некоторые штаммы были выделены в обеих культурах клеток, в то время как другие вызывали цитопатический эффект только в какой-то одной клеточной линии. Таким образом, было принято решение в дальнейшем для выделения штаммов респираторно-синцитиального вируса использовать обе культуры клеток. Было выделено 15 штаммов респираторно-синцитиального вируса, вызывающих устойчивый цитопатический эффект в виде образования синцития клеток в ходе пассирования. Создана Коллекция штаммов вирусов семейства Pneumoviridae; штамм RSVВ/Novosibirsk/66Hl/2018 принят на патентное депонирование под номером V-902 в Государственную коллекцию возбудителей вирусных инфекций и риккетсиозов ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. Получено более 50 изображений при исследовании методами световой и конфокальной микроскопии, анализ и публикация которых запланированы на второй этап Проекта. Была оптимизирована система ПЦР-диагностики RSV. В результате ПЦР в реальном времени для дифференциального выявления RSV субтипов А и В было показано, что контрольные штаммы RSVсубтипов А и В специфично идентифицируются соответствующими праймерами и флуоресцентными зондами. Впервые получены единственные в РФ нуклеотидные последовательности полных геномов 12 штаммов RSV субтипов А и В. Все последовательности геномов задепонированы в международную базу данных GenBank. Впервые описаны делеции и инсерции в генах структурных и функциональных белков. Согласно BLAST-анализу полногеномных последовательностей штаммов субтипа В, выделенных в Новосибирске в течение двух эпидемических сезонов (2018-2019 и 2019-2020 гг), все штаммы более чем на 90% (99,35-99,70%) схожи с одними и теми же вариантами RSV, выделенными в Японии, Китае, Филиппинах, Аргентине, США и в Великобритании с 2013 по 2019 гг. Таким образом, пул ортопневмовирусов незначительно генетически отличающихся от выделенных в Новосибирске, территориально широко распространен по различным географическим регионам и циркулирует в течение нескольких эпидемических сезонов. Нуклеотидные последовательности геномов штаммов RSV субтипа А схожи с последовательностями вариантов ортопневмовирусов, выделенных в 2011-2013 гг. и 2018-2019 гг. в Азиатском регионе (Филиппины, Китай, Таиланд, Индия) и в США. В целом, согласно анализу генетических дистанций и BLAST-анализу, исследованные штаммы характеризуются значительным (вплоть до 100%) сходством между собой в пределах субтипов (А и В), а также со штаммами, выделенными в различных странах в течение нескольких лет. Кроме того, согласно результатам анализа генетических дистанций (данные не представлены вследствие превышения допустимого объема иллюстративного материала) рассматриваемых штаммов от штаммов, определенных в результате BLAST-исследования, показано, что генетические дистанции среди российских штаммов не превышают таковые между ними и BLAST-вариантами. Сходство штаммов RSV, выделенных в Новосибирске со штаммами, выделенными в разных, географически отдаленных регионах мира в течение нескольких эпидемических сезонов, указывает на существование консервативных генетических кластеров схожих вариантов вируса, сохраняющихся в течение нескольких лет и распространяющихся в человеческой популяции на значительные расстояния. Согласно анализу аминокислотных последовательностей, G белки всех исследованных штаммов RSV содержат дупликации фрагментов 239-258 и 259-279 (Okamoto и др., 2018). При этом штаммы 66Hi и 66Hp в этих участках содержат 240G, 251Y и 265P, в то время как остальные штаммы содержат аминокислотные остатки 240R, 251D и 265S. Штамм RSVB/Novosibirsk/242/2019 содержит в G-белке аминокислотные замены R260G и T253A (потенциально может влиять на сайты O-гликозилирования, что в свою очередь может обуславливать избегание патогеном антител организма-хозяина (Collins, Karron, 2013)). Штаммы RSVB/Novosibirsk/50Hl/2018 и RSVB/Novosibirsk/50Hp/2018 содержат замены T279A и T254S. В антигенном сайте I F-белка у штамма RSVB/Novosibirsk/242/2019 наблюдается замена в сайте S380N, которая потенциально может снижать эффективность иммунного ответа. Остальные антигенные детерминанты остаются консервативными внутри групп (субтипов А и В) исследованных штаммов. Впервые показано, что согласно филогенетическому исследованию, все выделенные в Новосибирске в течение двух эпидемических сезонов (2018-2019 и 2019-2020 гг) штаммы субтипа В относятся к генотипу ВА10, при том, что доминирующим генотипом RSV субтипа В является более ранний ВА9. Все новосибирские штаммы RSV субтипа принадлежат к доминирующему в мире с эпидемического сезона 2011-2012 гг. генотипу ОN1. Проведены детальные филогенетические исследования генов F и G. В целом, согласно филогенетическому анализу, штаммы RSV, выделенные в Новосибирске в течение двух эпидемических сезонов и исследованные в рамках работы по проекту принадлежат к обоим известным субтипам (А и В) как по результатам анализа полных геномов, так и G и F генов. Все штаммы субтипа А схожи (до полной идентичности нуклеотидных последовательностей нескольких штаммов) между собой и представлены генотипом ON1, который с 2011 г. является доминирующим в пределах субтипа. Все штаммы субтипа В также филогенетически родственны и принадлежат к генотипу ВА10, который известен с 2013 г., получил распространение в 2015-2017 гг., но, в отличие от ON1 не является доминирующим в пределах соответствующего субтипа По результатам первого этапа опубликовано 3 статьи, основные результаты представлены на международных конференциях. В публикациях на начальном этапе представлены предварительные результаты по эпидемиологии респираторных вирусов и оптимизации методов их исследований in vitro, в том числе на модели вируса гриппа. Подготовлен проект патента на штамм для диагностики – РИД в следующем этапе. Результаты представлены на трех международных и российских конференциях. Результаты Проекта освещены в научно-популярном издании Сибирского отделения РАН «Наука в Сибири». Опубликовано интервью основного исполнителя Проекта к.м.н. Курской О.Г. об исследованиях распространенности штаммов вирусов ОРВИ и гриппа (http://www.sbras.info/articles/science/sibirskie-uchenye-issleduyut-rasprostranennost-shtammov-virusov-orvi-i-grippa). Таким образом, получены все запланированные результаты, соответствующие общему плану выполнения Проекта; они позволят эффективно реализовать последующие этапы в соответствии с планом.

Аннотация результатов, полученных в 2020 году
В ходе этого этапа работы пришлось скорректировать по причине распространения вируса SARS-Cov2. Этиологическая структура респираторных вирусов изменилась, изменилось соотношение основных и минорных патогенов (см спец. раздел отчета). В связи с этим в работе сместились некоторые акценты, что, однако, сделало результаты проекта еще более важными и актуальными. Расширился спектр изучаемых респираторных вирусов в проекте. Так, нами впервые в режиме он-лайн отслеживается изменение структуры ОРВИ во время возникновения пандемии нового респираторного вируса, это наиболее ценный результат на данном этапе проекта. Также в апреле 2020 впервые изучены штаммы SARS-Cov2, циркулирующие в Новосибирске, получены и проанализированы полногеномные нуклеотидные последовательности 5 штаммов. Получены запланированные результаты мониторинга вирусов, создана коллекция образцов и проведена оптимизация вирусологических работ и моделей. Среди респираторных вирусов наиболее часто встречались вирусы парагриппа – 11,8% (19/161), риновирус – 10,6% (17/161), метапневмовирус – 6,2% (10/161), коронавирус (NL 63, 229E, HKU-1,OC 43) – 4,3% (7/161) и аденовирус – 3,7% (6/161), бокавирус и ортопневмовирус – по 2,5%, соответственно (4/161 и 4/161). У 15/161 (9,3%) детей наблюдалась вирусная ко-инфекция. Возрастных и половых различий в частоте встречаемости респираторных вирусов выявлено не было. При сравнении структуры ОРВИ в разных регионах Сибири в ПРЕДПАНДЕМИЧЕСКОМ сезоне 2019 – 2020 гг. были выявлены отличия, которые проанализированы в ходе работ на втором этапе. Кроме того, оценивая распространение респираторных вирусов в течение сезона 2020 – 2021 гг., следует отметить, что риновирус наиболее часто выявлялся в ноябре (21,1%) и апреле (22,7%), в то время как метапневмовирус наиболее активно циркулировал в феврале (41,6%) и марте (41,3%). Сезонные коронавирусы человека также наиболее часто выявлялись в феврале (19,2%) и марте (18,1%). Таким образом, во время второй волны пандемии нового коронавируса мы наблюдали значительной изменение структуры ОРВИ по сравнению с предпандемическим сезоном, а именно: • более низкий уровень выявления респираторных вирусов в целом, особенно в ноябре-декабре 2020 г., • отсутствие случаев ОРВИ, вызванных вирусами гриппа, а также крайне низкий уровень выявления ортопневмовируса человека (0,2%), являвшихся ведущими этиологическими агентами в сезоне 2019-2020 гг., • - доминирующими вирусами в структуре ОРВИ в текущем сезоне оказались метапневмовирус (27,3%), риновирус (15,2%) и сезонные коронавирусы человека (не SARS-Cov2)(13,3%). Впервые проведена работа по визуализации in vitro штаммов респираторно-синцитиального вируса и метапневмовируса методом световой и флуоресцентной микроскопии. Анализ в режиме DIC-contrast показал морфологическое строение синцития, образованного инфицированными штаммом RSVВ/Novosibirsk/66Hl/2019 с характерным расположением ядер по периферии образования и центральной зоной. При окраске меченными флуоресциином специфическими антителами обнаружена яркая окраска центральной зоны, что свидетельствует о локализации вирусного материала РСВ в этой части образования. Важнейшим результатом явилось изучение в апреле 2020 штаммов SARS-Cov2, циркулирующих в Новосибирске, получены полногеномные нуклеотидные последовательности 5 штаммов. Проведена работа по оптимизации культивирования SARS-Cov2 и использование их в прикладных исследованиях по фотодинамической инактивации и разработки метода дезинфекции. Опубликована статья Sharshov et al., 2021в сотрудничестве с МГУ им Ломоносова. Впервые показано, что выделенные в начале пандемии COVID-19 (апрель 2020 г.) в Новосибирске штаммы SARS-CoV-2, отличались от прототипа hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019 и принадлежали к двум генетическим линиям B.1 и В.1.1, что указывает на гетерогенность пула циркулировавших в Новосибирске в апреле 2020 г. штаммов SARS-CoV-2. В гене S (кодирует белок S) рассматриваемых новосибирских штаммов SARS-CoV-2, обнаружены 4 нуклеотидные замены. В результате трансляции нуклеотидных последовательностей в аминокислотные показано, что все замены являются несинонимичными. Одна замена является общей для всех 5 новосибирских штаммов и отличает их от прототипа hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019, а остальные встречаются в отдельных штаммах и, следовательно, отличают их от прочих изолятов. Результаты секвенирования позволили провести BLAST-анализ и определить принадлежность изолятов RSV к субтипам А и В (указано в названиях штаммов). Таким образом, субтипирование было осуществлено двумя методами: посредством ПЦР со специфическими праймерами, а также в результате полного и частичного секвенирования геномов выделенных изолятов. Исходя из совпадения полученных результатов, можно заключить, что оптимизированный протокол ПЦР со специфическими субтипирующими праймерами был успешно применен для дифференцированного выявления RSV субтипов А и В. В базе данных GenBank, в результате выполнения работ по проекту размещены полногеномные последовательности 20 (включая данные, полученные на первом этапе) штаммов RSV субтипов А и В. В настоящее время в базе данных GenBank это единственные полногеномные последовательности RSV, выделенных на территории Российской Федерации. Впервые для российских штаммов выявлены вариабельные некодирующие участки геномов как RSV субтипа А (позиции 3078-3080), так и RSV субтипа В (позиции 911-912 и 3140-3141). На втором этапе работы по проекту выполнено секвенирование геномов двух пар изолятов RSV (субтипов А и В). Каждая пара выделена из одного образца биологического материала посредством пассирования на двух культурах клеток (HeLa и Hep2). Показано, что геном RSVA/Novosibirsk/8.62Hl/2020 (изолирован на культуре клеток HeLa) отличается от генома RSVA/Novosibirsk/8.62Hp/2020 (изолирован на культуре клеток Hep2) делецией 72 п.н. 5364-5435 (779-850 в гене, кодирующем белок G) и однонуклеотидной заменой Т11842С (Т3449С в гене, кодирующем белок L). Замена Т11842С является несинонимичной, т.к. приводит к аминокислотной замене I1150T в белке L. В совокупности, помимо представления мировому научному сообществу (депонирование в международную базу данных) на данный момент единственных в РФ последовательностей полных геномов RSV всех двух существующих субтипов (А и В), в результате выполнения второго этапа работы по проекту, были выявлены характеристики разнообразия и изменчивости RSV, циркулирующих в Новосибирске, не обнаруженные ранее (на первом этапе). В частности, увеличение генетического разнообразия циркулирующих вариантов вируса как субтипа А, так и субтипа В. Кроме того, показано, что при пассировании RSV на культурах клеток существует вероятность возникновения делеций в гене, кодирующем белок G. Таким образом, в результате анализа обновлений базы данных GenBank, во множественные выравнивания нуклеотидных последовательностей, сформированных на первом этапе для построения филогенетических дендрограмм, были дополнительно включены 130 новых последовательностей RSV, представленных различными научными коллективами в 2020-2021 гг.. Кроме того, по итогам двух лет работы по проекту, в выравнивания были включены 9 нуклеотидных последовательностей RSV субтипа А и 11 нуклеотидных последовательностей RSV субтипа В, выделенных в Новосибирске. На данный момент это единственный существующий пул последовательностей полных геномов RSV, циркулировавших на территории России. Впервые для российских штаммов показано, что в первичные структуры F-белков 7 из 9 штаммов RSV субтипа А полностью идентичны, а F-белки двух штаммов отличаются от прочих всего одной заменой, расположенной вне антигенных сайтов. В F-белках RSV субтипа В обнаружено 8 замен, 4 из которых расположены в антигенных сайтах, а также, согласно построенной 3D-модели, локализованы на поверхности белка, и следовательно, могут оказывать влияние на антигенные характеристики штаммов. Впервые в результате филогенетического исследования показано, что с 2018 по 2020 гг. в России циркулировали и были эпидемиологически значимыми респираторно-синцитиальные вирусы, принадлежащие к генотипу ON1 субтипа А и BA10 субтипа В. Кроме того, показана гетерогенность пула нуклеотидных последовательностей геномов российских штаммов в пределах генотипов. Таким образом, по итогам двух этапов работы были получены новые данные о генетическом разнообразии RSV на территории России. На данном этапе нельзя сделать вывод о влиянии генотипа вируса на тяжесть течения заболевания из-за ограниченного количества данных, поэтому данный вопрос требует дальнейшего изучения. Впервые в России получены и проанализированы оригинальные полные геномы аденовирусов С. Впервые показано ,что для генотипа С2, можно выделить 2 достоверно отличающихся субклады, в которых лежат наши последовательности: . Для человеческих аденовирусов вида С свойственно меньшее разнообразие последовательностей гена penton, чем для HAdV вида D, однако, недавно описанный генотип AdV-89 обладает отличиями от всех прототипных штаммов в RGD петле пентона, что может говорить об изменениях конформации в RGD сайте, и, как следствие, об отличиях характеристик связывания с рецептором клеток у 89 генотипа. Получен патент РФ на изобретение № 2746280 на штамм RSVВ/Novosibirsk/66Hl/2018 «Штамм респираторно-синцитиального вируса RSVВ/Novosibirsk/66Hl/2018 для использования в диагностике респираторно-вирусной инфекции и исследования эффективности противовирусных препаратов in vitro». Помимо опубликованных работ. подготовлены к публикации 2 статьи о генетическом разнообразии ортометапневмовируса и аденовируса человека на территории России. Основные результаты представлены на международных конференциях. В публикациях представлены результаты по эпидемиологии респираторных вирусов и оптимизации методов их исследований in vitro, в том числе на модели SARS-CoV-2. Таким образом, получены все запланированные результаты, соответствующие общему плану выполнения Проекта; они позволят эффективно реализовать последующие этапы в соответствии с планом.

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
В ходе этого этапа работы пришлось скорректировать по причине распространения вируса SARS-Cov2. Этиологическая структура респираторных вирусов изменилась, изменилось соотношение основных и минорных патогенов (см спец. раздел отчета). В связи с этим в работе сместились некоторые акценты, что, однако, сделало результаты проекта еще более важными и актуальными. Расширился спектр изучаемых респираторных вирусов в проекте. Так, нами впервые в режиме он-лайн отслеживается изменение структуры ОРВИ во время возникновения пандемии нового респираторного вируса. Получены запланированные результаты мониторинга вирусов, создана коллекция образцов и проведена оптимизация вирусологических работ и моделей. У детей в структуре ОРВИ в сезоне 2021 – 2022 гг. преобладал респираторно-синцитиальный вирус, который был выявлен в 197/972 (20,3%) образцах. Вторым по частоте встречаемости был SARS-CoV-2, составив 14,1% (137/972) случаев. Вирус гриппа был выявлен у 10,9% (106/972) пациентов, риновирус – у 10,4% (101/972). Остальные респираторные вирусы выявлялись менее чем в 5% случаев. Следует отметить, что в указанный период метапневмовирус человека не был выявлен ни у одного пациента, в то время как в предыдущем сезоне (2020 – 2021 гг.) метапневмовирус оказался ведущим этиологическим агентом ОРВИ, составив 27,3% (335/1228) от проанализированных образцов. Показано, что доля вируса гриппа увеличивалась с возрастом с наибольшей частотой встречаемости у детей школьного возраста (22,6%), в то время как уровень детекции респираторно-синцитиального вируса значимо уменьшался с возрастом с наименьшим уровнем выявления в возрастной группе 7 – 17 лет (5,7%). Частота выявления риновируса у детей школьного возраста также была значимо ниже, чем у детей младше 7 лет. Кроме того, вирусы парагриппа, сезонные коронавирусы и бокавирус были выявлены только у детей младше 7 лет. В то же время уровень детекции SARS-CoV-2 в разных возрастных группах достоверно не отличался. Мы обнаружили значительный подъем заболеваемости, вызванный новым коронавирусом SARS-CoV-2, в январе (33,8%) и феврале (38,4%) 2022 г., в марте уровень детекции данного вируса уменьшился до 12,6%, а в апреле составил лишь 1,2%. Выделение респираторно-синцитиального вируса из клинических образцов, а также сохранение изолятов при хранении в течение длительного периода времени остается серьезной проблемой. В ходе выполнения работ по проекту нами была оптимизирована клеточная модель культивирования респираторно-синцитиального вируса. Морфологические характеристики цитопатического эффекта были одинаковыми для культур клеток HeLa, HEp-2 и Vero и описывались как крупный синцитий размером до 150 мкм или более с периферийным расположением ядер и оптически яркой зоной в центре образования. Таким образом, мы полагаем, что инфицирование суспензии клеток с последующей обработкой RDE увеличивает вероятность выделения RSV из клинических образцов. На основании полученных результатов была подготовлена и направлена в редакцию журнала Viruses статья «Human Respiratory Syncytial Virus: Isolation, Cultivation and Morfological Characteristics». Впервые проведена работа по визуализации in vitro штаммов аденовируса методом световой и флуоресцентной микроскопии. Проведена дифференциальная сезонных вариантов аденовирусов и коронавирусов человека. В 2021-2022 году было проведено определение вида у коронавирусов с применением набора олигонуклеотидов, предложенных Niu с соавторами в 2016 году, для образцов, положительных по результатам диагностики на сезонные варианты коронавируса человека [Niu [и др.], 2016]. Из 14 образцов вид удалось установить для 13. Из них 69,23% (n=9) были отнесены к виду HKU1, остальные 30,77% (n=4) относились к виду 229E. Далее, проведено определение типа аденовируса человека методом ПЦР в культуральной жидкости. В результате 3 образца были отнесены к аденовирусу типа C (7.473, 7.376, 7.341). Проведен анализ полногеномных последовательностей аденовируса человека. Филогенетический анализ полногеномных последовательностей подтверждает филогенетическую связь полученных вариантов аденовируса с тремя генотипами: 1, 2 и 5. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей белка fiber, hexon, петли 1 и петли 2 нейтрализационных детерминант ε гексона подтверждает принадлежность изолятов к генотипам 1, 2 и 5 и указывает на существенное разнообразие штаммов внутри генотипов. Ранее было показано, что нуклеотидная последовательность пентона HAdVC/Novosibirsk/8.234V/2020 по результатам филогенетического анализа входит в группу, включающую штаммы из Германии, выделенные в отдельный генотип 89 на основании нуклеотидных последовательностей пентона. Ни одна из последовательностей пентона новых полученных штаммов не входит в эту группу. Штаммы, относящиеся к генотипу 5 связаны с разными филогенетическими группами. Последовательность пентона штамма HAdVC/Novosibirsk/7.2Hp/2022 генотипа 5 филогенетически тесно связана с последовательностью штамма human/USA/UFL_Adv5/2008/5P2/H5/F5, которую относят к генотипу 2. По результатам этапа подготовлен проект патента: «Штамм аденовируса HAdVC/Novosibirsk/7.134V/2019 для использования в качестве вектора при создании векторных вакцин, в диагностике аденовирусной инфекции и для исследования эффективности противовирусных препаратов in vitro». Проведено определение генетических групп и субтипов пневмовирусов, циркулирующих в России, с помощью типирующих праймеров. Используя ПЦР с TaqMan-зондами с подобранной концентрацией праймеров и температурным режимом, были типированы 19 проб первичного материала. Все они принадлежали генотипу А. Также были типированы 5 проб, прошедшие этап культивирования. Все они принадлежали генотипу А. Таким образом, в результате оптимизации протокола ПЦР для типирования hRSV в первичном материале были подобраны условия для диагностики штаммов генотипа А. Выполнен BLAST анализ для RSVA, циркулировавшего в течение эпидемического сезона 2020-2021 и выделенного на третьем этапе работы по тематике проекта. По первичной структуре генома штамм схож с вариантами ортопневмовирусов, циркулировавших в течение предыдущего эпидемического сезона (2019-2020 гг.) в Австралии, США, Кот д’Ивуар и Великобритании (Англия). Кроме того, на 99.37 штамм RSVA/Novosibirsk/7.69Hl/2021 схож с выявленным ранее, на втором этапе работы по тематике проекта, выделенным в Новосибирске штаммом RSVA/Novosibirsk/8.62Hp/2020. Все последовательности геномов выявленных в России респираторных вирусов человека опубликованы в базе данных GenBank.Молекулярно-генетический анализ RSV за третий год, как основной результат проекта включен в финальный сравнительный анализ и итоговый отчет Все результаты по проекту опубликованы, либо отправлены в печать. Результаты третьего этапа подтвердили уникальность полученных для России данных по полным геномам ортопневмовирусов, метапневмовирусов, коронавирусов.Кроме того, изучены генотипы, ассоциированные с тяжелым течением заболевания (на основании анализа данных о клиническом течении заболеваний у пациентов, от которых получен материал). Изучены потенциальные антигенные характеристики белка F (белок слияния) орто- и метапневмовирусов, ответственного за проникновение вируса в клетку хозяина, на основании картирования антигенных сайтов, а также получены данные о генетической вариабельности антигенных сайтов выделенных нами штаммов пневмовирусов (Итоговый отчет и приложение). Такие данные позволят сделать вывод о возможной роли данных сайтов как «мишеней» для вакцин против пневмовирусов и специфических лечебных и профилактических препаратов. Полученные штаммы могут быть использованы для создания диагностических тест-систем, а также для выполнения работ по изучению патогенеза вирусных инфекций и тестированию новых лекарственных препаратов с противовирусной активностью на моделях in vitro и in vivo. Таким образом, получены все запланированные результаты, соответствующие общему плану выполнения Проекта; они позволят эффективно реализовать последующие задачи в направлении исследования.