КАРТОЧКА ПРОЕКТА,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 19-74-20075

НазваниеТопологически-ассоциированные домены хроматина и А/В-компартменты в геноме курицы: идентификация и визуализация с помощью технологии HiC и микроскопии сверхвысокого разрешения

РуководительКрасикова Алла Валерьевна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регионфедеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет", г Санкт-Петербург

Годы выполнения при поддержке РНФ 2019 - 2022 

КонкурсКонкурс 2019 года по мероприятию «Проведение исследований на базе существующей научной инфраструктуры мирового уровня» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными

Объект инфраструктуры Центр коллективного пользователя в области геномики

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-205 - Клеточная биология, цитология, гистология

Ключевые словагеном домашней курицы, интерфазное ядро, архитектура генома, захват конформации хроматина, HiC, топологически-ассоциированные домены, флуоресцентная гибридизация in situ, редактирование генома, когезин, нокдаун гена, крупномасштабная организация хроматина, дифференцировка эритроцитов, 3D-FISH

Код ГРНТИ34.23.23


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Пространственная организация генома в интерфазном ядре играет ключевую роль в регуляции экспрессии генов, благодаря тесной взаимосвязи между иерархическими уровнями упаковки генома и его функциональной активностью. Сочетание современных биохимических и биоинформатических подходов позволили идентифицировать в интерфазном ядре хроматиновые нанодомены, в том числе топологически-ассоциированные домены и А/В компартменты. Реорганизация хроматиновых доменов в ходе дифференцировки клеток, в патологическом состоянии и в ответ на различные внешние воздействия остается мало изученной. Значительные усилия также направлены на сопоставление данных, полученных методами визуализации геномных локусов и технологии захвата конформации хроматина. В рамках этой проблемы представляется целесообразными исследование пространственной организации генома с помощью комплексного подхода, сочетающего современные методы HiC и 3D-FISH. В качестве объекта исследования в проекте выбрана домашняя курица (Gallus gallus domesticus), геном которой был первым среди расшифрованных геномов птиц. В эмбриональных фибробластах, но не в зрелых эритроцитах курицы коллективом исполнителей проекта с помощью полногеномного метода HiC идентифицирован ряд иерархических структурных доменов, таких как А и В компартменты и топологически-ассоциированные домены. В ходе проекта планируется провести исследование пространственной организации генома домашней курицы в клетках эритроидного ряда с помощью методов HiC, визуализации геномных локусов и редактирования генома, а именно генов структурных белков хроматина. Конкретные задачи исследования: (1) исследование изменений паттерна А и В компартментов и топологически-ассоциированных доменов (на основе анализа геномных координат границ соответствующих доменов) в ходе дифференцировки эритроцитов домашней курицы методом HiC и 3D-FISH; (2) изучение реорганизации А и В компартментов и топологически-ассоциированных доменов в ответ на индуцибельное выключение (нокдаун) гена гистона Н5 в клетках курицы эритроидного ряда с помощью технологии захвата конформации хроматина (HiC); (3) изучение реорганизации А и В компартментов и топологически-ассоциированных доменов в ответ на индуцибельное выключение (нокдаун) гена гистона Н5 в клетках курицы эритроидного ряда с помощью визуализации геномных локусов методом 3D-FISH и высокоразрешающей микроскопии. Ожидаемые результаты позволят проверть гипотезу о роли архитектурных белков хроматина в установлении специфической организации генома в зрелых эритроцитах.

Ожидаемые результаты
С помощью комплексного подхода, сочетающего современные методы HiC и мультицветной 3D-FISH, будут получены уникальные сведения о реорганизации генома в ходе дифференцировки клеток эритроидного ряда у птиц и о влиянии гистона Н5 на перестройку структурных доменов хроматина в процессе созревания эритроцитов курицы. В ходе выполнения проекта планируется впервые получить клетки домашней курицы с нокдауном гена гистона Н5 с помощью технологий направленного редактирования генома CRISPR/Cas9. Будет проверена гипотеза о роли гистона Н5 в установлении специфической организации генома в зрелых эритроцитах. На модели дифференцирови клеток эритроидного ряда будет проведено сопоставление данных, полученных методами 3D-FISH и HiC. Будут охарактеризованы топологически-ассоциированные домены и А/В компартменты в клетках с нокдауном гена гистона Н5. Будут получены сведения о степени компактизации и пространственной реорганизации нескольких последовательных ТАД, а также А и В компартментов, в том числе компартментов, которые изменяют свой статус (А->В или В->А) в ходе дифференцировки, в клетках эритроидного ряда с помощью конфокальной лазерной сканирующей микроскопии и микроскопии сверхвысокого разрешения. Полученные результаты о пространственной организации генома курицы будут иметь как фундаментальное, так и прикладное значение. Так, сведения о реорганизации топологически-ассоциированных доменов и А/В-компартментов в клетках эритроидного ряда домашней курицы в ответ на выключение гена гистона Н5 важны для понимания механизмов регуляции пространственной организации геномов позвоночных. Кроме того, полученные результаты могут найти применение в сельском хозяйстве, а именно с целью решения задачи получения клеток домашней курицы с целенаправленно редактированными участками генома. Кроме того, полученные сведения о распределении топологически-ассоциированных доменов в соматических клетках курицы позволят выявить энхансер-промотерные взаимодействия в локусах интереса. Такие сведения могут найти применение в заданном редактировании границ топологически-ассоциированных доменов в геноме курицы, направленном на изменения в работе близлежащих генов. Полученные оригинальные результаты будут иметь мировое значение и будут опубликованы в виде серии статей в журналах, индексируемых в базах данных Web of Science CC и Scopus.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2019 году
С целью изучения закономерностей изменений в архитектуре генома при дифференцировке клеток методом захвата конформации хроматина (Hi-C in situ) впервые получены полногеномные ДНК-библиотеки для эритроидных клеток-предшественниц домашней курицы. Секвенирование Hi-C библиотек клеток линии HD3 домашней курицы на базе «Центра коллективного пользования в области геномики» (ОИ) позволило сгенерировать 208 и 211 миллионов парных прочтений (ридов) для двух биологических реплик. В обеих репликах число цис-контактов превышало число транс-контактов, что сопоставимо с полученными нами ранее результатами (Fishman et al., 2019) и соответствует высокому качеству Hi-C библиотек. Показано, что также как и в эмбриональных фибробластах, в эритроидных клетках-предшественницах домашней курицы на уровне всего генома образуются топологически ассоциированные домены хроматина (ТАД) и А/В компартменты. С помощью биоинформатического анализа предварительно построенных карт Hi-C-контактов эритроидных клеток-предшественниц и эмбриональных фибробластов курицы проведен выбор районов для получения двух типов ДНК-зондов (на основе ВАС-клонов и олигонуклеотидных пэйнтов) к топологически-ассоциированным доменам хроматина. Оптимизирован протокол получения флуоресцентно меченых ДНК-зондов к ТАД на основе ВАС-клонов, содержащих фрагменты геномной ДНК курицы, для последующей 3D-FISH. При проведении 3D-FISH на соматических клетках курицы специфичные сигналы от ДНК-зондов к ТАД в интерфазных ядрах были получены только в случае гибридизации зондов, меченных методом ник-трансляции, но не методом ПЦР с вырожденными праймерами. Методом ник-трансляции получены ДНК-зонды к нескольким парам/тройкам соседних ТАД курицы, которые будут использованы для изучения закономерностей конденсации хроматина при эритроидной дифференцировке клеток. Полученные результаты представлены в виде устных докладов на трех международных конференциях (26th Wilhelm Bernhard´s Workshop, 12th European cytogenomics conference, VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров). По итогам работы подготовлена статья, которая с минимальными исправлениями принята к печати в журнале Frontiers in Genetics.

 

Публикации

1. А.Злотина, А.Маслова, О.Павлова, Н.Косякова, Т.Лир, А.Красикова New insights into chromomere organization provided by lampbrush chromosome microdissection and high throughput sequencing Molecular Cytogenetics, Volume 12, Suppl. 1, p. 61 (год публикации - 2019).

2. А.Красикова, А.Злотина, А.Маслова, П.Старшова,Т.Куликова High-resolution mapping of A/B compartments and topologically associated domains on giant lampbrush chromosomes Biopolymers and Cell, Volume 35, n. 3, p. 175-175 (год публикации - 2019).

3. Красикова А.В., Фишман В.С., Нуритдинов М.А., Батулин Н.Р., Серов О.Л., Лир Т., Маслова А.В., Старшова П.А., Суркова А.Ю., Куликова Т.В., Злотина А.М. Хроматиновые домены домашней курицы в интерфазном ядре и на стадии хромосом типа ламповых щеток Сборник тезисов Международного Конгресса "VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы", С. 323 (год публикации - 2019).


Аннотация результатов, полученных в 2020 году
С помощью трехцветной 3D-FISH с последующей конфокальной лазерной сканирующей микроскопией охарактеризованы закономерности изменения архитектуры нанодоменов хроматина на фоне исчезновения классических топологически ассоциированных доменов (ТАД) при дифференцировке эритробластов курицы в сторону зрелых эритроцитов. Проведено измерение 3D расстояний и степени колокализации между геномными локусами, линейно равноудаленными в геноме и расположенными в одном или соседних ТАД. Мы показали, что хроматин в ядрах эритроцитов обладает нетипичными закономерностями локальной компактизации, которые, по-видимому, не связаны с формированием характерных для ядер других соматических клеток петлевых доменов и ТАД. Полученные результаты также свидетельствуют о наличии в зрелых эритроцитах дистантных взаимодействий геномных локусов через границы консервативных ТАД, выявленных в других типах клеток. В то же время, в недифференцированных клетках-предшественниках эритроцитов, участки генома, относящиеся к одному ТАД, обнаруживаются ближе друг к другу и колокализуются чаще, чем участки генома, относящиеся к соседним ТАД. Эти данные подтверждают наличие в ядрах эртиробластов топологически ассоциированных доменов хроматина, идентифицированных с помощью метода HiC в первый год выполнения проекта. В отчетный период мы также провели картирование районов консервативных ТАД, выявленных в интерфазных ядрах соматических клеток, на хромосомах из ядер растущих ооцитов. Картирование равноудаленных участков генома, находящихся в соседних ТАД, выявило разнообразие паттернов их локализации в хромомерно-петлевых комплексах. Участки соседних ТАД могут выявляться в составе одного хромомера, в то же время участки, принадлежащие одному ТАД, могут выявляться в составе двух соседних хромомеров. Для изучения роли гистона H5 в установлении специализированной трехмерной архитектуры генома в клетках эритроидного ряда была поставлена задача получения клеток домашней курицы линии HD3 с ауксин-зависимой деградацией гистона H5. В отчетный период созданы конструкции для модификации гена гистона Н5 при помощи системы CRISPR/Cas9. Подготовленные конструкции включают в себя векторы для эндогенной встройки дегроновых тагов mAID или miniIAA7 на 3’-конец гена H5, плазмиды с gРНК на 3’-конец гена, а также плазмиды, экспресcирующие OsTIR1 или AtAFB2. В работе был успешно реализован метод биаллельной модификации эндогенных локусов гена гистона H5 с добавлением AID-домена, основанный на двойной селекции Neo/Hygro. Были получены клоны клеток линии HD3, которые по результатам генотипирования (1) показали наличие вставки модифицированного гена Н5 на 5’- и 3′-конце, (2) не содержали гена гистона Н5 дикого типа ни в одном из аллелей и (3) показали наличие полноразмерной встройки всей конструкции. Такие клоны будут в дальнейшем трансфецированы вектором, кодирующим OsTIR1, и использованы для изучения влияния деградации гистона Н5 на трехмерную архитектуру генома в клетках эритроидного ряда методами HiC и визуализации нанодоменов хроматина. Полученные результаты представлены на двух научных мероприятиях (V Международная конференция «Epigenetics & Chromatin», VII Молодежная Школа-конференция по молекулярной и клеточной биологии). По итогам работы опубликовано две экспериментальных статьи в журналах, индексируемых в базах данных Web of Science Core Collection и Scopus, в том числе одна статья в журнале, входящем в первый квартиль (Q1) по импакт-фактору.

 

Публикации

1. А. Красикова, А. Маслова, А. Злотина, В. Фишман, Н. Баттулин, М. Гридина, М. Нуриддинов, О. Серов, Т. Куликова, П. Старшова, А. Штомпель, А. Суркова Chromatin domains in chicken mitotic and meiotic cell types―Are there any TADs? Abstract book of the Epigenetics & Chromatin meeting, c. 175 (год публикации - 2020).

2. А.С. Штомпель, А.В. Маслова, А.В. Красикова Визуализация и анализ 3D-расстояний локусов из топологически-ассоциированных доменов в соматических клетках курицы Гены и клетки, Том XV, №3, Приложение, с. 154 (год публикации - 2020).

3. Злотина А., Маслова А., Павлова О., Косякова Н., Аль-Рикаби А., Лир Т., Красикова А. New Insights Into Chromomere Organization Provided by Lampbrush Chromosome Microdissection and High-Throughput Sequencing Frontiers in Genetics, 11:57 (год публикации - 2020).

4. Куликова Т., Суркова А., Злотина А., Красикова А. Mapping epigenetic modifications on chicken lampbrush chromosomes Molecular Cytogenetics, 13:32 (год публикации - 2020).


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Впервые с помощью конфокальной лазерной сканирующей микроскопии проведен анализ пространственной реорганизации А/В-компартментов хроматина на фоне исчезновения классических топологически ассоциированных доменов при дифференцировке эритробластов курицы в зрелые эритроциты. С помощью 3D-FISH с зондами к А/В компартментам впервые охарактеризована пространственная организация (радиальное положение, форма, занимаемый объем, дискретность субдоменов, степень компактизации) районов с несколькими последовательными А и В компартментами, в том числе компартментами, которые изменяют свой статус (А->В или В->А) при дифференцировке клеток. Обнаружены статистически значимые различия суммарной площади и объема, занимаемых отдельными компартментами, связанные как со статусом компартмента (A, B или А/B), так и с типом клеток. Так, например, район, содержащий ген эритроцит-специфичного гистона H5 и имеющий статус А-компартмента в эритробластах и зрелых эритроцитах, характеризовался более «рыхлой» и открытой структурой хроматина в эритробластах по сравнению с эмбриональными фибробластами. В зрелых эритроцитах районы конститутивных А и В компартментов занимали значимо меньшую область ядра по сравнению с эритробластами, что, по всей видимости, связано с в целом высокой степенью компактизации хроматина. Несмотря на высокий уровень экспрессии определенных генов в зрелых эритроцитах (например, генов α-глобинового кластера) не было выявлено различий формы сигнала между отдельными районами А и В компартментов. Подобраны условия визуализации доменов хроматина с помощью сверхразрешающей оптической микроскопии STED с использованием специализированных флуорохромов. С помощью 2D-FISH впервые проведено картирование районов соматических А/В компартментов на мейотических хромосомах типа ламповых щеток курицы. Сопоставление районов интерфазных А/В компартментов и хромомерно-петлевых комплексов показало, что кластеры плотных DAPI-позитивных хромомеров с короткими латеральными петлями соответствуют районам B-компартментов соматических клеток. Впервые показана транскрипция 13 белок-кодирующих генов и 2 генов некодирующей РНК на латеральных петлях хромосом типа ламповых щеток курицы. Представленные результаты свидетельствуют о возможности применения гигантских хромосом типа ламповых щеток птиц для детального анализа доменов хроматина у позвоночных в контексте их транскрипционной активности. На основе Hi-C карт контактов хроматина детально охарактеризованы внутри- и межхромосомные перестройки в клетках линии HD3 эритробластов курицы. Выявленные межхромосомные перестройки верифицированы с помощью FISH на метафазных хромосомах с зондами к длинному и короткому плечам GGA4, к центромерным районам, к тандемным повторам CNM, PO41 и TTAGGG. Наиболее перестроенной оказалась хромосома GGA4, перестройки также затрагивали некоторые микрохромосомы. На базе «Центра коллективного пользования в области геномики» (ОИ) проведено секвенирование ChIP-библиотек с последующим биоинформатическим полногеномным анализом распределения сайтов взаимодействия гистона Н5 с хроматином в клетках эритроидного ряда. В зрелых эритроцитах обнаружено обеднение сайтами взаимодействия с гистоном Н5 в районах активно транскрибируемых генов. Полученные результаты представлены на трех международных научных конференциях (EMBL Conference: Chromatin and Epigenetics, 23rd International Chromosome Conference and the 24th International Colloquium in Animal Cytogenetics and Genomics, 13th European Cytogenomics Conference), в том числе в виде двух устных докладов. По итогам работы опубликована статья в журнале ‘Frontiers in Cell and Developmental Biology’, индексируемом в базах данных Web of Science Core Collection и Scopus и входящем в первый квартиль (Q1) по импакт-фактору. Кроме того, в BioRxiv опубликован препринт экспериментальной статьи, посвященной верификации соматических топологически ассоциированных доменов хроматина (ТАД) в эмбриональных фибрабластах курицы с помощью 3D-FISH и сопоставлению интерфазных ТАД и хромомерно-петлевых комплексов мейотических хромосом типа ламповых щеток курицы.

 

Публикации

1. А. Красикова, А. Маслова, П. Старшова, Т. Куликова Spatial organization of topologically associated chromatin domains in chicken somatic cell types and meiotic lampbrush chromosomes revealed by FISH European Cytogeneticists Association Newsletter, No. 48, p. 19-20 (год публикации - 2021).

2. А. Маслова, А. Красикова FISH going meso-scale: a microscopic search for chromatin domains Frontiers in Cell and Developmental Biology, 9: 753097 (год публикации - 2021).

3. Родригес Рамос Хуан Себастьян Do lampbrush chromosome chromomeres correlate with large-scale A/B chromatin compartments in chicken somatic cells? Материалы Международного молодежного научного форума «Ломоносов-2021», М.: МАКС Пресс (год публикации - 2021).


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
В рамках выполнения проекта мы продолжили изучение трехмерной организации хроматина в районах генома, идентифицированных нами ранее как А- и B-компартменты в клетках эритроидного ряда и эмбриональных фибробластах курицы. С этой целью был использован метод 3D-FISH с зондами на основе BAC-клонов и конфокальная лазерная сканирующая микроскопия с высокой разрешающей способностью. Для всех проанализированных районов в клетках эмбриональных фибробластов и эритробластов курицы расстояние между зондами на основе BAC-клонов в конститутивных А-компартментах было больше, чем в конститутивных B-компартментах. В ядрах эритроцитов курицы не было выявлено различий в степени компактизации конститутивных А- и В-компартментов, что связано с особой упаковкой хроматина в зрелых эритроцитах. В отчетный период мы также картировали ряд районов, принадлежащих к А-, В- или переходным компартментам хроматина в ядрах клеток эмбриональных фибробластов курицы, на мейотических хромосомах типа ламповых щеток с помощью 2D-FISH. Рисунок гибридизации зондов на основе BAC-клонов подтвердил наше наблюдение о преимущественном соответствии соматических А-компартментов небольшим рыхлым хромомерам с более длинными латеральными петлями в хроматине хромосом типа ламповых щеток, а В-компартментов – крупным плотным хромомерам с более короткими латеральными петлями. Наиболее яркой характеристикой хромосом типа ламповых щеток является гипертранскрипция тысяч геномных локусов, расположенных в латеральных петлях хромосом. Однако для хромосом типа ламповых щеток курицы до настоящего времени не был установлен полногеномный профиль транскрибируемых на латеральных петлях последовательностей. Поэтому в заключительный год выполнения проекта мы сосредоточились на расшифровке транскриптома ядер и цитоплазмы ооцитов домашней курицы. Всего в цитоплазме ооцита обнаружены зрелые мРНК и длинные некодирующие РНК, состоящие из сплайсированных экзонов более 14800 генов. В ядре ооцита обнаружены как полноразмерные транскрипты, так и интронные последовательности тех же генов. С помощью РНК-FISH мы подтвердили транскрипцию 42 белок-кодирующих генов и 8 генов длинных некодирующих РНК на латеральных петлях хромосом типа ламповых щеток. Мы пришли к выводу, что цитоплазматические и ядерные РНК в ооците происходят из вновь синтезируемых транскриптов на латеральных петлях хромосом типа ламповых щеток. С помощью секвенирования библиотек малых РНК мы также охарактеризовали ядерные и цитоплазматические малые некодирующие РНК домашнего хозяйства и короткие регуляторные РНК, включающие более 150 miРНК. Таким образом, в ооците домашней курицы гипертранскрипция на латеральных петлях гигантских хромосом типа ламповых щеток является основным механизмом синтеза огромного количества материнской РНК для нескольких тысяч генов, что определяет биологическое значение преобразования хромосом в оогенезе в форму хромосом типа ламповых щеток и широкое распространение этого явления среди позвоночных (амфибии, рыбы, рептилии, птицы, некоторые насекомые и однопроходные). Мы предполагаем, что формирование латеральных петель хромосом типа ламповых щеток с РНП-матриксом, состоящим из вновь синтезируемых транскриптов и взаимодействующих с ними РНК-связывающих комплексов, приводит увеличению расстояния между плотными транскрипционно неактивными хроматиновыми доменами, что способствует их изоляции и формированию хромомеров. По итогам работы опубликованы статья в журнале “Chromosoma” (Q1, IF = 4.316), методическая глава в книге (издательство CRC Press, Taylor & Francis Group), подготовлена рукопись статьи, которая находится на этапе рецензирования и опубликована в виде препринта. Результаты исследования представлены в виде трех устных и трех стендовых докладов, в том числе на международных конференциях "13th International Multiconference BGRS/SB-2022" и "Genome Organization & Nuclear Function".

 

Публикации

1. - Биологи выяснили, как «ламповые щетки» обеспечивают правильное развитие эмбрионов курицы Indicator, 02.09.2022 (год публикации - ).

2. - Биологи СПбГУ выяснили, как «ламповые щетки» обеспечивают правильное развитие эмбрионов курицы «Научная Россия» - электронное периодическое издание, 02.09.2022 (год публикации - ).

3. - Биологи выяснили, как «ламповые щетки» обеспечивают правильное развитие эмбрионов курицы Газета "Поиск", 02.09.2022 (год публикации - ).

4. А. Красикова, Т. Куликова, А. Маслова, В. Бернгардт, Н. Макарова, А. Попов, М. Щелкунов, А. Федотов, М. Гридина, А. Нурисламов, А. Таскина, Т. Лагунов, В. Фишман Lampbrush chromosomes of birds in post-genomic era Abstracts of papers presented at the 2022 meeting on Genome Organization & Nuclear Function, P. 167 (год публикации - 2022).

5. А. Красикова, Т. Куликова, В. Бернгардт, Н. Макарова, А. Попов, М. Щелкунов, А. Федотова Chicken oocyte transcriptome: RNAseq of nuclear and cytoplasmic long and short RNAs Abstracts the Thirteenth International Multiconference BGRS/SB-2022, P. 29 (год публикации - 2022).

6. А. Маслова, В. Плотников, М. Нуриддинов, М. Гридина, В. Фишман, А. Красикова Chromosome structural variations of the chicken erythroblast HD3 cell line identified by Hi-C Abstracts the Thirteenth International Multiconference BGRS/SB-2022, P. 118-119 (год публикации - 2022).

7. Бернгардт В.А., Куликова Т.В., Маслова А.В., Красикова А.В. Примеры генов, транскрибируемых на хромосомах типа ламповых щеток домашней курицы: FISH-верификация данных транскриптома Цитология, том 64, № 7, с. 614 (год публикации - 2022).

8. Красикова А., Куликова Т., Маслова А., Родригес Рамос Х.С. Transcription of protein-coding and non-coding RNA genes on the lateral loops of chicken lampbrush chromosomes revealed by FISH-mapping Сборник материалов Всероссийской конференции по естественным и гуманитарным наукам с международным участием "Наука СПбГУ 2021", с. 32-33 (год публикации - 2022).

9. Плотников В.А. Выявление хромосомных перестроек в клетках линии эритробластов курицы HD3 методами Hi-C и FISH Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2022» / Отв. ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов, Е.А. Антипов, Е.И. Зимакова. [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, Стр. 1 (год публикации - 2022).

10. Плотников В.А., Маслова А.В., Нуриддинов М.А., Гридина М.М.,Фишман В.С., Красикова А.В. Применение методов Hi-C и FISH для выявления хромосомных перестроек в клетках линии эритробластов курицы HD3 Цитология, том 64, № 7, с. 634 (год публикации - 2022).

11. Родригес Рамос Хуан Себастьян Сопоставление A и B компартментов хроматина соматических клеток домашней курицы с доменами хроматина в хромосомах типа ламповых щеток с помощью FISH-картирования Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2022» / Отв. ред. И.А. Алешковский, А.В. Андриянов, Е.А. Антипов, Е.И. Зимакова. [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, P. 1-2 (год публикации - 2022).

12. Т. Куликова, А. Красикова RNA-FISH — on Lampbrush Chromosomes: Visualization of Individual Transcription Units CRC Press, Taylor & Francis Group, Cytogenetics and Molecular Cytogenetics, Chapter 26, p. 307-318 (год публикации - 2023).

13. Т. Куликова, А. Маслова, П. Старшова, Х. С. Родригес Рамос, А. Красикова Comparison of the somatic TADs and lampbrush chromomere-loop complexes in transcriptionally active prophase I oocytes Chromosoma, Том 131, номер 4 (год публикации - 2022).


Возможность практического использования результатов
В качестве объекта исследования в проекте выбрана домашняя курица (Gallus gallus domesticus), геном которой был первым среди расшифрованных геномов птиц. Принимая во внимание важность этого вида птиц как источника белковой пищи и доступность эмбрионов курицы для фундаментальных и прикладных исследований, результаты изучения организации генома курицы могут иметь широкое применение в сельском хозяйстве, развитии моделей биологии развития и заболеваний человека, сравнительной геномике, эволюционной биологии и систематике.