Аннотация результатов, полученных в 2019 году
Проект нацелен на изучение эффективности схемы «митомицин Ц и цисплатин» у больных BRCA1-ассоциированным распространенным раком яичника (РЯ) и в первый отчетный период включал работы по трем направлениям: 1) Проспективное рандомизированное исследование эффективности схемы «митомицин Ц и цисплатин» (MP) в сравнении со стандартной терапией «паклитаксел и карбоплатин» (TCbP) в неоадъювантном режиме у больных распространенным РЯ – носительниц мутаций в гене BRCA1 В период с июля 2019 года по май 2020 десять пациенток, у которых были выявлены патогенные варианты BRCA1, и которые соответствовали критериям включения в испытание, были рандомизированы в группу MP (n = 4) или TCbP (n = 6). На момент подачи отчета 6 из 10 пациенток уже прооперированы; получены опухолевые образцы до начала терапии и послеоперационные ткани. У двух пациенток из группы MP после 3 циклов предоперационной терапии был зарегистрирован полный регресс перитонеального карциноматоза. Ни у одной из шести пациенток из группы сравнения полного регресса карциноматоза не наблюдалось, более того, у одной из больных отмечено прогрессирование заболевания. Описан случай полного морфологического регресса опухоли у пациентки – носительницы патогенного аллеля гена BRCA2, которая получила экспериментальное лечение схемой MP. 2) Анализ феномена HRDness/BRCAness в ретроспективной коллекции образцов РЯ, которые подвергались стандартной неоадъювантной химиотерапии (НАПХТ) В первый год проекта начато формирование коллекции образцов ДНК, которые были подвергнуты таргетному анализу РЯ-ассоциированных соматических мутаций и анализу копийности (хромосомной нестабильности, CIN). Образцы опухолевой и нормальной ДНК получены от 55 пациенток; информативными (высокое содержание опухолевой ДНК в образце) было 43 случая. РЯ с данными по ответу опухоли на НАПХТ и продолжительности бесплатинового интервала были разделены на две группы – с хорошим и плохим ответом на первичное лечение. Как и ожидалось, в группе с хорошим ответом оказалось больше носителей наследственных мутаций BRCA1/BRCA2 (7/9 [78%] vs. 3/24 [13%], p < 0.001). Паттерн CIN, отражающий дефекты гомологичной репарации, HRDness, также был ассоциирован с лучшим ответом (5/5 [100%] vs. 3/17 [18%], p = 0.002). У 5 из 10 человек, опухоли которых характеризовались феноменом HRDness, не было выявлено наследственных мутаций BRCA1/BRCA2. Частота HRDness у пациенток без наследственных дефектов BRCA1/BRCA2 составила 5/23 (22%). Мы также обратили внимание на высокую частоту амплификаций гена CCNE1 в нашей серии – все они наблюдались в неблагоприятной группе и были взаимоисключающими с HRDness. Таким образом, данная альтерация может служить пригодным для рутинной диагностики маркером резистентности к терапии TCbP. 3) Ретроспективный анализ эффективности схемы «митомицин Ц и цисплатин» в лечении рекуррентного BRCA1-ассоциированного РЯ Мы проанализировали непосредственные и отдаленные результаты лечения 59 пациенток с мутациями BRCA1, которые получали системную терапию по поводу первого и второго рецидивов РЯ. 12 пациенткам была назначена схема «митомицин Ц и цисплатин» (MP), 47 пациенток получали обычные режимы терапии и были объединены в контрольную группу. Было показано, что режим MP статистически достоверно увеличивает медиану времени до прогрессирования (progression-free survival) (14.8 месяцев в группе MP vs. 4.8 месяцев в контрольной группе, p = 0.002, log rank test) при лечении вторых рецидивов. Кроме того, частота объективных ответов при назначении данной схемы была достоверно выше при лечении рецидивов, характеризующихся клинической платинорезистентностью. По результатам этого фрагмента проекта подготовлена публикация. Статья находится на рецензии в журнале Cancer Chemotherapy and Pharmacology.

Аннотация результатов, полученных в 2020 году
Проект направлен на оценку эффективности новой BRCA1-специфической комбинации препаратов для системной терапии рака яичника (РЯ) высокой степени злокачественности – митомицина Ц и цисплатина. Задачами второго этапа являлись: 1) продолжение набора первичных пациенток с наследственными мутациями BRCA1 в проспективное контролируемое испытание неоадъювантной схемы «митомицин Ц 10 мг/м2 + цисплатин 100 мг/м2»; 2) продолжение комплексного молекулярно-генетического исследования опухолевого материала пациенток из проспективного испытания; 3) разработка экспресс-теста на BRCAness (HRDness). В отчетный период был продолжен двухэтапный молекулярный скрининг наследственных мутаций у пациенток, которые обратились в НМИЦ онкологии для лечения впервые установленного РЯ. Среди 285 обследованных женщин выявлено 38 носительниц повторяющихся и редких патогенных аллелей BRCA1/BRCA2. Показания для проведения неоадъювантной полихимиотерапии (НАПХТ) были определены у 13 пациенток с мутациями BRCA1. Эти пациентки были рандомизированы в экспериментальную (n = 6) и контрольную (n = 7) группы, соответственно. Таким образом, на сегодня в группе «митомицин Ц плюс цисплатин» (MP) 11 пациенток, а в группе сравнения – «паклитаксел плюс карбоплатин» (TCbP) – 13 пациенток. В ходе испытания регистрировались следующие параметры: выраженность лечебного патоморфоза, ответ опухоли по критериям RECIST, изменение индекса перитонеального карциноматоза (оцениваемого до начала неоадъювантной терапии и по завершении), изменение уровня маркера CA-125, токсичность по шкале NCI CTC AE 4.0 (Common Terminology Criteria for Adverse Events v 4.0). Испытание зарегистрировано на ClinicalTrials.gov (NCT04747717: «Efficacy of Neoadjuvant Therapy With Cisplatin Plus Mitomycin C in BRCA1-Mutated Ovarian Cancer»). В 2020 году мы инициировали пилотное исследование оценки эффективности схемы MP у больных РЯ – носительниц мутаций BRCA2. На 1 мая 2021 года в исследование привлечено 2 пациентки, одна из которых уже завершила первичное лечение и находится в ремиссии в течение 9 месяцев, вторая пациентка прошла первый курс неоадъювантной терапии. Проспективное исследование дополняется данными расширенного молекулярного анализа: высокопроизводительного таргетного секвенирования соматических мутаций и оценкой статуса второй копии генов BRCA1/BRCA2 в опухоли до и после неоадъювантной терапии. В рамках настоящего проекта запланировано начало пилотного испытания схемы «митомицин Ц и цисплатин» у пациенток без мутаций BRCA1/BRCA2, однако демонстрирующих феномен BRCAness/HRDness в опухоли. Нетривиальной задачей при организации подобного исследования является создание экcпресс-теста на BRCAness, который мог бы быть выполнен в короткие сроки перед началом терапии. Для разработки такого теста мы сформировали коллекцию ретроспективного опухолевого материала от пациенток с серозными карциномами яичника высокой степени злокачественности, проанализировали его стандартным методом на наличие HRDness (таргетный genome-wide NGS-анализ SNP с определением HRD score), а затем выделили несколько качественных характеристик CNA (copy number alterations)-профилей, которые хорошо коррелировали с величиной HRD score и могли бы быть проанализированы методом digital droplet PCR. На сегодня мы протестировали комбинацию из нескольких CNA - перестроек 8q24, 13q, 22q – которая предсказывает HRD score > / = 42 с точностью 92.5%. В отчетный период мы опубликовали результаты ретроспективного анализа эффективности схемы «митомицин Ц и цисплатин» в лечении рекуррентного BRCA1-ассоциированного РЯ в издании Investigational New Drugs (Q1) [Gorodnova et al., 2020], а также представили в Cancer Chemotherapy and Pharmacology (Q1) на рецензию оригинальную статью об анализе BRCAness в контексте ответа на стандартную неоадъювантную терапию схемой «паклитаксел и карбоплатин».

Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Проект направлен на изучение эффективности комбинации митомицина Ц и цисплатина (MP) у пациенток с раком яичника – носительниц патогенных вариантов BRCA1, а также у пациенток с наследственными мутациями в других генах гомологичной рекомбинации (HR) и больных с серозными карциномами яичника высокой степени злокачественности с феноменом BRCAness («BRCA-подобность») в опухолевой ткани. В течение третьего этапа проекта планировалось: 1) проанализировать непосредственные результаты неоадъювантной терапии схемой MP у первичных пациенток с BRCA1-ассоциированным раком яичника в проспективном рандомизированном испытании (NCT04747717 “Проспективное рандомизированное исследование эффективности схемы «митомицин Ц и цисплатин» (MP) в сравнении со стандартной терапией «паклитаксел и карбоплатин» (TCbP) в неоадъювантном режиме у больных c распространенным BRCA-ассоциированным раком яичников”); 2) разработать экспресс-тест для анализа феномена BRCAness методом цифровой капельной ПЦР (ddPCR) и апробировать его для использования в рамках рутинного обследования пациенток перед стартом терапии; 3) инициировать пилотное испытание эффективности схемы MP vs. TCbP у пациенток без наследственных мутаций BRCA1/BRCA2 с феноменом BRCAness в опухоли. К концу третьего этапа проекта в проспективное испытание схемы MP vs. TCbP у носителей мутаций BRCA1 привлечено 34 пациентки с карциномами яичника высокой степени злокачественности. 18 пациенток включены в контрольную группу, которая получает стандартную неоадъювантную полихимиотерапию (НАПХТ) схемой «паклитаксел и карбоплатин». 16 пациенток рандомизированы в экспериментальную группу «митомицин Ц и цисплатин» (MP). Мы сравнили экспериментальную и контрольную группы в отношении непосредственных результатов НАПХТ, а именно: клинического ответа по RECIST, индекса перитонеального канцероматоза (PCI), степени лечебного патоморфоза. На сегодня еще не все пациентки завершили этап неоадъювантной терапии, поэтому данный анализ является предварительным. Так, в группе MP зарегистрирована бОльшая частота объективных клинических ответов (92% vs. 67%) и не было ни одного случая прогрессирования на НАПХТ. Уменьшение индекса перитонеального канцероматоза до 0 наблюдалось у 3/11 (27%) пациенток. При сравнении числа патоморфологических регрессов в группе MP 9/10 (90%) образцов остаточных тканей демонстрировали умеренный или выраженный регресс, тогда как в контрольной группе этот показатель составил 10/15 (67%) (p = 0.34). В целом, статистических достоверных различий между группами ни по одному из показателей выявлено не было. В ходе проекта нами также было организовано пилотное испытание схемы MP у пациенток с наследственными мутациями в гене BRCA2. BRCA2 – это еще один важный компонент системы гомологичной репарации. Гиперчувствительность к митомицину Ц характерна для лимфобластов, полученных от больных с анемией Фанкони, вызванной биаллельной инактивацией BRCA2. Представляется исключительно перспективным оценить эффект терапии митомицином у больных с раком яичника – носителей мутаций BRCA2. На сегодня в исследование включено 8 пациенток (6 – в контрольную группу TCbP и две – в группу MP). Все пациентки уже завершили этап НАПХТ: у 7/8 зарегистрирован объективный ответ по RECIST, включая один случай полного клинического регресса. В 4/8 (50%) наблюдался полный морфологический регресс опухоли в яичнике и сальнике, что для серозных карцином яичника является показателем значительной эффективности лечения. Выраженные клинические и морфологический регрессы наблюдались в обеих группах (у двух пациенток из группы MP и 5/6 пациенток из группы TCbP), что, вероятно, свидетельствует о крайне высокой чувствительности BRCA2-ассоциированных карцином яичника к платиносодержащей терапии и само по себе требует дальнейшего изучения. Образцы карцином пациенток, которые включаются во все испытания, подвергались молекулярному анализу с использованием таргетного секвенирования (165 опухоль-ассоциированных генов). Так, одно из наблюдений, которое также заслуживает дальнейшего изучения, - это потенциальная чувствительность опухолевых клеток с инактивирующими соматическими мутациями NF1 к платиносодержащей терапии: в двух случаях наблюдалась полная элиминация NF1-мутантных клеток после НАПХТ, еще в одной резидуальной опухоли с выраженным регрессом наблюдалась небольшая остаточная фракция клеток с мутацией. Часть работ третьего этапа касалась разработки экспресс-теста на основе цифровой капельной ПЦР для тестирования опухолевых тканей на предмет феномена BRCAness. Этот тест требовался для того, чтобы инициировать пилотное испытание комбинации митомицина Ц и цисплатина у пациенток без наследственных мутаций BRCA1/2, имеющих признаки дефицита гомологичной рекомбинации в опухолевой ткани. В частности, мы подобрали и синтезировали флуоресцентные зонды и олигонуклеотидные праймеры для 11 локусов (RDH10 (8q21), MYC (8q24), BRCA2 (13q13), TP53 (17p13), CHEK2 (22q12), BRD1 (22q13), CCNE1 (19q12), CSMD3 (8q23), MCPH1 (8p23), TMEM163 (2q21), BRCA1 (17q21)), оптимизировали условия ddPCR и адаптировали тест для использования в условиях рутинной диагностики. В отчетный период результаты, полученные в ходе проекта, были представлены конференциях ESMO 2021 и ESMO Immuno-Oncology Congress 2021. Опубликована статья в издании Cancer Chemotherapy and Pharmacology (Q1); в ней представлены результаты анализа феномена BRCAness (HRDness) в ретроспективной коллекции карцином яичника высокой степени злокачественности в контексте ответа на стандартную неоадъювантную терапию схемой «паклитаксел и карбоплатин». Подана заявка на патент «Способ диагностики карциномы яичника высокой степени злокачественности, чувствительной к BRCA-специфичным препаратам» (номер 2021128309/14(059840)). Принята статья в отечественное издание "Вопросы онкологии".