КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 21-15-00091

НазваниеПерсонализированное прогнозирование риска разрыва и тромбоэмболических осложнений у больных с аневризмой аорты при помощи высокопроизводительного численного моделирования гемодинамики и современных методов машинного обучения на реальных клинических данных

РуководительКарпенко Андрей Анатольевич, Доктор медицинских наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет", Новосибирская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 2021 г. - 2023 г. 

Конкурс№55 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины, 05-310 - Персонифицированная медицина

Ключевые словаАтеросклероз, аорта, аневризма, тромбоэмболия, биомеханика стенки сосуда, эндотелий, инсульт, инфаркт, высокопроизводительное численное моделирование гемодинамики, машинное обучение, нейронные сети, задача сегментации, прогнозирование рисков, вычислительная гидродинамика, предоперационное моделирование

Код ГРНТИ76.29.30


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
В последние годы наблюдается рост числа пациентов с атеросклеротическим поражением аорты и ее ветвей. Наиболее распространенными и клинически значимыми осложнениями течения атеросклероза являются холестериновые и тромботические эмболы, которые формируются при глубокой дистрофической дегенерации сосудистой стенки и повреждении ее эндотелиального слоя (Новикова и др. Архив патологии, 2013). Прогрессирующие дегенеративные изменения приводят не только к снижению тромборезистентности эндотелия, но и к изменению упруго-эластических свойств сосудистой стенки с постепенным расширением диаметра аорты и последующей трансформацией в аневризматическое поражение. Аневризма аорты является серьезным заболеванием, течение которого сопровождается множеством неблагоприятных последствий для здоровья пациента и зачастую заканчивается разрывом, приводящим у многих больных к летальным исходам. Выявляемость аневризмы аорты в разных исследуемых когортах колеблется от 3,2 до 6% населения (Erbel et al. European Heart Journal, 2014). Так, в исследовании, проведенном нами ранее (Чернявский, Карпенко и др. Сиб. мед. журнал, 2011) в Семейском регионе Казахстана, аневризмы брюшной аорты были выявлены у 5,1% обследованных лиц в возрасте старше 60 лет. При этом 98,1% аневризм были малого размера. Актуальность раннего выявления малых аневризм аорты с последующим активным наблюдением пациентов обусловлена с одной стороны целесообразностью планирования инструментального мониторинга ее роста, а с другой - существенно возрастающим риском развития неблагоприятных сердечно-сосудистых событий. Так частота развития острого инфаркта миокарда в десятилетний период наблюдения больных с малыми аневризмами составляет 38%, при риске разрыва аневризмы всего 2% (Freiberg et al., Circulation, 2008). Прогнозирование риска разрыва аневризмы у каждого конкретного больного и профилактическая коррекция факторов риска развития острого коронарного синдрома является очень важной задачей, от решения которой зависит как предотвращение сердечной смерти, так и оптимальная подготовка больных к возможной операции в связи с основным заболеванием. Необходимость выбора оптимальной тактики лечения обусловлена тем, что частота развития смертельных исходов при плановой коррекции аневризмы аорты не превышает 5%, а в случаях ее разрыва достигает 60-70% (Erbel et al. European Heart Journal, 2014). Помимо летальных исходов частота различного рода осложнений в послеоперационном периоде в отдельных популяциях больных имеет место в 70% наблюдений (Червяков и др. Вестник НМХЦ им. Пирогова, 2011). Высокая частота неблагоприятных клинических исходов как со стороны аневризмы, так и сердечно-сосудистой системы в целом делает очень важным вопрос определения целесообразности и своевременности планирования и проведения лечебных мероприятий для каждого конкретного пациента. Несмотря на существенный прогресс в инструментальной диагностике наличия и характера аневризматического поражения аорты, а также трехмерной реконструкции ее геометрии, окончательная причина роста и разрыва, а также формирования внутрипросветного тромбоза и холестериновых изменений стенки остаются не до конца ясными (Fillinger et al. J Vasc Surg, 2002; Barrett et al. J Vasc Surg, 2018; Haller et al. J Vasc Surg, 2018). Целью проекта является разработка комплексного подхода для предиктивного анализа и оценки динамики развития аневризматического поражения аорты, а также риска развития сопутствующих послеоперационных осложнений. Собранная за последние 10 лет база данных наблюдаемых и оперированных пациентов в Центре сосудистой и гибридной хирургии НМИЦ им. Е.Н. Мешалкина содержит более 600 случаев для исследования расширения брюшной аорты. Будут применяться как параметрическое высокопроизводительное численное моделирование гемодинамики, так и современные методы машинного обучения, в том числе, использующие эффективные подходы, основанные на глубоких (многослойных) нейронных сетях. Особый акцент будет сделан на определении геометрических характеристик внутренней поверхности аорты, которая во многом является индикатором рисков неблагоприятных осложнений хирургического вмешательства (Yokawa et al. The Journal of Thoracic and Cardiovascular Surgery, 2020). Наличие информации о локальных упруго-эластических характеристиках стенки аорты, полученных в ходе лабораторного эксперимента на передовой разрывной машине, а также использование пациент-специфических характеристик гемодинамики, получаемых в ходе допплерографии аорты у больных, позволят повысить достоверность как трехмерного, так и одномерного численного моделирования. Применение такого рода моделирования позволит построить цифровые двойники аорты в нормальном состоянии, а также в стадии с растущей аневризмой и формирующимся в ее просвете тромбом. Использование методов машинного обучения даст возможность разработать программы для определения степени эмбологенности внутреннего просвета аорты и оценить величину риска ее разрыва, при этом весь вся процедура будет занимать всего несколько часов, что позволит использовать их для проспективного клинического слепого анализа перед соответствующим хирургическим вмешательством. Направление исследований по данному проекту является приоритетным направлением из утвержденных Президентом РФ. Полученные результаты позволят разработать комплексную методику и персонифицированный алгоритм прогнозирования рисков разрыва и возникновения тромбоэмболических осложнений при аневризме брюшной аорты и других локализаций и реализовать его программно для конечного пользователя (хирурга).

Ожидаемые результаты
В результате комплексного исследования, включающего систематические клинические работы, параметрическое высокопроизводительное численное моделирование гемодинамики, построение упрощенных теоретических моделей и анализ результатов при помощи методов глубокого машинного обучения на базе нейронных сетей, для развития области персонализированной медицины будет разработана компьютерная программа оценки влияния упруго-эластических, геометрических и гидродинамических характеристик брюшной аорты, связанных с ростом ее поперечного диаметра у конкретного пациента. В основу исследования будут положены ретроспективные и проспективные данные результатов компьютерной томографии брюшной аорты и ультразвукового дуплексного сканирования, которые являются основными скрининговыми инструментальными методами обследования пациентов (Erbel et al. European Heart Journal, 2014, см. также российские рекомендации по лечению больных с аневризмами брюшной аорты, 2016). Будет исследована связь геометрических факторов (протяженность тромба, кривизна, плотность, упругость стенки, максимальная и минимальная величина касательных напряжений, энергия вязкой диссипации и др.) с особенностями роста аневризматического мешка и проявлениями предикторов возникновения так называемой “лохматой” аорты, которые указывают на высокий риск спонтанной и индуцированной хирургическими манипуляциями тромбоэмболии. Клинические проявления будут дополнены данными моделирования (одномерного и трехмерного на виртуальных цифровых двойниках), что позволит реализовать вычисления скорости роста аневризматического мешка, а также рассчитать величину риска эмбологенности аневризмы аорты при помощи алгоритмов машинного обучения. На текущий момент, несмотря на большое количество результатов в литературе, связанных с обработкой снимков компьютерной томографии и численным моделированием, эти задачи не имеют конкретного практического решения, поскольку, зачастую, описанные выше работы не выполняются в тесном контакте между медицинским партнером и группой моделирования. Треть нашего междисциплинарного коллектива составляют ведущие российские специалисты, занимающиеся скринингом, наблюдением и хирургическим лечением аневризмы аорты, которая тесно взаимодействует со специалистами в области математического моделирования и машинного обучения, признанными на мировом уровне в области биомедицинской инженерии,что гарантирует выполнение поставленных целей. Полученные результаты данного проекта будут иметь высокий мировой уровень, а некоторые аспекты являться пионерскими. Разработанная компьютерная программа позволит определять зоны наибольшей эмбологенности аорты, включая геометрические характеристики внутреннего просвета аорты, что будет непосредственно использовано в клинической практике уже в ходе выполнения данного проекта. Построенная и протестированная на данных инструментальных обследований объемом порядка 600 пациентов с различной степенью аневризматического расширения аорты программа позволит определить оптимальную лечебную тактику ведения каждого конкретного пациента, получить прогноз скорости роста аневризмы аорты и частоту развития эмболических осложнений, определить критические зоны аорты, имеющие наибольшую эмболоопасность при внутрисосудистых и внесосудистых вмешательствах у каждого конкретного больного. На основании математического моделирования планируется построить трехмерную реконструкцию аорты и рассчитать гемодинамические характеристики с выделением участков наибольшей эмболоопасности и разрыва. В конечном итоге это будет способствовать усовершенствованию технологии канюляции аорты, режимов вспомогательного и искусственного кровообращения, выбору оптимальной зоны пережатия аорты, места и последовательности формирования анастомозов при открытой хирургии аорты. При помощи разработанной программы будет определяться целесообразность предоперационной подготовки больных для стабилизации атероматозных и тромботических масс перед внутрисосудистыми операциями, а именно, стентирования сонных артерий, трансаортальной имплантации клапанов сердца, эндопротезирования аорты, а также применения внутрисосудистых устройств для профилактики интраоперационной эмболии жизненно-важных органов (головной и спинной мозг, почки, печень, кишечник). Будут выявлены пациенты с риском прогрессирования пристеночного тромбообразования и дилатации аорты для выработки более агрессивных показаний к ранней хирургической коррекции, включая имплантацию стент-графтов. Результатом проекта будет внедрение описанных инновационных алгоритмов в клиническую практику, что позволит снизить риски интра и ранней послеоперационной летальности у больных. Профилактика тромбоэмболических осложнений в критические органы, такие как мозг, почки и висцеральные органы, позволит не только снизить риски развития осложнений в ближайшие послеоперационные сроки, но и предотвратить появление других инвалидизирующих осложнений у больных в отдаленные сроки наблюдения. Фактическое удешевление стоимости лечения пациентов при помощи ранней помощи, назначение которой будет дано прогностической моделью, будет также иметь и существенный экономический эффект. Кроме того, предложенная методология работы с пациентами может быть перенесена на другие медицинские центры, что позволит мультиплицировать положительный эффект от выполнения данного проекта.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
Клинически изучены долгосрочные предикторы послеоперационных осложнений у больных с эндопротезированием аорты. Разработана методика оценки эмболоопасности внутренней стенки аорты при открытой и эндоваскулярной ее коррекции. Были исследованы ткани аорты и окружающих сосудов более чем тридцати пациентов. Была рассмотрена о течении крови через бифуркацию аорты в двух топологически различных идеализированных постановках. Для них было показано, что при достижении аневризмы размером около 9 см в диаметре, функция, описывающая мощность вязкой диссипации, теряет свойство монотонности, что можно трактовать как некоторый предел эффективной компенсации организма при помощи раздутия аневризмы и близящийся разрыв. Была дана оценка закону Мюррея, который повсеместно используется во многих работах без конкретных отсылок к проверке его выполнения. Показано, что при использовании показателя равного 3 в этом законе среднее отклонение в значении “предсказанного” по закону диаметра аорты от фактического измеренного у конкретных пациентов составляет около 20%. Наилучшее приближение достигается при показателе около 2.75. Получены первые результаты изменения упруго-эластических свойств стенки аорты в зоне ее аневризматической трансформации путем анализа ультразвуковых “спекл-трекингов”. При помощи традиционных подходов, а также методов машинного обучения разработаны модули программного комплекса для автоматической сегментации, трехмерной реконструкции и анализа важных геометрических и гемодинамических параметров аневризмы брюшной аорты.

 

Публикации

1. Липовка А.И., Карпенко А.А., Чупахин А.П., Паршин Д.В. Исследование прочностных свойств сосудов абдоминального отдела аорты: результаты экспериментов и перспективы Прикладная механика и техническая физика, – 2022. – Т. 63. – №. 2. – С. 84-93 (год публикации - 2022)

2. Попова И.В., Игнатенко П.В., Рабцун А.А., Саая Ш.Б., Бугуров С.В., Соборов М.А., Попов В.В., Дюсупов А.А., Карпенко А.А. Результаты эндопротезирования аневризмы брюшной аорты Ангиология и сосудистая хирургия, Т. 27, №4, 1-10 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.33529/ANGIO2021402


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Впервые разработана методика ультразвуковой оценки упруго-эластических свойств внутрипросветных тромбомасс в аневризме аорты. Определено их влияние на формирование деформации аневризматически измененной сосудистой стенки. Результаты сопоставлены с прочностью аорты при испытаниях на разрывной машине. В дальнейшем при накоплении клинических наблюдений, будут определены ультразвуковые критерии риска разрыва патологически измененной сосудистой стенки. На основании анализа частоты развития интраоперационных клинических и субклинических тромбоэмболических осложнений у конкретного больного проведен машинный анализ объема и плотности пристеночных тромбомасс, объема кальцинатов сосудистой стенки и степени контрастирования просвета аневризмы. Эти данные, вместе с оценкой контрастирования внутренней границы сосудистого просвета будут положены в основу разработки алгоритма нестабильной аорты. При внедрении в практику машинного определения нестабильной аорты, а также картирования ее внутреннего просвета удастся оптимизировать тактику и технику хирургического лечения больных для снижения риска интраоперационных эмболических осложнений. Впервые разработан алгоритм машинного анализа геометрии проксимальной посадочной зоны стен-графта. Его сопоставление с частотой развития эндопротечек 1а типа позволит разработать машинные прогностические критерии неблагоприятной проксимальной шейки аневризмы для ее эндопротезирования.

 

Публикации

1. Тихвинский Д.В., Мержоева Л.Р., Чупахин А.П., Карпенко А.А и Паршин Д.В. Computational analysis of the impact of aortic bifurcation geometry to AAA haemodynamics Walter de Gruyter GmbH, Т. 37, №. 5, С. 311-329 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1515/rnam-2022-0026

2. Федотова Я.В., Епифанов Р.Ю., Карпенко А.А. и Мулляджанов Р.И. Automatically hemodynamic analysis of AAA from CT images based on deep learning and CFD approaches IOP Publishing, Т. 2119, №. 1, С. 012069 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1088/1742-6596/2119/1/012069

3. - Найден способ предсказывать сердечные патологии у пациентов с аневризмой Федеральное государственное унитарное предприятие «Информационное телеграфное агентство России (ИТАР-ТАСС)», - (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
В отчетный период 2023 года в ходе выполнения проекта выполнялись работы по отысканию предикторов разрыва аневризмы брюшной аорты (АБА), а также возникновения послеоперационных осложнений, в том числе с использованием методов машинного обучения. Как и в предыдущие годы проект выполнялся по трем основным направлениям: клиническая часть, лабораторная и численное моделирование в сочетании с разработкой нейронных сетей для обработки медицинских изображений. Описанные блоки работы выполнялись в тесном контакте друг с другом. Так клиническая часть исследования поставляла образцы для исследования их на разрыв и на вязко-упругие характеристики, поставляла медицинские изображения для их анализа третьим блоком исследователей. Поскольку третий год являлся финальным годом выполнения проекта коллектив максимально сосредоточил свои усилия на получении конкретных вышеописанных предикторов, а также описании новых фундаментальных вспектов механики АБА. Так был разработан и протестирован на клинических случаях алгоритм построения тепловой карты “лохматости” аорты. К преимуществам разработанного алгоритма относятся его применимость к оценке лохматости любых сегментов аорты, возможность параллелизации, что имеет важное значение для оценки лохматости длинных сосудистых участков. Непосредственным назначением этого алгоритма является оценка риска возникновения тромбоэмболических осложнений. На данном этапе получена приблизительная количественная оценка этого предиктора, а по результатам работы опубликована статья. В связи с пониманием важности учета в механики АБА внутрипросветных тромбомасс была оценена важность симметрии расположения тромбомасс относительно центральной оси аорты и позвоночника. Впервые с помощью численного моделирования было показано, что в случае асимметричного тромба и когда он занимает 60-80% просвета, в нем возникают разнонаправленные напряжения, способствующие его разрушению и, как следствие, тромбоэмболическим осложнениям у пациентов. Что касается механики стенки АБА, то впервые были сопоставлены деформации образцов стенки аорты in vivo по данным методики УЗИ speckle tracking и результатов тестов на разрыв на одноосной машине Instron 5944. Оказалось, что результаты кластеризуются на две характерные группы с отрицательной связью между величинами напряжений для образцов, где предельные напряжения превышают физиологические и с положительной связью, где физиологические превышают (!!!) предельные. Причем, как оказалось группа последних образцов значительно больше по мощности (количеству образцов) первой. Это свидетельствует о существенной важности рассмотрения полного комплекса стенка-внутрипросветный тромб. Проводилось и теоретическое исследование поведения стенки такого сосуда, как аорта в приближении одномерной гемодинамики, где стенка сосуда представлялась оболчкой Койтера. Была показана связь между комплексом гидродинамических характеристик потока и прочностных характеристик стенки, которая выражается в типе особых точек динамической системы, описывающей рассмотренную модель. Этот факт упрочняет представление о существенной важности рассмотрения гидро-упругой постановки задачи гемодинамики аорты. По направлению обработки медицинских изображений пациентов с АБА разработаны алгоритмы для автоматического расчета геометрических параметров аорты, на их основе выявлен новый предиктор протечек проксимальной зоны соединения стент-графта с шейкой аневризмы: отклонение не шейки, а угол отклонения шейки от анатомической оси позвоночника. Кроме того разработан алгоритм расчета локального роста АБА, основанного на регистрации пар КТ-изображений в динамике с помощью нейронной сети HyperMorph. Важными для выполнения всего проекта являются разработанные модули программного комплекса ААА, позволяющие автоматически выполнять сегментацию КТ-снимков, 3D-реконструкцию геометрии аневризмы, расчет гемодинамики в приближении жестких стенок, а также расчет важных морфологических признаков аневризмы и локальной скорости роста. С помощью разработанного комплекса выполнены оценки объемов внутрипросветных тромбомасс, расчеты гемодинамических, геометрических параметров, а также распределения локального роста аневризмы (для 40 пациентов, имеющих парные КТ-снимки в динамике). Найдены пространственные корреляции в области аневризмы между распределениями TAWSS, толщин тромбомасс, диаметров и локального роста аневризмы.

 

Публикации

1. Борисова К.А., Федотова Я.В., Карпенко А. А., Мулляджанов Р.И. Localized growth distribution on the abdominal aortic aneurysm surface using deep learning approaches E3S Web of Conferences, Article number 02006, Volume 459, 5 p (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/e3sconf/202345902006

2. Васюткин С.А., Чупахин А.П. Traveling waves in hemodynamic equation with the Koiter shell Mathematical Modelling of Natural Phenomena, - (год публикации - 2024) https://doi.org/10.1051/mmnp/2023032

3. Епифанов Р.Ю., Никитин Н.А., Рабцун А.А., Курдюков Л.Н., Карпенко А.А., Мулляджанов Р.И. Adjusting U-Net for the aortic abdominal aneurysm CT segmentation case Компьютерная оптика, - (год публикации - 2024)

4. Осипова О.С., Рабцун А.А., Ефимова-Сякина К.А., Чебан А.В., Гостев А.А., Саая Ш.Б., Игнатенко П.В., Карпенко А.А. Ранние и среднесрочные результаты эндопротезирования аневризм брюшной аорты с неблагоприятной анатомией проксимальной зоны фиксации эндографта. Ангиология и сосудистая хирургия. Журнал имени академика А.В. Покровского, - (год публикации - 2023)

5. Федотова Я.В., Амелина Е.В., Мулляджанов Р.И., Карпенко А.А. Алгоритм оценки лохматости просвета брюшной аорты на основе трехмерного анализа морфологии Прикладная механика и техническая физика, - (год публикации - 2024)

6. Федотова Я.В., Епифанов Р.Ю., Волкова И.И., Маус М.С., Никитин Н.А., Айвазов С.А., Хребтов М.Ю., Карпенко А.А., Мулляджанов Р.И. Персонализированное численное моделирование гемодинамики аневризмы брюшной аорты: анализ чувствительности к входным граничным условиям Теплофизика и аэромеханика, - (год публикации - 2024)


Возможность практического использования результатов
Критерий лохматости будет внедрен в клиническую практику для анализа факторов возникновения тромбоэмболических осложнений и характера течения атеросклероза. Выявлен новый маркер и будет внедрена новая программа оценки риска тромботических осложнений при эндопротезировании аорты. Будут использованы в клинической практике новые критерии возникновения тромбоэмболических осложнений пациентов с АБА и несимметричными внутрипросветными тромбомассами, дальнейшее клиническое наблюдение пациентов с особым строением зоны бифуркации аорты позволит скорректировать протокол клинических наблюдений таких пациентов с целью предотвращения развития сопутствующих сердечных патологий с ростом аневризмы у них.