КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 18-73-10156

НазваниеРазработка высокоактивных соединений против резистентных форм туберкулеза с новым механизмом действия

РуководительРубцов Александр Евгеньевич, Кандидат химических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Пермский государственный национальный исследовательский университет", Пермский край

Период выполнения при поддержке РНФ 07.2021 - 06.2023 

Конкурс Конкурс на продление сроков выполнения проектов, поддержанных грантами Российского научного фонда по мероприятию «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными (30).

Область знания, основной код классификатора 03 - Химия и науки о материалах, 03-103 - Синтез, строение и свойства природных и физиологически активных веществ; медицинская химия и прогнозирование различных видов биоактивности

Ключевые словатуберкулез, терпены, асимметрический синтез, микобактерии

Код ГРНТИ31.23.17


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Одной из фундаментальных проблем в области научных исследований, направленных на решение задач повышения уровня здоровья населения, является снижение уровня заболеваемости и смертности от социально опасных инфекций, среди которых первое место по этим показателям занимает туберкулез. По статистике 2019 года в России 13% заболевших имели туберкулёз с множественной лекарственной устойчивостью (Эпидемическая ситуация по туберкулезу в Российской Федерации: Основные показатели по туберкулезу за 2019 год // Федеральный центр мониторинга противодействия распространению туберкулеза в РФ. – 2020). Однако не менее, а может быть, и более важной проблемой, связанной с этой инфекцией, является то, что ее возбудитель обладает исключительной способностью к персистенции, что придает ему высокую степень физиологической толерантности к воздействию антибиотиков. Это является причиной того, что до 90% всех случаев туберкулеза представлено латентной инфекцией, ответственной за рецидивы заболевания в 20% всех случаев. Высокий уровень персистенции микобактерий поддерживает выживание бактериальной популяции, создавая резервуар, расширяющий окно возможностей для появления более редких наследственно закрепленных мутаций резистентности к антибиотикам. Таким образом, персистенцию можно рассматривать как первый этап на пути появления наследственно закрепленных признаков. Исходя из этого, разработка эффективных средств подавления персистенции представляется одним из наиболее перспективных подходов к предотвращению распространения рецидивирующей и полирезистентной форм инфекции. Проект носит междисциплинарный характер основными составляющими которого служат органический синтез и микробиологические исследования. Проект направлен на поиск новых высокоэффективных противотуберкулезных веществ. Ранее в проекте нами были получены результаты, которые являются прорывными, не имеющими аналогов, поэтому требуют дальнейшего углубленного изучения. В частности, нами было установлено вещество, блокирующее активность алармонсинтетаз. Что в свою очередь приводит к невозможности переходить бактериальной клетке в персисторное состояние, ответственное в том числе, за множественную лекарственную устойчивость антибиотиков. В ходе выполнения проекта планируется провести эксперименты по дополнительному доказательству центра связывания в белках, поиски других алармонсинтетаз. Помимо этого, при наличии вещества лидера (или хита) планируется провести его модификацию используя довольно стандартные процедуры медицинской химии, начиная с докинга и синтеза, заканчивая исследованиями биологической активности. Одновременно планируется разрабатывать технологию высокопроизводительного скрининга других веществ, которая позволит быстро проверять библиотеки соединений на наличие столь важного вида активности. Так же будут продолжены работы по полному синтезу, других близких по биосинтетическому пути соединений. Ранее в проекте мы получили доступ к асимметрическим основаниям Льюиса, при использовании которых в качестве катализаторов были получены прекрасные результаты в асимметрическом синтезе, нами планируется продолжить данные работы Таким образом в процессе решения главной практической задачи проекта, а именно создания терапевтического препарата против туберкулеза с новым механизмом действия, отличающимся от используемых в медицинской практике лекарств, планируется решить ряд задач практического и фундаментального характера, как в области органического синтеза, так и микробиологии. Актуальность предполагаемого исследования для РФ и мирового сообщества в целом наиболее четко была сформулирована в речи президента РФ В.В. Путина: «По оценкам экспертов, сегодня туберкулёзом инфицировано – просто страшно называть эту цифру – около трети населения планеты. …. Хотел бы сообщить, что снижение смертности от туберкулёза входит у нас в число государственных приоритетов – наравне со снижением смертности от сердечно-сосудистых заболеваний и от онкологических заболеваний. …. Вместе с тем для того, чтобы добиться коренного перелома в борьбе с этой болезнью, необходимы, безусловно, новые подходы как на национальном, так и на международном уровне, совместная работа правительственных структур, общественных, профессиональных организаций. …. Другим важным фактором успеха является интенсификация научных исследований в области туберкулёза, разработка эффективных средств диагностики, вакцин, лекарств, в том числе направленных на лечение устойчивых к существующим препаратам форм туберкулёза.» Из выступления Президента Российской Федерации В.В. Путина от 16 ноября 2017 года 14:00 Москва (http://www.kremlin.ru/events/president/news/56107) Важно отметить, что предлагаемый исследовательский проект является весьма инновационным, поскольку он создает новые знания в междисциплинарной науке и решает важные практические проблемы

Ожидаемые результаты
Область решения фундаментальных задач в рамках выполнения проекта продления включает в себя получение новых знаний о механизмах персистообразования у микобактерий, в том числе тех, которые обусловлены участием стринджент факторов и их продукта (p)ppGpp в этом процессе, а также вклад малых алармонсинтетаз (SAS) в этот процесс. Полученная при этом информация будет использована для выполнения прикладных задач, направленных на выбор наиболее эффективного средства подавления персистенции у микобактерий, поученного на базе терпеноидных метаболитов морского происхождения. Сходство строения активных центров белков-мишеней для этих соединений создает реальную перспективу получения продукта, обладающего универсальной активностью одновременно против обоих классов алармонсинтетаз, а также поиск дополнительных мишеней DMNP, ответственных за вклад в общий уровень персистообразования у микобактерий. Это представляет собой одну из задач, на решение которой направлен проект-продление, предназначением которого является разработка новых эффективных средств подавления персистенции, химически синтезированных на основе структуры природных дитерпенов морского происхождения. В ходе реализации предложенного ранее проекта с учетом его дальнейшей реализации планируется получение следующих основных результатов: 1. Будет проведена оптимизация структуры активного вещества, обладающее противомикобактериальной активностью в отношении устойчивых к антибиотикам штаммов. До сих пор средства, обладающие бактерицидным действием в отношении персисторных форм микобактерий, не разработаны, и, соответственно, невозможность их использования в клинической противотуберкулезной практике не позволяет снизить высокий уровень смертности от этой инфекции. Таким образом, полученный результат будет иметь не только важное научное значение для мировой научной общественности в области медицинской микробиологии, но и позволит приблизиться к решению практических задач, направленных на борьбу с туберкулёзом. Помимо этого, при успешном развитии результатов, проект может иметь неплохой экономический эффект в виде производства и реализации востребованного лекарственного препарата. 2. Будет создана технология для отбора соединений, способных специфически взаимодействовать с продуктами генов, ответственными за формирование персистенции и биопленкообразования. В том числе использование белков – продуктов персисторных генов микобактерий позволит определения их биохимической активности in vitro с целью отбора соединений, способных наиболее эффективно подавлять персистообразующую активность, что может быть применено в высокотехнологическом скрининге библиотек соединений. 3. Будут разработаны новые методологии органического синтеза, открывающие доступ к коротким синтезам необходимых соединений. В частности, разработанные схемы построения дитерпенов морского происхождения позволят осуществлять полный синтез необходимых структур, для которых найден широкий спектр биологической активности, но которые в силу малой доступности остаются малоизученными. Разработанные методы асимметрического синтеза также облегчат синтез веществ с заданной стереоконфигурацией атомов. Таким образом, будут получены результаты мирового уровня, представляющие интерес как с точки зрения фундаментальной науки, так и с точки зрения практического применения Исследования, проведенные в рамках проекта 2018 – 2021, а также результаты, опубликованные в ходе его выполнения, включая 4 из них, относящихся к категории Q1, свидетельствует о высоком мировом уровне полученных данных, что подтверждает перспективность продолжения начатых исследований в проекте продления для плодотворного завершения начатых исследований.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
1. По результатам использования алгоритма выравнивания аминокислотных последовательностей BLASTp белков M. tuberculosis и M. smegmatis обнаружены (p)ppGpp синтетазы, из которых одна длинная алармонсинтетаза RelMtb (локус WP_070892066 и другие) и одна малая алармонсинтетаза Rv1366 (локус WP_161551590 и другие) отнесены к белкам M. tuberculosis, тогда как длинная алармонсинтетаза RelMsm (локус WP_003894345), малая алармонсинтетаза RelZ и ПНФаза принадлежат M. smegmatis. С помощью генно-инженерного конструирования нами были получены плазмиды, содержащие вставки генов, кодирующих белки-мишени DMNP. По результатам электрофореза в полиакриламидном геле белков-продуктов экспрессии плазмидных конструкций, сделан вывод о возможности их использования в качестве инструмента для наработки белков и последующего их получения в чистом виде. С помощью созданных нами конструкций выделены в чистом виде белки алармонсинтетазы RelNTD и RelZ. Показано, что на данный момент DMNP является единственным описанным ингибитором обоих типов (p)ppGpp синтетаз. На основе прогнозирования возможных химических модификаций ранее синтезированного аналога дитерпеноида морского происхождения DMNP создана виртуальная библиотека соединений - ингибиторов персистенции микобактерий. По результатам виртуального скрининга производных DMNP выявлены химические структуры наиболее перспективных кандидатов, потенциально более эффективных по сравнению с DMNP и начат их синтез. Отработан ряд новых синтетических методологий

 

Публикации

1. Хаова Е.А., Кашеварова Н.М., Ткаченко А.Г. Регуляторный эффект полиаминов и индола на экспрессию генов адаптации к стрессу у Escherichia coli Acta Biomedica Scientifica, - (год публикации - 2022)

2. Хаова Е.А., Кашеварова Н.М., Ткаченко А.Г. Гибернация рибосом – молекулярная стратегия выживания бактерий Прикладная биохимия и микробиология, 2022, T. 58, № 3, стр. 211-231 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.31857/S0555109922030060

3. Ваганов В.Ю., Рубцов А.Е., Малков А.В. Optimization of catalyst structure for asymmetric allylation-type reactions of functionalized trichlorosilanes with aromatic aldehydes Сборник тезисов V Международной научно-практической конференции «Современные синтетические методологии для создания лекарственных препаратов и функциональных материалов» (MOSM 2021),, OR-65 (год публикации - 2021)

4. Васильева А.Ю., Лесницер Ю.А., Денисова Е.И., Рубцов А.Е. SYNTHESIS OF NOVEL EFFECTIVE (p)ppGpp PRODUCERS’ INHIBITORS VI СЕВЕРО-КАВКАЗСКИЙ СИМПОЗИУМ ПО ОРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ (СТАВРОПОЛЬ, 18-22 АПРЕЛЯ 2022 г.) - СТАВРОПОЛЬ: СКФУ, 2022. - 273 с., c.225 (год публикации - 2022)

5. Рубцов А.Е. NEW AXIALLY CHIRAL BIPYRIDINES AND THEIR APPLICATION IN ASYMMETRIC CATALYSIS VI СЕВЕРО-КАВКАЗСКИЙ СИМПОЗИУМ ПО ОРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ (СТАВРОПОЛЬ, 18-22 АПРЕЛЯ 2022 г.) - СТАВРОПОЛЬ: СКФУ, 2022. - 273 с., c. 127 (год публикации - 2022)

6. Сидоров Р. Ю., Ахова А. В., Кашеварова Н. М., Ткаченко А. Г. Синтетический аналог природного соединения эрогоргиаена является ингибитором алармон синтетаз и подавляет персистенцию микобактерий -й Российский микро Псков, 26 сен. – 1 окт. 2021 г.) : материалы конгресса, стр. 117 (год публикации - 2021)

7. Сидоров Р.Ю., Ткаченко А.Г. Анализ ферментативной кинетики алармон синтетазы микобактерий при воздействии ингибитора персистенции Фундаментальные и прикладные аспекты биоинформатики, биотехнологии и недропользования, 129-132 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.17072/fpabbn-2021

8. Хаова Е.А., Кашеварова Н.М., Ткаченко А.Г. Влияние индола на экспрессию факторов стрессорного ответа Escherichia coli Фундаментальные и прикладные аспекты биоинформатики, биотехнологии и недропользования / гл. ред. А. А. Елькин; отв. ред. М. Я. Лямин; Пермский государственный национальный исследовательский университет. – Пермь, 2021. – 183 с, с.164-166 (год публикации - 2021)

9. Хаова Е.А., Ткаченко А.Г. Регуляторный эффект полиаминов на транскрипцию генов адаптации к стационарной фазе Escherichia coli тезисы докладов Второй Всероссийской научной конференции с международным участием «Механизмы адаптации микроорганизмов к различным условиям среды обитания», Иркутск – Байкал, 28 февраля – 6 марта 2022 г, с.101-103 (год публикации - 2022)

10. Цыганов И. В., Сидоров Р. Ю., Нестерова Л. Ю., Ткаченко А. Г. СИНТЕТИЧЕСКИЙ АНАЛОГ МЕТАБОЛИТА МОРСКИХ КОРАЛЛОВ ПОДАВЛЯЕТ ОБРАЗОВАНИЕ БИОПЛЕНОК МИКОБАКТЕРИЯМИ -й Российский микро Псков, 26 сен. – 1 окт. 2021 г.) : материалы конгресса, стр. 122 (год публикации - 2021)

11. Цыганов И.В., Ткаченко А.Г Участие полиаминов в регуляции скольжения Mycolicibacterium smegmatis в присутствии антибиотиков тезисы докладов Второй Всероссийской научной конференции с международным участием «Механизмы адаптации микроорганизмов к различным условиям среды обитания», Иркутск – Байкал, 28 февраля – 6 марта 2022 г., с.106-109 (год публикации - 2022)

12. - ПЕРМСКИЕ ХИМИКИ ОБНАРУЖИЛИ НОВОЕ ВЕЩЕСТВО, КОТОРОЕ ПОМОЖЕТ В БОРЬБЕ С ТУБЕРКУЛЕЗОМ« Научная Россия (https://scientificrussia.ru/), - (год публикации - )

13. - Пермские ученые нашли вещество, помогающее снизить риск рецидива туберкулеза Интерфакс, - (год публикации - )

14. - Химики Пермского университета обнаружили новое вещество, которое поможет в борьбе с туберкулезом Комсомольская правда, - (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
В данном периоде проведены исследования механизма действия и реализованы первые этапы оптимизации соединения 4-(4,7-диметил-1,2,3,4-тетрагидронафталин-1-ил)пентановой кислоты (DMNP), синтетического аналога дитерпеноида эрогоргиаена природного происхождения. В ходе анализа ферменативной кинетики длинного гомолога RelA/SpoT RelMsm и малой алармонсинтетазы RelZ из Mycolicibacterium smegmatis определен неконкурентный тип ингибирования, свойственный DMNP. Эти результаты отличают его от других ингибиторов алармонсинтетаз, описанных в научной литературе, которые имеют конкурентный или смешанный тип ингибирования. В результате экспериментов по влиянию DMNP на очищенную (p)ppGpp-синтетазу RelMtb из Mycobacterium tuberculosis обнаружена ингибиторная активность и определена концентрация полумаксимального ингибирования. Комбинированное применение DMNP в комплексе с традиционными антибиотиками приводит к усилению антибактериального эффекта, наиболее заметному при переходе клеток в стационарную фазу, что может иметь клиническое значение при разработке новых схем лечении туберкулезной инфекции. Ранние доклинические исследования, проведенные на лабораторных мышах в качестве экспериментальной модели, продемонстрировали подавление способности микобактериальных клеток переходить в состояние персистенции и выживать в присутствии клинически используемых антибиотиков при пероральном введении DMNP. Также разработан асимметрический синтез ацетилколчинола и доработаны до публикации две асимметрические методологии.

 

Публикации

1. Ду И, Лунга А, Рубцов А.Е., Малков А.В. Short electrochemical asymmetric synthesis of (+)-N-acetylcolchinol Green Chemistry, 24 (18), pp. 7220 - 7226 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1039/d2gc02321k

2. Сидоров Р.Ю., Маркелова Е.И., Ткаченко А.Г. Alarmone Synthesis Inhibition as a New Strategy for Tuberculosis Treatment Lecture Notes in Networks and Systems, 622, pp. 1–10, 2023. (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1007/978-3-031-28086-3_42

3. Сидоров Р.Ю., Ткаченко А.Г. DMNP, a Synthetic Analog of Erogorgiaene, Inhibits the ppGpp Synthetase Activity of the Small Alarmone Synthetase RelZ BIO Web Conf., том 57, 08002 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/bioconf/20235708002

4. Хаова Е.А., Ткаченко А.Г. The Influence of Polyamines on the Expression of Escherichia Coli Ribosome Hibernation Factor Raia BIO Web of Conferences, том 57, 02001 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/bioconf/20235702001

5. Цыганов И. В., Ткаченко А.Г. Влияние биогенных полиаминов на скольжение микобактерий в присутствии антибиотиков Вавиловский журнал генетики и селекции, 26(5), 458-466 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.18699/VJGB-22-56

6. Цыганов И.В., Ткаченко А.Г. Effect of Exogenous Spermine on Biofilm Formation in Mycobacteria by Stimulating the Synthesis of Glycopeptidolipids BIO Web of Conferences, том 57, 02002 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/bioconf/20235702002

7. Ваганов В.Ю., Рубцов А.Е. ALLYLTRICHLOROSILANES IN ASYMMETRIC SYNTHESIS III Научная конференция с международным участием «ДИНАМИЧЕСКИЕ ПРОЦЕCСЫ В ХИМИИ ЭЛЕМЕНТООРГАНИЧЕСКИХ СОЕДИНЕНИЙ», посвященная 145-летию со дня рождения академика А.Е. Арбузова (Казань, 2022): тезисы докладов., с.64 (год публикации - 2022)

8. Рубцов А.Е. ELECTROCHEMICAL ASYMMETRIC SYNTHESIS OF (+)-N-ACETYLCOLCHINOL VI Международная конференция «Современные синтетические методологии для создания лекарственных препаратов и функциональных материалов» (MOSM 2022) Екатеринбург, 7–11 ноября 2022 года СБОРНИК ТЕЗИСОВ, I-1 (год публикации - 2022)

9. - ПЕРМСКИЕ ХИМИКИ ОБНАРУЖИЛИ НОВОЕ ВЕЩЕСТВО, КОТОРОЕ ПОМОЖЕТ В БОРЬБЕ С ТУБЕРКУЛЕЗОМ Информация взята с портала «Научная Россия» (https://scientificrussia.ru/) ИНФОРМАЦИОННый ПОРТАЛ «НАУЧНАЯ РОССИЯ», - (год публикации - )


Возможность практического использования результатов
Результаты проекта имеют большое практическое значение. В результате выполнения проекта охарактеризовано вещество, способное подавлять персистентные формы микобактерий, препятствовать переходу микобактерий в дормантное состояние и установлен механизм его действия. Таким образом, возможно его использование при лечении туберкулеза, вызванного штаммами с множественной лекарственной устойчивость. С учетом высокой социальной значимости данного заболевания в мире и особенно в России, выпуск лекарств для лечения туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью не только внесет свой вклад в развитие фармацевтической отрасли РФ и, соответственно, в экономический рост, но и будет решать важную социальную проблему. Помимо этого, разработана технология скрининга новых потенциальных кандидатов, с возможностью закрепить отчищенную алармонсинтетазу на твердой подложке для использования в системах высокопроизводительного скрининга. Так же были разработаны методологии органического синтеза, которые в ряде случаев могут найти свое применение в промышленном синтезе энантиообогащенных субстанций, благодаря использованию дешевых трихлорислановых реагентов.