КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 17-74-30030

НазваниеФакторы, участвующие в поддержании редокс-баланса клетки, как мишени для антибактериальной терапии

РуководительМиронов Александр Сергеевич, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук, г Москва

Период выполнения при поддержке РНФ 2021 г. - 2023 г. 

Конкурс Конкурс на продление сроков выполнения проектов, поддержанных грантами Российского научного фонда по мероприятию «Проведение исследований научными лабораториями мирового уровня в рамках реализации приоритетов научно-технологического развития Российской Федерации» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными.

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-208 - Молекулярная биология

Ключевые словаактивные формы серы, сероводород, активные формы кислорода, окислительный стресс, редокс-баланс клетки, фактор терминации транскрипции Rho, стволовые клетки, Drosophila melanogaster, антибактериальные препараты, ферменты синтеза сероводорода, E.coli, B. subtilis, старение.

Код ГРНТИ34.15.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Результаты, полученные нами в ходе выполнения проекта показали, что генерация сероводорода является одним из главных способов защиты бактерий от окислительного стресса и токсичного действия антибиотиков. Была выявлена тесная взаимосвязь между генерацией H2S и активностью генов, вовлеченных в метаболизм (cysK, cysB) и транспорт (tcyP, tcyJ, eamA) цистеина – главного предшественника H2S в бактериальных клетках. Путем модуляции экспрессии этих генов можно существенно снизить генерацию H2S и достигнуть существенного повышения чувствительности бактерий к окислительному стрессу и действию антибиотиков. Кроме того, мы обнаружили, что внутриклеточная концентрация цистеина является важным фактором поддержания редокс баланса клетки и зависит от активности комплекса CydDC, являющегося компонентом цитохрома bd-I. Мы показали, что инактивация комплекса CydDC в клетках E.coli приводит к устойчивости бактерий к окислительному стрессу, тогда как суперэкспрессия CydDC, напротив, вызывает чувствительность к стрессу, а также суперчувствительность бактерий к действию аминогликозидных антибиотиков гентамицину и канамицину. Мы впервые показали, что помимо генов биогенеза H2S, перспективной мишенью для создания антибактериальных препаратов являются гены, кодирующие синтез предшественников липополисахаридов (ЛПС) – компонентов клеточной стенки E.coli. В качестве модели мы использовали ген lpcA, кодирующий синтез фермента седогептулозо-7 фосфат изомеразы GmhA, которая катализирует первый этап в биосинтезе основного компонента липополисахаридов в клетках E.coli. Мы показали, что делеционный мутант ΔlpcA проявляет суперчувствительность к широкому спектру антибиотиков разнообразной химической природы и различными механизмами действия, в частности, к ингибиторам гиразы (налидиксовая кислота, моксифлоксацин), аминогликозидам (канамицин, гентамицин), ингибиторам синтеза белка (тетрациклин, хлорамфеникол), а также к рифампицину, ингибирующему синтез РНК. Проведено клонирование гена lpcA, осуществлена экспрессия белка GmhA и проведена очистка препаративных количеств этого белка. Для поиска потенциальных ингибиторов GmhA был проведен виртуальный скрининг программой Autodock Vina в опубликованной структуре GmhA из E.coli. Проведено испытание действия трех отобранных потенциальных ингибиторов GmhA на активность фермента и показано, что два из них – соединения inh38 и inh39 ингибируют фермент с константами ингибирования около 10-20 мкМ. Согласно нашим данным, применение ингибиторов GmhA существенно увеличивает чувствительность бактерий E.coli к некоторым антибиотикам, в частности к налидиксовой кислоте, гентамицину и рифампицину. Таким образом, данный фермент может быть перспективной мишенью для создания средств для сочетанной терапии антибиотиками. Будет проведен структурно-функциональный анализ ppGpp/DksA-зависимого контроля элонгации транскрипции и репарации ДНК для поиска новых перспективных мишеней антибактериальных препаратов. Будет проведено исследование действия доноров сероводорода на активность протеасом их локализацию и экспрессию. В ходе выполнения проекта нам удалось впервые в мире получить одиночные и двойные делеции по трём генам (CBS, CSE и MST), отвечающим за продукцию сероводорода у дрозофилы. Ранее такие попытки были неудачны. Полученные нами делеции позволяют на новом уровне подойти к роли генов, продуцирующих сероводород у высших организмов. Будет выявлено влияние делеций генов CBS и CSE на разные стадии развития дрозофил и на плодовитость. Будут получены и проанализированы транскриптомные библиотеки из яичников и голов изучаемых линий с делециями и контрольных линий. Параллельно, планируется исследовать влияние ограниченного содержания серосодержащих аминокислот (метионина и цистеина) в диете на ряд физиологических показатели (устойчивость к стрессу и продолжительность жизни) у особей D. melanogaster с делециями генов биосинтеза сероводорода CBS и CSE. В этих геронтологических исследованиях будут использованы как линии мух с гиперэкспрессией генов, контролирующих продукцию сероводорода, так и мухи с делециями этих генов. Будут также исследованы линии с экспрессией этих генов на определённых стадиях онтогенеза и отдельно в голове и теле. Эти исследования имеют практическое значение, так как продукция сероводорода играет большую роль в контроле продолжительности жизни всех изученных организмов, включая человека. Ранее с использованием различных культур клеток человека мы установили достоверный противовоспалительный эффект двух доноров сероводорода в экспериментах применением бактериальных токсинов (липополисахаридов-ЛПС). Оба использованных донора (NaHS и GYY4137) достоверно снижали уровень активных форм кислорода и других медиаторов воспаления. На основании полученных результатов планируется, на базе Центра по Испытанию Биологических Препаратов (филиал Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук) провести опыты для анализа антивоспалительного действия донора сероводорода (GYY4137) на крысиную модель воспаления лёгких, вызываемого ЛПС. При этом планируется многоразовое внутрибрюшинное введение донора сероводорода GYY4137. В рамках проекта планируется решить следующие основные задачи: 1. Выявление молекулярных механизмов устойчивости патогенных микроорганизмов к действию антибиотиков и окислительного стресса и разработка на этой основе антибактериальных препаратов. 2. Структурно-функциональный анализ ppGpp/DksA-зависимого контроля элонгации транскрипции и репарации ДНК для поиска новых перспективных мишеней антибактериальных препаратов. 3. Функциональный анализ генов, вовлеченных в образовании активных форм серы в геноме эукариотических организмов. 4. Роль генов, продуцирующих сероводород при стрессе и в процессе старения. 5. Исследование действия доноров сероводорода на активность протеасом их локализацию и экспрессию

Ожидаемые результаты
Полученные в ходе реализации проекта 2017 результаты детального анализа генетического контроля генерации сероводорода на модельных бактериях E.coli и B.subtilis позволяют поставить более практически важную задачу создания препаратов для борьбы с патогенными для человека бактериями Staphylococcus aureus и Pseudomonas aeruginosa. Бактерии этих двух видов являются одной из главных причин массового распространения инфекций в клиниках и характеризуются множественной устойчивости к антибиотикам. Результаты наших исследований и литературные данные показывают, что генетическое нарушение биосинтеза H2S повышает чувствительность многих бактерий к различным классам бактерицидных препаратов и к иммунному ответу хозяина. Поэтому блокирование биогенеза H2S в клетках бактерий S.aureus и P. aeruginosa путем отбора и синтеза специфических ингибиторов ключевых ферментов, ответственных за синтез сероводорода у этих бактерий будет одной из главных задач проекта. В ходе проекта мы определим относительный вклад генов cbs, кодирующего синтез фермента цистатионин-β-синтазы, и сse, кодирующего синтез фермента цистатионин-γ-лиазы в продукцию сероводорода в клетках бактерий Staphylococcus aureus и Pseudomonas aeruginosa. С этой целью будет проведена инактивация генов cbs и cse с помощью транспозонного мутагенеза, определена способность полученных мутантов к генерации сероводорода и их чувствительность к разным классам антибиотиков. Далее будет проведен компьютерный анализ известных структур белков CBS и CSE в нативном состоянии и в комплексе с соответствующими субстратами и определены домены фермента, вовлеченные в связывание субстрата. На следующем этапе будет осуществлен виртуальный скрининг коммерчески доступных малых молекул с помощью программы AutoDock Vina с целью поиска потенциальных ингибиторов ферментов CBS и CSE. Будет определен эффект отобранных ингибиторов на чувствительность бактерий S.aureus и P.aeruginosa к действию антибиотиков и изучен молекулярный механизм ингибирующего действия ингибиторов на активность ферментов. Наконец, на последнем этапе работы планируется изучить влияние ингибиторов на эффективность действия антибиотиков при инфекционных процессах, инициированных S.aureus и P.aeruginosa. Кроме того, мы планируем продолжить исследование механизма обнаруженного нами ранее феномена негативного действия антиоксидантов глутатиона и N-ацетилцистеина на продолжительность жизни нематод Caenorhabditis elegans. Будет охарактеризовано изменение редокс-статуса и жизнеспособность клеток E.coli c измененным уровнем GmhA при делеции и оверэкспрессии ферментов окислительного и неокислительного этапов пентозофосфатного пути. Будет установлена роль цинка в изменении конформации белка GmhA и оценено его влияние на связывании других лигандов GmhA. Будет выявлен механизм негативного действия антиоксидантов глутатиона и N-ацетилцистеина на продолжительность жизни нематод Caenorhabditis elegans. Будет проведен структурно-функциональный анализ ppGpp/DksA-зависимого контроля элонгации транскрипции и репарации ДНК для поиска новых перспективных мишеней антибактериальных препаратов. В конце первого года будет охарактеризован сайт связывания ppGpp в элонгационном комплексе РНК-полимеразы, затем будет проведен анализ конформационной гетерогенности среди частиц РНК-полимеразы. что позволит обнаружить изменения в динамике РНК-полимеразы при связывании ppGpp. Генетические и биохимические исследования с использованием РНК-полимераз с аминокислотными заменами по сайтам связывания ppGpp продемонстрируют функциональную роль разных сайтов ppGpp в строгом ответе клетки и в ответе на генотоксичный стресс. Эти данные позволят выяснить молекулярный механизм работы ppGpp на стадии элонгации транскрипции и объяснить роль ppGpp в координации транскрипции с репарацией ДНК.Будет проведена оценка активности протеасом под действием доноров сероводорода NaHS и GYY4137, на клеточной линии моноцитов человека, с помощью проникающей в клетки пробы. С помощью проникающей в клетки пробы, будет изучена динамика изменения активности протеасом в клетках под действием доноров сероводорода. Будет проведена оценка активности протеасом под действием липополисахарида (LPS) отдельно, а также при совместной инкубации с одним из доноров сероводорода NaHS и GYY4137, на клеточной линии моноцитов человека, с помощью проникающей в клетки пробы. Для выяснения роли генов, продуцирующих сероводород при стрессе и в процессе старения будет исследовано влияния ограниченного содержания серосодержащих аминокислот (метионина и цистеина) в диете на продолжительность жизни особей D. melanogaster с делециями генов контроля биосинтеза сероводорода CBS и CSE. Кроме того, будет проведена оценка эффектов ограниченного содержания серосодержащих аминокислот (метионина и цистеина) в диете на устойчивость особей Drosophila melanogaster с делециями генов контроля биосинтеза сероводорода CBS и CSE к гипертермии и окислительному стрессу. Наконец, будет выяснено влияние ограниченного содержания серосодержащих аминокислот (метионина и цистеина) в диете на возрастную динамику локомоторной активности особей D. melanogaster с делециями генов контроля биосинтеза сероводорода CBS и CSE. В результате выполнения всех запланированных в 2017 году исследований в наших руках оказались уникальные линии мух-дрозофил для исследования роли генов, контролирующих продукцию сероводорода (CBS, CSE и MST), в важнейших физиологических процессах. Так нами были получены линии мух с гиперэкспрессией этих генов, как теле мух, так и в отдельных органах (голова, тело). Кроме этого, в нашем распоряжении оказались мухи с одиночными и двойными делециями этих генов. Использование всех этих линий позволит получить уникальные данные о роли этих генов при старении в условиях контролируемой по экспрессии сероводорода диеты. Будет выяснена роль этих генов на разных стадиях онтогенеза, а также в условиях различных форм стрессовых воздействий (паракват, высокая температура и пр.). Поскольку в ходе выполнения проекта мы показали, что полученные делеции оказывают более сильный эффект на самок дрозофилы, будут получены и проанализированы транскриптомные библиотеки, полученные из голов и яичников. Известно, что экспрессия генов, контролирующих продукцию сероводорода, снижено в мозгу при болезни Альцгеймера и Паркинсона. Все эти эксперименты будут проведены на контролируемой среде, лишённой дрожжей, так как дрожжи продуцируют сероводород, что может помешать правильной интерпретации результатов. На основании полученных нами данных о противовоспалительной роли доноров сероводорода на культурах клеток человека, будет изучено субхроническое действие «медленного» донора сероводорода GYY4137 на базе Центра по Испытанию Биологических Препаратов (филиал Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук) на крысиную модель воспаления лёгких, вызываемого ЛПС. В результате этих экспериментов будут получены гистологические и биохимические данные о влиянии внутрибрюшинного введения этого донора. Эти данные позволят оценить возможную терапевтическую роль доноров сероводорода для лечения воспаления лёгких у человека, вызываемого бактериями и вирусами, что имеет большое практическое значение ввиду пандемии. Проект посвящен изучению роли активных форм серы в устойчивости к окислительному стрессу на уровне организма и клеток. В ходе проекта проведен подробный анализ генетического контроля образования сероводорода у модельных бактерий E.coli. Выявлена тесная взаимосвязь между образованием сероводорода и активностью генов, контролирующих метаболизм и транспорт цистеина. Показано, что путем модуляции активности этих генных продуктов можно снизить уровень сероводорода и повысить чувствительность бактерий к окислительному стрессу и антибиотикам. Помимо ферментов биогенеза сероводорода выявлены новые мишени для создания противомикробных препаратов - это группа ферментов, участвующих в синтезе предшественников ЛПС - компонентов внешней мембраны бактерий. Нами показано, что полученные нами ингибиторы одного из этих ферментов - седогептулозо-7-фосфатизомеразы (GmhA) резко повышают чувствительность бактерий к действию антибиотиков. Нарушения в функционировании генов, контролирующих метаболизм метионина и цистеина в высших организмах и ответственных за производство сероводорода в различных органах, как выяснилось за последнее десятилетие, приводят к многочисленным заболеваниям у людей, включая болезни Альцгеймера и Паркинсона. болезнь, рак и сепсис. В последние годы появились убедительные данные о возможном терапевтическом использовании доноров сероводорода для борьбы с вирусными заболеваниями, в том числе с коронавирусом, что особенно актуально сейчас в условиях пандемии. Таким образом, тематика проекта полностью соответствует тематике выбранного направления.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2021 году
В ходе реализации проекта по разработке новых антибактериальных препаратов показано, что главную роль в генерации сероводорода у бактерий S.aureus и P.aeruginosa играет фермент CSE. В результате проведенного виртуального скрининга (SBVS) отобрано три потенциальных ингибитора фермента CSE: NL1, NL2 и NL3. Ингибиторы NL1, NL2 и NL3 подавляют способность бактерий S.aureus и P.aeruginosa генерировать H2S и существенным образом увеличивают чувствительность этих бактерий к действию антибиотика гентамицина. На мышиных моделях продемонстрировано, что комбинация антибиотика гентамицина с ингибитором NL1 увеличивает выживаемость зараженных сепсисом мышей и снижает титр бактерий P.aeruginosa при легочной инфекции. Показано, что обработка бактерий ингибитором NL1 существенно снижает долю персистеров в популяции бактерий S.aureus и P.aeruginosaа и подавляет формирование биопленок у бактерий P.aeruginosa. Таким образом, исследованные свойства ингибиторов NL1, NL2 и NL3 позволяют заключить, что они действуют как высоко активные антибактериальные препараты усиливающие токсический эффект традиционных антибиотиков (Shatalin K. et al. 2021). Впервые показано, что обработка нематод C. elegans антиоксидантами глутатионом и N-ацетилцистеином не приводит к сокращению продолжительности их жизни. Транскриптомный анализ нематод подверженных действию антиоксидантов выявил около 1400 генов, экспрессия которых подавляется глутатионом и N-ацетилцистеином. Они относятся к двум основным группам, одна из которых находится под контролем глобального регулятора Daf-16 (38% от всех генов), а другая – под контролем SKN-1 (40%). Таким образом, полученные результаты позволяют заключить, что хотя антиоксиданты защищают организмы от действия экзогенных активных форм кислорода, их добавление в избыточных концентрациях приводит к сокращению продолжительности жизни нематод C. elegans (Gusarov I. et al 2021). Охарактеризован редокс-статус и жизнеспособность клеток E.coli с измененным уровнем GmhA (ген lpcA) при делеции и оверэкспресии ферментов окислительного и неокислительного пентозофосфатного пути. Фермент неокислительного пути трансальдолаза кодируется генами talA и talB. Обнаружено, что оверэкспресия talB полностью нивелирует характерное для штамма c делецией ∆lpcA возрастание внутриклеточных тиолов, не влияя при этом на уровень АФК. Совместная оверэкспрессия talA/talB и lpcA несколько повышает уровень тиолов, сниженный вследствие оверэкспресии lpcA, приближая его к контрольному значению, при этом вызывая повышение уровня АФК в данных клетках. В клетках с оверэкспрессией lpcA делеция ∆talA не влияет на уровень тиолов и на жизнеспособность клеток, хотя и вызывает повышение уровня АФК. В то же время делеция ∆talB в клетках с оверэкспрессией lpcA несколько снижает уровень тиолов, не влияя ни на АФК, ни на жизнеспособность клеток. В качестве фермента окислительного пути была выбрана пиридин-нуклеотид трансгидрогеназа (ген udhA). Делеция ∆udhA не влияет на возрастание уровня внутриклеточных тиолов, вызванных делецией ∆lpcA. При этом уровень АФК в клетках с совместной делецией возрастает в 2 раза по сравнению с клетками с делецией ∆lpcA, и процент мертвых клеток в популяции возрастает более чем в 2,5 раза. Оверэкспрессия ∆udhA в клетках с делецией ∆lpcA приводит к такому же возрастанию уровня внутриклеточных тиолов, как и в клетках с делецией ∆lpcA, однако уровень АФК в клетках с совместной делецией возрастает в 4 раза по сравнению с клетками с делецией ∆lpcA, а процент мертвых клеток возрастает более чем в 3 раза. Показано, что в исследуемом диапазоне температур (5-37 °С) реакция связывания цинка является энтропийно-выгодной, что отражает уход из раствора части гидрофобных групп белка из раствора при образовании комплекса. Установлено, что связывание цинка приводит к незначительному изменению площади поверхности доступной растворителю, которая составляет 37-55 Å2. На основе гаплоидного штамма Candida glabrata HTL получены и охарактеризованы мутантные штаммы с делециями генов CgRPN4 и CgPDR1. Секвенированы геномы штаммов рода Bacillus, выделенных на МКС. По данным предварительного анализа штаммы относятся к видам Bacillus subtilis, Bacillus paralicheniformis и Bacillus safensis. В данной работе на основе структурных данных, полученных с помощью криоэлектронной микроскопии с высоким разрешением для элонгационного комплекса с ppGpp, мы получили штаммы E. coli c новыми мутациями, исключающими связывание ppGpp в специфическом «кармане» РНК-полимеразы между субъединицами beta’, alfa и omega. Аминокислотные замены в этом сайте ведут к значительному увеличению чувствительности клеток к генотоксичным агентам и ультрафиолету, однако практически не затрагивают строгий ответ клетки при аминокислотном голодании. Напротив, нарушения во втором сайте связывания ppGpp, образуемым РНК-полимеразой и фактором DksA, существенно дерегулируют инициацию транскрипции во время строгого ответа. Таким образом, ppGpp связывается с РНК-полимеразой в сайтах с различными функциями в инициации и элонгации транскрипции, важными для строгого ответа клетки и сопряженной репарации ДНК, соответственно. В качестве объекта исследований использовали полученные нами на предыдущем этапе трансформированные линии мух-дрозофил, содержащие одиночные и двойные делеции генов (CBS, CSE и MST), отвечающих за продукцию сероводорода. Было показано, что делеция гена CBS и, в большей степени, двойная делеция генов CBS и CSE вызывают задержку в созревании яичников и откладку эмбрионов у имаго в первые дни после вылупления. Изучали также влияния делеций этих генов, на различные стадии онтогенеза дрозофилы и на плодовитость. Были выявлены статистически значимые различия в откладке эмбрионов и в последующем формировании куколок между мухами разных генотипов (p<0.001). Так, кроме задержки в откладке эмбрионов у линий с делецией гена CBS (1 день) и у двойных трансформантов (2-3 дня) было выявлено удлинение времени развития от стадии эмбриона до куколки. Были также выявлены статистически значимые различия в фертильности, между мухами разных генотипов (p<0.001) и возрастов (p<0.001). Для выявления изменений в возможных сигнальных путях, связанных с процессами оогенеза у изучаемых линий с делециями нами были получены транскриптомные библиотеки из яичников четырехдневных девственных самок из этих линий. GO анализ показал значительное снижение в уровне экспрессии ряда групп генов во всех библиотеках, особенно в случае библиотек, полученных из линий с двойными делециями. С другой стороны, у линий с делециями наблюдается повышение уровня экспрессии групп генов, относящимся к следующим GO термам: организация внеклеточного матрикса, формирование вителлиновой мембраны, химический гомеостаз, метилирование, сигнализация TORC1. В исследованиях на крысиной модели хронического воспаления лёгких, индуцируемого ЛПС, исследовали превентивное действие «медленного» донора сероводорода (GYY4137). Данное исследование не выявило ярко выраженных превентивных эффектов GYY4137 при ЛПС-индуцированном воспалении легких у крыс. Не исключено, что это связано с выбранной дозой, а также схемой введения тестируемого вещества. На следующем этапе планируется изменить режим введения препарата (GYY4137), а также использовать другой дешёвый и безвредный донор сероводорода (тиосульфат натрия). Для изучения роли генов, продуцирующих сероводород при стрессе и в процессе старения, использовали трансформированные линии Drosophila melanogaster, содержащие одиночные и двойные делеции генов CBS и CSE, которые были получены ранее с использованием системы CRISPR/Cas9 (Zatsepina et al., 2020). Была проведена оценка взаимосвязи между разными компонентами приспособленности, такими как продолжительность жизни, локомоторная активность и стрессоустойчивость и выявленными ранее изменениями на уровне полногеномного транскриптома (Zatsepina et al., 2020). В большинстве проведенных тестов делеции CSE привели к положительным эффектам на приспособленность, в то время как делеции CBS к отрицательным, что на уровне транскриптома сопровождалось более выраженным окислительным стрессом в случае делеции CBS по сравнению с делецией CSE. Удивительно, что линии с двойными делециями (CBS и CSE) по использованным в работе тестам характеризовались большей стрессоустойчивостью и продолжительностью жизни в сравнении с линиями с одиночной делецией CBS. Обработка NAC частично компенсировала вредное влияние делеций CBS на продолжительность жизни и стрессоустойчивость, не оказывая при этом значимых эффектов на пищевое поведение мух. В качестве фармакологических вмешательств применили внесение в состав питательной среды цистеина и NAC. Было установлено, что комбинированные генетические и использованные в работе фармакологические вмешательства в систему биосинтеза сероводорода оказывают аддитивный геропротекторный эффект. В то же время анализ списка дифференциально экспрессируемых генов с использованием базы данных GenAge выявил активацию большого числа генов, способствующих долголетию, таких как Gclc, Gclm, GSTs, EiP71CD, Jafrac1, Hsp68, Hsp22 и подавление ассоциированного со старением гена Orco, что может объяснить увеличение продолжительности жизни и стрессоустойчивости наблюдаемое у линии с делецией CSE. Проведена оценка активности протеасом под действием доноров сероводорода GYY4137 с использованием генетически-модифицированной линии аденокарциномы прямой кишки. Показано, что инкубация клеток с GYY4137 приводит к доза-зависимому повышению активности протеасом. C другой стороны, нами было показано, что уровень экспрессии β5i в клетках в течение всего эксперимента не увеличивается, что указывает на то, что под действием донора сероводорода индукции иммунных протеасом не происходит. Установлено, что повышение активности протеасом под действием GYY4137 наблюдается уже спустя 24 часа после инкубации клеток с донором сероводорода. Более того, стимуляция активности протеасом сохранялась спустя 48 часов и 72 часа после добавления GYY4137. На следующем этапе работы было оценено изменение активности протеасом в клетках под действием бактериальных токсинов липосахаридов (LPS) и LPS совместно с GYY4137. Показано, что в то время как под действием LPS наблюдается повышение активности протеасом, при совместной инкубации клеток с LPS и GYY4137 наблюдалось некоторое снижение активности протеасом. Интересно, что в то же время LPS провоцировал повышение экспрессии иммунной субъединицы β5i в клетках. Полученные данные указывают на эффективную стимуляцию активности протеасом под действием донора сероводорода Эти результаты подтверждают полученные нами ранее данные и указывают на протективное действие GYY4137 и других доноров сероводорода при воспалительных процессах, вызванных введением бактериальных токсинов (LPS).

 

Публикации

1. Горенская О.В., Гаврилов А.Б., Зацепина О.Г., Шкорбатов Ю.Г., Евгеньев М.Б, The Role of Hsp70 Genes in Promoting Control of Viability in Drosophila melanogaster Subjected to Microwave Irradiation Biophysics (Russian Federation), том 66, выпуск 4, страницы 541 - 549 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1134/S0006350921040059

2. Гусаров И., Шамовский И.,Пани Б., Еремина С., Каткова-Жукоцкая О., Миронов А., Макаров А.А., Нудлер Е. Dietary thiols accelerate aging of C. elegans Nature Communications, Том 12, выпуск 1, номер статьи 4336 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1038/s41467-021-24634-3

3. Зацепина О.Г., Никитина Е.А., Шилова В.Ю., Чувакова Л.Н., Сорокина С., Воронцова Ю.Е., Токмачева Е.В., Фуников С.Ю., Резвых А.П., Евгеньев М.Б. Hsp70 affects memory formation and behaviorally relevant gene expression in Drosophila melanogaster CELL STRESS & CHAPERONES, Tом: 26, выпуск: 3, страницы: 575-594 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1007/s12192-021-01203-7

4. Морозов В.А., Морозов А.В. A Comprehensive Analysis of Human Endogenous Retroviruses HERV-K (HML.2) from Teratocarcinoma Cell Lines and Detection of Viral Cargo in Microvesicles Int. J. Mol. Sci., Том 22, выпуск 22, номер статьи: 11753 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.3390/ijms222212398

5. Спасская Д.С., Котлов М.И., Леканов Д.С., Тютяева В.В., Снежкина А.В., Кудрявцева А.В., Карпов В.Л., Карпов Д.С. CRISPR/Cas9-Mediated Genome Engineering Reveals the Contribution of the 26S Proteasome to the Extremophilic Nature of the Yeast Debaryomyces hansenii ACS Synthetic Biology, Том 10, выпуск 2, страница 297-308 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1021/acssynbio.0c00426

6. Шапошников М.В., Земская Н.В., Коваль Л.А., Щеголева Е.В., Яковлева Д.В., Ульяшева Н.С., Горбунова А.А., Минниханова Н.Р., Москалев А.А. Geroprotective potential of genetic and pharmacological interventions to endogenous hydrogen sulfide synthesis in Drosophila melanogaster Biogerontology, Том 2, выпуск 2, страницы 197-214 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1007/s10522-021-09911-4

7. Шаталин К., Натанканти А., Кошик А., Шишов Д., Песелис А, Шамовский И, Пани Б., Лехпаммер М., Васильев Н., Ребатчук Д., Миронов А., Федичев П., Серганов А., Нудлер Е. Inhibitors of bacterial H2S biogenesis targeting antibiotic resistance and tolerance. Science, Том 372, выпуск 6547, страницы 1169 -1175 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1126/science.abd8377

8. Евгеньев М.Б. Heat shock proteins: a history of study in Russia CELL STRESS & CHAPERONES, Том 26, выпуск 4, страницы 617-627 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1007/s12192-021-01219-z

9. Зацепина О.Г., Евгеньев М.Б., Гарбуз Д.Г. Role of a Heat Shock Transcription Factor and the Major Heat Shock Protein Hsp70 in Memory Formation and Neuroprotection Cells, Том 10, выпуск 7, номер статьи 1638 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.3390/cells10071638

10. Соколов А.С., Некрасов П.В., Шапошников М.В., Москалев А.А. Hydrogen sulfide in longevity and pathologies: Inconsistency is malodorous. Ageing Research Reviews, Том 67, номер статьи 101262 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1016/j.arr.2021.101262

11. Кофанова А., Кулагин К., Спасская Д., Карпов Д. Autophagy contributes to the ethanol response in the Saccharomyces cerevisiae cells FEBS OPEN BIO, Том 11, страницы 159-160, приложение 1 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13234

12. Леканов Д., Тютяева В., Карпов Д. Regulation of proteasomal genes in the non-conventional yeast Debaryomyces hansenii FEBS OPEN BIO, Том 11, страница 252-253, приложение 1 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13234

13. Морозов А., Астахова Т., Буров А., Ерохов П., Карпов В. Modulation of the 20S proteasome activity by the interplay between ATP and Mg2+ ions FEBS Open Bio, Том 11, стр.165-165, приложение: 1 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13205

14. Осипова П, Карпов Д., Поддубко С. Molecular mechanisms responsible for stress hyper resistance of Bacilli strains isolated from the International Space Station FEBS OPEN BIO, Том 11, Страница 115, Приложение 1 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13234

15. Прошкин С., Афанасьева Е., Миронов А. ppGpp binding to RNA polymerase accounts for its role in transcription-coupled DNA repair. FEBS Open Bio, Том 11, стр.113, приложение 1 (год публикации - 2021) https://doi.org/10.1002/2211-5463.13205


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Анализ ряда параметров, характеризующих редокс-статус у штаммов, содержащих различные комбинации мутаций в пентозофосфатном пути на фоне делеции гена lpcA, показал, что повышенная чувствительность к антибиотикам у мутантов с нарушенным синтезом предшественников липополисахаридов обусловлена прежде всего снижением эффективности функционирования пентозофосфатном пути. Продемонстрировано, что главную роль в генерации NADPH играет окислительная ветвь пентозофосфатном пути, однако при ее блокировании (∆gnd) происходит активация серин-глицинового пути с участием гена glyA. Эффективность функционирования серин-глицинового пути генерации NADPH возрастает при повреждении pntAB и icd –зависимых путей синтеза NADPH. Продемонстрировано, что повреждение как оксидативной (∆gnd), так и неоксидативной ветви (∆talAB ) не приводит к увеличению чувствительности бактерий к антибиотикам, в то время как блокирование обеих ветвей (мутант∆gnd ∆talAB) вызывает резкое увеличение чувствительности бактерий к антибиотикам. Определено, что сдвиг pH в щелочную область приводит к снижению констант связывания D-седогептулозу 7-фосфат изомеразы (GmhA) с седогептулозы-7-фосфатом, АТФ и ионами цинка. Увеличение pH до 8 и 8,5 приводит к снижению константы связывания с лигандами. При pH 8.5 константа диссоциации с седогептулозо-7-фосфатом возрастает в 4 раза. Константа связывания с АТФ с 0,5 мкМ возрастает до 6-8 мкМ, а связывание цинка становится плохо детектируемым. При закислении среды до 6,8 и ниже GmhA становится нестабилен в растворе и начинает агрегировать. Построена модель структуры седогептулозы-7-фосфат-изомеразы (GmhA) E. coli. Согласно модели, каждый мономер GmhA имеет два остатка цистеина Cys 50 и Cys57. Остатки Cys57 соседних субъединицы расположены рядом (2,6 Ангстрем) и могут образовывать дисульфидную связь. Возможное окисление, глутатионилирование этих остатков или замыкание между ними дисульфидного мостика может объяснять данные по влиянию редокс-статуса среды на связывание седогептулозо-7-фосфата. Установлено, что делеция гена lpcA приводит к изменению ряда метаболитов E.coli. Для данного штамма характерно снижение не только GSH, но и GSSG, что свидетельствует о снижении синтеза глутатиона. Наблюдается снижение пула NADP, NADH и NAD. При этом уровень глицеральдегид-фосфата и уровень малата не меняется. Значимых изменений метаболитов при оверэкспресcии lpcA выявлено не было. Показано, что в условиях действия окислительного стресса, вызванного пероксидом водорода, у C.glabrata повышена экспрессия генов, кодирующих компоненты убиквитин-протеасомной системы, автофагии, белковые шапероны, ферменты и регуляторные факторы антиоксидативной системы. Установлено, что сверхустойчивость штаммов, выделенных на МКС, B. subtilis 20, B. licheniformis 24, B. pumilus 25 к действию зеоцина и налидиксовой кислоты связаны со сверхэкспрессией генов нескольких систем репарации ДНК Выполнено структурно-функциональное исследование вклада связывания сигнальной молекулы ppGpp и фактора DksA с РНК-полимеразой в клеточном ответе на генотоксичный стресс. Установлено, что именно РНК-полимераза является критической мишенью действия этих факторов in vivo в координации репарации и транскрипции. Сайты связывания ppGpp и DksA могут представлять собой привлекательную мишень для рационального дизайна низкомолекулярных модуляторов транскрипции с сильным противомикробным действием. В 2022 году завершены исследования защитной роли донора сероводорода (тиосульфата натрия) на крысиной модели острого ЛПС-индуцированного воспаления лёгких. Проанализировали уровень провоспалительных цитокинов (IL-6), а также гистологические изменения, наблюдаемые при использовании данного донора H2S. Проведенные исследования позволили сделать вывод о терапевтической роли данного донора H2S при воспалении лёгких, в отличие от другого донора, применявшегося нами ранее (GYY4137). Проведены обширные исследования с использованием мух-дрозофил с делетированными двумя основными генами (CBS и CSE), контролирующие метаболизм H2S, для выяснения роли сероводорода при различных видах окислительного стресса, гипоксии и протеастаза. С использованием методики «отвержения» изучили роль генов, отвечающих за метаболизм сероводорода, в обучении и памяти у мух-дрозофил. Установлено, что CBS приводит к нарушению и долговременной и кратковременной памяти, в то время как делеция гена CSE нарушает преимущественно долговременную память. Таким образом, впервые удалось продемонстрировать важную роль эндогенного сероводорода в таких важных поведенческих параметрах как обучение и память. Получены и проанализированы транскриптомные библиотеки (RNA-seq) из голов самцов используемых линий мух-дрозофил. Проведенный анализ экспрессии генов-кандидатов позволил обнаружить изменения в экспрессии ряда генов, участвующих в формировании передачи нервного импульса и памяти, что помогло объяснить полученные нами в поведенческих опытах результаты. Показано, что делеции CBS оказывают негативное влияние на продолжительность жизни D. melanogaster, в то время как делеции CSE, а также двойные делеции CBS и CSE значительно увеличивают продолжительность жизни как у самцов, так и у самок мух. Согласно полученным данным, увеличение продолжительности жизни наиболее тесно связано с повышением стрессоустойчивости, а не с другими компонентами приспособленности, включая двигательную активность, жизнеспособность преимагинальных стадий и продолжительность репродуктивного периода у самок (Shaposhnikovet al., 2022). Показано, что инкубация клеток TZM-blB8-mCherry и HepG2B8-mCherry с GYY4137 приводит к доза-зависимому повышению активности протеасом. Следует отметить, что повышение активности протеасом в клетках под действием GYY4137 было сопоставимо или превосходило повышение активности протеасом выявляемое под действием ИФН-γ. Кроме того, за счет синтеза в клетках субъединицы иммунопротеасом β5i, слитой с mCherry было исследовано изменение экспрессии β5i в клетках после инкубации с GYY4137. Выявлено, что уровень экспрессии β5i в клетках не увеличивается, что указывает на то, что под действием донора сероводорода индукции иммунных протеасом не происходит, более того наблюдалось незначительное снижение специфической флуоресценции после инкубации с GYY4137. Полученные результаты хорошо коррелируют с данными полученными на предыдущем этапе проекта и указывают на универсальность действия донора сероводорода и эффективную стимуляцию активности протеасом под действием GYY4137. Показано, что GYY4137стимулирует активность как 20S так и 26S протеасом. Продемонстрировано, что под действием GYY4137 наблюдается повышение яркости флуоресценции Me4BodipyFL-Ahx3Leu3VS, что указывает на повышение активности протеасом. При этом, существенного изменения локализации протеасом в клетках выявлено не было.

 

Публикации

1. Зацепина О.Г., Чувакова Л.Н., Никитина Е.А., Резвых А.П., Заклута А.С., Саранцева С.В., Сурина Н.В., Ксенофонтов А.Л., Баратова Л.А., Шилова В.Ю., Евгеньев М.Б. Genes Responsible for H2S Production and Metabolism Are Involved in Learning and Memory in Drosophila melanogaster Biomolecules, том 12, выпуск 6, номе статьи 751 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.3390/biom12060751

2. Карпов Д.С., Спасская Д.С., Тютяева В.В., Карпов В.Л. Rpn4p без ДНК-связывающего домена обеспечивает устойчивость Saccharomyces cerevisiae к окислительному стрессу и циклогексимиду Молекулярная биология, том 56, №4, с.628-241 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.31857/S002689842204005X

3. Оникиенко С., Винокуров М., Юринская М., Земляной А., Абкин С., Шайхутдинова Э, Паликов В., Иванов А., Смирнова О, Федякина И, Бычкова Н., Зацепина О., Гарбуз Д., Евгеньев М. The Effects of H2S and Recombinant Human Hsp70 on Inflammation Induced by SARS and Other Agents In Vitro and In Vivo. Biomedicines, том 10, выпуск 9, номер статьи 2155 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.3390/biomedicines10092155

4. Шапошников М.В., Заклута А.С., Земская Н.В., Гуватова З.Г., Шилова В.Ю., Яковлева Д.В., Горбунова А.А., Коваль Л.А., Ульяшова Н.С., Евгеньев М.Б., Зацепина О.Г., Москалев А.А. Deletions of the cystathionine-β-synthase (CBS) and cystathionine-γ-lyase (CSE) genes, involved in the control of hydrogen sulfide biosynthesis, significantly affect lifespan and fitness components of Drosophila melanogaster. Mechanisms of Ageing and Development, том 203, номер статьи 111656 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1016/j.mad.2022.111656

5. Гуватова З.Г., Борисов П.В., Алексеев А.А., Москалев А.А. Возрастные изменения внеклеточной матрикса Биохимия, Том 87, выпуск 12 (год публикации - 2022)


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
Продемонстрировано, что инактивация окислительной ветви пентозофосфатного пути (ПФП) на уровне декарбоксилирования 6-фосфоглюконата (делеция gnd) с одновременной инактивацией генов трансальдолаз talAB приводит к значительному повышению чувствительности клеток E. coli к антибиотикам различных механизмов действия: хинолонам (налидиксовая кислота), β-лактамам (цефотаксим) и аминогликозидам (гентамицин). В рамках современных представлений о неспецифическом действии антибиотиков на бактериальную клетку лежит механизм индукции окислительного стресса. Определение параметров редокс-статуса двойного мутанта Δgnd ΔtalAB показало парадоксальное увеличение уровня восстановительных эквивалентов NADPH, которое провоцируется, по-видимому, делецией gnd . Несмотря на повышение уровня NADPH, в клетках ∆gnd∆talAB наблюдаются все признаки окислительного стресса, выражающиеся в повышении генерации АФК, активации защитной системы SoxRS, падении уровня глутатиона. Кроме того, значительное снижение внутриклеточного АТФ в мутанте ∆gnd ∆talAB свидетельствует о возникновении энергозатратных процессов, истощающих адаптивный потенциал клеток. Таким образом, инактивация обеих ветвей ПФП (∆gnd ∆talAB) провоцирует перестройку процесса синтеза пентозофосфатов, характеризующуюся развитием окислительного стресса и повышением чувствительности бактерий к антибиотикам. Показано, что инактивация гена purR, кодирующего белок-репрессор пуринового метаболизма или усиление экспрессии генов генов gmhA и rfaD, ответственных за биосинтез предшественников LPS на фоне делеций ∆gnd ∆talAB приводит к супрессии суперчувствительности такого штамма к действию антибиотиков. К аналогичному эффекту приводит делеция гена deoB, который контролирует реакцию превращения рибозо-1 фосфата в рибозо-5-фосфат. Полученные данные позволяют заключить, что ключевым условием, обусловливающим значительное повышение чувствительности мутантов E. coli ∆gnd ∆talAB к антибиотикам является индукция анаболического синтеза пентозофосфатов путем инверсии неокислительной ветви ПФП. Обнаружено, что замена Сys 90 на аланин в белке GmhA приводит к полному нарушению связывания субстратов (седогептулозо-7-фосфата (S7P) и АТФ). Также установлено, что данный остаток цистеина является ключевым при глутатионилировании белка. Замена Сys57 на аланин не нарушает связывания с белком S7P, но приводит к нарушению связывания АТФ. Вторичная структура при замене С57A не меняется. Глутатионилирование белка GmhA не приводит к существенным изменениям термодинамических параметров связывания, в том числе константы связывания с S7P. Таким образом, в структуре фермента GmhA выявлен остаток Сys90 являющийся критичным для поддержания третичной/четвертичной структуры белка и его связывания с субстратом. Именно этот остаток является мишенью глутатионилирования, что, возможно является защитным и регуляторным механизмом, обеспечивающим регуляцию функцию GmhA в клетке. Моделирование GmhA показало, что ковалентное присоединение остатков глутатиона к цистеинам Cys57 не разрушает интерфейса взаимодействия, поскольку глутатионы могут расположится в свободных полостях внутри тетрамера (Рис. 18). Согласно результатам моделирования, глутатионилирование остатков Cys57 не влияет на взаимодействие с субстратом седогептулозо-7-фосфатом в активном центре (19). Сайт связывания АТФ, согласного эксперименту по докингу, частично перекрывается с сайтом связывания седогептулозо-7-фосфата, а именно в области фосфатной группы седогептулозо-7-фосфата и третьего фосфата АТФ. Глутатионилирование остатков Cys57 не влияет на связывание АТФ (Рис. 20). В структуре 2i2w наблюдается дисульфидная связь, образованная двумя цистеинами Cys90 (21). Глутатионилирование этих остатков, также, как и глутатионилирование Cys57, не нарушает интерфейс взаимодействия субъединиц (Рис. 22). Согласно результатам анализа транскриптомов в мутантном штамме НТL с НТL-∆RPN4 по сравнению штамма дикого типа, значимо падает экспрессия четырех генов, связанных с деградацией неправильно свернутых белков в с эндоплазматическом ретикулуме CgKAR2 (CAGL0D02948g, кодирует шаперон ЭПР, взаимодействующий с Ire1p), в цитоплазме CgFES1 (CAGL0K12144g, фактор обмена нуклеотидов у белка Hsp70), а также в ядре CAGL0L09625g (кодирует белок с неясной функцией, необходимый для транспорта протеасом в ядро) и CgSEC13 (CAGL0J08778g, кодирует по-видимому, компонент ядерной поры и вовлечен в регуляции убиквитин-зависимой деградации белков). Эти данные указывают на то, что нарушается деградация белков, с нарушенной структурой, вызванной действием активных форм кислорода в ЭПР, цитозоле и в ядре. Последовательности генов, имеющих отношение к ответу бацилл на окислительный стресс, сравнивали между штаммами B. subtilis 20 (выделен в входе 20 экспедиции на МКС) и близким к нему земным штаммом B. subtilis 168. Аминокислотные замены обнаружены у нескольких ферментов. Так у синтазы гема, зависимая от перекиси водорода (HemQ), обнаружена замена A29T, у вегетативной каталазы (KatA) - I361V, у споровой каталазы (KatX) - G522E, у тиоредоксин-зависимой тиоловой пероксидазы (Bcp) – K37E, а у субъединицы транспортера железа деферрохелатазы/пероксидазы (EfeB) – I58V. Полученные данные указывают, что повышенная устойчивость штамма B. subtilis 20 к действию перекиси водорода, может быть связана с мутациями в ферментах антиоксидантной защиты. А повышение экспрессии генов каталаз, возможно, связано с мутациями в регуляторных областях и/или изменения активности других путей регуляции экспрессии генов, например, мутациями в малых регуляторных РНК. Продемонстрирована роль фактора TraR и, как следствие, транскрипции, которую он регулирует, в сопряжении с репарацией, по крайней мере, трех типов повреждений ДНК: объемных аддуктов, метилированных производных азотистых оснований и двухцепочечных разрывов. Проведено исследование защитного эффекта двух доноров сероводорода («быстрый»-STS и «медленный» GYY4137 и продемонстрировали, что оба исследуемые вещества проявляют ярко выраженный защитный эффект при введении в человеческие клетки Vero-6 после заражения вирусом SARS-Cov-2. На Рис.24 представлены результаты этих экспериментов из которых видно, что оба вещества в 1000 раз ингибируют репликацию вируса. Полученные в 2023 году результаты по защитной роли доноров сероводорода при инфекци вирусом SARS-Cov-2, а также ранее полученные результаты, показавшие эффективность доноров сероводорода при различных заболеваниях дыхательных путей, позволяют рекомендовать использование донора H2S (“STS”) в качестве терапевтического средства при лечении различных заболеваний вирусной природы. Продемонстрировано, что у самцов D. melanogaster увеличение медианной продолжительности жизни при совместной сверхэкспрессии генов CBS и CSE (8.0%) в нервной системе соответствовало сумме эффектов сверхэкспрессии данных генов по отдельности (3.8% –CBS и 4.0% – CSE), что свидетельствует об их аддитивном взаимодействии. Показано, что Торин-2, высокоселективный ингибитор TORC1 и TORC2, в концентрации 0.5 ммоль/л увеличивает медианную и максимальную продолжительность жизни самцов на 7% и 4%, соответственно Установлено, что воздействие GYY4137 вызывает динамические изменения уровней экспрессии протеасомных генов в клетках аденокарциномы прямой кишки. Так, наибольшие изменения экспрессии протеасомных генов под действием GYY4137 наблюдались при инкубации клеток с донором в течение 6 и 24 ч и зависели от концентрации донора сероводорода. Наиболее заметно изменились уровни экспрессии генов PSMB6, PSMB8, PSMB5 и PSMB7, кодирующих каталитические субъединицы протеасом β1, β5i, β5,β7, соответственно. Показано, что в клетках, инкубированных с 200 мкМ GYY4137, спустя 48 ч увеличивается содержание конститутивной субъединицы β5, однако других существенных изменений содержания субъединиц протеасом не происходит. Таким образом, полученные данные свидетельствуют о влиянии GYY4137 на уровни транскрипции и трансляции отдельных протеасомных генов.

 

Публикации

1. Вершинина Ю.С., Краснов Г.С., Гарбуз Д.Г., Шапошников М.В., Федорова М.С., Пудова Е.А., Катюнина И.В., Корнев А.Б., Земская Н.Н., Кудрявцев А.А., Булавкина Е.В., Матвеева А.А., Ульяшева Н.С., Гуватова З.Г., Ануров А.А., Москалев А.А., Кудрявцева А.В. Transcriptomic Analysis of the Effect of Torin-2 on the Central Nervous System of Drosophila melanogaster Int J Mol Sci., 24(10):9095 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.3390/ijms24109095

2. Григорьева Е.В., Астахова Т.М., Буров А.В., Карпов В.Л., Морозов А.В. Эффекты донора сероводорода GYY4137 на пул протеасом клеток рака прямой кишки Молекулярная биология, 57(6): 938-948 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.31857/S0026898423060083

3. Резвых А.П., Устюгов А.А., Чапров К.Д., Тетерина Е.В., Небогатиков В.О., Спасская Д.С., Евгеньев М.Б., Морозов А.В., Фуников С.Ю. Cytoplasmic aggregation of mutant FUS causes multistep RNA splicing perturbations in the course of motor neuron pathology Nucleic Acids Research, 51(11):5810-5830 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1093/nar/gkad319

4. Серегина Т.А., Петрушанко И.Ю., Зариповa П.И., Кулешова Ю.Д., Лобанов К.В., Шакулов Р.С., Митькевич В.А., Макаров А.А., Миронов А.С. Низкомолекулярные тиолы как фактор, усиливающий чувствительность мутантов Escherichia coli с нарушенным синтезом ADP-гептозы к антибиотикам Молекулярная биология, 57(6): 995-1005 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.31857/S0026898423060162

5. Уивер Дж.В., Прошкин С., Дуан В., Эпштейн В., Гаудер М., Бхарати Б.К., Афанасьева Е., Миронов А., Серганов А., Нудлер Е. Control of transcription elongation and DNA repair by alarmone ppGpp Nature Structural & Molecular Biology, 30(5):600-607 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1038/s41594-023-00948-2

6. Шапошников М.В., Горбунова А.А., Земская Н.В. И, Ульяшева Н.С., Пакшина Н.Р., Яковлева Д.В., Москалев А.А. Simultaneous activation of the hydrogen sulfide biosynthesis genes (CBS and CSE) induces sex-specific geroprotective effects in Drosophila melanogaster Biogerontology, 24(2): 275-292 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1007/s10522-023-10017-2

7. Давлетшин А.И., Матвеева А.А., Полетаева И.И., Евгеньев М.Б., Гарбуз Д.Г. The role of molecular chaperones in the mechanisms of epileptogenesis Cell Stress and Chaperone, online (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1007/s12192-023-01378-1


Возможность практического использования результатов
не указано