Аннотация результатов, полученных в 2021 году
1. Собрано 892 образцов плазм крови доноров после инфицирования SARS-CoV-2, а также вакцинированных доноров различными вакцинами: «Sputnik V» (НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи), «ЭпиВакКорона» (Вектор), ”КовиВак” (ФНЦИРИП им. М.П. Чумакова РАН), “Pfizer” (BioNTech). 2. Мышей линий CBA, Balb, C57bl, Muc, CD1 иммунизировали рекомбинантным вирусным белком (RBD, N), а также вакцинами (Sputnik V и КовиВак). Наиболее высокие титры антител к белкам коронавируса наблюдались при иммунизации мышей RBD с адъювантом. Плазма крови иммунизированных мышей собрана для дальнейших исследований. 3. Образцы плазмы крови доноров и иммунизированных мышей протестированы на наличие антител к вирусу SARS-CoV-2 методом ИФА. Все доноры распределены в четыре группы: (группа А) болевшие COVID-19, затем вакцинированных Sputnik V, (группа В) болевшие COVID-19, (группа С) вакцинированные Sputnik V и (группа D) не болевшие и не вакцинированные. Образцы IgG выделены аффинной хроматографией из плазмы крови 136 доноров и суммарно для четырех групп доноров (группа A-D). Также выделены IgG мышей различных линий, иммунизированных рекомбинантными вирусными белками и вакцинами. 4. Рекомбинантные RBD, S- и N-белки SARS-CoV-2 иммобилизовали на сефарозе, полученные сорбенты использовали для выделения специфических антител к данным антигенам. Получены RBD-IgG, S-IgG и N-IgG доноров групп А-С. Показано, что содержание RBD-IgG в плазме крови переболевших COVID-19 и вакцинированных доноров составляет около 1 %. 5. Проведен анализ гидролиза RBD различными фракциями выделенных IgG. Наибольшую активность в гидролизе RBD проявляли антитела RBD-IgG доноров группы В. Синтезированы последовательности девяти флуоресцентно-меченых 18-мерных олигопептидов, соответствующих различным узнаваемым антителами эпитопам S-белка. Проведен скрининг гидролиза олигопептидов RBD-IgG и S-IgG доноров групп А-С, проведен анализ каталитической активности в зависимости от рН реакционной среды, ингибиторов и ионов двухвалентных металлов. Показано, что антитела эффективно гидролизуют шесть из девяти олигопептидов. 6. Методом MALDI-TOF-MS идентифицированы основные и второстепенные сайты гидролиза RBD и олигопептидов антителами. 7. Для описания отдаленных последствий COVID-19, подобраны доноры у которых инфекция протекала с с дебютом ревматологических и неврологических симптомов. У добровольцев собран первичный анамнез, проводится динамическое наблюдение врачом-ревматологом Кляус Н. А. (НМИЦ им. В.А. Алмазова), собрана кровь для сопоставления с анамнезом. Среди пациентов всех групп наиболее часто устанавливаемым диагнозом стал аксиальный спондилоартрит, что подтверждалось лабораторно, а также по данным магнитно-резонансной томографии крестцово-подвздошных сочленений в режимах Т1, Т2 и STIR. Формирование группы, и динамическое наблюдение доноров будет продолжаться в течении 2022-2023 годов. За отчетный период опубликовано две статьи, обе в журнале Q1, индексируемых в WoS, Scopus и РИНЦ. Результаты представлены на двух конференциях.

Аннотация результатов, полученных в 2022 году
1. Показано, что относительные титры антител к ДНК и относительная ДНКазная активность IgG зависят от индивидуальных особенностей донора, достоверной корреляции между относительными значениями титров антител к ДНК и ДНКазной активностью антител обнаружено не было. Наши результаты показывают, что заболевание COVID-19 и вакцинация аденовирусной вакциной «Спутник V» не связаны с продукцией анти-ДНК и ДНК-гидролизующих антител. Показано, что антитела доноров переболевших COVID-19 и/или вакцинированных Sputnik V проявляют РНКазную активность по отношению к некоторым из проанализированных гоморибоолигонуклеотидным субстратам. Выявлены фракции антител, обладающие сродством к белками вируса SARS-CoV-2, для которых был характерен гидролиз гомоолигорибонуклеотидных субстратов. Вероятно, эта активность может иметь значение для элиминации вирусной РНК. Показано, что большинство препаратов плазмы крови доноров четырех исследуемых групп обладают низким титром антител к аутоантигенным белкам (на примере основного белка миелина (ОБМ) и миелин олигодендроцитарного гликопротеина (МОГ)). Детектируемая протеолитическая активность препаратов антител по отношению к ОБМ и МОГ не выявлена. Также препараты антител были не активны в гидролизе олигопептидов, являющихся эпитопами ОБМ. Показано, что препараты антител доноров всех групп (включая контрольную), а также препараты RBD-IgG, S-IgG и N-IgG не проявляют не специфической протеолитической активности в гидролизе азоказеина. 2. Получены данные о соотношении подклассов IgG1-IgG4 в плазмах крови доноров четырех групп, а также во фракциях антител, обладающих сродством к вирусным белкам. Показано, что соотношение между подклассами IgG уникально для каждого донора и не зависит от перенесенного COVID-19 или вакцинации. Для RBD-IgG и N-IgG распределение по подклассам соответствует не фракционированным препаратам IgG. Для S-IgG доноров болевших COVID-19 (независимо от последующей вакцинации) показано значительное преобладание IgG1. 3. Сочетанием аффинных хроматографий на сефарозе, специфически связывающей человеческие легкие цепи типа каппа и лямбда для 4 групп доноров получено по 3 фракции антител: κκ-IgG, κλ-IgG и λλ-IgG. Для всех четырех групп доноров показано, что κκ-IgG > λλ-IgG. Получены данные о соотношении κκ-IgG, κλ-IgG и λλ-IgG среди антител, обладающих сродством к RBD, S- и N-белкам. В выделенных фракциях антител (κκ-IgG, κλ-IgG и λλ-IgG) методом ИФА проанализировано соотношение подклассов IgG1-IgG4. Показано, что в фракции κλ-IgG для всех четырех групп доноров преобладает IgG2. Во фракции κκ-IgG преобладают IgG1. Во фракции λλ-IgG преобладают IgG1, за исключением доноров, переболевших COVID-19: в этой фракции антител преобладают IgG2. Также отмечено повышенное содержание IgG4 во фракции κλ-IgG доноров, переболевших COVID-19. 4. Показано, что активность гидролиза RBD и N-белка фракциями антител всех групп доноров уменьшается в следующем ряду: κκ-IgG > κλ-IgG > λλ-IgG. Отмечено, что λλ-IgG доноров, переболевших COVID-19, не проявляли каталитической активности в гидролизе RBD, вероятно, протеолитическая активность λλ-IgG связана с вакцинацией. Показано, что κκ-IgG наиболее активны в гидролизе 4 из 6 исследованных олигопептидов. λλ-IgG оказались более активны в случае только одного олигопептида. Показано, что κκ-IgG более активны в гидролизе ДНК, а λλ-IgG - более активны в гидролизе мальтогептаозы и рибогомоолигонуклеотидного субстрата F-(pС)23. Активность всех фракций (κκ-IgG, κλ-IgG и λλ-IgG) в гидролизе F-(pU)23 оказалась сопоставимой для доноров всех групп. Получены данные свидетельствуют о крайней гетерогенности κκ-IgG, κλ-IgG и λλ-IgG в гидролизе различных субстратов. 5. Для описания отдаленных последствий инфицирования SARS-CoV-2, сформирована когорта пациентов у которых COVID-19 и/или вакцинация сопровождались развитием неврологических или ревматологических симптомов. Изменения симптоматики оценивались врачем ревматологом в динамике. Собрана коллекция плазм крови данных пациентов в динамике для сопоставления с анамнезом, которое будет проведено в следующем отчетном году. За отчетный период опубликовано две статьи, одна из которых в журнале Q1. Результаты представлены на всероссийских и международных конференциях (9 докладов). Результаты работы упоминались в СМИ: 1. Статья в журнале “Наука в Сибири” опубликована 26 декабря 2022 https://www.sbras.info/articles/nauka-dlya-obschestva/prirodnye-antitela-protiv-s-belka-koronavirusa-ne-privodyat-k 2. Репортаж на канале “ВестиНовосибирск” 18 января 2023 https://www.nsktv.ru/news/medicine/svyaz_antitel_k_covid_19_s_autoimmunnymi_zabolevaniyami_issleduyut_novosibirskie_uchyenye/

Аннотация результатов, полученных в 2023 году
1. Разработана платформа для скрининга иммунного ответа на отдельные эпитопы вирусного белка. Разработанный подход не занимает много времени и не требует больших затрат и может быть использован как дополнительный этап скрининга Разработанный подход позволяет определить наличие в плазме антител, специфичных к иммуногенным эпитопам целевого белка. Сравнение пула антител, образующихся в организме после инфекционного заболевания и вследствие вакцинации, является удобным инструментом для скрининга потенциала вакцин и выбора тех, которые стимулируют выработку антител, соответствующих природному инфекционному агенту. Такой скрининг, направленный на выявление потенциала вакцины-кандидата, будет способствовать ускорению сроков разработки новых вакцин, в том числе в условиях пандемии. Данный метод позволяет идентифицировать наиболее перспективные эпитопы вирусных белков из числа предсказанных 2. Охарактеризовано изменение профиля стволовых клеток мышей линии CD1 в ответ на иммунизацию аденовирусной вакциной Sputnik V и коронавирусными белками. Показано отсутствие статистически значимых изменений профиля дифференцировки стволовых клеток костного мозга у иммунизированных мышей по сравнению с контрольной группой мышей. Показано, что иммунизация вирусными белками и вакциной Sputnik V не приводит к развитию аутоиммунных процессов у здоровых мышей. Проведено исследование  Т- и В-клеток крови и органов иммуногенеза (костный мозг, селезенка, лимфоузлы, тимус) у иммунизированных мышей. Показано снижение количества В-клеток в костном мозге, селезенке и увеличение В-клеток в лимфоузлах по сравнению с контрольной группой. Также при иммунизации наблюдалось снижение общего количества Т-клеток в лимфоузлах и селезенке по сравнению с контрольной группой. В тимусе не выявлено различий в популяции клеток иммунизированных и контрольных мышей. 3. С помощью разработанной платформы оценена иммунодоминантность 20 эпитопов среди пациентов, перенесших COVID-19 и вакцинированных доноров. Выявлено, что в исследованной выборке пациентов наиболее узнаваемыми эпитопами являлись последовательности YLYRLFRKSNLK и QIPFAMQMAYRF как для вакцинированных, так и для переболевших пациентов. 4. Показано, что у некоторых пациентов длительные проявления longCOVID сопровождались повышением титра антител к белкам миелиновой оболочки нейронов (ОБМ и МОГ). Повышенные титры данных показателей сочетались как с неврологическими проявлениями longCOVID, так и с развитием аутоиммунных заболеваний после перенесенного COVID-19. Значительное повышение этих параметров по сравнению с контрольной группой здоровых доноров может рассматриваться, как настораживающий маркер аутоиммунных реакций. 5. Проанализирован титр антител к dsDNA, ssDNA, гистонам, нуклеосомам, бета-2-гликопротеину, к кардиолипину, а также к ревматологическому фактору. Показано, что у ряда пациентов наблюдалось повышение титров ревматоидного фактора, антител к гистонам к ssDNA и dsDNA, и как правило значительное повышение титров этих антител коррелировало с обострением симптоматики. Поэтому, вероятно, динамическая оценка данных показателей может иметь значение для прогнозирования осложнений перенесенного заболевания. LongCOVID, сопровождающийся неврологическими и ревматологическими симптомами, не приводил к увеличению титра антител к бета-2-гликопротеину и к кардиолипину. 6. Оценена концентрация гамма-интерферона, интерлейкинов и антител к альфа-интерферону в плазме крови пациентов исследуемых групп. Наблюдались значительные изменения в концентрации всех исследованных показателей в динамике, и, вероятно, данные колебания не связаны с перенесенным COVID-19 и вакцинацией, поэтому данные показатели не могут рассматриваться как маркеры аутоиммунной патологии. За отчетный период опубликовано пять статей в журналах Q1. Результаты работы были представлены на Международном конгрессе "Биотехнология: состояния и перспективы развития".