КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 22-23-00282

НазваниеСоздание подходов к синтезу новых аномальных нуклеозидов, структурных аналогов "Ремдесивира" и других С-нуклеозидов, на основе азолоазинов с мостиковым атомом азота

РуководительСаватеев Константин Валерьевич, Кандидат химических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б.Н. Ельцина", Свердловская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 2022 г. - 2023 г. 

Конкурс№64 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 03 - Химия и науки о материалах, 03-101 - Синтез, строение и реакционная способность органических соединений

Ключевые словааномальные нуклеозиды, С-нуклеозиды, азолопиримидины, азоло-1,2,4-триазины, противовирусная активность

Код ГРНТИ31.21.27


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Настоящий проект направлен на комплексное решение проблемы создания новых биологически активных соединений на основе малых молекул азагетероциклического ряда, активных в отношении инфекций, вызываемых вирусными патогенами. Проект предполагает реализацию стратегии мишень-ориентированного дизайна и скрининга перспективных молекул с потенциальным противовирусным действием, основанным на объединении фрагментов молекул, с уже доказанным противовирусным эффектом, а также их структурных аналогов. Полученные ранее положительные эффекты лекарственного препарата Триазавирин и кандидата в лекарственные средства Триазид при терапии гриппа, ОРВИ, COVID-19, клещевого энцефалита и других вирусных инфекций, позволяют рассматривать азолоазиновый скаффолд как перспективный структурный фрагмент для создания новых ансамблей на основе гибридных и конвергентных молекулярных структур. Кроме того, подобные азолоазины с мостиковым атомом азота можно рассматривать как структурные аналоги аномальных нуклеозидов с противовирусным эффектом. С другой стороны, в последнее время значительный интерес исследователей оказался направлен на С-нуклеозиды – молекулы, в которых рибозидный остаток связан с гетероциклической частью через связь углерод-углерод. Благодаря использованию С-нуклеозидов удалось добиться успехов в терапии COVID-19 и данные молекулы стали ключевыми компонентами схем лечения данного заболевания. Среди таковых оказался Ремдесивир, который был одобрен FDA для терапии коронавирусной инфекции. В данном проекте планируется дизайн и разработка схем синтеза новых С-нуклеозидов, которые включают гетероциклическую часть в виде азолоазинов с мостиковым атомом азота и рибозидный фрагмент, который представляет собой дефосфорилированный остаток из структуры Ремдесивира и его структурные аналоги. Ключевыми задачами проекта являются химический дизайн новых малых молекул, разработка оригинальных синтетических подходов, комплексное исследование структурных и физико-химических свойств синтезированных соединений, виртуальный и молекулярный скрининг, in vitro эксперименты для оценки безопасности и активности.

Ожидаемые результаты
В рамках выполнения проекта ожидается получение следующих научных результатов: 1. Проведение докинга массива формальных молекулярных структур с целью установления ареалов наиболее перспективных гетероциклов и отбора фрагментов, ответственных за эффективное связывание с активным сайтом мишеней, включающих РНК-зависимые РНК-полимеразы различных вирусов. 2. Разработка масштабируемых методов синтеза галогенсодержащих аминопиразолов. 3. Разработка подходов к синтезу 3-галогенпиразоло[1,5-a]пиримидинов на основе ретросинтетической схемы [3+3] с использованием карбонилсодержащих синтетических эквивалентов. 4. Создание подходов к синтезу 8-галогенпиразоло[5,1-c][1,2,4]триазинов. 5. Разработка методов получения 3-галоген-7-алкиламинопиразоло[1,5-a]пиримидинов с помощью последовательных реакций хлордезоксигенирования и нуклеофильного замещения атома галогена на алкиламины. 6. Создание оптимизированных условий для взаимодействия полученных галогенсодержащих пиразоло[1,5-a]пиримидинов и пиразоло[5,1-c]-1,2,4-триазинов с лактонами с помощью активации гетероциклической части через образование карбаниона с получением целевых новых С-нуклеозидов. 7. Разработка методов синтеза С-нуклеозидов, содержащих нитрильный фрагмент в (псевдо)рибозидном остатке, путём замещения гидроксильной группы на нитрильную. 8. Разработка методов синтеза водорастворимых форм полученных С-нуклеозидов путём снятия защитных групп в псевдорибозидном фрагменте с образованием свободных гидроксильных производных. 9. Установление биологической активности полученных С-нуклеозидов, в том числе их противовирусной активности и цитотоксичности для составления корреляции "структура-активность".


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
В отчетном периоде по проекту 22-23-00282 «Создание подходов к синтезу новых аномальных нуклеозидов, структурных аналогов "Ремдесивира" и других С-нуклеозидов, на основе азолоазинов с мостиковым атомом азота» был выполнен ряд прогнозно-аналитических и синтетических работ. В частности, с помощью молекулярного докинга в отношении некоторых релевантных биологических мишеней, связанных с вирусами семейства SARS-CoV, было показано, что С-нуклеозиды, полученные на основе азолоазинов с мостиковым атомом азота и (псевдо)рибозидов, и их структурные аналоги являются перспективным классом гетероциклов с потенциальной противовирусной активностью. Аналитический обзор литературы по данной проблематике за последние 15 лет позволил сформулировать, что преимуществом С-нуклеозидов является более высокая метаболитическая стабильность гликозидной связи «углерод-углерод», по сравнению со связью «углерод-азот», которая присутствует в классических аналогах природных N-нуклеозидов. Среди С-нуклеозидов были обнаружены соединения, проявляющие противовирусное и противоопухолевое действие, а «Ремдесивир», являющийся фосфорилированным С-нуклеозидом, был одобрен FDA для лечения COVID-19. Кроме того, в рамках литературного обзора мы показали, что стратегии синтеза С-нуклеозидов подразделяются на три большие группы: прямое сочетание функционализированного агликона и (псевдо)рибонолактона; достройка гетероциклического фрагмента на готовом рибозном остатке; построение углеводного фрагмента на готовом агликоне. При этом наиболее многочисленной по числу ссылок и универсальной, с точки зрения получаемых продуктов, является стратегия прямого С-С сочетания агликона и рибозида. Синтетическая часть работ включала разработку масштабируемых методов синтеза галогенсодержащих аминопиразолов и их предшественников для последующего построение бициклических агликонов азолоазинового ряда. Нами было предложено несколько удобных, масштабируемых подходов, в том числе, оригинальных – предполагающих деструкцию сложноэфирного остатка в доступных аминопиразолах для получения более дефицитных производных. В дальнейшем эти гетероциклы были использованы для циклоконденсации с биэлектрофильными синтетическими эквивалентами по схеме [3+3]. Условия взаимодействия аминопиразолов с различными эквивалентами были оптимизированы для достижения высоких выходов, простоты выделения и чистоты получаемых продуктов. Было показано, что для получения 3-галогенпиразоло[1,5-a]пиримидинов наиболее эффективной является стратегия ««построение бициклической системы – введение атома галогена». В результате синтетических работ была получена библиотека различных 2-R-3-галоген-6-X-7-Y-пиразоло[1,5-a]пиримидинов из более чем полусотни соединений, строение и чистота полученных образцов была подтверждена с помощью всех современных методов физико-химического анализа. С помощью полученных галогенированных агликонов азолоазинового ряда было выполнено несколько модельных экспериментов по взаимодействию с псевдорибонолактонами в результате чего была показана возможность образования гликозидной связи «углерод-углерод» при активации агликонов с помощью бутиллития. Несмотря на то, что данный синтетический метод ещё требует оптимизации, при его реализации была обнаружена необычная реакция деструкции 1,3,4-тиадиазольного фрагмента. Нами было изучено данное превращения и показана применимость данной реакции для синтеза малоизученных аналогов природных нуклеозидов – тиоксантинов. Преимуществами разработанного метода является региоспецифичность, поскольку образуются исключительно N9-производные, а также отсутствие необходимости хроматографической очистки целевых продуктов. С помощью предложенного метода был синтезирован близкий структурный аналог тиоксантинового ряда для зарегистрированного противовирусного препарата Пенцикловир.

 

Публикации

1. Саватеев К.В., Федотов В.В., Слепухин П.А., Уломский Е.Н., Русинов В.Л. Regiospecific route to N9-alkylated thioxanthines New Journal of Chemistry, Том 46, Выпуск 36, Страницы 17145 - 1714825 (год публикации - 2022) https://doi.org/10.1039/D2NJ03002K

2. Мухин Е.М., Саватеев К.В., Русинов В.Л. Подходы к синтезу гетероциклов класса С-нуклеозидов ИЗВЕСТИЯ АКАДЕМИИ НАУК. СЕРИЯ ХИМИЧЕСКАЯ, №1, 2023 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1007/s11172-023-3810-1


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
В отчетном периоде по проекту 22-23-00282 «Создание подходов к синтезу новых аномальных нуклеозидов, структурных аналогов "Ремдесивира" и других С-нуклеозидов, на основе азолоазинов с мостиковым атомом азота» был выполнен широкий ряд синтетических работ на основании прогнозно-аналитических данных и результатов, полученных на первом этапе выполнения проекта. В частности, была проведена масштабная серия экспериментов по исследованию реакционной способности полученных ранее 3-галогенпиразоло[1,5-a]пиримидинов в реакциях с кетонами в присутствии различных металлорганических реагентов. Для формулирования корреляции «структура-реакционная способность» варьировались заместители азолоазиновом остове, условия реакции и мольное соотношение реагентов. Было установлено, что азолоазины с мостиковым атомом азота, содержащие атом галогена в азольном цикле, как уходящую группу для образования карбаниона, не реагируют с фениллитием, бис(триметилсилил)амидом лития и металлическим магнием. Наиболее распространенный литиирующий агент, n-BuLi, действует на соответствующие 3-галогенпиразоло[1,5-a]пиримидины крайне неселективно, приводя зачастую к сложной смеси продуктов, которые трудно идентифицировать. Вероятно, такой эффект связан со склонностью азолоазиновых систем с мостиковым атомом азота к раскрытию азольного или азинового фрагмента под действием оснований. Тем не менее, было показано, что 3-бром-5,7-диметилпиразоло[1,5-a]пиримидин имеет три реакционноспособных центра при взаимодействии с n-BuLi – С3-Br, C5-CH3, C7-CH3. Соответствующие карбанионы могут взаимодействовать с кетогруппой, что было продемонстрировано выделением продуктов присоединения циклогексанона по всем упомянутым фрагментам. При этом скорость взаимодействия образовавшихся карбанионов с кетогруппой меняется в следующем порядке C7-CH2(-) >> C5-CH2(-) ≈ С3(-). Наконец, был выделен и охарактеризован целевой продукт, 1-((3-(циклогекс-1-ен-1-ил)-5-метилпиразоло[1,5-a]пиримидин-7-ил)метил)циклогексан-1-ол, что впервые продемонстрировало принципиальную возможность образования гликозидной С-С связи при использовании азолоазинов с мостиковым атомом азота, как структурных аналогов Тризавирина, в качестве агликона. Неожиданным продуктом реакции стал димер, который образовался при обработке 3-бромпиразоло[1,5-a]пиримидина диизопропиламидом лития в ТГФ при -78оС. С помощью ряда современных физико-химических методов анализа было доказано, что в результате реакции был получен 3,3'-дибромо-7,7'-дипиразоло[1,5-a]пиримидин, который образуется, вероятно, по механизму нуклеофильного ароматического замещения водорода. Кроме того, на заключительном этапе работы над проектом была развита реконструктивная методология органического синтеза на примере получения N9-алкилированных (аза)пуринов, как структурных аналогов природных нуклеозидов. В 2022 году в результате исследований, посвященных синтезу С-нуклеозидов на основе галогенсодержащих азолоазинов, было обнаружено необычное раскрытие 1,3,4-тиадиазольного кольца в конденсированных системах. Эта реакция была использована для создания региоспецифичного синтеза нового класса аномальных нуклеозидов – тиоксантинов. Важность разработки региоспецифичных методов синтеза нуклеозидов пуринового ряда подтверждается тем, что подавляющее большинство представленных в современной научной литературе методов получения этих соединений основаны на реакции алкилирования исходного пуринового основания в тех или иных условиях. Подобный подход приводит к образованию двух региоизомеров – целевого N9 и побочного N7. Необходимость хроматографического разделения близких по свойствам региоизомеров является серьезным недостатком существующих синтетических методов. Нами, в развитие предшествующих результатов, было предложено использовать 6-нитро-7-алкиламинотетразоло[1,5-a]пиримидины как прекурсоры к N9-алкилированным пуринам. Проведена работа по поиску селективных методов восстановления нитрогруппы в упомянутых субстратах и показано, что скорость восстановительной деструкции тетразольного цикла гораздо больше, чем восстановления нитрогруппы. В результате этих исследований был создан метод получения 2,5-диамино-5-метил-6-алкиламинопиримидинов с превосходными выходами. Полученные триамины являются удобными прекурсорами к синтезу конденсированных гетероциклических систем. С помощью аннелирования имидазольного цикла при нагревании в триэтилортоформиате была получена серия N9-алкилированных пуринов. В свою очередь, диазотирование полученных триаминов показало, что скорость взаимодействия С5-аминогруппы с катионом нитрозония гораздо выше, чем С2-аминофрагмента, в результате чего образуется соль диазония, которая внутримолекулярно циклизуется и приводит получению 8-азапуринов. Стоит отметить, что структура всех полученных соединений была подтверждена и доказана набором современных физико-химических методов анализа, включая 1Н и 13С ЯМР спектроскопию (в том числе, корреляционные гетероядерные эксперименты), ИК спектроскопию, масс-спектрометрию, а также элементный анализ. Для ряда ключевых продуктов структура была доказана с помощью рентгеноструктурного анализа. В отчетный период также были получены результаты по противовирусному действию синтезированных предшественников С-нуклеозидов, 3-галоген и 3Н- пиразоло[1,5-a]пиримидинов. Данные исследования были проведены в ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора (г. Новосибирск) на вирусе SARS-CoV-2 hCoV-19/Russia/Vologda-171613-1208/2020. Исследования продемонстрировали, что синтезированные пиразоло[1,5-a]пиримидины хотя и уступают по активности препарату сравнения, Ремдесивиру, тем не менее, обладают некоторым противовирусным действием. Дальнейшая оптимизация структуры может привести к гетероциклам с более выраженным биологическим эффектом. По результатам выполненных работ была опубликована статья в журнале Russian Chemical Bulletin [https://link.springer.com/article/10.1007/s11172-023-3965-0], где суммированы все исследования касательно получения галогенсодержащих пиразоло[1,5-a]пиримидинов, как перспективных предшественников С-нуклеозидов. Эта публикация стала третьей из трёх, запланированных в этом проекте (четвёртой, с учетом квартилей). Результаты выполнения проекта и достигнутые научные результаты были представлены в виде докладов и обсуждены на конференциях по тематике проекта всероссийского и международного уровня. Среди таковых можно отметить: • Междисциплинарную конференцию «Молекулярные и Биологические аспекты Химии, Фармацевтики и Фармакологии», г. Санкт-Петербург, 24-27 апреля 2023 г. (https://mobi-chem.org/images/program_1.pdf); • XXXIII Российская молодёжная научная конференция с международным участием «Проблемы теоретической и экспериментальной химии», г. Екатеринбург, 24-27 апреля 2023 года (file:///C:/Users/user/Downloads/978-5-7996-3703-3_2023.pdf); • VII Международная конференция «Современные синтетические методологии для создания лекарственных препаратов и функциональных материалов» (MOSM 2023), г. Екатеринбург, г. Пермь, 10-16 сентября 2023 года (http://mosm.psu.ru/wp-content/uploads/2023/09/ПРОГРАММА_230909.pdf).

 

Публикации

1. Е.М. Мухин, К.В. Саватеев, Е.К. Воинков, Е.Н. Уломский, В.Л. Русинов 3-Halopyrazolo[1,5-a]pyrimidines as promising precursors of novel C-nucleosides Russian Chemical Bulletin, Том 72, № 8, стр. 1821-1836 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1007/s11172-023-3965-0


Возможность практического использования результатов
Результаты выполнения проекта обеспечивают научный задел для создания российских инновационных лекарственных препаратов. Фактически, в проекте были осуществлены первые стадии процесса "drug design", а именно проведение молекулярный докинг для отбора скаффолдов и конкретных молекул с наибольшим сродством к мишеням, ассоциированным с конкретными вирусными заболеваниями; проведен обзор и анализ современной литературы, касающейся подходов к синтезу отобранного класса гетероциклов, выделены наиболее перспективные методы и стратегии; на основании прогнозно-аналитических данных разработана собственная стратегия получения наиболее привлекательных гетероциклов и их прекурсоров; созданы эффективные методы синтеза предшественников целевых С-нуклеозидов; исследована реакционная способность синтезированных производных в реакциях с кетонами для создания методов получения целевых С-нуклеозидов; полученные данные использованы для синтеза серии аналогов природных нуклеозидов пуринового ряда региоспецифичным методом. С помощью полученных результатов удастся создать научный задел для разработки инновационных отечественных противовирусных/противоопухолевых/иммуносупрессивных средств, что особенно важно в условиях санкционного давления на Российскую Федерацию и ухода некоторых зарубежных фармацевтических компаний с российского рынка. Отличительной чертой полученных результатов является их научная новизна, поскольку классические методы получения пуриновых нуклеозидов не являются региоспецифичными. В результате создания данного научного задела в будущем возможно снижение уровня смертности и улучшение качества жизни пациентов, в том числе с онкологическими заболеваниями. С помощью полученных результатов возможно сглаживание негативных экономических эффектов от сезонных вирусных эпидемий (в первую очередь, гриппа) за счет создания инновационных противовирусных препаратов.