КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 22-26-00198

НазваниеСоздание метода и устройства оценки полового диморфизма эмбрионов яйца птицы на основе методов компьютерного технического зрения и искусственных нейронных сетей

РуководительАлейников Александр Фёдорович, Доктор технических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Сибирский федеральный научный центр агробиотехнологий Российской академии наук, Новосибирская обл

Период выполнения при поддержке РНФ 2022 г. - 2023 г. 

Конкурс№64 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки, 06-204 - Животноводство

Ключевые словаточное птицеводство, инкубация, яйцо, эмбрион, пол, техническое зрение, свёрточные нейронные сети

Код ГРНТИ65.13.00


СтатусУспешно завершен


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
Увеличение спроса на продукцию птицеводства в сочетании с глобальным повышением конкурентоспособности ресурсов, связанных с сельским хозяйством потенциально может повлиять на рентабельность систем птицеводства. Тем не менее, решения этих проблем могут быть достигнуты с изменением стратегии ведения сельского хозяйства и внедрением новых интеллектуальных технологий управления. К ним относятся методы точного животноводства в дополнение к другим технологиям, связанным со сбором и использованием данных, генерируемых фермами. Эти системы можно описать как систему ведения сельского хозяйства, которая оптимизирует уход и внимание, получаемые сельскохозяйственными животными, путем мониторинга животных в режиме реального времени, что в идеале приводит к индивидуальному мониторингу животных или к наименьшей единице, которой можно управлять. Системы могут быть запущены на птицефермах, где интеллектуальные датчики могут измерять многочисленные факторы, связанные с производством в режиме реального времени [Фисинин В.И. Стратегические тренды развития мирового и отечественного птицеводства: состояние, вызовы, перспективы, 2018]. Важной проблемой благосостояния в индустрии яичного слоя является выбраковка суточных птенцов-самцов. Существует предпочтение по признаку пола при производстве курятины, где самец предпочтительнее при производстве бройлеров, а самка при производстве яиц. Для производства бройлеров цыплята-самки не являются экономически жизнеспособными из-за более низких темпов роста по сравнению со своими сверстниками. Цыплятам-самкам, чтобы набрать вес, необходимы дополнительные расходы на корм. Более того, цыплята-самки в бройлерных хозяйствах экономически не оправданы при отправке на рынок из-за более низкого прироста массы тела по сравнению с цыплятами-самцами. С другой стороны, цыплята-самцы естественно не могут быть использованы при производстве яйца – единственного продукта, который усваивается организмом человека на 97-98%. Используемые на практике методы определения пола при сортировке однодневных цыплят немногочисленны. Один из основных способов включает оценку формы рудиментарных бугорков в слизистой оболочке клоаки цыпленка. У петушка половой бугорок занимает срединное положение на внутренней поверхности сжимательного мускула клоаки. Раннюю диагностику пола цыплят осуществляют и по внешним различиям маховых перьев у суточных курочек и петушков. Многие исследователи пытались применять различные стратегии для определения пола эмбриона до вылупления птенцов из яйца, и даже до инкубации, основываясь на различиях в содержании ДНК в бластодерме, гормональных различиях (эстрогенах) в аллантоисной жидкости и флуоресцентных свойствах крови эмбрионов. Точно установлено, что половые различия существуют в весе эмбрионов при инкубации, его составе, запахе яиц, содержании ДНК, интенсивности флуоресценции крови и комбинационном рассеянии. Но ни один из этих методов не использовался в практике, поскольку они являются инвазивными методами. Перспективный и эффективный метод определения пола эмбриона в яйце не должен затрагивать целостность яичной скорлупы или зародыша внутри, а также и не должен оказывать отрицательное влияние на развитие эмбриона в яйце и после процесса вывода и развития. Кроме того, он должен быть быстродействующим, чтобы его можно было применять к большому количеству яиц. Метод должен быть экономически целесообразным и приемлемым с этической точки зрения. Ранее установленные различия в весе и структуре эмбрионов петушков и куриц мотивируют использование оптических неинвазивных методов для определения пола в яйце: бесконтактная спектроскопия и методы компьютерного зрения с использованием элементов искусственного интеллекта. Существенная новизна и значимость проекта заключается в применении мультиспектральных методов обработки данных, извлекаемых из цифровых изображений исследуемого объекта (эмбриона яйца) и нового подхода сегментации изображений и маскирования при обучении сверточных нейронных сетей, когда нужно не только определить класс изображения целиком, но и сегментировать его области по классу образцов. Эти методы позволят создать простые и быстродействующие технические средства, которые могут быть эффективно использованы в существующих технологиях в птицеводстве, в том числе и при инкубации.

Ожидаемые результаты
В результате выполнения проекта будет проанализирована современные методы изучения оптических свойств биологических тканей с использованием методов компьютерного зрения и архитектуры сверточных нейронных сетей. Будет разработан способ контроля функционального состояния эмбриона яйца птицы до инкубации и в инкубационный период, а также программно-алгоритмический комплекс для его реализации. Метод и устройство, предлагаемые к разработке, могут найти широкое применение на предприятиях и комплексах по производству яйца и мяса птицы и в пищевой индустрии. Результаты исследований предоставляют потенциал для сбора соответствующих производственных данных о признаках пола в начальный период инкубации яиц в режиме реального времени. С помощью передовых систем аналитики можно сделать важные выводы из этих данных, что приведет к лучшему принятию решений, улучшению практики управления и повышению уровня производства. Полученные экспериментальные данные создадут предпосылки для создания автоматизированных систем определения пола яиц в крупных инкубаториях. Проблема массового сексирования эмбрионов, сохраняет свою актуальность во всех странах-производителях, что проявляется, в частности, в наличии соответствующих национальных и международных ассоциаций, соглашений, нормативных документов и фундаментальных научных исследованиях, финансируемых из государственных бюджетов.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2022 году
Яйца домашних птиц содержат большое количество ценных микроэлементов и питательных веществ. Они являются главным источником белка и используются для приготовления большого количества традиционных блюд, а также незаменимы для диетического и спортивного питания. Существует предпочтение по признаку пола при производстве мяса птиц, где самец предпочтительнее при производстве бройлеров [https://blog.minifermer.org›read/17/19-tehnologiya-..]. Для производства бройлеров цыплята-самки уступают самцам из-за более низких темпов их роста по сравнению со своими сверстниками. Цыплятам-самкам, чтобы набрать вес, необходимы дополнительные расходы на корм. Более того, цыплята-самки в бройлерных хозяйствах экономически не оправданы при отправке на рынок из-за более низкого прироста массы тела по сравнению с цыплятами-самцами. Однако петушки не могут быть использованы при производстве яиц. Поэтому каждый год в мире более 7,0 миллиардов вылупившиеся из яйца однодневных петушков уничтожаются путем удушья углекислым газом или мацерации из-за этого предпочтения, связанного с гендерной ориентацией производства [https://ru.wikibrief.org›wiki/Chick_culling..]. Такое отношение к живым цыплятам вызывает серьезные этические проблемы и приводит к значительным экономическим потерям. Многие исследователи пытаются применять различные стратегии для определения пола эмбриона до выхода птенцов из яйца основываясь на различиях в содержании ДНК в бластодерме, гормональных различиях в аллантоисной жидкости эмбрионов. Точно установлено, что половые различия существуют в составе органических веществ эмбрионов при инкубации, в запахе яиц, в содержании ДНК, в интенсивности флуоресценции крови и в комбинационном рассеивании [https://sfsca.ru›science…sozdanie…i…polovogo…embrionov…na..]. Но эти методы редко используется в практике, поскольку они разрушают целостность структуры яйца. Широкое распространение в исследованиях определения пола эмбрионов получили методы флуоресценции и рамановской спектроскопии и их комбинации[https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov›28208285/.]. Однако сведений о практической реализации этих методов в анализируемых источниках не обнаружены. Перспективны методы применения компьютерного зрения в период инкубации по анализу изображениях развития кровеносные сосудов эмбрионов, так как они подкреплены значительной теоретической базой. Системы компьютерного зрения могут обеспечить надежную, не разрушающую и прецизионную технологию зондирования и мониторинга различных аспектов производственных процессов птицеводства. Они обеспечат формирования большого объёма разнообразных данных по оценке жизнедеятельности и прогноза половых признаков эмбрионов яиц для последующего анализа. Однако идти по пути проведённых в 2021-2022 году зарубежных исследований в области машинного обучения на основе созданного генетического алгоритма для оптимизации начальных весов и порогов одиннадцати признаков кровеносных сосудов, характеризующих половой диморфизм эмбрионов в первую половину инкубации [https://sci-hub.ru doi: 10.1016/j.japr.100203], не рационально по следующим причинам. Во-первых, исследователи механически вскрывали скорлупу всей партии яиц на 15 день инкубации и определяли пол, когда эмбрион уже находится на стадии болевого порога. Во вторых, в анализируемых источниках не обнаружены даже методики по определению содержании ДНК в бластодерме, гормональных различиях в аллантоисной жидкости, которая позволила бы безболезненно определять пол эмбриона и не нарушать его жизнеспособность. В третьих, как утверждают сами авторы этих исследований, такие факторы, как форма яйца, пятна кальция на скорлупе яйца и внешняя среда получения изображения, могут повлиять на параметры признаков, извлеченных из изображения яйца. Всё это снижает достоверность идентификации пола. Поэтому на основе компьютерного зрения, предложены новые методы для определения полового диморфизма в начальные дни инкубации (1-3 день), а именно: 1) метод определения полового диморфизма путем обнаружения микрообразований кровеносных сосудов и определения их распределения по размерам в выделенной локальной области по изображению желтка яйца, включая бластодиск. Для проведения исследований в этом направлении был разработан алгоритм и компьютерная программа, предназначена для прогноза диморфизма в первые дни по разнице распределения микрососудов по построенной гистограмме дискретных значений количества частиц методом компьютерного зрения. Метод имеет правовую защиту – свидетельство о регистрации программы для ЭВМ RU №2022664104 Компьютерная программа «Определение количества и распределение микрочастиц по изображению поверхности объекта», опубликован в ФИПС 22.07.2022; 2) метод определения полового диморфизма, по различию динамики сердечных сокращений эмбрионов при инкубации. Учитывая, что сердечная деятельность у эмбриона обнаружена на 2-й день инкубации, возможна разработка нового метода ранней оценки полового диморфизма в инкубированном яйце, основанного на гипотезе различия частоты и динамики сердечных сокращений у эмбрионов петухов и куриц. Такой метод оценки полового диморфизма в анализируемых источниках не обнаружен. Факт различия в сердечной деятельности двух полов эмбрионов можно опровергнуть или доказать, лишь применяя современные методы и средства компьютерного зрения. Если в дальнейшем такой подход не удастся реализовать, в этом случае его можно использовать при контроле жизнеспособности эмбрионов в процессе инкубации. Метод имеет правовую защиту – свидетельство о регистрации программы для ЭВМ RU №2022667791«Определение частоты сердечных сокращений эмбриона птицы в период инкубации», опубликована в ФИПС 26.09.2022. 3) Далее предложен новый метод прогноза полового диморфизма зародышей в яйце до инкубации по параметрам формы, включая асимметрии яйца по пространственным координатам путем использования метода компьютерного зрения. В качестве научной гипотезы предполагается, что характер асимметрии по пространственным координатам у зародышей мужского и женского пола куриных яиц различный. В данном случае предлагается определять асимметрию линейных размеров яйца относительно пространственных координат. Стремление к симметрии формы у живых организмов – известный факт, который объясняется уменьшением энтропии в упорядоченных системах [https://en.wikipedia.org›wiki/Radially_symmetric]. Так как компьютерное зрение при получении изображений использует математический аппарат, оно будет эффективно при разработке методов прогноза половых признаков по параметрам формы, включая асимметрии яйца по трём пространственным координатам, до или вовремя их инкубации. Кроме того, предлагаются новые научно-обоснованные подходы к определению полового диморфизма эмбрионов, путём анализа: изменений доминирующей длины волны и насыщенности цвета изображений бластодиска яйца; анализа RGB изображений, отраженного от поверхности объекта исследований в диапазоне от 475 до 900 нм; измерения восьми параметров биоимпеданса в диапазоне от 20 Гц до % МГц и выявление информативных признаков. Для подтверждения возможности реализации новых методов и научно-обоснованных подходов разработан новый многофункциональный исследовательский комплекс технических средств для реализации предложенных методов и подходов, в составе: а) калориметрической установка для получений RGB -изображений методом компьютерного зрения; б) установки для исследования гиперспектрального спектра от поверхности объекта исследования; в) установки импедансной спектроскопии для исследования электрических параметров объекта исследований; г) установки для оценки жизнеспособности и создание необходимых условий для проведения инкубации и вывода цыплят. Применение этого комплекса при исследованиях позволит в дальнейшем провести широкомасштабные исследования по решаемой проблеме и получить достоверные результаты по выбору и оценке эффективности предложенных методов и подходов по определения полового диморфизма эмбрионов в доинкубационный и инкубационный период.

 

Публикации

1. Алейников А. Ф. Методы неинвазивной оценки полового диморфизма эмбрионов в яйце птицы Сибирский федеральный научный центр агробиотехнологий Российской академии наук, Т. 52. № 5. С. 105-116. (год публикации - 2022) https://doi.org/10.26898/0370-8799-2022-5-13

2. Алейников А. Ф. Development of an Android application for assessing the viability of an embryo in an egg IOP Publishing Ltd., - (год публикации - 2022)

3. Алейников А. Ф. Application of computer vision in food industry to predict sexual dimorphism in poultry eggs during incubation IOP Publishing Ltd., - (год публикации - 2022)

4. Алейников А.Ф. Торопов В.И. Компьютерная программа "Определение количества и распределения по размерам микрочастиц поверхности объекта" -, №2022664104, дата государственной регистрации в Реестре программ для ЭВМ:22.07.2022 (год публикации - )

5. Алейников А.Ф.,Муковин А.С. Компьютерная программа «Определение частоты сердечных сокращений эмбриона птицы в период инкубации» -, №2022267791, дата государственной регистрации в Реестре программ для ЭВМ: 26.09.2022 (год публикации - )

6. - Под руководством ученого СФНЦА РАН реализуется проект по созданию метода по определению пола птицы в эмбрионе яйца Пресс-служба СФНЦА РАН "Новости", https://sfsca.ru/news/razdel-2/pod-rukovodstvom-uchenogo-sfntsa-ran-realizuetsya-proekt-sozdanie-metoda-i-ustroystva-otsenki-polovo/ (год публикации - )

7. - Петушок или курочка? Новосибирские учёные научились определять пол цыплёнка ещё в яйце ЧС инфо, https://dzen.ru/a/Y46lOO4byCm1Acqp (год публикации - )

8. - Новосибирские ученые научились узнавать пол цыплят еще в яйце Gorsite.ru, https://gorsite.ru›news/tekhnologii/novosibirskie…pol…v… (год публикации - )

9. - В Сибири научились определять пол птицы в эмбрионе яйца Российская газета №8922, Рубрика: Общество (наука) 05.12.2022 (год публикации - )

10. - В России создали исследовательский комплекс для определения пола птицы в эмбрионе яйца ТАСС Наука, nauka.tass.ru от 05.12.2022 (год публикации - )


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
В ряде европейских стран (Германии, Франции и др.) с 2022 г. начал действовать закон о запрещении массовой выбраковки суточных цыплят (https://www.infosperber.ch/gesundheit/ernaehrung/bruderhaehne-toeten-verboten-nun-sterben-sie-im-ausland/). Производителей обязали использовать технологии определения пола цыпленка до его рождения и предотвращать процесс появления петушков в процессе инкубации. Кроме того, с 2024 г. в странах Европы планируется введение запрета на уничтожение живых эмбрионов в яйце птицы после 6 дня инкубации. Это связано с наличием сердечных сокращений у развивающегося эмбриона уже на 3 день инкубации и серой зоны болевого порога эмбриона на 7 день инкубации яйца куриц. При этом определение пола зародыша в яйце до инкубации остается нерешенной проблемой. В связи с новыми тенденциями, нами были разработаны основные требования к выбору и разработке методов определения пола эмбриона в яйце, которые должны: 1. не разрушать целостность яичной скорлупы или зародыша внутри, то есть быть неинвазивными методами; 2. не оказывать отрицательное влияние на эмбрион в яйце и цыплят в процессе их вывода и дальнейшего их развития; 3. осуществлять отбраковку инкубационных яиц до инкубации или в срок до 6-7 дней, когда маловероятен болевой порог у развивающего эмбриона, то есть быть приемлемым с этической точки зрения; 4. быть быстродействующими, чтобы их можно было применять к большому количеству яиц в производственных инкубаторах; 5. при их реализации должны быть исключены сложные зарубежные технологии и технические, а также прочие другие средств и материалы; 6. обладать приемлемой достоверностью или точностью прогноза полового диморфизма в яйце; 7. не иметь сложных и трудоемких операций, приводящих к удорожанию его коммерческой реализации, т.е. обладать инвестиционной привлекательностью при внедрении на инкубаторах птицефабрик. Установлено, что ни один из существующих методов полностью не соответствует данным требованиям, а также не определяет пол эмбриона в яйце до инкубации, были проведены следующие изыскания и экспериментальные исследования. 1) Применение метода импедансной спектроскопии показал, что форма и характер зависимостей реактивного сопротивления и добротности тождественен и соответствует традиционным зависимостям присущим биологическим объектам в диапазоне частот от 100 Гц до 1 МГц. В области 300-400 кГц экстремумов зависимостей не обнаружено и реактивные сопротивления, измеренные в области 378 кГц коррелирована не с полом, как утверждается в работе [Ching C.T.S. 2023., Bioimpedance-measurement-based non-invasive method for in ovo chicken egg sexing Biosensors Vol.13(4):440], а с массой яиц из партии. При данном методе не обеспечивается повторяемость снятия измерительного сигнала, вносятся искажение за счет вариаций сопротивлений измерительных электродов. Он не имеет перспектив при его коммерческом реализации на практике. 2) При использовании метода гиперспектральной визуализации выявлены 3 длины волны 640, 644 и 688 нм, на которых наблюдаются статистически значимое (p<0,05) различие между средними значениями спектра для разных полов. Однако малый объём данных об объекте исследований не дал однозначного ответа о возможности определения пола эмбрионов куриных яиц до инкубации этим методом. 3) Разработан новый метод определения пола в яйце до его инкубации по анализу асимметрии цифровой модели поверхности яйца, путем машинного обучения при решении задач бинарной классификации для малых выборок с большой размерностью исходного набора переменных признаков: логистическая регрессия, одиночные деревья решений, случайные леса, случайные леса в составе метода адаптивного бустинга. Причём данные асимметрии, характеризующие форму цифровой модели яиц и её отклонение от симметрии, подвергают статическому анализу (критерия: p1 – U-критерий Манна-Уитни и p2 – критерий Колмогорова-Смирнова). При этом выделяют только те данные, у которых уровень значимости в каждой выделенной размерной группе был наименьший. В результате трёх инкубации было идентифицировано по полу 54 петушка и 48 курочек. Обработка цифровых моделей яиц из этой выборки производилась по вышеописанной методике и получены значениями показателей точности AUC=79-80% и F1=81-82%: Random Forest классификатор с 4 оценщиками и максимальной глубиной 3, классификатор случайного леса с 10 оценщиками и максимальной глубиной 5, классификатор AdaBoost с 4 оценщиками дерева решений и максимальной глубиной 3 Полученные результаты показывают, что новый метод с предложенной комбинации ей алгоритмов машинного обучения позволяет разрабатывать модели классификации для задач, в которых пространство признаков значительно превышает размер выборки, в которой имеются неоднозначно идентифицируемые выборки. Эти результаты вносят значимый вклад в решении сложной мировой проблемы определения пола эмбриона в яйце до его инкубации.

 

Публикации

1. Алейников А.Ф. , Осипенко И. В. Information technology for culling poultry eggs before incubation based on gender E3S Web of Conferences, Vol. 390: 03005 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/e3sconf/202339003005

2. Алейников А.Ф., Осипенко И.В. Разработка нового метода оценки эмбрионов в яйце птицы до его инкубации Сибирский вестник сельскохозяйственной науки, Т. 53. № 11. С. 106–120. (год публикации - 2023) https://doi.org/10.26898/0370-8799-2023-11-11

3. Алейников А.Ф., Осипенко И.В., Чешкова А.Ф. Development of a spectral setup for determining the sexual dimorphism of the bird embryo E3S Web of Conferences, Vol.390, 02017 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/e3sconf/202339002017

4. Алейников А.Ф., Осипенко И.В., Чешкова А.Ф., Смирнов Е.С. Возможности метода спектрометрии при определении пола эмбрионов инкубационных яиц Достижение науки и техники АПК, № 3, Т. 37, С. 57-62 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.53859/02352451_2023_37_3_57_0

5. Алейников А.Ф., Яковина И.Н., Осипенко И.В. Reducing the environmental footprint in hatcheries through a new approach to sexing bird eggs E3S Web Conf. 2023, Vol. 417, 02002 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1051/e3sconf/202341702002

6. Алейников А.Ф., Дубков И.С., Осипенко И.В. Определение полового диморфизма эмбриона по распределению коэффициента формы яйца птицы, полученного по его изображению методом компьютерного зрения -, свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ RU 2023610199, дата регистрации: 22.12.2022, дата публикации: 09.01.2023. (год публикации - )

7. - В России научились определять пол птенцов сквозь скорлупу Своё фермерство, https://svoefermerstvo.ru/svoemedia/news/v-rossii-nauchilis-opredelyat-pol-ptentsov-skvoz-skorlupu (год публикации - )


Возможность практического использования результатов
не указано