КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер 23-16-00224

НазваниеРазработка криопротекторных композиций для сохранения заквасок, применяемых в пищевой индустрии

РуководительОрлова Ольга Юрьевна, Кандидат технических наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Национальный исследовательский университет ИТМО", г Санкт-Петербург

Период выполнения при поддержке РНФ 2023 г. - 2025 г. 

Конкурс№80 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами».

Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки, 06-301 - Технология пишевых продуктов

Ключевые словалиофилизация молочнокислых бактерий, закваска прямого внесения, криопротектор

Код ГРНТИ65.01.11


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
В настоящий момент ферментированные продукты занимают более 25% рынка пищевой отрасли. Высокий спрос на данную категорию продуктов обусловлен рядом факторов: высокими потребительскими свойствами ферментированной продукции, уникальными органолептическими характеристиками и выраженным терапевтическим эффектом при систематическом употреблении. Для осуществления ферментации используют закваски или стартовые культуры. Молочнокислые бактерии относятся к наиболее важным группам микроорганизмов, используемых при ферментации пищевых продуктов. Создание и поддержание коллекции микроорганизмов играет чрезвычайно важную роль в исследовании микробного разнообразия, а также в сохранении в генетически стабильном виде продуцентов, использующихся в биотехнологических производствах, медицине и экологической биотехнологии. Распространенными и основополагающими методами длительного хранения микроорганизмов являются лиофильное высушивание и криоконсервация. Эти методы консервирования позволяют длительное время сохранять жизнеспособность и функциональную активность микроорганизмов. Криозащитные добавки, которые используются при лиофилизации и низкотемпературном хранении микроорганизмов, таких как бактерий, грибов, водорослей и простейших, включают в себя множество простых и сложных химических соединений. Однако, нет четкого понимания корреляций между составом криопротекторных композиций и выживаемостью бактериальных культур. В связи с этим, целью данного проекта является разработка комплексного подхода к разработке криопротекторных композиций для сохранения заквасочных культур на основе молочнокислых бактерий. Для достижения поставленной цели будут применяться как классические подходы, так и современные методы исследования – создание баз данных, методы машинного обучения и глубокого обучения, нейронные сети, методы молекулярной динамики, симулирование (моделирование) процессов на молекулярном уровне, а также методы хемоинформатики. Применение методов молекулярной динамики позволит наглядно рассмотреть исследуемые процессы на молекулярном уровне, а также определить оптимальные параметры (ионную силу, pH, видовой состав и др. свойства) криопротекторных композиций и их влияние на выживаемость бактерий, а также рассчитать степень кристаллизации воды в присутствии криопротектора для каждого случая, как в локальном окружении криопротектора, так и для всей ячейки. Проектирование NoSQL база данных, на основе полученных данных, позволит исследовать новые корреляции и зависимости с помощью применения алгоритмов и методов машинного обучения. Классические методы будут заключаться в непосредственном тестировании разработанных криопротекторных композиций и параметрах лиофилизации на молочнокислых бактериях в лабораторных условиях. Разработка криопротекторных композиций и формирование сетевой платформы для выявления молекул, способных оказывать криопротекторные (защитные) действие на молочнокислые бактерии для сохранения заквасок, применяемых в пищевой индустрии, является актуальным направлением, как для научного общества, так и для пищевой промышленности. Научная новизна проекта заключается в применении методов вычислительной химии для построения моделей взаимодействия клеточной стенки бактерий и составом криопротектора с последующей интерпретацией в виде базы данных, построенной с применением алгоритмов и методов машинного обучения. С учетом имеющегося научного задела у коллектива авторов в данной области и современного оснащения научно-образовательного центра инфохимии Университета ИТМО, в рамках которого планируется исследование, успешное выполнение проекта и всех заявленных индикаторов не вызывает сомнений. По результатам проекта, планируется опубликовать не менее 10 статей в научных журналах.

Ожидаемые результаты
Национальный проект России «Здравоохранение» является одним из лидирующих направлений по составлению опережающих задач для решения проблем современного общества, заключающихся в разработке, развитии и применении здоровьесберегающих технологий, направленных на обеспечение увеличения активности и продолжительности жизни населения, а также реализации механизмов, способствующих укреплению здоровья с помощью технологий отечественного производства, повышающих уровень конкурентоспособности и импортонезависимости Российской Федерации. Целью проекта является разработка комплексного подхода к составлению криопротекторных композиций для сохранения заквасочных культур на основе молочнокислых бактерий, что соответствует двум Национальным технологическим инициативам Российской Федерации: «Хелснет» – так как разрабатываемый проект за счет возможности производить пробиотические закваски, способны оказывать положительное влияние на микробиоту кишечника человека, улучшая здоровье, обеспечивая рост продолжительность жизни, и «Фуднет» – проект может стать участником формирования конкурентоспособной российской «Агропищевой индустрии 4.0» за счет разработки нового подхода к разработке криопротекторных композиций. Научная значимость проекта заключается в разработке состава композиций криопротекторов с применением подходов вычислительной химии, которые позволят спроектировать NoSQL базу данных для выявления новых корреляций и зависимостей с помощью применения алгоритмов и методов машинного обучения.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2023 году
Сохранение и выживаемость чистых культур микроорганизмов являются ключевыми факторами для успешной деятельности и получения достоверных результатов как в науке, так и в промышленности. Если культура микроорганизма не сохраняется должным образом, то это может привести к изменению свойств микроорганизма и, следовательно, к некорректным результатам исследования. Молочнокислые бактерии (МКБ) имеют ключевое значение в производстве ферментированных продуктов, но они чрезвычайно чувствительны к различным ингибиторам, включая антибиотики, которые могут полностью подавить их рост при концентрации свыше 0,01 МЕ/см3. Это отмечает необходимость контроля уровня антибиотиков и других ингибиторов роста в субстрате для обеспечения безопасности и качества пищевых продуктов. Среди чувствительных к антибиотикам МКБ можно выделить Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus, Lactobacillus acidophilus и Lactobacillus plantarum и др. Обнаружение антибиотиков в молоке является важнейшей задачей в пищевой промышленности для обеспечения безопасности и качества ферментированных продуктов и сохранения микробной популяции. На текущий момент реализован электрохимический подход с применением машинного обучения для детекции антибиотиков в сложных субстратах. Многоэлектродный электрохимический датчик (на основе углерода, никеля и меди) помещается в молоко для регистрации циклической вольтамперометрии (ЦВ). Когда в молоке присутствует антибиотик, он взаимодействует с электродами и вызывает изменение в кривой ЦВ. Эти изменения записываются и анализируется для определения наличия и концентрации антибиотика в системе. Установлено, что молекулы антибиотиков такие, как тетрациклины, пенициллины, цефалоспорины и аминогликозиды, эффективно координируются с ионами меди (2+) и никеля (2+), образуя хелатные соединения за счет таких функциональных групп, как -OH, COO-, -NH2, -NH2, −NH– и −N=. Большинство комплексов термодинамически эффективны и стабильны, с константой устойчивости больше единицы. А для антибиотиков пенициллинового ряда координация в комплексе Ni (II) осуществляется через О-атомы бета-лактамной группы. Изучение твердых комплексов цефазолина с Ni(II) и Cu(II) привело к выводу, что Czl- координируется через карбоксилатные и амидные группы, атом O и атом N гетероциклической боковой цепи. (https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acsami.3c12050). Культивирование и лиофилизация бактерий – сложная и многоступенчатая процедура, включающая несколько нелинейных уравнений. Для оптимизации этого процесса необходимо знать конечный параметр, например количество колониеобразующих единиц бактерий. Решив эти нелинейные уравнения, можно повысить эффективность процесса оптимизации, что возможно осуществить с помощью генетического алгоритма и алгоритмов машинного обучения. Разработан новый подход к решению функций нелинейных систем с измеримым вектором состояния. Этот метод предполагает разбиение потенциальной функции на бесконечный ряд степенных функций. Затем эти степенные функции оптимизируются с помощью алгоритма машинного обучения с применением генетического алгоритма (https://ntv.ifmo.ru/file/article/22359.pdf). Выявлены следующие композиции криопротекторов для молочнокислых бактерий для эффективной защиты бактерий от повреждений при замораживании и сохранения их жизнеспособности: 1. Композиция основана на сахарах и полисахаридах. Она содержит такие сахара, как сахароза, глюкоза, фруктоза, и полисахариды, такие как декстран и глюкан. Эта композиция обеспечивает защиту бактерий от механических повреждений при замораживании и сохраняет их жизнеспособность за счет улучшенной сольватации при низких температурах. Таким образом, криопротекторы на основе сахаров играют важную роль в сохранении молочнокислых бактерий при замораживании. Они позволяют снизить осмотическое давление внутри клеток и предотвратить образование льда, что способствует сохранению жизнеспособности бактерий и их использованию в дальнейшем. 2. Композиция основана на белках, таких как казеин, альбумин и коллагена. Они обеспечивают дополнительную белковую защитную оболочку для бактерий. Однако вопросы обеспечения стерильности при работе с белковой составляющей остается не до конца проработан. Так как применение холодной стерилизации (фильтрация через 0,22 мкм фильтр) затруднительно в промышленных масштабах. Также стоит отметить, данные вещества могут проникать в бактериальную клетку. Следовательно, необходимо проводить дополнительные исследования метаболитов, вырабатываемых в ходе ферментации и культивирования. 3. Композиция основана на фосфолипидах и глицериды. При добавлении данные вещества образуют мембрану вокруг клетки, а также проникают во внутрь клетки, предотвращая образование льда внутри клетки и сохраняет ее структуру. Выявлено, что данная композиция в большей степени обеспечивает сохранение бактериальной клетки при отрицательных температурах (криоконсервации). Одним из ключевых механизмов действия криопротекторов на основе липидов является их способность снижать осмотическое давление внутри бактериальных клеток. 4. Композиция основана на антиоксидантах, таких как витамин С и Е, бета-каротин и соли селена (селенит натрия). Они защищают бактерии от окислительного стресса, который может произойти во время замораживания, и сохраняют их жизнеспособность. Данная композиция также ограничена по методам стерилизации. Рекомендуется использовать холодную стерилизацию. Такая композиция сохраняет уровень осмотического давления внутри бактерий. Однако, данная композиция может способствовать разрушению целостности и выживаемости при замораживании и лиофилизации. Таким образом, все эти композиции могут быть использованы для подготовки бактерий в лиофилизации и сохранения молочнокислых бактерий. Они помогают защитить бактерии от повреждений и сохранить их жизнеспособность, что делает их полезными для использования в пищевой промышленности или в производства пробиотиков. Криопротекторные свойства непроникающих соединений зависят от их способности связывать молекулы воды, образуя при кристаллизации аморфную фазу в кристаллах воды. Этот процесс приводит к уменьшению количества острых граней во льду, что предотвращает повреждение мембраны бактерий. Таким образом, чем больше молекул воды входит в сольватационную оболочку и чем меньше свободная энергия Гиббса взаимодействия молекул криопротектора с молекулами воды, тем больше криопротекторный эффект. Реализован расчет свободной энергии Гиббса сольватации для следующих соединений: Сахароза, Фруктофураноза, Глюкоза, Фруктоза, Глицерин. Расчеты проводились в диапазоне температур, соответствующем экспериментальному (от 25 град. до минус 80 град). Значения свободной энергии сольватации можно объяснить двумя основными факторами: электростатическими межмолекулярными взаимодействиями и ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями. Электростатические взаимодействия возникают за счет кулоновского притяжения между частичными зарядами молекул растворителя и растворенного вещества, а Ван-Дер-Ваальсовы взаимодействия – за счет сил притяжения между неполярными областями молекул. Выявлено, увеличение количества молекул воды уменьшает свободную энергию Гиббса сольватации во всех случаях. Энергии также уменьшаются с понижением температуры. Наиболее подходящим соединением для криопротекторных функций является сахароза, поскольку ее свободная энергия Гиббса сольватации является самой низкой при самой низкой температуре (-366 кДж/моль при 193,0 К и 8 молекулах воды в сольватационной оболочке). В основном это связано с тем, что в молекуле сахарозы больше всего гидроксильных групп, благодаря которым образуются водородные связи с молекулами растворителя. Кроме того, изменение энергий между 298 и 193 К наименьшее для глицерина, что может указывать на меньшее изменение криопротекторных свойств при высокой температуре для глицерина по сравнению с другими исследуемыми молекулами.

 

Публикации

1. Алиев Т.А., Беляев В.Е., Помыткина А.В., Нестеров П.В., Шитяков С.В., Садовничий Р.В., Новиков А.С., Орлова О.Ю., Масалович М.С., Скорб Е.В. Electrochemical Sensor to Detect Antibiotics in Milk Based on Machine Learning Algorithms ACS Applied Materials and Interfaces, 15, 44, 52010–52020 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.1021/acsami.3c12050

2. Зенкин А.М., Перегудин А.А., Бобцов А.А. Метод поиска функции Ляпунова для анализа устойчивости нелинейных систем с использованием генетического алгоритма Научно- технический вестник информационных технологий, механики и оптики, № 5, Т. 23, С. 886–893 (год публикации - 2023) https://doi.org/10.17586/2226-1494-2023-23-5-886-893