КАРТОЧКА
ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер 24-24-00130
НазваниеПоиск и функциональный анализ энхансерных РНК, регулирующих рост и лекарственную устойчивость глиобластомы человека.
РуководительСтасевич Екатерина Михайловна,
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук, г Москва
| Период выполнения при поддержке РНФ | 2024 г. - 2025 г. |
Конкурс№89 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами».
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни, 04-208 - Молекулярная биология
Ключевые слованекодирующие РНК, энхансерные РНК, глиобластома, CRISPR/Cas9, устойчивость к химиотерапии
Код ГРНТИ34.15.51
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Глиобластома является агрессивной злокачественной опухолью клеток головного мозга. Одной из причин высокой смертности пациентов с глиобластомой является устойчивость клеток опухоли к темозоломиду - алкилирующему агенту, входящему в применяемый сейчас курс лечения. Поэтому изучение механизмов устойчивости глиобластомы к темозоломиду, а также поиск новых мишений для химиотерапии является актуальной задачей на сегодняшний день. Некодирующие РНК, экспрессирующиеся с энхансерных областей, называют энхансерными РНК (эРНК). Как и сами энхансеры, эРНК обладают тканевой специфичностью и могут регулировать экспрессию генов, участвующих в дифференцировке клеток и их злокачественной трансформации. Данный проект нацелен на поиск и функциональный анализ эРНК, влияющих на клеточную пролиферацию глиобластомы и чувствительность к темозоломиду. Используя открытые базы данных, мы отобрали аннотированные еРНК, имеющие близкое расположение и высокую корреляцию по экспрессии с генами, измененная экспрессия которых в глиобластоме коррелирует с устойчивостью клеток к темозоломиду. Ранее при помощи сходного методического подхода в локусе IGH была найдена эРНК, нокдаун которой влияет на пролиферацию клеток лимфомы Беркитта и их устойчивость к химиотерапии. В данном проекте будет осуществлён поиск эРНК, влияющих на устойчивость клеток глиобластомы к темозоломиду, и изучен механизм действия эРНК, имеющих наиболее яркие эффекты. Первым шагом будет проанализирован уровень экспрессии отобранных эРНК в клеточных линиях глиобластомы, проведен их нокдаун и сверхэкспрессия, в том числе методами CRISPRa и CRISPRi, и оценено влияние измененной экспрессии эРНК на чувствительность к темозоломиду. Одна такая эРНК, ассоциированная с геном STAT3 и влияющая на устойчивость клеток глиобластомы к темозоломиду, была найдена в предварительных экспериментах. Для тех эРНК, для которых будет показан наиболее яркий эффект на химиорезистентность, будут собраны люциферазные репортерные конструкции для анализа взаимодействия энхансерной области и промотерной области соответствующего гена. Также планируется идентификация с помощью масс-спектрометрии белков, взаимодействие которых с эРНК изменяется под действием темозоломида. Таким образом, в данном проекте будут проведен отбор эРНК, влияющих на устойчивость клеток глиобластомы к химиотерапии, и изучен механизм действия эРНК, имеющих наиболее яркие эффекты.
Ожидаемые результаты
В рамках проекта будет осуществлен биоинформатический поиск энхансерных РНК (эРНК), влияющих на развитие глиобластомы человека и устойчивость к химиотерапии. В ходе выполнения проекта будут сделаны нокдаун и сверхэкспрессия эРНК в клеточных линиях глиобластомы. Будет проведен анализ влияния эРНК на клеточную пролиферацию и устойчивость к химиотерапии. Для эРНК, которые покажут наиболее яркие эффекты на чувствительность к темозоломиду, будет проведена верификация данных на клеточных линиях глиобластомы, имеющих низкое число пассажей после их получения из опухоли. Также данные полученные с помощью люциферазного репортерного анализа и идентификация белков, связанных с эРНК, помогут проанализировать механизм действия этих эРНК. Изученные эРНК, влияющие на развитие глиобластомы, могут помочь с поиском потенциальных мишеней для разработки новых подходов к лечению глиобластомы.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ