КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 15-15-00178
НазваниеИзучение динамики системы клеточного адаптивного иммунитета при флавивирусной инфекции
Руководитель Лебедев Юрий Борисович, Доктор биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук , г Москва
Конкурс №6 - Конкурс 2015 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований по приоритетным тематическим направлениям исследований»
Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-108 - Иммунология
Ключевые слова адаптивный иммунитет, репертуар Т-лимфоцитов, флавивирусная инфекция, вирус желтой лихорадки (ВЖЛ), вирус клещевого энцефалита (ВКЭ)
Код ГРНТИ34.15.33
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Определение молекулярных и клеточных механизмов формирования и поддержания системы адаптивного иммунитета организма продолжает оставаться одной из наиболее актуальных проблем современных медицинской и молекулярной иммунологии. В последнее десятилетия для решения данной проблемы предложен ряд новых методологических подходов, к наиболее перспективным из которых обоснованно относят методы крупномасштабного определения (NGS-секвенирование) репертуара Т- и В-клеток организма. Настоящий проект направлен на определение динамики репертуара ТкР в ходе иммунного ответа организма млекопитающих на некоторые патогены рода Flavivirus – вакцинный штамм 17D вируса желтой лихорадки (ВЖЛ), высоковирулентные и авирулентные штаммы вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Для реконструкции индивидуальных репертуаров Т-лимфоцитов будет использован разработанный ранее авторами проекта экспериментальный подход, который включает: а) получение репрезентативных ПЦР-библиотек зрелых генов альфа и бета цепей Т-клеточного рецептора (ТкР), б) глубокое секвенирование адаптированных ПЦР-библиотек на платформе Illumina и в) обработка результатов крупномасштабного секвенирования с помощью оригинального программного обеспечения MiTCR. Используемая стратегия позволяет определить а) все структурное разнообразие антиген-распознающих доменов ТкР и б) количественную представленность клонотипов Т-лимфоцитов с различной антиген-специфичностью в кровотоке обследуемого. Проектом предусматривается реконструкция полных репертуаров периферических Т-лимфоцитов 7-10 добровольцев, включая 3 пары монозиготных близнецов, на 10-12 временных точках в ходе вакцинации против ВЖЛ. Для 5-6 точек после вакцинации планируется также реконструкция репертуара отдельных функциональных групп Т-лимфоцитов, включая раздельные пулы CD4+ и CD8+ клеток, эффекторных лимфоцитов и клеток памяти. Аналогичные серийные реконструкции Т-клеточных репертуаров будут проведены для нескольких групп мышей при их экспериментальном заражении штаммами. Успешное выполнение проекта позволит получить уникальные данные о динамике и характерных особенностях репертуара периферических Т-лимфоцитов при развитии иммунного ответа на флавивирусные инфекции.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1. Sycheva A. L., Pogorelyy M. V., Komech E. A., Mamedov I. Z., Lebedev Y. B. Dynamics of human T cell repertoire in course of influenza vaccination and subsequent revaccination within a year. EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY, Sp. issue -ECI 2015. Abstract book. V2, p.433 (год публикации - 2015)
Публикации
1. Лебедев Ю.Б. Динамика репертуара периферических Т-лимфоцитов при противовирусной вакцинации Acta Naturae, спецвыпуск т.2, стр. 165 (год публикации - 2016)
2.
Звягин И.В., МамедовИ.З., Татаринова О.В., Комеч Е.А., Курникова Е.Е., Боякова Е.В., Брилиантова В., Шелехова Л.Н., Балашов Д.Н., Шугай М., Сычева А.Л., Касацкая С.А., Лебедев Ю.Б., Масчан А.А., Масчан М.А., Чудаков Д.М.
Tracking T-cell immune reconstitution after TCRαβ/CD19-depleted hematopoietic cells transplantation in children
Leukemia, advance online publication, December 9, 2016 (год публикации - 2016)
10.1038/leu.2016.321
3. Погорелый М., Элханати Ю., Марко К., Сычева А., Комеч Е., Британова О., Чудаков Д., Мамедов И., Лебедев Ю., Мора Т., Вальзак А. Persisting fetal clonotypes influence the structure and overlap of adult human TCR repertoires European Journal of Immunology, 46(S1):52 (год публикации - 2016)
4. Звягин И.В., Мамедов И.З., Татаринова О.В., Комеч Е.А., Курникова Е.Е., Масчан А.А., Масчан М.А., Чудаков Д.М. Мониторинг клонального репертуара Т-лимфоцитов при трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток Hematology and Transfusiology, 61(1, Supp. 1):17 (год публикации - 2016)
Публикации
1. Сычева А.Л., Погорелый М.В., Комеч Е.А., Минервина А.А., Староверов Д.Б., Чудаков Д.М., Лебедев Ю.Б., Мамедов И.З. Quantitative profiling reveals minor changes of T cell receptor repertoire in response to subunit inactivated influenza vaccine Vaccine (год публикации - 2017)
2.
Погорелый М.В., Элханати Ю., Марко К., Сычева А.Л., Комеч Е.А., Назаров В.И., Британова О.В., Чудаков Д.М., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б., Мора Т., Вальшак А.М.
Persisting fetal clonotypes influence the structure and overlap of adult human T cell receptor repertoires
PLOS Computational Biology, 13(7): e1005572 (год публикации - 2017)
10.1371/journal.pcbi.1005572
3. Погорелый М.В., Минервина А.А., Чудаков Д.М., Мамедов И.З., Лебедев Ю.Б., Мора Т., Вальзак А.М. Method for identi1cation of condition-associated public antigen receptor sequences eLife (год публикации - 2017)