КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

---

Номер проекта 21-14-00360

НазваниеИзменения кишечных виромов при хронических заболеваниях кишечника как ключ к нормализации микробиоты

Руководитель Тикунова Нина Викторовна, Доктор биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук , Новосибирская обл

Конкурс №55 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-110 - Общая и молекулярная микробиология; вирусология

Ключевые слова виром, микробиом, 16S-профилирование, бактериофаг, виробиота, микробиота, высокопроизводительное секвенирование, язвенный колит, рекуррентный клостридиоз,

Код ГРНТИ34.15.00, 34.15.23, 34.27.23

---

 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

---

Аннотация
Большинство заболеваний желудочно-кишечного тракта, а также ряд других заболеваний человека ассоциированы с дисбиотическими нарушениями кишечной микробиоты. Выявление и изучение ключевых факторов, отвечающих за нормализацию кишечной микробиоты, является одной из важнейших научных проблем современной микробиологии. Одним из актуальных направлений в этой области является изучение кишечного вирома – совокупности геномов эукариотических и прокариотических вирусов (бактериофагов). Поскольку основным компонентом кишечной микробиоты является бактериальное сообщество, то роль бактериофагов в поддержании кишечной микробиоты в состоянии нормального динамического равновесия чрезвычайно важна. Однако, несмотря на многочисленные исследования кишечных бактериальных сообществ в норме и при различных патологиях, имеется ограниченное число исследований, посвященных фагообиоте кишечника в норме, и крайне мало исследований фагобиоты при хронических заболеваниях кишечника, хотя патогенные вирусы, вызывающие острые кишечные инфекции, изучены хорошо. В последние годы для нормализации кишечной микробиоты стали применять процедуру фекотрансплантации (ФТ) – введения донорской микробиоты в различные отделы желудочно-кишечного тракта пациентов с различными заболеваниями. Эффективность этой процедуры официально доказана лишь для лечения пациентов с рекуррентной инфекцией, вызванной Clostridia dificile (рекуррентным клостридиозом). В случае других хронических заболеваний кишечника, а также других нозологий данные об эффективности в сравнении с плацебо противоречивы. Следует также отметить, что при ФТ, кроме целого комплекса биологически активных молекул, пациенту вводится огромный набор микроорганизмов, по сути, аллотрансплантантный биоценоз. В связи с этим, недостаточная обследованность донора и биологического материала от него может привести к нежелательным последствиям. Именно поэтому выявление и изучение ключевого звена кишечной микробиоты, способного нормализовать состав и биоразнообразие микрофлоры, обладает научной значимостью. Недавно появились сведения о том, что эффективность применения ФТ для лечения пациентов с рекуррентным клостридиозом связана, в первую очередь, с введением бактериофагов, и успех зависит от «приживления» донорских бактериофагов. Поэтому дальнейшее изучение особенностей виробиоты/фагобиоты при различных патологиях, а также степени воздействия донорской виробиоты на различные компоненты кишечной микробиоты является актуальной задачей. Настоящий проект направлен на изучение особенностей кишечного вирома при язвенном колите и рекуррентном клостридиозе и оценке влияния донорской виробиоты/фагобиоты на кишечные бактериальные сообщества и виромы пациентов, а также на состояние иммунной толерантности в отношении компонентов микробиоты. Основные задачи проекта: 1. Детально охарактеризовать кишечный виром пациентов с язвенным колитом и рекуррентным клостридиозом по сравнению со здоровыми добровольцами и оценить влияние на виромы пациентов донорской виробиоты. 2. Выявить различия в биоразнообразии и таксономическом составе бактериальных сообществ кишечника пациентов с язвенным колитом и рекуррентным клостридиозом и здоровых и оценить влияние донорской виробиоты на кишечные бактериальные сообщества пациентов. 3. Изучить динамику состояния иммунной толерантности в отношении компонентов виробиоты у пациентов с язвенным колитом и рекуррентным клостридиозом после введения донорской виробиоты. 4. Идентифицировать и детально описать геномы новых бактериофагов и эукариотических вирусов, обнаруженные в виромах кишечных образцов пациентов и здоровых. Исследования, планируемые в рамках данного проекта, являются оригинальными и будут выполняться впервые. Научная новизна поставленных задач состоит в том, что впервые предлагается одновременно охарактеризовать в каждом образце все основные компоненты кишечного вирома – вирусы/бактериофаги с двуцепочечным ДНК-геномом, вирусы с одноцепочечным коротким ДНК-геномом (обычно анализируют или одно, или другое) и вирусы с РНК-геномом. Впервые будут изучены особенности виромов у больных язвенным колитом и рекуррентным клостридиозом и здоровых, проживающих в азиатской части РФ (известно, что состояние микробиоты зависит, в том числе, и от региона проживания). Впервые предлагается проанализировать изменение кишечного микробиома и вирома у больных язвенным колитом при введении донорского вирома. Впервые будет проанализирована индукция состояния иммунной толерантности в отношении компонентов микробиоты у пациентов с язвенным колитом и рекуррентным клостридиозом. В кишечной микробиоте будут выявлены и охарактеризованы геномы новых бактериофагов/вирусов. Таким образом, в ходе работы будут получены новые знания об особенностях кишечных виромов при при язвенном колите и рекуррентном клостридиозе и будут получены данные о роли донорской виробиоты в нормализации состояния кишечной микробиоты больных и о степени в донорской виробиоты на и иммунный статус пациентов в отношении компонентов микробиоты.

---

 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

---