Наследственный рак молочной железы и яичника: 1) спектр вовлечённых генов и мутаций у различных народов России; 2) новые аспекты молекулярного патогенеза

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 21-75-30015

НазваниеНаследственный рак молочной железы и яичника: 1) спектр вовлечённых генов и мутаций у различных народов России; 2) новые аспекты молекулярного патогенеза

Руководитель Имянитов Евгений Наумович, Доктор медицинских наук

Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Петрова" Министерства здравоохранения Российской Федерации , г Санкт-Петербург

Конкурс №53 - Конкурс 2021 года по мероприятию «Проведение исследований научными лабораториями мирового уровня в рамках реализации приоритетов научно-технологического развития Российской Федерации» Президентской программы исследовательских проектов, реализуемых ведущими учеными, в том числе молодыми учеными

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-208 - Онкология

Ключевые слова Рак молочной железы, рак яичника, наследственные опухолевые синдромы, секвенирование нового поколения, этноспецифические особенности наследственных заболеваний, молекулярный патогенез опухолей, BRCAness

Код ГРНТИ76.00.00

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Как минимум 1-2% женщин являются носительницами доминантного патогенного аллеля, который ассоциирован с практически фатальным увеличением риска возникновения рака молочной железы (РМЖ) и/или рака яичника (РЯ). Подобное состояние получило название наследственного РМЖ и РЯ, т.к. предрасположенность к перечисленным онкологическим заболеваниям передаётся из поколения в поколение, при этом механизмы вертикальной передачи мутаций и особенности их фенотипического проявления полностью соответствуют принципам менделевской генетики. Наиболее изученными генами, ассоциированными с семейным РМЖ и РЯ, являются BRCA1 и BRCA2. Они вносят колоссальный вклад в онкологическую заболеваемость: на их долю приходится примерно 5-8% случаев рака молочной железы и как минимум 15-20% встречаемости злокачественных новообразований яичника. Подавляющее большинство специалистов, работающих в клинической медицине и организации здравоохранения, упускают из внимания тот факт, что спектр наследственных заболеваний в значительной мере определяется национальными факторами. Действительно, каждая нация имеет свой собственный пул прародителей, которые являлись носителями определённого набора патогенных аллелей – именно эти мутации и определяют репертуар наследственных патологий в той или иной этнической группе. Следует признать, что наибольшая часть медико-генетических исследований, посвящённых созданию каталогов наследственных заболеваний и идентификации ассоциированных с ними генов, выполнена в странах Северной Америки и Западной Европы, и, следовательно, описывает преимущественно молекулярную эпидемиологию патогенных аллелей у выходцев из Великобритании, Германии, Франции, Нидерландов, Скандинавии и т.д. Очень важно понимать, что «слепое» копирование уже разработанных генетических тестов на «новые», пока недостаточно изученные этнические группы, является ошибочной практикой. Создание этноспецифических регистров медико-генетических заболеваний, включая наследственные раки, представляется крайне важной задачей. Помимо этого, изучение «новых» популяций позволяет идентифицировать ранее неизвестные генетические патологии, а также выявить «новые» гены для уже известных наследственных синдромов. Существенно, что очень многие успехи медицинской генетики связаны именно с изучением этноспецифических сообществ. Несмотря на то, что гены BRCA1 и BRCA2 были идентифицированы ещё в середине 1990-х гг., а изучение их функции считается приоритетом трансляционной онкологии на протяжении более четверти века, многие существенные аспекты патогенеза BRCA1/2-ассоциированных опухолей нуждаются в прояснении. Например, если соматическая инактивация оставшегося аллеля гена BRCA1 или BRCA2 является практически универсальным звеном в патогенезе РЯ, истинная частота этого же явления в развитии BRCA1/2-ассоциированного РМЖ остаётся не в полной мере изученной. Накопление критического количества случаев карцином молочной железы, полученных от носительниц разных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2, а также исчерпывающий анализ соматического статуса оставшегося аллеля BRCA1/2 (выявление «потери гетерозиготности» (loss of heterozygosity, LOH); анализ инактивирующих микромутаций; выявление «крупных» генетических событий (large gene rearrangements, LGRs)) представляется исключительно важной задачей. Существующие клинические рекомендации подразумевают, что практически все опухоли, возникшие у носительниц мутаций в генах BRCA1 и BRCA2, характеризуются соматическим дефицитом функции BRCA1/2 и, следовательно, чувствительностью к PARP-ингибиторам и препаратам платины. Тем не менее, некоторые наблюдения свидетельствуют о том, что существенная часть карцином молочной железы отличается сохранностью BRCA1/2-функции, т.е. генетическая инактивация оставшегося аллеля гена BRCA1/2 не является обязательным звеном патогенеза РМЖ у носительниц мутаций в генах BRCA1/2. Если это действительно так, то назначению PARP-ингибиторов или цисплатина должен предшествовать дополнительный тест, который оценивает соматический статус BRCA1/2 и, следовательно, целесообразность применения «BRCA1/2-специфических» противоопухолевых препаратов. Другим интересным аспектом данной проблемы является сравнительный анализ молекулярных кариотипов, полученных от пациенток с BRCA1/2-ассоциированными карциномами молочной железы и яичника. Считается установленным фактом, что BRCA1/2-мутированные опухоли характеризуются хромосомной нестабильностью – избыточным накоплением нарушений копийности генетического материала (CNA, copy number alterations) в определённых участках генома. Примечательно, что CNA-анализ стал использоваться для выявления фенотипа “BRCAness” («BRCA-подобность») в спорадических карциномах, т.к. он позволяет идентифицировать те новообразования, которые по своим биологическим свойствам похожи на наследственные раки и, следовательно, характеризуются чувствительностью к PARP-ингибиторам и препаратам платины. Нет никаких сведений о том, являются ли эти тесты «универсальными» в отношении различных категорий новообразований. Сопоставление CNA-профилей РМЖ и РЯ позволит выявить, насколько существенную роль в формировании BRCA1/2-ассоциированного кариотипа играет органное (гистологическое) происхождение карциномы. План работы по данному проекту будет состоять из 2 фрагментов. Первая часть исследования будет включать идентификацию этноспецифических генов и мутаций, ассоциированных с наследственным РМЖ и РЯ у неславянских народов России (якутов, чеченцев, ингушей, аварцев, адыгов, даргинцев, осетинов и др.). Для скрининга этноспецифических мутаций BRCA1/2 мы предлагаем новый подход, который может оказаться чрезвычайно эффективным. Известно, что в уже изученных популяциях до одной трети случаев серозного и эндометриодного РЯ высокой степени злокачественности может приходиться на BRCA1/2-ассоциированные раки. Биологические образцы, полученные от пациенток с РЯ, хранятся в патоморфологических архивах, при этом архивируются не только опухолевые, но и нормальные ткани (например, лимфатические узлы). Анализ ретроспективных коллекций, полученных от представительниц различных этнических групп (не менее 70-100 случаев РЯ в каждой выборке), позволит выявить, характерна ли персистенция мутаций BRCA1/2 для изучаемой народности, и если да, то наблюдается ли присутствие «повторяющихся» мутаций («эффект основателя»). Помимо этого, предполагается выполнить проспективное формирование этноспецифических групп пациенток с РМЖ и РЯ, которые будут отобраны по наличию клинических признаков наследственного рака (случаи РМЖ и РЯ у кровных родственниц, молодой возраст, наличие первично-множественных опухолей и т.д.); проспективные группы также будут содержать не менее 70-100 пациенток для каждой народности. «BRCA1/2-негативных» пациенток с РМЖ и РЯ, привлечённых к исследованию, предполагается подвергнуть мультигенному NGS-тестированию, который будет включать все известные гены наследственного РМЖ и РЯ. Наиболее демонстративные случаи семейной агрегации РМЖ и РЯ будут проанализированы посредством экзомного секвенирования – ожидается, что в ходе этого исследования будут идентифицированы новые гены наследственного РМЖ и РЯ. Другой фрагмент проекта будет посвящён молекулярному анализу BRCA1/2-ассоциированных опухолей. Мы планируем изучить соматический статус BRCA1/2 на коллекции образцов РМЖ, полученных от 150-200 пациенток с различными наследственными мутациями в генах BRCA1/2. Это исследование будет включать тест на LOH (делецию оставшегося аллеля BRCA1/2), анализ транкирующих микромутаций в нормальном аллеле, идентификацию «крупных» перестроек, а также оценку уровня РНК-экспрессии вовлечённого гена. Если в ходе исследования будут выявлены РМЖ с интактным соматическим статусом нормального аллеля BRCA1/2, то эти образцы будут подвергнуты анализу на наличие фенотипа BRCAness. Помимо этого, посредством различных вариантов NGS-анализа и биоинформатической обработки данных будут сопоставлены CNA-профили (молекулярные кариотипы) опухолей, полученных от пациенток с BRCA1/2-ассоциированных РМЖ и РЯ. Индустриальным партнёром данного проекта является компания ООО «НПФ Синтол» [http://www.syntol.ru/]. ООО «НПФ Синтол» считается несомненным лидером среди российских фирм, производящих оборудование и реактивы для молекулярно-генетических исследований – данная компания выпускает секвенаторы, приборы для ПЦР в режиме реального времени, разнообразные ферменты для молекулярной биологии, олигонуклеотиды, диагностические наборы и т.д. Интерес к сотрудничеству связан с тем, что специалисты ООО «НПФ Синтол» совместно с другими учреждениями разработали собственное оборудование (прибор Нанофор-СПС) и комплекты реагентов для секвенирования нового поколения (next generation sequencing, NGS), которые недавно прошли государственные испытания (https://www.vniim.ru/news_585.html). В рамках данного проекта будет выполняться апробация оборудования компании ООО «НПФ Синтол», а также формироваться платформа для разработки новых диагностических NGS-панелей.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Имянитов Е.Н. Cytotoxic and targeted therapy for BRCA1/2-driven cancers Hereditary Cancer in Clinical Practice, 28;19(1):36 (год публикации - 2021)
10.1186/s13053-021-00193-y

2. Соколенко А., Султанова Л., Товгереева М., Сулейманов Е., Степанов И., Васильева Е., Бакаева Э., Имянитов Е. Analysis of consecutive high-grade serous ovarian cancer patients allows efficient cataloging of BRCA1/2 mutations in yet unstudied ethnic groups International Journal of Gynecologic Cancer, 2021;31:A331-A332 (год публикации - 2021)
10.1136/ijgc-2021-ESGO.588

3. Иевлева А., Алексахина С., Соколенко А., Баскина С., Венина А., Анисимова Е, Бизин И., Иванцов А., Имянитов Е. CHEK2 gene somatic loss in breast tumors from carriers of germline CHEK2 mutations Annals of Oncology, 32 (suppl_5): S1227-S1236. (год публикации - 2021)
10.1016/annonc/annonc681

4. Иевлева А.Г., Алексахина С.Н., Соколенко А.П., Баскина С.В., Венина А.Р., Анисимова Е.И., Бизин И.В., Иванцов А.О., Белышева Я.В., Чернякова А.П., Того А.В., Имянитов Е.Н. Somatic loss of the remaining allele occurs approximately in half of CHEK2-driven breast cancers and is accompanied by a border-line increase of chromosomal instability Breast Cancer Research and Treatment, 192(2):283-291 (год публикации - 2022)
10.1007/s10549-022-06517-3

5. Орлов И.Е., Лайдус Т.А., Тумакова А.В., Янус Г.А., Иевлева А.Г., Соколенко А.П., Бизин И.В., Имянитов Е.Н., Суспицын Е.Н. Identification of recurrent pathogenic alleles using exome sequencing data: Proof-of-concept study of Russian subjects European Journal of Medical Genetics, 65(2), P. 104426 (1-6) (год публикации - 2022)
10.1016/j.ejmg.2022.104426

6. Соколенко А.П., Султанова Л.В., Степанов И.А., Романько А.А., Венина А.Р., Соколова Т.Н. и др. Strong founder effect for BRCA1 c.3629_3630delAG pathogenic variant in Chechen patients with breast or ovarian cancer Cancer Medicine, Epub ahead of print (год публикации - 2022)
10.1002/cam4.5159

7. Городнова Т.В., Соколенко А.П., Котив Х.Б., Иванцов А.О., Ибрагимов З.Н., Берлев И.В., Урманчеева А.Ф., Имянитов Е.Н. РЕДКИЙ СЛУЧАЙ РАЗВИТИЯ LOW-GRADE СЕРОЗНОЙ КАРЦИНОМЫ ЯИЧНИКА С МУТАЦИЕЙ NRAS У НОСИТЕЛЬНИЦЫ ПАТОГЕННОГО ВАРИАНТА BRCA1 Акушерство и гинекология, № 4. С. 176-182 (год публикации - 2022)
10.18565/aig.2022.4.176-182

8. Имянитов Е., Соколенко А., Городнова Т., Иванцов А., Бизин И. Exome sequencing analysis of primary and recurrent ovarian carcinomas Annals of Oncology, 33 (suppl_5): S395-S401 (год публикации - 2022)
10.1016/annonc/annonc918

9. Х.Б. Котив, Т. В. Городнова, А.П. Соколенко, И.В. Берлев, Е.Н. Имянитов Наследственные злокачественные опухоли яичника Сибирский онкологический журнал, 21(5):123-134 (год публикации - 2022)
10.21294/1814-4861-2022-21-5-123-134

10. Городнова Т.В., Соколенко А.П., Котив Х.Б., Иванцов А.О., Некрасова Е.А., Ибрагимов З.Н., Берлев И.В., Имянитов Е.Н. Приобретенная платинорезистентность BRCA1-ассоциированного рака яичника после неоадъювантной химиотерапии ДОКТОР.РУ, 21(5): 87–91 (год публикации - 2022)
10.31550/1727-2378-2022-21-5-87-91

11. Е. Имянитов, Э. Бакаева, А. Романько, И. Степанов, Л. Султанова, З. Хамгоков, М. Чахкиева, М. Мурачуев, А. Соколенко Ethnicity-specific spectrum of BRCA1, BRCA2 and ATM pathogenic variants in ovarian and breast cancer patients from North Caucasus International Journal of Gynecologic Cancer, 32:A415-A416 (год публикации - 2022)
10.1136/ijgc-2022-ESGO.890

12. Хаккаарт С., Пирсон Д., Маркварт Л., Деннис Д., Виггинс Г.,..., Имянитов Е.,..., Антониу А., Волкер Л. Copy number variants as modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 pathogenic variant carriers Communications biology, 5(1):1061 (год публикации - 2022)
10.1038/s42003-022-03978-6

13. Е.Н. Имянитов, С.А. Проценко, Т.Ю. Семиглазова Возможности для замены противоопухолевых лекарственных препаратов Вопросы онкологии, T. 68, №6, С.833-838 (год публикации - 2023)
10.37469/0507-3758-2022-68-6-833-838

14. О'Махони Д.Г., Рамус С.Д., Cаути М.С., Мигер Н.С., Хаджисаввас А., Джон Е.М., Хаманн У., Имянитов Е.Н. и др. Ovarian cancer pathology characteristics as predictors of variant pathogenicity in BRCA1 and BRCA2 British Journal of Cancer, 128, 2283–2294 (год публикации - 2023)
10.1038/s41416-023-02263-5

15. Дегтярёва Е.А., Проценко С.А., Имянитов Е.Н. Лечение солидных опухолей ингибиторами контрольных точек на фоне сопутствующей ВИЧ-инфекции: стоит ли рисковать? Сибирский онкологический журнал, Т. 22, № 1, С. 141–150 (год публикации - 2023)
10.21294/1814-4861-2023-22-1-141-150

16. Имянитов Е.Н. Фундаментальная онкология в 2022 году: обзор наиболее интересных открытий Практическая онкология, Т. 24, № 1, С. 1-6 (год публикации - 2023)
10.31917/2401001

17. Е.Н. Имянитов, Э.Х. Бакаева, Л. Султанова, З. Хамгоков, М. Чакхиева, И. Хабриев, М.Мурачуев, М. Болиева, Л. Бабошкина, А. Соколенко Ethnicity-specific distribution of BRCA1, BRCA2, PALB2 and ATM pathogenic alleles in breast and ovarian cancer patients from the North Caucasus Annals of Oncology, 34 (suppl_2): S1152-S1189 (год публикации - 2023)
10.1016/j.annonc.2023.09.1291

18. Е. Имянитов, Э. Бакаева, А. Султанбаев, Р. Файсханова, Г. Мухамедьярова, А. Фатихова, В. Аскаров, А. Венина, А. Романко, А. Соколенко SPECTRUM OF BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM AND TP53 PATHOGENIC VARIANTS IN BREAST AND OVARIAN CANCER PATIENTS OF TATAR AND BASHKIR ETHNIC ORIGIN International Journal of Gynecologic Cancer, 33:A368 (год публикации - 2023)

19. Соколенко А., Бакаева Э., Венина А., Кулигина Е., Романько А., Алексахина С. Ethnicity-specific BRCA1, BRCA2, PALB2, and ATM pathogenic alleles in breast and ovarian cancer patients from the North Caucasus. Breast Cancer Research and Treatment, Online ahead of print (год публикации - 2023)
10.1007/s10549-023-07135-3

20. Белышева Я.В., Соколова Т.Н., Янус Г.А., Алексахина С.Н., Чернякова А.П., Отраднова Е.А., Иевлева А.Г., Имянитов Е.Н. Мутации в гене PIK3CA у российских пациентов с раком молочной железы Вопросы онкологии. Материалы IX Петербургского международного онкологического форума «Белые ночи 2023», Т. 69, № S3, С. 113-114 (год публикации - 2023)

21. Бакаева Э.Х., Соколенко А.П., Алексахина С.Н., Яковлева М.Г., Мусаева Х.С., Цуцаев А.К., Ондар О.О., Чахкиева М.Д., Мурачуев М.А., Имянитов Е.Н. Спектр мутаций в генах BRCA1/2 у отдельных народов России Вопросы онкологии. Материалы IX Петербургского международного онкологического форума «Белые ночи 2023», T. 69, № S3, C.304-305 (год публикации - 2023)

22. Жарнакова Ю.С., Венина А.Р., Соколова Т.Н., Мартьянов А.С., Соловьева Т.И., Асадулаева К.А., Имянитов Е.Н. Анализ мутаций в гене PIK3CA при спектре синдромов избыточного роста Вопросы онкологии. Материалы IX Петербургского международного онкологического форума «Белые ночи 2023», T. 69, №S3, C.314-315 (год публикации - 2023)

23. Г. Янус, А. Соколенко, Е. Имянитов Northern origin of the BRCA2 c.5286 T>G founder allele Breast Cancer Research and Treatment, Epub ahead of print (год публикации - 2023)
10.1007/s10549-023-07202-9

24. А. Емшанов, Д. Нестеров, Т. Соколова, П. Аманква, Е. Имянитов Unexpected “Lazarus response” to single-agent bevacizumab in heavily pretreated patients with HER2-positive breast cancer Exploration of Targeted Anti-tumor Therapy, 4:1157–64 (год публикации - 2023)
10.37349/etat.2023.00189

25. Васильев А.Е., Янус Г.А., Суспицын Е.Н., Иевлева А.Г., Соколова Т.Н., Бизин И.В., Соколенко А.П., Преображенская Е.В., Ни В.И., Лайдус Т.А., Чуйнышева С.А., Горгуль Ю.А., Алексахина С.Н., Михетько А.А., Имянитов Е.Н. Случай рака молочной железы у носительницы патогенной мутации в гене PMS2 Вопросы онкологии, Т. 67. № 4. С. 579-583 (год публикации - 2021)
10.37469/0507-3758-2021-67-4-579-583

26. Папуша Л., Зайцева М., Панферова А., Друй А., Валиахметова А., Артемов А., Сальникова Е., Кисляков А., Имянитов Е. и др. Two clinically distinct cases of infant hemispheric glioma carrying ZCCHC8:ROS1 fusion and responding to entrectinib Neuro-Oncology, 24(6):1029-1031 (год публикации - 2022)
10.1093/neuonc/noac026

27. Имянитов Е., Бакаева Э., Романько А., Степанов И., Султанова Л., Хамгоков З., Болиева М., Епхиев А., Чахкиева М., Хабриев И., Мурачуев М., Соколенко А. Spectrum of BRCA1, BRCA2, ATM and PALB2 alleles in ovarian cancer patients from North Caucasus Annals of Oncology, 33, Suppl_5, 2022; S383 (год публикации - 2022)
10.1016/j.annonc.2022.04.020

28. Стукань А.И., Горяинова А.Ю., Григорян М.М., Кутян В.Ф., Жданов В.С., Семиглазова Т.Ю., Имянитов Е.Н. Сигнальный механизм рецептора андрогена при раке предстательной железы: резистентность к антиандрогенной терапии и связь с генами репарации повреждений ДНК Онкоурология, 19(1):85-101 (год публикации - 2023)
10.17650/1726-9776-2023-19-1-85-101

29. Николаева Т.И., Филиппов Э.В., Того А.В., Цапулина Е.Д., Сметанина В.С., Соколенко А.П., Имянитов Е.Н., Афанасьева Л.Н. Эффективность использования ПЦР- и NGS-тестирования при раке молочной железы у женщин, проживающих в Якутии Вопросы онкологии (год публикации - 2024)

30. Белышева Я.В., Бакаева Э.Х., Венина А.Р., Романько А.А., Раскин Г.А., Соколенко А.П., Суспицын Е.Н., Аветисян А.А., Орлов С.В., Имянитов Е.Н. Спектр мутаций BRCA1/2 у пациенток армянского происхождения с раком молочной железы и яичника Сибирский онкологический журнал, 2023;22(6):83-91 (год публикации - 2023)
10.21294/1814-4861-2023-22-6-83-91

31. Загребин Ф.А., Хамгоков З.М., Янус Г.А., Романько А.А., Имянитов Е.Н. Спектр мутаций BRCA1/BRCA2 у пациенток с раком молочной и яичника из Кабардино-Балкарии Приложение к журналу Вопросы онкологии. Тезисы X Петербургского международного онкологического форума «Белые ночи 2024» (год публикации - 2024)
10.37469/0507-3758-2024-70-3s1

32. Хамгоков З.М., Загребин Ф.А., Янус Г.А., Венина А.Р., Романько А.А., Пирмагомедов А.Ш., Кадырова А.О., Белогубова Е.В., Джеус Е.И., Соколенко А.П., Имянитов Е.Н. Спектр мутаций BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM и TP53 у пациенток с раком молочной железы и раком яичников из Кабардино-Балкарии Вопросы онкологии (год публикации - 2024)

Публикации

Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В 2024 году мы продолжили анализ коллекций ДНК больных раком молочной железы (РМЖ) и раком яичника (РЯ) в неславянских этнических группах. Общее число пациенток, которые были привлечены в исследование к концу отчетного периода, составило более 3400 случаев. Все образцы проанализированы на предмет носительства патогенных вариантов генов BRCA1, BRCA2, ATM, TP53, PALB2; еще у 1300 больных выполнен анализ мутаций в других РМЖ- и РЯ-ассоциированных генах (RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, BARD1, PTEN, BRIP1). Анализ кодирующих последовательностей этих генов проводится методом таргетного высокопроизводительного секвенирования. Для обогащения ДНК-библиотек по целевым регионам используются биотинилированные зонды, синтезированные индустриальным партнером проекта – компанией «Синтол». Расширенное тестирование позволило обнаружить 19 носителей патогенных вариантов BARD1 (n = 1), RAD51C (n = 9), RAD51D (n = 9), RAD54L (n = 1, в сочетании с RAD51D). В проанализированной группе самым частым патогенным вариантом RAD51C был нонсенс-аллель p.Arg193Ter [rs200293302] (n = 6). Этот патогенный аллель в нашей выборке обнаруживался только у осетин (с частотой 1.5%) и кабардинцев (0.5%). При этом у осетин в спектре патогенных аллелей изучаемых генов данный вариант занимает второе место по частоте после «осетинского» founder-варианта BRCA2, что делает целесообразным включение его в стандартную молекулярную диагностику. В отчетный период были обобщены результаты тестирования пациенток тувинской национальности (n = 77): еще раз подтвержден крайне выраженный эффект основателя в тувинской этнической группе в отношении гена BRCA2: 11/12 патогенных аллелей BRCA2 были представлены одним вариантом – c.8208_8209insAG (rs483353122). Кроме того, у двух пациенток был выявлен один и тот же вариант BRCA1 c.3756_3759delGTCT (rs80357868). По результатам тестирования герминальных мутаций BRCA1/BRCA2 у пациенток с РМЖ и РЯ – представительниц республик Северного Кавказа мы отобрали 10 наиболее распространенных в этом регионе неславянских мутаций и разработали ПЦР-тесты для аллельной дискриминации. Эти тесты будут объединены в диагностический набор, предназначенный для тестирования наследственных мутаций у больных РМЖ и РЯ, проживающих в республиках Северного Кавказа. В отчетный период мы продолжили поиск новых кандидатных генов, ассоциированных с риском РМЖ и РЯ. Во-первых, мы проанализировали кодирующие регионы FANCD2 и BRAT1 методом таргетного секвенирования в последовательных случаях РМЖ (n = 1612) и РЯ (n = 531). Эти гены были отобраны на предыдущем этапе проекта по результатам полноэкзомного секвенирования образцов ДНК аварок. В серии последовательных РМЖ и РЯ было выявлено еще четыре носителя различных инактивирующих вариантов BRAT1 (c.1396delG, c.431-2A>G, p.Gln496Ter, p.Trp619Ter) и пять носителей патогенных вариантов FANCD2 (p.Trp1268Ter [rs757499508] (n = 2), c.2715+1G>A [rs201811817], p.Gln1129Ter, c.3888+2T>G [rs1419879344]). Мутации FANCD2 были обнаружены только у больных РМЖ (5/1612 [0.31%]); инактивирующие варианты BRAT1 выявлены у двух пациенток с РМЖ (2/1612 [0.12%]) и двух больных РЯ (2/531 [0.38%]). В этом году мы пополнили коллекцию неславянских экзомов данными пациенток – кабардинок. На сегодня в нашем распоряжении есть 80 экзомов пациенток неславянских народностей, а также экзомные данные пациенток с РМЖ и РЯ – славянок (n = 111), что позволяет делать сравнительный анализ спектров редких потенциальной инактивирующих вариантов в разных группах для поиска «общих» генов. На этом этапе проекта мы выбрали в качестве нового кандидатного гена PARP4, инактивирующие варианты которого были обнаружены у аварок и кабардинок. Для последующего анализа из экзомов кабардинок мы также отобрали несколько генов, вовлеченных в ДНК-репарацию (ERCC1, NEIL2, NHEJ1). Работы второго фрагмента проекта были посвящены сравнению молекулярного патогенеза BRCA1/2-ассоциированных карцином молочной железы и яичника. Мы анализировали количественные и качественные характеристики профилей хромосомной нестабильности (нарушений копийности), полученных методом высокопроизводительного секвенирования парных опухолевых и нормальных образцов ДНК пациенток с РМЖ и РЯ. На сегодня наша коллекция профилей соматических нарушений копийности (SCNA) включает 321 опухоли (263 карциномы яичника и 58 карцином молочной железы). Отличий в количественных показателях SCNA, в частности показателе HRD, между BRCA1/2-ассоциированными карциномами молочной железы и яичника, обнаружено не было (медиана показателя HRD в РМЖ – 88, в РЯ – 86.5). Однако были выявлены отличия в паттерне нарушений копийности сегментов хромосом в BRCA1-ассоциированных карциномах разных локализаций. В частности, в РЯ достоверно чаще наблюдалось снижение копийности региона 18q21, содержащего гены, связанные с регуляцией апоптоза и cигнального пути WNT/beta-catenin (BCL2, NOXA, NEDD4L). Кроме того, мы разработали способ расчета индекса «non-HRD», который представляет собой количество событий, ассоциированных с хромосомной нестабильностью не-HRD типа, а именно: анеуплоидий, разрывов хромосом в области центромеры и амплификаций. Этот индекс будет применяться для оценки смешанных профилей, в которых присутствуют как признаки HRD, так и не-HRD. В отчетный период были подготовлены оригинальные статьи, посвященные анализу спектра мутаций BRCA1/2 у пациенток из Кабардино-Балкарии, Якутии (принято в печать в журнал Вопросы онкологии). Опубликована статья в Сибирском онкологическом журнале о спектре мутаций у пациенток армянского происхождения. Статья с результатами исследования спектра РМЖ- и РЯ-ассоциированных мутаций у татар и башкир находится на рецензии в издание European Journal of Human Genetics.

Публикации

Возможность практического использования результатов
Результаты проекта имеют существенное прикладное значение, так как позволяют адаптировать молекулярно-генетическую диагностику наследственных опухолей молочной железы и яичника к этническому многообразию Российской Федерации. В ходе проекта нами была создана большая коллекция образцов ДНК (более 3000 образцов) различных неславянских этносов и проанализирован спектр герминальных мутаций в РМЖ- и РЯ-ассоциированных генах. Обнаружены новые патогенные founder-аллели у народностей Северного Кавказа, Татарстана и Башкортостана, что свидетельствует о необходимости модифицировать существующие тест-системы (панели мутаций), которые используются в рутинной диагностической практике. Результаты проекта лягут в основу рекомендаций по тестированию пациенток с признаками наследственных опухолевых синдромов в различных регионах России. Индустриальный партнер проекта – компания НПФ "Синтол" – планирует наладить производство тест-системы для анализа мутаций BRCA1, BRCA2, PALB2 и RAD51C.