КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 22-16-00138
НазваниеМеханизмы регуляции ISR-прайминга при взаимодействии ризобактерий с растениями
Руководитель Шарипова Маргарита Рашидовна, Доктор биологических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет" , Республика Татарстан (Татарстан)
Конкурс №68 - Конкурс 2022 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 06 - Сельскохозяйственные науки; 06-104 - Агробиотехнологии
Ключевые слова Solanum tuberosum L., Arabidopsis thaliana, ризобактерии,индуцированная системная резистентность, праймирование, биопленкообразующая активность, сидерофоры, сурфактанты, метагеномы, протеомы, генетические технологии, геномное редактирование
Код ГРНТИ62.37.00; 68.37.13; 68.03.07
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Нарушение технологии возделывания сельскохозяйственных культур, применение химических средств защиты растений, а также неблагоприятные факторы окружающей среды часто приводят к нарушению гомеостаза почвенных агроэкосистем и накоплению в почве патогенной микрофлоры, в том числе бактерий родов Erwinia, Psеudomonas и грибов родов Fusarium, Alternaria. Проект направлен на выяснение фундаментальных основ формирования взаимодействий между почвенными бактериальными сообществами и растениями, расшифровку механизма праймирования индуцированной системной резистентности растений, чтобы противостоять многочисленным абиотическим и биотическим стрессам. Для выполнения поставленной цели нами будут решаться следующие задачи: на основе метагеномного анализа будут выявлены таксономические различия между микробиотой ризосферы и ризопланы здоровых и инфицированных растений на примере практически значимого растения картофеля и модельного растения арабидопсиса, у представителей доминирующих таксонов микробиоты будут изучены молекулярно-генетические пути взаимодействия с растениями посредством генетической модификации генов и генных кластеров в геномах ризобактерий, отвечающих за колонизацию корней, синтез сидерофоров и образование вторичных метаболитов – сурфактантов; будет оцениваться активация ISR-прайминга на основе генетического и протеомного анализа мутантов, а также проанализированы гены ответа у растений. Для решения этих задач в проекте будут применены омиксные технологии: полногеномное секвенирование представителей доминирующих таксонов, мутационный анализ с применением техники геномной инженерии, метагеномный анализ микробиоты ризосферы, протеомный анализ для оценки мутантных штаммов, qPCR для оценки экспрессии генов ризобактерий и растений и биоинформатические методы анализа, что позволит получить объективные данные, а использование модельного и культурного растения сравнить полученные результаты и выявить специфические и общие особенности праймирования. Эти знания необходимы для разработки эффективных технологий ризосферной инженерии с целью оптимизации и контроля ответа растений на внешние изменения путем направленной модификации биоконтрольных штаммов-симбионтов для оздоровления почвы, увеличения урожайности и резистентности растений. Новые знания о праймировании ISR перспективны для разработки технологий совершенствования взаимоотношений микроорганизмов и растений путем эффективного использования генетических ресурсов агробиоценозов, получения биоудобрений и биопестицидов, как альтернативе использования минеральных удобрений и химических средств защиты. Данные, полученные в результате реализации проекта, внесут важный практический вклад в решение проблемы повышения продуктивности и резистентности важной сельскохозяйственной культуры.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Валеева Л.Р., Джабраилова С.М., Шарипова М.Р.
цис-ПРЕНИЛТРАНСФЕРАЗЫ Marchantia polymorpha: ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ И ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В КАЧЕСТВЕ РЕГУЛЯТОРОВ СИНТЕЗА АНТИМИКРОБНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
Молекулярная биология, Т.56. - №6. – С.969-982. (год публикации - 2022)
10.31857/S0026898422060234
2.
Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Пудова Д.С., Акосах Й.А., Шагимарданова Е.И., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М.
Identifcation, characterization, and genome sequencing of Brevibacterium sediminis MG 1 isolate with growth promoting properties
3Biotech, 12:326. - P. 1-16. (год публикации - 2022)
10.1007/s13205-022-03392-z
3.
Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л.. Корягина А.О., Шарипова М.Р.
CRISPR/Cas9-redacted Bacillus subtilis strain as the producer of extracellular metalloproteinase of B. pumilus
Opera Medica et Physiologica, V.9. - №3. – P. 121-127. (год публикации - 2022)
10.24412/2500-2295-2022-3-121-127
4. Данилова Ю.В., Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С. Whole-genome sequencing and the identification of genes responsible for the synthesis of growth-stimulating properties in the genome of the rhizosphere strain Bacillus intestinalis GM2 СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., C.78 (год публикации - 2022)
5. Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л. Характеристика штаммов-продуцентов Bacillus subtilis с редактированным геномом по отношению к экспрессии металлопротеиназы B.pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 221. (год публикации - 2022)
6. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Иткина Д.Л., Шарипова М.Р. Продукция сидерофоров почвенным изолятом Pantoea brenneri Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 204. (год публикации - 2022)
7. Рудакова Н.Л., Хасанов Д.И. Роль Spo-системы трансдукции сигнала в регуляции экспрессии адамализин-подобной протеиназы Bacillus pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 188. (год публикации - 2022)
8. Костенникова З.С., Галимов М.А., Акосах Й.А., Вологин С.Г., Марданова А.М. Fungi of the genus Fusarium in the microbiota of potato roots and their role in the development of tuber dry rot Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 122. (год публикации - 2022)
9. Султанов Г.Э., Данилова Ю.В. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА МУТАНТНЫХ ШТАММОВ, ПРОИЗВОДНЫХ ОТ ШТАММА BACILLUS SUBTILIS 168 Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ, С. 260. (год публикации - 2022)
10. Николаева А.А., Андреева Т.Е., Хворова С.Ф., Лутфуллина Г.Ф. ХАРАКТЕРИСТИКА БИОСИНТЕЗА СИДЕРОФОРОВ РАЗНЫХ ТИПОВ БИОКОНТРОЛЬНЫМ ШТАММОМ BACILLUS SUBTILIS GM5 Сборник Тезисов V Всероссийской с международным участием школы-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и технологии XXI века» / Отв. ред. А.В. Герасимов. [Электронный ресурс] – Казань.: КФУ, 2022., С. - 78. (год публикации - 2022)
11.
Абайе Й.А., Костенникова З.С., Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Афордоани Д.М., Вологин С.П., Марданова А.М.
Induced Expression of CYP51a and HK1 Genes Associated with Penconazole and Fludioxonil Resistance in the Potato Pathogen Fusarium oxysporum
Microorganisms, V.11, P.1257 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11051257
12.
Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В., Хуснуллина Л.К., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Characterization of Bacillus pumilus Strains with Targeted Gene Editing for Antimicrobial Peptides and Sporulation Factor
Microorganisms, V.11, P.1508. (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061508
13.
Шарипова М.Р., Рудакова Н.Л., Марданова А.М., Евтюгин В.Г., Акосах Й.А., Данилова Ю.В., Сулейманова А.Д.
Biofilm Formation by Mutant Strains of Bacilli under Different Stress Conditions
Microorganisms, V.11, P.1486 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061486
14.
Карамова Н.С., Туама А.А., Сташевски З.
Эндофитные микроорганизмы картофеля (Solanum tuberosum L.): разнообразие, функции и биотехнологический потенциал
ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА, Т.21, №2, С.123-135. (год публикации - 2023)
10.17816/ecogen196737
15.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный фитопротекторный агент
ИТ «АРИАЛ», Материалы VIII международной научно-практической конференции, Симферополь, 25-29 сентября 2023 г. / науч. ред. В. С. Паштецкий. – Электрон. дан. – Симферополь: ИТ «АРИАЛ», 2023. – С.84-85. (год публикации - 2023)
10.5281/zenodo.8256047
16. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С. Биологические активности штамма Bacillus pumilus 3-19 как потенциального PGPR-агента МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
17. Лутфуллин М.Т., Николаева А.А., Лутфуллина Г. Ф. Влияние экссудатов корней растений картофеля на экспрессию генов ризобактерии Pseudomonas putida MG-2 М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, 2023. (год публикации - 2023)
18. Сулейманова А.Д. Характеристика штамма Pantoea brenneri 3.5.1 с высоким биотехнологическим потенциалом М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
19. Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А.. Шарипова М.Р. Bioinformatics search for bacilli genes responsible for the induction of systemic resistance (ISR) in plants Kazan: FEN, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2023): abstracts/ Eds. A.A. Kalachev., T.A. Gorhkova, M.L. Ponomareva; FIC KazSC RAS // The 7th International Scientific Conference (Jule 10–15, 2023, Kazan, Russia). - C.96. (год публикации - 2023)
20. Холиков С.И., Галимов М.А., Марданова А.М. Поиск белков, ассоциированных с апоптозом у Neurospora crassa и Fusarium oxysporum Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Н. Новгород, 11–14 апреля 2023 г.). - с. 338. (год публикации - 2023)
21. Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А., Дядькина И.В., Данилова Ю.В. Получение мутантного штамма Bacillus pumilus 3-19 (Δsigf) методом редактирования CRISPR/Cas9. Характеристика динамики роста и спорообразования Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.79. (год публикации - 2023)
22. Николаева А.А., Хворова С.А., Лутфуллина Г.Ф., Вологин С.Г., Марданова А.М. Влияние экссудатов корней картофеля, инфицированного Fusarium oxysporum, на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров ризосферными бактериями Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 235. (год публикации - 2023)
23. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный PGPR-агент Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С. 333. (год публикации - 2023)
24. Хасанова К.А., Замалиева Ф.Ф., Лутфуллин М.Т. Влияние экссудатов картофеля на экспрессию генов штамма Pseudomonas koreensis MG-8 Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 334. (год публикации - 2023)
25. Попова Т.М., Андреева Т.Е., Сабирова Л.М., Николаева А.А. Влияние экзометаболитов возбудителя сухой гнили картофеля Fusarium oxysporum на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров биоконтрольным штаммом Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.260. (год публикации - 2023)
26. Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Хасанов Д.И., Шарипова М.Р. Антагонистический потенциал штамма Bacillus pumilus 3-19 Новосибирск: ИПЦ НГУ, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов (26-29 сентября 2023), АНО «Инновационный центр Кольцово». - С.214. (год публикации - 2023)
27. Попова Т.Л., Лутфуллина Г.Ф., Николаева А.А., Марданова А.М. Характеристика фунгицидных свойств бактерий рода Bacillus Орел: Орловский государственный аграрный университет имени Н.В. Парахина, (год публикации - 2023)
28.
Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Данилова Ю.В., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Создание векторной конструкции для инактивации гена сурфактина в геноме бактерии Bacillus subtilis
Новосибирск: ИПЦ НГУ,, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск: ИПЦ НГУ, 2023. − С.107. (год публикации - 2023)
10.25205/978-5-4437-1526-1-62
29. Ивойлова Т.М., Елистратова А.А., Замалиева Ф.Ф., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Антифунгицидная активность метаболитов эндолитного штамма Nocardia mangyaensis NН1 Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г, Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г – C. 110. (год публикации - 2023)
30. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В. Inactivation of Bacillus pumilus 3-19 genes using CRISPR-CAS9 technology СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., С. 77 (год публикации - 2022)
31. Иткина Д.С., Сулейманова А.Д., Шарипова М.Р. Rhizospheric bacteria as a basis for the development of biofertilizers in agriculture Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., C.-102. (год публикации - 2022)
32. Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С., Шагимарданова Е.И., Сташевски З., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М. БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СООБЩЕСТВА РИЗОСФЕРЫ И РИЗОПЛАНЫ КАРТОФЕЛЯ СОРТА ЖУКОВСКИЙ РАННИЙ Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ,, С.202-203. (год публикации - 2022)
33. Ивойлова Т.М., Валеева Л.Р., Лайков А.В., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Характеристика эндолитного штамма Nocardia mangyaensis H1 Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.) Москва: Издательство Перо, 2023., Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.). — Москва: Издательство Перо, 2023. — С. 42-43. (год публикации - 2023)
34. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Оценка потенциала ризосферного изолята в качестве фитопротекторного штамма Материалы IV международной научной конференции "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего". Байкальск, 15-22 сентября 2024 г., С. 226-228. (год публикации - 2024)
35.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Шарпова М.Р.
Evaluating of Potential of Bacillus pumilus 3-19 as a Plant Growth-Promoting Strain
Russian Journal of Plant Physiology, Vol.70, P. 197-207, (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723603282
36.
Хиляс И.В., Маркелова М.И., Валеева Л.Р., Ивойлова Т.М., Шагимарданова Е.И., Лайков А.В., Елистратова А.А., Беркутова Е.С., Лохнит Г., Шарипова М.Р.
Genomic insights and anti‑phytopathogenic potential of siderophore metabolome of endolithic Nocardia mangyaensis NH1
Scientific reports, V.14, P.5676 (год публикации - 2024)
https://doi.org/10.1038/s41598-024-54095-9
37. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Мамчур А.А., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Influence of the sporulation factor gene mutation in the genome of Bacillus pumilus JN on the manifestation of biocontrol properties of the strain Microbiology, Vol. 93, №7. (год публикации - 2024)
38. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Егорова Е.А., Шарипова М.Р. DELETION OF THE GENE RESPONSIBLE FOR GLUCONIC ACID SYNTHESIS IN THE GENOME OF PANTOEA BRENNERI Микробиология, vol. 94, №2. (год публикации - 2025)
39.
Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Егорова Е.А., Беркутова Е.С., Пудова Д.С., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Antifungal Activity of Siderophore Isolated from Pantoea brenneri Against Fusarium
Russian Journal of Plant Physiology , Vol. 70, P. 199-206 (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723602744
Публикации
1.
Валеева Л.Р., Джабраилова С.М., Шарипова М.Р.
цис-ПРЕНИЛТРАНСФЕРАЗЫ Marchantia polymorpha: ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ И ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В КАЧЕСТВЕ РЕГУЛЯТОРОВ СИНТЕЗА АНТИМИКРОБНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
Молекулярная биология, Т.56. - №6. – С.969-982. (год публикации - 2022)
10.31857/S0026898422060234
2.
Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Пудова Д.С., Акосах Й.А., Шагимарданова Е.И., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М.
Identifcation, characterization, and genome sequencing of Brevibacterium sediminis MG 1 isolate with growth promoting properties
3Biotech, 12:326. - P. 1-16. (год публикации - 2022)
10.1007/s13205-022-03392-z
3.
Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л.. Корягина А.О., Шарипова М.Р.
CRISPR/Cas9-redacted Bacillus subtilis strain as the producer of extracellular metalloproteinase of B. pumilus
Opera Medica et Physiologica, V.9. - №3. – P. 121-127. (год публикации - 2022)
10.24412/2500-2295-2022-3-121-127
4. Данилова Ю.В., Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С. Whole-genome sequencing and the identification of genes responsible for the synthesis of growth-stimulating properties in the genome of the rhizosphere strain Bacillus intestinalis GM2 СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., C.78 (год публикации - 2022)
5. Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л. Характеристика штаммов-продуцентов Bacillus subtilis с редактированным геномом по отношению к экспрессии металлопротеиназы B.pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 221. (год публикации - 2022)
6. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Иткина Д.Л., Шарипова М.Р. Продукция сидерофоров почвенным изолятом Pantoea brenneri Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 204. (год публикации - 2022)
7. Рудакова Н.Л., Хасанов Д.И. Роль Spo-системы трансдукции сигнала в регуляции экспрессии адамализин-подобной протеиназы Bacillus pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 188. (год публикации - 2022)
8. Костенникова З.С., Галимов М.А., Акосах Й.А., Вологин С.Г., Марданова А.М. Fungi of the genus Fusarium in the microbiota of potato roots and their role in the development of tuber dry rot Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 122. (год публикации - 2022)
9. Султанов Г.Э., Данилова Ю.В. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА МУТАНТНЫХ ШТАММОВ, ПРОИЗВОДНЫХ ОТ ШТАММА BACILLUS SUBTILIS 168 Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ, С. 260. (год публикации - 2022)
10. Николаева А.А., Андреева Т.Е., Хворова С.Ф., Лутфуллина Г.Ф. ХАРАКТЕРИСТИКА БИОСИНТЕЗА СИДЕРОФОРОВ РАЗНЫХ ТИПОВ БИОКОНТРОЛЬНЫМ ШТАММОМ BACILLUS SUBTILIS GM5 Сборник Тезисов V Всероссийской с международным участием школы-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и технологии XXI века» / Отв. ред. А.В. Герасимов. [Электронный ресурс] – Казань.: КФУ, 2022., С. - 78. (год публикации - 2022)
11.
Абайе Й.А., Костенникова З.С., Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Афордоани Д.М., Вологин С.П., Марданова А.М.
Induced Expression of CYP51a and HK1 Genes Associated with Penconazole and Fludioxonil Resistance in the Potato Pathogen Fusarium oxysporum
Microorganisms, V.11, P.1257 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11051257
12.
Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В., Хуснуллина Л.К., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Characterization of Bacillus pumilus Strains with Targeted Gene Editing for Antimicrobial Peptides and Sporulation Factor
Microorganisms, V.11, P.1508. (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061508
13.
Шарипова М.Р., Рудакова Н.Л., Марданова А.М., Евтюгин В.Г., Акосах Й.А., Данилова Ю.В., Сулейманова А.Д.
Biofilm Formation by Mutant Strains of Bacilli under Different Stress Conditions
Microorganisms, V.11, P.1486 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061486
14.
Карамова Н.С., Туама А.А., Сташевски З.
Эндофитные микроорганизмы картофеля (Solanum tuberosum L.): разнообразие, функции и биотехнологический потенциал
ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА, Т.21, №2, С.123-135. (год публикации - 2023)
10.17816/ecogen196737
15.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный фитопротекторный агент
ИТ «АРИАЛ», Материалы VIII международной научно-практической конференции, Симферополь, 25-29 сентября 2023 г. / науч. ред. В. С. Паштецкий. – Электрон. дан. – Симферополь: ИТ «АРИАЛ», 2023. – С.84-85. (год публикации - 2023)
10.5281/zenodo.8256047
16. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С. Биологические активности штамма Bacillus pumilus 3-19 как потенциального PGPR-агента МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
17. Лутфуллин М.Т., Николаева А.А., Лутфуллина Г. Ф. Влияние экссудатов корней растений картофеля на экспрессию генов ризобактерии Pseudomonas putida MG-2 М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, 2023. (год публикации - 2023)
18. Сулейманова А.Д. Характеристика штамма Pantoea brenneri 3.5.1 с высоким биотехнологическим потенциалом М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
19. Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А.. Шарипова М.Р. Bioinformatics search for bacilli genes responsible for the induction of systemic resistance (ISR) in plants Kazan: FEN, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2023): abstracts/ Eds. A.A. Kalachev., T.A. Gorhkova, M.L. Ponomareva; FIC KazSC RAS // The 7th International Scientific Conference (Jule 10–15, 2023, Kazan, Russia). - C.96. (год публикации - 2023)
20. Холиков С.И., Галимов М.А., Марданова А.М. Поиск белков, ассоциированных с апоптозом у Neurospora crassa и Fusarium oxysporum Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Н. Новгород, 11–14 апреля 2023 г.). - с. 338. (год публикации - 2023)
21. Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А., Дядькина И.В., Данилова Ю.В. Получение мутантного штамма Bacillus pumilus 3-19 (Δsigf) методом редактирования CRISPR/Cas9. Характеристика динамики роста и спорообразования Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.79. (год публикации - 2023)
22. Николаева А.А., Хворова С.А., Лутфуллина Г.Ф., Вологин С.Г., Марданова А.М. Влияние экссудатов корней картофеля, инфицированного Fusarium oxysporum, на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров ризосферными бактериями Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 235. (год публикации - 2023)
23. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный PGPR-агент Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С. 333. (год публикации - 2023)
24. Хасанова К.А., Замалиева Ф.Ф., Лутфуллин М.Т. Влияние экссудатов картофеля на экспрессию генов штамма Pseudomonas koreensis MG-8 Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 334. (год публикации - 2023)
25. Попова Т.М., Андреева Т.Е., Сабирова Л.М., Николаева А.А. Влияние экзометаболитов возбудителя сухой гнили картофеля Fusarium oxysporum на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров биоконтрольным штаммом Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.260. (год публикации - 2023)
26. Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Хасанов Д.И., Шарипова М.Р. Антагонистический потенциал штамма Bacillus pumilus 3-19 Новосибирск: ИПЦ НГУ, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов (26-29 сентября 2023), АНО «Инновационный центр Кольцово». - С.214. (год публикации - 2023)
27. Попова Т.Л., Лутфуллина Г.Ф., Николаева А.А., Марданова А.М. Характеристика фунгицидных свойств бактерий рода Bacillus Орел: Орловский государственный аграрный университет имени Н.В. Парахина, (год публикации - 2023)
28.
Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Данилова Ю.В., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Создание векторной конструкции для инактивации гена сурфактина в геноме бактерии Bacillus subtilis
Новосибирск: ИПЦ НГУ,, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск: ИПЦ НГУ, 2023. − С.107. (год публикации - 2023)
10.25205/978-5-4437-1526-1-62
29. Ивойлова Т.М., Елистратова А.А., Замалиева Ф.Ф., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Антифунгицидная активность метаболитов эндолитного штамма Nocardia mangyaensis NН1 Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г, Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г – C. 110. (год публикации - 2023)
30. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В. Inactivation of Bacillus pumilus 3-19 genes using CRISPR-CAS9 technology СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., С. 77 (год публикации - 2022)
31. Иткина Д.С., Сулейманова А.Д., Шарипова М.Р. Rhizospheric bacteria as a basis for the development of biofertilizers in agriculture Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., C.-102. (год публикации - 2022)
32. Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С., Шагимарданова Е.И., Сташевски З., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М. БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СООБЩЕСТВА РИЗОСФЕРЫ И РИЗОПЛАНЫ КАРТОФЕЛЯ СОРТА ЖУКОВСКИЙ РАННИЙ Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ,, С.202-203. (год публикации - 2022)
33. Ивойлова Т.М., Валеева Л.Р., Лайков А.В., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Характеристика эндолитного штамма Nocardia mangyaensis H1 Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.) Москва: Издательство Перо, 2023., Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.). — Москва: Издательство Перо, 2023. — С. 42-43. (год публикации - 2023)
34. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Оценка потенциала ризосферного изолята в качестве фитопротекторного штамма Материалы IV международной научной конференции "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего". Байкальск, 15-22 сентября 2024 г., С. 226-228. (год публикации - 2024)
35.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Шарпова М.Р.
Evaluating of Potential of Bacillus pumilus 3-19 as a Plant Growth-Promoting Strain
Russian Journal of Plant Physiology, Vol.70, P. 197-207, (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723603282
36.
Хиляс И.В., Маркелова М.И., Валеева Л.Р., Ивойлова Т.М., Шагимарданова Е.И., Лайков А.В., Елистратова А.А., Беркутова Е.С., Лохнит Г., Шарипова М.Р.
Genomic insights and anti‑phytopathogenic potential of siderophore metabolome of endolithic Nocardia mangyaensis NH1
Scientific reports, V.14, P.5676 (год публикации - 2024)
https://doi.org/10.1038/s41598-024-54095-9
37. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Мамчур А.А., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Influence of the sporulation factor gene mutation in the genome of Bacillus pumilus JN on the manifestation of biocontrol properties of the strain Microbiology, Vol. 93, №7. (год публикации - 2024)
38. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Егорова Е.А., Шарипова М.Р. DELETION OF THE GENE RESPONSIBLE FOR GLUCONIC ACID SYNTHESIS IN THE GENOME OF PANTOEA BRENNERI Микробиология, vol. 94, №2. (год публикации - 2025)
39.
Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Егорова Е.А., Беркутова Е.С., Пудова Д.С., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Antifungal Activity of Siderophore Isolated from Pantoea brenneri Against Fusarium
Russian Journal of Plant Physiology , Vol. 70, P. 199-206 (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723602744
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
Изучали влияние ризосферного штамма P. brenneri WT и его мутантов с делецией генов биосинтеза идолил-3-уксусной кислоты (ΔipdC) и глюконовой кислоты (Δgcd) на рост и колонизацию пшеницы. Нативный штамм P. brenneri способствовал увеличению энергии прорастания семян пшеницы на 7%, длины корней на 27.3%, длины побегов на 21.3%, сухой биомассы корней на 36.4%, биомассы побегов на 20.5% по сравнению с контрольными образцами. Инактивация гена ipdC снижала пролиферацию корней, биомассу корней и побегов по сравнению с обработкой нативным штаммом. Инактивация генов ipdC и gcd не влияла на колонизацию корней бактериями.
Анализ накопления АФК в листьях растений картофеля проводили в присутствии ризосферного изолята B. subtilis GM5 и его мутанта с делетированным геном сидерофора бациллибактина B. subtilis GM5 ΔdhbF в присутствии микромицета Fusarium oxysporum. В присутствии фитопатогена Fusarium уровень активности СОД в экстрактах картофеля вдвое превышал таковой для образцов, выращенных в присутствии ризосферного изолята. Для растений, зараженных фитопатогеном после обработки бактериальными штаммами уровни активности СОД на 30% превышали таковой для контроля с патогеном. Предварительное праймирование растений бациллярными культурами повысило уровень пероксидазы после контакта с Fusarium на 10-15%. Уровень пероксидазы после «иммунизации» изолятом GM5 был выше, чем после обработки мутантным штаммом. Опыты с P. brenneri и его мутантами (∆ipdC и ∆gcd) на проростках пшеницы показали, что активность СОД повышалась при обработке мутантными штаммами, активность пероксидазы увеличивалась в 2 раза.
Праймирование растений картофеля бациллярными штаммами снижало негативный эффект от заражения F.oxysporum, масса стеблей на 30% превышала показатели при заражении. F. oxysporum снижал длину стебля на 40%, а внесение GM5 увеличивало на 25%. Предварительное праймирование растений бациллами приводило к увеличению длины стеблей и позволила сохранить длину корней относительно фузариозного заражения. Оба штамма при праймировании ослабляют негативное действие F. oxysporum на растение. Бациллибактин бактерий участвует в защите растения картофеля от фузариозой инфекции.
Протеомный анализ внеклеточных белков бацилл показал, что продукты метаболизма F. oxysporum позитивно влияли на экспрессию гена флагеллина у штаммов B. subtilis 168 и его мутанта ∆srf∆dhb с инактивированными генами сурфактина (∆srf) и сидерофора бациллибактина (∆dhb). Мутантный штамм ∆srf∆dhb активирует увеличение биосинтеза белка биопленки, повышая ее гидрофобность, что ведет к увеличению колонизации корней в ответ на метаболиты F. oxysporum. Установили снижение количества алкил гидропероксидредуктазы у мутантного штамма ∆srf∆dhb по сравнению с диким. Анализ протеома секретируемых белков B.subtilis GM5 и его мутанта по гену бациллибактина (∆dhbF) показал увеличение количества белка флагеллина Hag, стрессового белка MgrA и алкил гидропероксидредуктазы у мутанта ∆dhbF.
Для характеристики ответа картофеля на обработку ризосферным штаммом B. subilis GM5 в присутствии/отсутствие патогена F. oxysporum DR57 проводили qPCR анализ экспрессии генов в микрорастениях картофеля. При инфицировании F. oxysporum повышалась экспрессия гена пероксидазы в побегах и в корнях – в 11.4 и 4.8 раз, гена CYP450 в побегах – в 7 раз, PR2 в корнях растений – в 2.3 раза, PR3 – в 1.8 раз. В побегах картофеля, обработанных ризосферными бактериями в условиях фузариозной инфекции, экспрессия генов PR9 и CYP450 увеличивалась в 2 и 9 раз, а в корнях экспрессия генов PR2 увеличивалась в 1.6 раз, PR3 – 2 раза, PR9 – 4 раза. В корнях картофеля при добавлении GM5 экспрессия PR3 уменьшалась, а экспрессия гена пероксидазы увеличивалась в 1.7 раз. Таким образом, экспрессия PR-генов и других генов защитного ответа картофеля в условиях фузариозной инфекции меняется под влиянием ризосферных бактерий.
Проводили qPCR-анализ экспрессии маркерных генов ответа пшеницы в опытах с обработкой проростков ризосферным штаммом P. brenneri и его мутантами с делецией генов биосинтеза ИУК (∆ipdC) и глюконовой кислоты (∆gcd). Различий в экспрессии генов PR1.2 и PR14 между группами бактерий и контрольным вариантом не выявили. Обработка проростков пшеницы мутантными штаммами ∆ipdC и ∆gcd приводила к повышению экспрессии гена TaSOD, кодирующего супероксиддисмутазу, в 3.2 и 2.6 раза по сравнению с контролем.
Изучали влияние B. subtilis GM5 и его мутанта dhbF, на экспрессию генов картофеля. В побегах экспрессия генов IPT1 и IPT7 усиливалась в 2.5-3 раза сильнее, чем в корнях. Под влиянием dhbF в отсутствие инфекции в тканях корней экспрессия генов не изменялась, в побегах экспрессия исследуемых генов увеличивалась: IPT1 – в 7.6, IPT7 – в 8.4 раза. В условиях фузариозной инфекции при обработке мутантом экспрессия IPT1 в побегах увеличивалась в 11.6 раз, IPT7 – в 9.9 раз, ERF94 – в 14.1 раз. Штамм GM5 способствовал увеличению экспрессии гена IPT1 в побегах в 8.5 раз и гена IPT7 – в 8.2 раза. В условиях инфекции штамм GM5 по-разному влиял на экспрессию генов в разных тканях картофеля. В побегах наблюдали повышение экспрессии гена IPT7. Экспрессия генов IPT1 и ERF94 в побегах повышалась в 13 и 15 раз, а в корнях в 6 и 10 раз. Установили, что экспрессия маркерных генов картофеля возрастает под влиянием ризосферных бактерий в условиях фузариозной инфекции.
Одним из механизмов, которым ризосферные бактерии активируют защитную реакцию растений, является синтез фитогормонов – обработка растений мутантными штаммами с нарушением синтеза ИУК приводили к снижению пролиферации корней проростков пшеницы и биомассы корней и побегов, что подтверждает вклад ИУК в формирование состояния устойчивости растений. Выработка АФК в качестве защиты от фитопатогенов - один из путей ответа ISR системы растений, бациллярные штаммы в качестве фитопротекторов усиливают этот ответ. Другим механизмом активации ISR системы растений является биосинтез сидерофоров. Потеря мутантным штаммом B. subtilis GM5ΔdhbF гена бациллибактина снизила его способность к стимуляции роста стеблей растения картофеля и уменьшила накопление массы растения по сравнению с диким. Оба штамма при праймировании способны ослаблять негативные действие фузариозной инфекции на растение картофеля. Анализ протеомов секретируемых белков B.subtilis GM5 и B.subtilis 168 и их мутантов (∆dhbF и ∆srf∆dhb) позволил идентифицировать белки с повышенной экспрессией в ответ на присутствие фитопатогена F. oxysporum. Экспрессия маркерных генов ISR-прайминга картофеля (PR) меняется под влиянием ризосферных бактерий, при этом выявили тканеспецифичность экспрессии генов IPT1 и IPT7. Экспрессия генов изопентилтрансфераз (IPT) под влиянием бацилл в условиях фузариозной инфекции снижалась по сравнению с растениями без обработки бактериями. Нами установлено, что активация системной устойчивости растений происходит комплексно в результате взаимодействия с ризосферными бактериями по прямому и опосредованному пути активации ISR-прайминга.
Публикации
1.
Валеева Л.Р., Джабраилова С.М., Шарипова М.Р.
цис-ПРЕНИЛТРАНСФЕРАЗЫ Marchantia polymorpha: ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ И ПЕРСПЕКТИВЫ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ В КАЧЕСТВЕ РЕГУЛЯТОРОВ СИНТЕЗА АНТИМИКРОБНЫХ СОЕДИНЕНИЙ
Молекулярная биология, Т.56. - №6. – С.969-982. (год публикации - 2022)
10.31857/S0026898422060234
2.
Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Пудова Д.С., Акосах Й.А., Шагимарданова Е.И., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М.
Identifcation, characterization, and genome sequencing of Brevibacterium sediminis MG 1 isolate with growth promoting properties
3Biotech, 12:326. - P. 1-16. (год публикации - 2022)
10.1007/s13205-022-03392-z
3.
Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л.. Корягина А.О., Шарипова М.Р.
CRISPR/Cas9-redacted Bacillus subtilis strain as the producer of extracellular metalloproteinase of B. pumilus
Opera Medica et Physiologica, V.9. - №3. – P. 121-127. (год публикации - 2022)
10.24412/2500-2295-2022-3-121-127
4. Данилова Ю.В., Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С. Whole-genome sequencing and the identification of genes responsible for the synthesis of growth-stimulating properties in the genome of the rhizosphere strain Bacillus intestinalis GM2 СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., C.78 (год публикации - 2022)
5. Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л. Характеристика штаммов-продуцентов Bacillus subtilis с редактированным геномом по отношению к экспрессии металлопротеиназы B.pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 221. (год публикации - 2022)
6. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Иткина Д.Л., Шарипова М.Р. Продукция сидерофоров почвенным изолятом Pantoea brenneri Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 204. (год публикации - 2022)
7. Рудакова Н.Л., Хасанов Д.И. Роль Spo-системы трансдукции сигнала в регуляции экспрессии адамализин-подобной протеиназы Bacillus pumilus Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 188. (год публикации - 2022)
8. Костенникова З.С., Галимов М.А., Акосах Й.А., Вологин С.Г., Марданова А.М. Fungi of the genus Fusarium in the microbiota of potato roots and their role in the development of tuber dry rot Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., С. 122. (год публикации - 2022)
9. Султанов Г.Э., Данилова Ю.В. СРАВНИТЕЛЬНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА МУТАНТНЫХ ШТАММОВ, ПРОИЗВОДНЫХ ОТ ШТАММА BACILLUS SUBTILIS 168 Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ, С. 260. (год публикации - 2022)
10. Николаева А.А., Андреева Т.Е., Хворова С.Ф., Лутфуллина Г.Ф. ХАРАКТЕРИСТИКА БИОСИНТЕЗА СИДЕРОФОРОВ РАЗНЫХ ТИПОВ БИОКОНТРОЛЬНЫМ ШТАММОМ BACILLUS SUBTILIS GM5 Сборник Тезисов V Всероссийской с международным участием школы-конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Материалы и технологии XXI века» / Отв. ред. А.В. Герасимов. [Электронный ресурс] – Казань.: КФУ, 2022., С. - 78. (год публикации - 2022)
11.
Абайе Й.А., Костенникова З.С., Лутфуллин М.Т., Лутфуллина Г.Ф., Афордоани Д.М., Вологин С.П., Марданова А.М.
Induced Expression of CYP51a and HK1 Genes Associated with Penconazole and Fludioxonil Resistance in the Potato Pathogen Fusarium oxysporum
Microorganisms, V.11, P.1257 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11051257
12.
Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В., Хуснуллина Л.К., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Characterization of Bacillus pumilus Strains with Targeted Gene Editing for Antimicrobial Peptides and Sporulation Factor
Microorganisms, V.11, P.1508. (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061508
13.
Шарипова М.Р., Рудакова Н.Л., Марданова А.М., Евтюгин В.Г., Акосах Й.А., Данилова Ю.В., Сулейманова А.Д.
Biofilm Formation by Mutant Strains of Bacilli under Different Stress Conditions
Microorganisms, V.11, P.1486 (год публикации - 2023)
10.3390/microorganisms11061486
14.
Карамова Н.С., Туама А.А., Сташевски З.
Эндофитные микроорганизмы картофеля (Solanum tuberosum L.): разнообразие, функции и биотехнологический потенциал
ЭКОЛОГИЧЕСКАЯ ГЕНЕТИКА, Т.21, №2, С.123-135. (год публикации - 2023)
10.17816/ecogen196737
15.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный фитопротекторный агент
ИТ «АРИАЛ», Материалы VIII международной научно-практической конференции, Симферополь, 25-29 сентября 2023 г. / науч. ред. В. С. Паштецкий. – Электрон. дан. – Симферополь: ИТ «АРИАЛ», 2023. – С.84-85. (год публикации - 2023)
10.5281/zenodo.8256047
16. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С. Биологические активности штамма Bacillus pumilus 3-19 как потенциального PGPR-агента МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
17. Лутфуллин М.Т., Николаева А.А., Лутфуллина Г. Ф. Влияние экссудатов корней растений картофеля на экспрессию генов ризобактерии Pseudomonas putida MG-2 М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). [Электронный ресурс] – М.: МАКС Пресс, 2023. (год публикации - 2023)
18. Сулейманова А.Д. Характеристика штамма Pantoea brenneri 3.5.1 с высоким биотехнологическим потенциалом М.: МАКС Пресс, Материалы Международного молодежного научного форума «ЛОМОНОСОВ-2023» (10-21 апреля 2023, г. Москва). Электронный сборник. (год публикации - 2023)
19. Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А.. Шарипова М.Р. Bioinformatics search for bacilli genes responsible for the induction of systemic resistance (ISR) in plants Kazan: FEN, Plant Genetics, Genomics, Bioinformatics, and Biotechnology (PlantGen2023): abstracts/ Eds. A.A. Kalachev., T.A. Gorhkova, M.L. Ponomareva; FIC KazSC RAS // The 7th International Scientific Conference (Jule 10–15, 2023, Kazan, Russia). - C.96. (год публикации - 2023)
20. Холиков С.И., Галимов М.А., Марданова А.М. Поиск белков, ассоциированных с апоптозом у Neurospora crassa и Fusarium oxysporum Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» (Н. Новгород, 11–14 апреля 2023 г.). - с. 338. (год публикации - 2023)
21. Гильмутдинова А.И., Васильева Ю.А., Дядькина И.В., Данилова Ю.В. Получение мутантного штамма Bacillus pumilus 3-19 (Δsigf) методом редактирования CRISPR/Cas9. Характеристика динамики роста и спорообразования Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.79. (год публикации - 2023)
22. Николаева А.А., Хворова С.А., Лутфуллина Г.Ф., Вологин С.Г., Марданова А.М. Влияние экссудатов корней картофеля, инфицированного Fusarium oxysporum, на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров ризосферными бактериями Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского., Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 235. (год публикации - 2023)
23. Хасанов Д.И., Ласточкина Е.Э., Волкова Е.С., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Штамм Bacillus pumilus 3-19 как потенциальный PGPR-агент Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С. 333. (год публикации - 2023)
24. Хасанова К.А., Замалиева Ф.Ф., Лутфуллин М.Т. Влияние экссудатов картофеля на экспрессию генов штамма Pseudomonas koreensis MG-8 Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - с. 334. (год публикации - 2023)
25. Попова Т.М., Андреева Т.Е., Сабирова Л.М., Николаева А.А. Влияние экзометаболитов возбудителя сухой гнили картофеля Fusarium oxysporum на экспрессию генов синтеза и поглощения сидерофоров биоконтрольным штаммом Bacillus subtilis Н. Новгород, Университет Лобачевского, Тезисы докладов 76-й Всероссийской школы-конференции молодых ученых «Биосистемы: организация, поведение, управление» 2023. - С.260. (год публикации - 2023)
26. Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Хасанов Д.И., Шарипова М.Р. Антагонистический потенциал штамма Bacillus pumilus 3-19 Новосибирск: ИПЦ НГУ, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов (26-29 сентября 2023), АНО «Инновационный центр Кольцово». - С.214. (год публикации - 2023)
27. Попова Т.Л., Лутфуллина Г.Ф., Николаева А.А., Марданова А.М. Характеристика фунгицидных свойств бактерий рода Bacillus Орел: Орловский государственный аграрный университет имени Н.В. Парахина, (год публикации - 2023)
28.
Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Данилова Ю.В., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р.
Создание векторной конструкции для инактивации гена сурфактина в геноме бактерии Bacillus subtilis
Новосибирск: ИПЦ НГУ,, X Международная конференция молодых ученых: биоинформатиков, биотехнологов, биофизиков, вирусологов и молекулярных биологов — 2023: Cб. тез. / АНО «Инновационный центр Кольцово». — Новосибирск: ИПЦ НГУ, 2023. − С.107. (год публикации - 2023)
10.25205/978-5-4437-1526-1-62
29. Ивойлова Т.М., Елистратова А.А., Замалиева Ф.Ф., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Антифунгицидная активность метаболитов эндолитного штамма Nocardia mangyaensis NН1 Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г, Материалы 4-ого Российского микробиологического Конгресса, Томск. 24 – 29 сентября 2023г – C. 110. (год публикации - 2023)
30. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Дядькина И.В. Inactivation of Bacillus pumilus 3-19 genes using CRISPR-CAS9 technology СБОРНИК ТЕЗИСОВ Третья Международная научная конференция PLAMIC2022 «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» Санкт-Петербург, 3-8 октября 2022 г., С. 77 (год публикации - 2022)
31. Иткина Д.С., Сулейманова А.Д., Шарипова М.Р. Rhizospheric bacteria as a basis for the development of biofertilizers in agriculture Материалы 3-ей Международной научной конференции PLAMIC2022 "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего" 3-8 октября 2022 г., Санкт-Петербург., C.-102. (год публикации - 2022)
32. Лутфуллина Г.Ф., Лутфуллин М.Т., Пудова Д.С., Шагимарданова Е.И., Сташевски З., Вологин С.Г., Шарипова М.Р., Марданова А.М. БАКТЕРИАЛЬНЫЕ СООБЩЕСТВА РИЗОСФЕРЫ И РИЗОПЛАНЫ КАРТОФЕЛЯ СОРТА ЖУКОВСКИЙ РАННИЙ Материалы IX Международной конференции молодых ученых: вирусологов, биотехнологов, биофизиков, молекулярных биологов и биоинформатиков — 2022: Cб. тез. / АНО «Иннов. центр Кольцово». - Новосибирск: ИПЦ НГУ,, С.202-203. (год публикации - 2022)
33. Ивойлова Т.М., Валеева Л.Р., Лайков А.В., Шарипова М.Р., Хиляс И.В. Характеристика эндолитного штамма Nocardia mangyaensis H1 Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.) Москва: Издательство Перо, 2023., Сборник тезисов II Всероссийской школы-конференции «СОХРАНЕНИЕ И ПРЕУМНОЖЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИХ РЕСУРСОВ МИКРООРГАНИЗМОВ» (26-27 июня 2023 г.). — Москва: Издательство Перо, 2023. — С. 42-43. (год публикации - 2023)
34. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Хасанов Д.И., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Оценка потенциала ризосферного изолята в качестве фитопротекторного штамма Материалы IV международной научной конференции "Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего". Байкальск, 15-22 сентября 2024 г., С. 226-228. (год публикации - 2024)
35.
Рудакова Н.Л., Хиляс И.В., Данилова Ю.В., Пудова Д.С., Шарпова М.Р.
Evaluating of Potential of Bacillus pumilus 3-19 as a Plant Growth-Promoting Strain
Russian Journal of Plant Physiology, Vol.70, P. 197-207, (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723603282
36.
Хиляс И.В., Маркелова М.И., Валеева Л.Р., Ивойлова Т.М., Шагимарданова Е.И., Лайков А.В., Елистратова А.А., Беркутова Е.С., Лохнит Г., Шарипова М.Р.
Genomic insights and anti‑phytopathogenic potential of siderophore metabolome of endolithic Nocardia mangyaensis NH1
Scientific reports, V.14, P.5676 (год публикации - 2024)
https://doi.org/10.1038/s41598-024-54095-9
37. Данилова Ю.В., Васильева Ю.А., Гильмутдинова А.И., Мамчур А.А., Рудакова Н.Л., Шарипова М.Р. Influence of the sporulation factor gene mutation in the genome of Bacillus pumilus JN on the manifestation of biocontrol properties of the strain Microbiology, Vol. 93, №7. (год публикации - 2024)
38. Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Бульмакова Д.С., Егорова Е.А., Шарипова М.Р. DELETION OF THE GENE RESPONSIBLE FOR GLUCONIC ACID SYNTHESIS IN THE GENOME OF PANTOEA BRENNERI Микробиология, vol. 94, №2. (год публикации - 2025)
39.
Сулейманова А.Д., Сокольникова Л.В., Егорова Е.А., Беркутова Е.С., Пудова Д.С., Хиляс И.В., Шарипова М.Р.
Antifungal Activity of Siderophore Isolated from Pantoea brenneri Against Fusarium
Russian Journal of Plant Physiology , Vol. 70, P. 199-206 (год публикации - 2023)
10.1134/S1021443723602744
Возможность практического использования результатов
Результаты проекта станут основой для создания искусственных сообществ микроорганизмов с разными биоконтрольными свойствами для внедрения в качестве биоудобрений в сельском хозяйстве