Протеом циркулирующих в крови нуклеопротеиновых комплексов: поиск опухолевых маркеров и исследование роли в диссеминации рака молочной железы на молекулярном уровне

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 22-25-00130

НазваниеПротеом циркулирующих в крови нуклеопротеиновых комплексов: поиск опухолевых маркеров и исследование роли в диссеминации рака молочной железы на молекулярном уровне

Руководитель Тамкович Светлана Николаевна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Новосибирский национальный исследовательский государственный университет" , Новосибирская обл

Конкурс №64 - Конкурс 2021 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-401 - Молекулярная и клеточная медицина

Ключевые слова белки, внеклеточная ДНК, нуклеопротеиновые комплексы, кровь, рак молочной железы

Код ГРНТИ76.29.49

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Внеклеточные дезоксирибонуклеиновые кислоты крови – источник жидкой биопсии - циркулируют в составе надмолекулярных комплексов с белками. Строение, cвойства и биологическая активность нуклеопротеиновых комплексов (НПК), особенности их циркуляции и белкового состава в настоящее время недостаточно изучены, однако результаты ряда исследований указывают на то, что с их помощью функционально активные ДНК могут транспортироваться в клетки, они необходимы для нормального функционирования многоклеточных организмов и могут быть связаны с развитием ряда патологических процессов. Проект направлен на исследование роли циркулирующих в крови ДНК-содержащих нуклеопротеиновых комплексов в диссеминации злокачественных новообразований, в частности - рака молочной железы (РМЖ) на молекулярном уровне. В процессе выполнения проекта будут собраны коллекции образцов плазмы крови здоровых женщин и больных раком молочной железы. Методом проточной цитофлуорометрии будет проведена оценка уровня гистон-содержащих НПК в плазме крови здоровых женщин и больных РМЖ. Гистон-содержащие НПК будут выделены методом аффинной хроматографии, охарактеризованы по содержанию белка, наличию внеклеточной ДНК (внДНК). С помощью масс-спектрометрии будут идентифицированы белки в составе НПК, проведен биоинформационный анализ и установлены функции/локализация белков НПК. Будет выяснена роль идентифицированных белков в составе НПК в межклеточном транспорте внДНК и с помощью алгоритма Polyomics будут идентифицированы ДНК-связывающие мотивы в составе этих белков. Кроме ДНК-связывающих белков в составе НПК будут идентифицированы белки-«пассажиры». Уникальные белки в составе НПК крови больных РМЖ будут проанализированы на встречаемость при РМЖ с использованием баз данных dbDEPC и Human Protein Atlas. В дальнейшем диагностический потенциал потенциальных протеомных опухолевых маркеров будет установлен путем сравнительного исследования белков НПК крови в норме и при РМЖ с сопоставлением с важнейшими прогностическими и диагностическими параметрами с использованием базы данных BREP-Test. Все ожидаемые результаты будут полностью оригинальными и будут соответствовать мировому уровню исследований в области молекулярной онкологии. Полученные результаты позволят расширить фундаментальные знания о механизмах, которые приводят к появлению внеклеточных нуклеиновых кислот во внешней среде, обеспечивают их циркуляцию в крови и, как следствие, выявить механизмы опухолевой диссеминации на молекулярном уровне. Полученные результаты заложат базу для создания новых подходов для диагностики онкологических заболеваний, а также базу для разработки технологии получения на основе элементов природных транспортных систем векторов для генотерапии.

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Тутанов О.С., Штам Т.А., Григорьева А.Е., Тупикин А., Центалович Ю.П., Тамкович С.Н. Blood Plasma Exosomes Contain Circulating DNA in Their Crown MDPI, Diagnostics 2022, 12(4), 854 (год публикации - 2022)
10.3390/diagnostics12040854

2. Тутанов О., Тамкович С. The influence of proteins on fate and biological role of circulating DNA MDPI, Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(13), 7224 (год публикации - 2022)
10.3390/ijms23137224

3. Тамкович С.Н., Тутанов О.С., Центалович Ю.П. Сравнительный протеомный анализ циркулирующих нуклеопротеиновых комплексов крови здоровых женщин и больных раком молочной железы Материалы конференции Опухолевые маркеры: фундаментальные и клинические аспекты, Блок-Принт, Москва, Опухолевые маркеры: фундаментальные и клинические аспекты : материалы конференции (год публикации - 2022)

4. Тамкович С.Н., Шефер А.А., Джугашвили Е.И. Поиск опухолевых маркеров в составе нуклеопротеиновых комплексов, циркулирующих в крови больных раком молочной железы Успехи молекулярной онкологии, Издательский дом «АБВ-пресс», Москва, Успехи молекулярной онкологии, 2022, 9(4), С. 79 (год публикации - 2022)

Публикации

1. Тутанов ОС, Шефер АА, Центалович ЮП, Тамкович СН Comparative Analysis of Molecular Functions and Biological Role of Proteins from Cell-Free DNA-Protein Complexes Circulating in Plasma of Healthy Females and Breast Cancer Patients Int J Mol Sci, MDPI, Int J Mol Sci. 2023;24(8):7279 (год публикации - 2023)
10.3390/ijms24087279

2. Тамкович С.Н., Шефер А.А., Джугашвили Е.И. ЦИРКУЛИРУЮЩИЕ В КРОВИ БОЛЬНЫХ РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ ДЕЗОКСИРИБОНУКЛЕОПРОТЕИНОВЫЕ КОМПЛЕКСЫ: ОСОБЕННОСТИ СОСТАВА И ДИАГНОСТИЧЕСКИЙ ПОТЕНЦИАЛ Генетические технологии в трансляционной биомедицине: материалы II международной конференции, Томск, 6‒8 сентября 2023 г. / отв. ред. Ю.Г. Кжышковска. ‒ Томск: Изд-во СибГМУ, 2023. – 56 с. ISBN 978-5-98591-158-9. С.45. (год публикации - 2023)
10.20538/978-5-98591-158-9

3. Тамкович С.Н., Шефер А.А., Джугашвили Е.И. ДНК-СВЯЗЫВАЮЩИЕ МОТИВЫ В СОСТАВЕ БЕЛКОВ НУКЛЕОПРОТЕИНОВЫХ КОМПЛЕКСОВ, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ В КРОВИ БОЛЬНЫХ РАКОМ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ Успехи молекулярной онкологии (год публикации - 2023)

4. Шефер А., Тутанов О., Беленикин М., Центалович Ю., Тамкович С. Blood plasma circulating DNA-proteins complexes: involvement in carcinogenesis and prospects for liquid biopsy of breast cancer J. Pers. Med., 13, x. https://doi.org/10.3390/xxxxx (год публикации - 2023)

5. Шефер А, Тутанов О, Беленикин М, Центалович Ю, Тамкович С Blood Plasma Circulating DNA-Protein Complexes: Involvement in Carcinogenesis and Prospects for Liquid Biopsy of Breast Cancer J Pers Med, 13, 1691 (год публикации - 2023)
10.3390/jpm13121691

6. О. Тутанов, А. Шефер,Е. Шефер, П. Рузанкин, Ю. Центалович, С. Тамкович DNA-Binding Proteins and Passenger Proteins in Plasma DNA-Protein Complexes: Imprint of Parental Cells or Key Mediators of Carcinogenesis Processes? Int. J. Mol. Sci., IJMS, 2024, 25(10):5165 (год публикации - 2024)
10.3390/ijms25105165