КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 23-14-00230
НазваниеИнтегративная таксономия трибы Cimicifugeae (Ranunculaceae)
Руководитель Эрст Андрей Сергеевич, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Центральный сибирский ботанический сад Сибирского отделения Российской академии наук , Новосибирская обл
Конкурс №80 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-102 - Ботаника
Ключевые слова Cimicifugeae, Ranunculaceae, интегративная таксономия, филогения, классификация, гибридизация, криптические виды, полногеномное секвенирование (NGS), кариотип, молекулярная цитогенетика, флуоресцентной гибридизации in situ (FISH), метаболом
Код ГРНТИ34.00.00
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Исследование биологического разнообразия, родственных связей таксонов различного уровня, процессов гибридизации и видообразования, а также истории становления групп с использованием различных методов, представляет одно из наиболее перспективных и системно развивающихся направлений эволюционной биологии. Современные методы исследования стремительно совершенствуются и могут быть применены к изучаемым объектам. Интегративный подход к таксономии, включающий комплексное изучение микро- и макроморфологических признаков, молекулярной филогении, цитогенетики и биохимии был успешно опробирован на модельных объектах семейства Ranunculaceae в ходе реализации нескольких проектов. Коллективом получен большой объем результатов, значительная часть которых была опубликована в более чем двадцати статьях в ведущих международных изданиях, преимущественно из первого и второго квартиля. Проект направлен на комплексное исследование трибы Cimicifugeae (Ranunculaceae). Данная группа представляет интерес для изучения эволюционных процессов с применением различных подходов к интегративной таксономии. Полученные комплексные данные позволят значительно продвинуться в понимании филогении и систематики, выявить новые морфологические особенности в разных группах и решить многие таксономические вопросы, которые не могли быть решены на морфологическом уровне, без применения комплекса подходов и сбора материалов на популяционном уровне. В ходе реализации проекта будут учтены полученные ранее данные, проведено комплексное изучение морфологических признаков, включая макро- и микроморфологические характеристики, найдены новые признаки для идентификации, которые ранее не указывались в таксономической литературе и проведен статистический анализ данных. Основой для сравнения будут популяции из “locus classicus” известных видов. Будет проведено сопоставление морфологических характеристик с молеклярно-филогенетическими, цитогенетическими и биохимическими параметрами. Этот комплекс данных позволит выявить криптические виды, гибридогенные виды различного генезиса и провести синонимизацию названий «энигматичных» таксонов. Выявление полного таксономического разнообразия позволит произвести реклассификацию на внутриродовом уровне. Филогеография является современным и прогрессивно развивающимся направлением современной эволюционной биологии, позволяет решать обширный круг задач, связанных с изучением эволюционных процессов, исследованием родственных связей организмов. Коллектив заявляемого проекта в значительной степени продвинулся в этом вопросе. Методы секвенирования нового поколения (NGS) способны выявить быстро эволюционирующие локусы и перспективные молекулярные маркеры, которые будут полезны для будущих комплексных исследований. В ходе нового этапа мы планируем комплексное применение как классических, генетических, так и геномных методов исследования. Цитогенетический блок работ при реализации проекта будет выполнен при помощи как классических (прямой и непрямой подсчет хромосом, анализ размера генома), так и современных молекулярно-цитогенетических методов - создание хромосомных карт при помощи FISH, часть из которых успешно была апробирована при реализации предыдущих проектов. Разработанная методика анализа метаболома (скрининг полного метаблолитного состава) листьев Eranthis longistipitata, будет применена к проведению метаболомного профайлинга представителей трибы Cimicifugeae. В результате комплексного исследования будут изучены изменения ареалов в исторической перспективе, криптические виды и гибридизация, проведена реклассификация ряда таксонов, а также исследована эволюция кариотипов. Интегративный подход к таксономии позволит решить проблемы, возникающие при использовании отдельных методов. Данный подход может являться основой для изучения других групп покрытосеменных растений, в том числе и представителей семейства Ranunculaceae.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Публикации
1.
Эрст А.С., Петрова Н.В., Кайдаш О.А., Ванг В., Костикова В.А.
The Genus Eranthis: Prospects of Research on Its Phytochemistry, Pharmacology, and Biotechnology
Plants, 12, 3795 (год публикации - 2023)
10.3390/plants12223795
2.
Юань-Юань Лин, Кун-Ли Сян, Хуан-Вэнь Пэн, Андрей С. Эрст, Лянь Лянь, Лян Чжао, Флориан Джаббурф, Вэй Ван
Biogeographic diversification of Actaea (Ranunculaceae): Insights into the historical assembly of deciduous broad-leaved forests in the Northern Hemisphere
Molecular Phylogenetics and Evolution, September 2023, 107870 (год публикации - 2023)
10.1016/j.ympev.2023.107870
3. Митренина Е.Ю. , Кривенко Д.А., Эрст А.С. Исследование кариотипа Центральноазиатского вида Eranthis longistipitata (Ranunculaceae) Республиканская научная конференция «Биоразнообразие растений, животных и генетических ресурсов горного Бадахшана» (Таджикистан, Хорог, 17–18 августа 2023 г.), №1, С. 77-78 (год публикации - 2023)
4. Митренина Е.Ю., Алексеева С.С., Бадаева Е.Д., Перуцци Л., Артемов Г.Н., Кривенко Д.А., Пинзани Л., Айтач З., Чечен О., Баасанмунх С., Чой Х.Дж., Местерхази А., Ташев А.Н., Банчева С. ., Лиан Л., Сян К., Ван В., Эрст А.С. Karyotypes and physical mapping of ribosomal DNA with oli-go-probes in Eranthis sect. Eranthis (Ranunculaceae) Plants (год публикации - 2023)
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В результате выполненных за отчетный период работ были получены репрезентативные гербарные, живые материалы и образцы для выделения ДНК, собранные на популяционном уровне из разных точек ареалов изучаемых таксонов.
На гербарном материале проведено изучение морфометрических признаков у образцов видов Beesia, Actaea и Eranthis, собранных в 2023–2024 годах, составлены таблицы по количественным и качественным характеристикам таксонов, сделан сбор информации по локациям в пределах ареалов изучаемых видов из ваучеров гербарных коллекций и собственных данных, составлена полноценная база данных для последующего анализа ареалов и поcтроения моделей. Проведеный статистический анализ данных по морфологии Beesia и Eranthis, в том числе микроскопический анализ трихом позволил выявить отличия между видами.
В ходе исследования были использованы схемы классического секвенирования по Сэнгеру и технология скимминга генома для получения последовательностей пластидного генома и ядерной рДНК, а также реконструированы надежные филогенетические деревья. Проведенный анализ позволил построить качественные филогенетические деревья с высокой поддержкой основных клад для всех видов Eranthis, Beesia на популяциооном уровне в мировом масштабе, для рода Actaea на популяционном уровне из России и Китая с привлечением всех видов этой группы из других регионов.
Проведено сравнительное изучение кариотипов восьми видов трибы: Actaea acuminata, A. asiatica, A. erythrocarpa, Beesia calthifolia, B. deltophylla и B. yangii sp. nov., Eranthis lobulata и E. albiflora. Для B. yangii sp. nov. и E. albiflora данное исследование проведено впервые. Предположены разные стратегии хромосомной эволюции в пределах каждого рода. Для самого многочисленного рода трибы Actaea характерен консерватизм структуры кариотипа, для большинства представителей рода его формально можно описать двумя близкими формулами. Различия касаются, в основном, числа и положения вторичных перетяжек. Малый род Beesia имеет умеренное разнообразие на кариотипическом уровне: выявлено различие структуры кариотипов между B. calthifolia и двумя другими видами. При этом B. deltophylla и B. yangii, имея схожие формулы кариотипов, различаются по числу и положению вторичных перетяжек. Наибольшее разнообразие кариотипов выявлено для рода Eranthis. Практически каждый вид имеет уникальный в пределах рода, четко идентифицируемый набор хромосом. Различия касаются основного числа хромосом (x = 8 и x = 7), плоидности (2x, 3x, 4x, 6x), морфологии неравноплечих хромосом, положения вторичных перетяжек.
Впервые проведено исследование локализации консервативных последовательностей 45S и 5S рДНК на хромосомах Eranthis albiflora, E. lobulata, Actaea erythrocarpa при помощи двухцветной FISH с олигонуклеотидными ДНК-зондами. Характер распределения повторов 45S и 5S рДНК на хромосомах двух видов Eranthis схож: 45S рДНК выявлена только в области первичных перетяжек на коротких плечах пары субметацентриков, тогда как блоки 5S рДНК локализуются в прицентромерных областях всех хромосом. У A. erythrocarpa выявлен другой характер распределения: в геноме присутствует 10 блоков 45S рДНК, ассоциированных со вторичными перетяжками, и 2 блока 5S рДНК.
Интегративный анализ морфологических, филогенетических, цитогенетических, биохимических, географических данных позволил подойти к таксономической ревизии ряда групп трибы Cimicifugae. Проведена таксономическая ревизия рода Beesia, закончен конспект рода, включая морфологические описания, сведения о номенклатурных типах, распространении, статусе редкости и изученных гербарных образцах. Кроме того, в конспекте приведен ключ для разграничения и идентификации видов, карта распространения и графические рисунки.
Впервые выявлено, что надземные и подземные органы Actaea cimicifuga и A. erythrocarpa являются природными аккумуляторами биологически активных веществ. Метаболиты (более 60 соединений) были разделены и идентифицированы методом LC-HRMS, среди которых отмечены фенольные и азотсодержащие соединения, кумарины, хромоны, тритерпены и другие. Методом HPLC в экстрактах из надземной и подземной частей изученных видов, определено количественное содержание некоторых веществ. Проведенные исследования подчеркивают более выраженную антиоксидантную и противоопухолевую активность A. erythrocarpa, в сравнении с A. cimicifuga.
Впервые получены видоспецифические метаболические паттерны эндемичных видов растений Beesia calthifolia, B. deltophylla и B. yangii, произрастающих в Китае, методом LC-HRMS. В составе метаболитов трех близкородственных видов Beesia имеются существенные различия.
Впервые методом LC-HRMS подтверждено наличие фенольных соединений в надземной части Eranthis sibirica и E. tanhoensis – эндемиков юго-западной Сибири. В исследуемых экстрактах обнаружены: флавонолы, флаваноны, флавоны и изофлавоны, халконы, флаваны, катехины, а также фенольные кислоты и их производные, многие из которых – биологически активные соединения. Особый интерес представляют экстракты E. tanhoensis, поскольку они демонстрируют более высокую антиоксидантную активность (IC50 = 268,45 мкг/мл) по сравнению с E. sibirica. Этот вывод подтверждается более высоким содержанием антиоксидантных веществ фенольного спектра в экстрактах E. tanhoensis. Впервые проведено сравнительное хемофенетическое исследование секции Shibateranthis рода Eranthis по составу вторичных веществ фенольного спектра, обнаруженных и идентифицированных методом HPLC. Анализ метаболитов показал различия и сходство между исследуемыми близкородственными видами.
Публикации
1. Митренина Е.Ю., Эрст А.С. Исследование кариотипов растений трибы Cimicifugeae в рамках интегративного подхода к таксономии XIX Всероссийский симпозиум «Структура и функции клеточного ядра», С. 97–99. (год публикации - 2024)
2. Митренина Е.Ю., Алексеева С.С., Эрст А.С. Цитогенетическое изучение растений трибы Cimicifugeae Научные чтения, посвященные 60-летию кафедры генетики и клеточной биологии Томского государственного университета, Томск (23–26 сентября 2024 г.) , С. 28–29 (год публикации - 2024)
3.
Костикова В.А., Петрова Н.В., Черноносов А.А. , Коваль В.В. , Ковалева Е.Р. , Ван В., Эрст А.С.
Chemical Composition of Methanol Extracts from Leaves and Flowers of Anemonopsis macrophylla (Ranunculaceae)
International Journal of Molecular Sciences, 12;25(2):989 (год публикации - 2024)
https://doi.org/10.3390/ijms25020989
4.
Митренина Е.Ю. , Эрст А.С., Кривенко Д.А., Веклич Т.Н., Леонова Т.В., Чернягина О.А., Якубов В.В., Сян К., Лин Ю.-Ю., Ван В.
A karyomorphological study on Actaea acuminata, A. asiatica, and A. erythrocarpa (Ranunculaceae)
Acta biologica sibirica, 10: 1445–1460 (год публикации - 2024)
doi: 10.5281/zenodo.14280678
Аннотация результатов, полученных в 2025 году
В результате выполненных за отчетный период работ были получены репрезентативные гербарные, живые материалы, образцы для выделения ДНК, собранные на популяционном уровне из разных точек ареалов изучаемых таксонов.
На гербарном материале проведено изучение морфометрических признаков у образцов видов Beesia, Actaea и Eranthis, собранных в 2023–2025 годах, составлены таблицы по количественным и качественным характеристикам таксонов, сделан сбор информации по локациям в пределах ареалов изучаемых видов из ваучеров гербарных коллекций и собственных данных, составлена полноценная база данных для последующего анализа ареалов и поcтроения моделей. Проведеный статистический анализ данных по морфологии Beesia, Actaea и Eranthis, в том числе микроскопический анализ трихом позволил выявить отличия между видами.
В ходе исследования были использованы схемы классического секвенирования по Сэнгеру и технология скимминга генома для получения последовательностей пластидного генома и ядерной рДНК, а также реконструированы надежные филогенетические деревья. Проведенный анализ позволил построить качественные филогенетические деревья с высокой поддержкой основных клад для всех видов Eranthis, Beesia на популяционом уровне в мировом масштабе, для рода Actaea на популяционном уровне из России и Китая с привлечением всех видов этой группы из других регионов.
Проведен детальный сравнительный анализ хромосомных наборов новых популяций Eranthis. Подтверждена видовая специфичность кариотипов для большинства представителей данного рода. В целом, изученные нами за отчетный период и ранее эрантисы секции Shibateranthis по хромосомным характеристикам подразделяются на группы, соответствующие молекулярно-филогенетическим кладам, выявленным на основании анализа последовательностей пяти маркерных пластидных и ядерного регионов. При помощи флуоресцентной in situ гибридизации (FISH) с олигонуклеотидными ДНК-зондами впервые изучена локализация 45S и 5S рибосомальной ДНК для новых восточно-сибирских и дальневосточных популяций Eranthis, Actaea erythrocarpa, A. asiatica, A. spicata. Для исследованных Eranthis характерно диспергированное распределение повторов 5S рДНК по всем хромосомам набора (1–2 блока в каждой хромосоме), а повторы 45S рДНК выявляются в 2-х парах хромосом. Для изученных Actaea наоборот характерны множественные сайты локализации 45S рДНК (до 10 у A. erythrocarpa) и 2–4 сайта локализации 5S рДНК. Вероятно, изменение паттерна распределения данных умеренных повторов играло важную роль в эволюционных преобразованиях хромосомных наборов в пределах трибы Cimicifugeae наряду с полиплоидией, дисплоидией и хромосомными перестройками.
Интегративный анализ морфологических, филогенетических, цитогенетических, биохимических, географических данных позволил подойти к таксономической ревизии ряда групп трибы Cimicifugae. Было интегрировано несколько форм данных, чтобы лучше понять разграничение видов и таксономию в пределах восточноазиатского рода Beesia (Ranunculaceae), который традиционно считался включающим два вида. Проведенное исследование продемонстрировало, как более широкое применение интегративных подходов в систематической биологии может способствовать глубокому пониманию ранее не обнаруженного таксономического разнообразия и разработке более эффективных мер сохранения биоразнообразия. Недавно обнаруженный вид, B. yangii, известен из очень ограниченного числа мест и уже представляет собой серьезную проблему с точки зрения охраны. Закончен интегративный анализ типовой секции Eranthis рода Eranthis. Комплексный анализ показывает, что видовое разнообразие в пределах этой группы с желтыми цветками ранее недооценивалось, скрытое видообразование нельзя реконструировать только с помощью филогенетического анализа, а диверсификация в пределах этой клады была обусловлена изоляцией узколокализованных эндемичных таксонов и быстрой радиации. Интегративный таксономический анализ, включающий различные молекулярные маркеры вместе с количественными и качественными морфологическими метаданными, идентифицировал 7 таксонов в секции Eranthis, в том числе один новый криптический вид. Все таксоны были идентифицированы как монофилетические и морфологически, цитогенетически и биохимически различные согласно многочисленным анализам.
Впервые проведено профилирование метанольных экстрактов из листьев трех видов растений рода Beesia: B. calthifolia, B. deltophylla и B. yangii методом LC-HRMS. Проведена подробная аннотация неидентифицированных соединений. Профилирование экстрактов выявило более 100 вторичных метаболитов в представителях рода Beesia, включая кумарины, флавоноиды, ди- и тритерпеноиды, ксантоны, фенольные и жирные кислоты и другие.
Впервые выявлены виды растений рода Actaea c наиболее высоким содержанием действующих веществ и проявляющие наибольший антиоксидантный эффект. Проведен сравнительный фитохимический скрининг 15 экстрактов из надземных и подземных органов 6 ресурсных видов растений рода Actaea. В соцветиях и листьях растений A. erythrocarpa и A. cimicifuga, произрастающих в Сибири, выявлено большее суммарное содержание фенольных соединений, в том числе флавоноидов, катехинов, кумаринов, а также сапонинов. В листьях растений A. racemosa, A. rubra, A. podocarpa и A. asiatica, произрастающих в Англии, накапливается больше фенолкарбоновых кислот и танинов, а также пигментов каротиноидов, хлорофиллов A и B. Обнаружено, что наибольшую антирадикальную активность в тесте c радикалом 2,2-дифенил-1-пикрилгидразил (DPPH) проявляют экстракты из листьев и соцветий A. erythrocarpa и A. cimicifuga Антиоксидантная активность экстрактов из Actaea положительно связана с содержанием фенольных соединений, в том числе фенольных кислот, танинов и кумаринов. Оксикоричные кислоты, фукинолевая кислота и цимицифуговые кислоты и их производные повсеместно встречаются в растениях рода Actaea и отвечают за их антиоксидантную активность. Дальнейшее исследование состава и содержания фенольных кислот в растениях родa Actaea и их антиоксидантной активности поможет найти вещества с сильными антиоксидантными свойствами.
Впервые проведено сравнительное хемофенетическое исследование 7 таксонов растений рода Eranthis секции Eranthis по составу вторичных веществ фенольного спектра, обнаруженных и идентифицированных методом HPLC. Анализ метаболитов показал различия и сходство между исследуемыми близкородственными видами.
Публикации
1. Эрст А.С., Петрова Н.В., Леонова Т.В., Шалдаева Т.М., Гусар А.С., Смирнов С.В., Сян К., Ван В., Костикова В.А. Total phenolic compounds and antioxidant capacity of six species of Actaea (Ranunculaceae) International Journal of Secondary Metabolite (IJSM) (год публикации - 2025)
2.
Эрст А.С., Петрова Н.В., Черноносов А.А., Кайдаш О.А., Шейкин В.В., Леонова Т.В., Шалдаева Т.М., Гусар А.С., Коваль В.В., Удут Е.В., Сян К., Лин Ю.Ю., Ван В., Костикова В.А.
Progress in the Study of Chemical Constituents of Actaea cimicifuga and Actaea erythrocarpa and Their Biological Potential
International Journal of Molecular Sciences, 26(10): 4768. (год публикации - 2025)
10.3390/ijms26104768
3. Петрова Н.В., Черноносов А.А., Шалдаева Т.М., Коваль В.В., Костикова В.А., Эрст А.С. Изучение фенольных компонентов экстрактов двух видов рода Actaea (Ranunculaceae) и их антиоксидантной активности XII симпозиум по фенольным соединениям, Россия, Москва, ИФР РАН, 2025, С. 126. (год публикации - 2025)
4.
Эрст А.С., Митренина Е.Ю., Кривенко Д.А., Эрст Т.В., Челдышева Ю.В., Горбенко И.В., Боросова Р., Лиан Л., Лин Ю.-Ю., Пэн Х.-В., Чжан Ж., Баасанмункх С., Чой Х.Дж., Татанов И.В., Кузнецов А.А., Шарплес М.Т., Сян К.-Л.
A revision of the genus Beesia (Ranunculaceae) as informed through integrative taxonomy, with description of a new species from Sichuan (China)
Frontiers in Plant Science (год публикации - 2025)
10.3389/fpls.2025.1699952
5.
Митренина Е.Ю., Алексеева С.С, Эрст А.С.
Кариосистематика и эволюция кариотипов трибы Cimicifugeae (Ranunculaceae)
ПРОБЛЕМЫ ИЗУЧЕНИЯ
РАСТИТЕЛЬНОГО ПОКРОВА СИБИРИ
Труды VIII Международной научной конференции,
посвященной 140-летию Гербария имени П.Н. Крылова,
145-летию Сибирского ботанического сада и 175-летию
со дня рождения П.Н. Крылова, С. 142–145. (год публикации - 2025)
10.17223/978-5-908040-01-3-2025-35
6. Митренина Е.Ю., Эрст А.С. Кариосистематическое изучение трибы Cimicifugeae Torr. et A. Gray (Ranunculaceae Juss.) Проблемы ботаники Южной Сибири и Монголии, С. 15–17. (год публикации - 2025)
Возможность практического использования результатов
Предлагаемый проект вносит свой вклад в реализацию национальных проектов технологического лидерства (таких, как «Биоэкономика», «Новые материалы и химия», «Технологическое обеспечение продовольственной безопасности», «Наука и университеты») и развитие сквозных технологий Российской Федерации («Искусственный интеллект и машинное обучение», «Технологии управления свойствами биологических объектов», «Квантовые вычисления», «Биотехнология в отраслях экономики»). Исследование соответствует приоритету Стратегии НТР РФ «Адаптация к изменениям климата, сохранение и рациональное использование природных ресурсов», фокусируясь на исследовании ресурсного потенциала растений и поиске новых биологически активных соединений, которые непосредственно связаны с развитием биоэкономики и обеспечением сырьевой базы для различных отраслей. Тематика проекта предполагает изучение фармакологической роли растений, что может привести к созданию новых лекарственных препаратов или компонентов для фармакологии. Также в ходе реализации проекта могут быть получены новые соединения с заданными свойствами. Работа, связанная с интегративным таксономическим подходом, вписывается в контекст национальных проектов, направленных на достижение технологического суверенитета , как в направлении биологии и медицины (разработка и внедрение новых медицинских технологий, в том числе основанных на природном сырье), так и в развитии наукоемких технологий (исследования на стыке таксономии, генетики, фармакологии и химии, являются высокотехнологичными и соответствют целям, обозначенным в перечнях приоритетных направлений научно-технологического развития). Проект является конкретным применением критической сквозной технологии РФ «Искусственный интеллект и машинное обучение», нацеленным на анализ больших данных для выявления паттернов в распределении видов, их химическом составе и фармакологическом действии». Критическая сквозная технология «Квантовые вычисления» может быть отражена в применении квантовых алгоритмов для ускорения расчётов в области молекулярной биологии, метаболомики и фармакологии. Изучение паттернов распределения видов и закономерностей эволюции экологической ниши таксонов в рамках сквозной «Технологии управления свойствами биологических объектов» даст понимание ключевых морфологических, физиологических адаптаций объектов исследования и может быть использовано для целей биотехнологии. Таким образом, проект обеспечивает научно-технологический задел для достижения целей национальных инициатив в сфере изучения природных ресурсов, направлен на создание элементов высокотехнологичной продукции, укрепляя технологический суверенитет и компетенции России в области биологии, генетики и фармакологии.