Комплексный подход к молекулярной диагностике МЛУ/ШЛУ туберкулеза с разработкой информационно-аналитической системы для персонализированной медицины и эпидемиологического надзора

КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ

Номер проекта 23-15-00280

НазваниеКомплексный подход к молекулярной диагностике МЛУ/ШЛУ туберкулеза с разработкой информационно-аналитической системы для персонализированной медицины и эпидемиологического надзора

Руководитель Огарков Олег Борисович, Доктор медицинских наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное научное учреждение "Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека" , Иркутская обл

Конкурс №80 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 05 - Фундаментальные исследования для медицины; 05-109 - Клиническая лабораторная диагностика и нанотехнологии в медицине

Ключевые слова туберкулез, МЛУ/ШЛУ, секвенирование, информационно-аналитический сервис

Код ГРНТИ76.29.53

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ

Аннотация
Mycobacterium tuberculosis является наиболее летальным инфекционным возбудителем. Ежегодно туберкулезом заболевают более 9 миллиона человек, что приводит к смерти до 1,5 миллиона человек во всем мире. Смертность от туберкулеза впервые за десятилетие выросла, в результате эпидемии COVID-19. Около 4 млн. больных на данный момент не знают о том, что у них туберкулез, и не проходят лечение (WHO 2022). В последние десятилетия в результате больших достижений в области молекулярной биологии наши знания о механизмах устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам расширились благодаря выявлению специфических генных мутаций, связанных с устойчивостью к ПТП. Это также позволило описать проблему гораздо шире. Стало понятно, что предотвращение распространения ЛУ при лечении туберкулеза не может опираться только на терапевтические меры воздействия на больного, необходимо исследование популяционных компонентов эпидемического процесса распространения МЛУ/ШЛУ туберкулеза – молекулярную эпидемиологию ТБ. Не менее важен персонализированный подход, к лечению каждого больного, позволяющий напрямую определить продолжительность воздействия ПТП на возбудителя ТБ у каждого конкретного пациента. Одним из наиболее многообещающих подходов генетического определения устойчивости к ПТП является полногеномное секвенирование (WGS) и последующая автоматизированная интерпретация данных с помощью пакетов программ. В задачи проекта входят: Задача по автоматизации аналитического процесса выявления значимых мутаций для пиразинамида, линезолида, деламанида и бедаквилина при секвенировании по Сэнгеру; Задача по разработке панели праймеров и TaqMan зондов для ПЦР-РВ идентификации основных (эпидемических) генотипов M. tuberculosis, циркулирующих в Северной Евразии; Задача по исследованию роли сателлитной анаэробной микробиоты туберкулезного очага в процессах выживания МБТ в модели in vitro. На базе Иркутской областной клинической туберкулезной больницы будет проведено внедрение в практическую работу и апробация ТЛЧ с бедаквилином, линезолидом и деламанидом на базе бактериологического анализатора BACTEC MIGT 960, по протоколам, рекомендованным производителем. Будет проведен скрининг и сбор штаммов устойчивых к бедаквилину, линезолиду и деламаниду. Будет произведена отработка секвенирования по Сэнгеру генов ответственных за устойчивость к линезолиду, деламаниду и бедаквилину согласно каталогу ВОЗ (Walker 2022). Наиболее интересные образцы (обнаруживающие дискордантность генетических и фенотипических результатов) будут подвергнуты WGS с последующим анализом полученных данных. Будет продолжена работа с сервисом BSATool с целью улучшения анализа мутаций вызывающих устойчивость к пиразинамиду, бедаквилину, линезолиду и деламаниду. Будет разработана панель праймеров и TaqMan зондов для ПЦР-РВ идентификации основных (эпидемических) генотипов M. tuberculosis циркулирующих в Северной Евразии. Предполагается, что общее число тестов не превысит 48 реакций на образец. Будет исследована роль сателлитной анаэробной микробиоты туберкулезного очага в модельных экспериментах in vitro с микроорганизмами выделенными из казеозного содержимого (Staphylococcaceae и Propionibacteriaceae) и микобактерий. Будет произведено WGS изолятов относящихся к семействам Staphylococcaceae и Propionibacteriaceae целью определения их видовой принадлежности и наличия специфических генов, могущих способствованию выживанию внутри казеума. Ключевым вопросом этой части исследования станут ответы на вопросы, является ли благоприятным размножение сателлитной микробиоты внутри казеума для организма больного, и каковы взаимоотношения МБТ с представителями анаэробной микробиоты туберкулезного очага?

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

Публикации

1. Огарков О.Б., Суздальницкий А.Е., Кондратов И.Г., Букин Ю.С., Орлова Е.А., Синьков В.В., Жданова С.Н., Белькова Н.Л., Рычкова Л.В., Колесникова Л.И. Выделение и полногеномное секвенирование липофильной анаэробной бактерии, представителя видового комплекса Corynebacterium tuberculostearicum, из туберкулёзного очага Acta biomedica scientifica, 8(4): 12-19 (год публикации - 2023)
10.29413/ABS.2023-8.4.2

2. Огарков О. Б., Савилов Е. Д., Жданова С. Н. Эпидемиологический надзор за туберкулезом: от молекулярных методов к геномным исследованиям Эпидемиология и Вакцинопрофилактика, Огарков О. Б., Савилов Е. Д., Жданова С. Н. Эпидемиологический надзор за туберкулезом: от молекулярных методов к геномным исследованиям. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2023;22(6):155-161. https:// doi:10.31631/2073-3046-2023-22-6-155-161 (год публикации - 2023)
10.31631/2073-3046-2023-22-6-155-161

3. В.В.Синьков, И.Г. Кондратов, О.Б. Огарков, С.Н. Жданова, А.П. Носков, П.А. Хромова, Е.А. Орлова, Л.В.Рычкова, Л.И. Колесникова ОНЛАЙН СЕРВИС ДЛЯ ИНТЕРПРЕТАЦИИ РЕЗУЛЬТАТОВ ПРИ ПРОГНОЗИРОВАНИИ УСТОЙЧИВОСТИ К БЕДАКВИЛИНУ ПО МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИМ ДАННЫМ ACTA BIOMEDICA SCIENTIFICA, Синьков В.В., Кондратов И.Г., Огарков О.Б., Жданова С.Н., Носков А.П., Хромова П.А., Орлова Е.А., Лабыгина А.В., Рычкова Л.В., Колесникова Л.И. Онлайн-сервис для интерпретации результатов при прогнозировании устойчивости к бедаквилину по молекулярно-биологическим данным. Acta biomedica scientifica. 2023; 8(6): 124-129. doi: 10.29413/ABS.2023-8.6.11 (год публикации - 2023)
10.29413/ABS.2023-8.6.11

4. И.Б. Лебедева, С.Н. Жданова, Е.Б. Брусина, И.Г. Кондратов, К.В. Сибиль, О.Б. Огарков Молекулярно-генетический скрининг штаммов M. tuberculosis в Кемеровской области-Кузбассе ЖУРНАЛ МИКРОБИОЛОГИИ, ЭПИДЕМИОЛОГИИ И ИММУНОБИОЛОГИИ, Лебедева И.Б., Жданова С.Н., Кондратов И.Г., Сибиль К.В., Огарков О.Б., Брусина Е.Б. Генетическая структура и лекарственная устойчивость популяции Mycobacterium tuberculosis в Кемеровской области — Кузбассе. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023;100(6):428–441. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-449 (год публикации - 2023)
10.36233/0372-9311-449

Аннотация результатов, полученных в 2024 году
Ежегодно туберкулезом заболевают более 9 миллиона человек, что приводит к смерти до 1,5 миллиона человек во всем мире. Смертность от туберкулеза (ТБ) впервые за десятилетие выросла, в результате эпидемии COVID-19. По данным ВОЗ около 4 млн. больных на данный момент не знают о том, что у них туберкулез, и не проходят лечение. В последние десятилетия в результате больших достижений в области молекулярной биологии наши знания о механизмах устойчивости к основным противотуберкулезным препаратам расширились благодаря выявлению специфических генных мутаций. Это открыло новые пути для решения как фундаментальных, так и прикладных задач, направленных на ликвидацию этого опасного заболевания. Амбициозная задача ВОЗ по ликвидации туберкулеза к 2035 г. затруднена в первую очередь проблемой глобального распространения множественной и широкой устойчивости (МЛУ/ШЛУ) возбудителя к противотуберкулезным препаратам. В последние годы стало понятно, что при лечении туберкулеза, фтизиатры не могут опираться только на терапевтические меры воздействия на больного, необходимо исследование популяционных компонентов эпидемического процесса распространения МЛУ/ШЛУ туберкулеза, т.е. использование молекулярной эпидемиологии ТБ. Не менее важен персонализированный подход к лечению каждого больного, позволяющий напрямую определить продолжительность воздействия антибиотиков на возбудителя ТБ у каждого конкретного пациента. Одним из наиболее многообещающих подходов генетического определения устойчивости к противотуберкулезным препаратам является полногеномное секвенирование (определение нуклеотидной последовательности ДНК) возбудителя туберкулеза и последующая автоматизированная интерпретация данных с помощью специальных программ. В 2024 г в рамках проекта РНФ № 23-15-00280 «Комплексный подход к молекулярной диагностике МЛУ/ШЛУ туберкулеза с разработкой информационно-аналитической системы для персонализированной медицины и эпидемиологического надзора» одновременно решались прикладные и фундаментальные задачи. В качестве инструмента для микробиологических лабораторий, занимающихся определением лекарственной устойчивости возбудителя туберкулеза с помощью секвенирования, создан онлайн сервис BSATool по автоматизированному принятию решения о способности мутации в ДНК возбудителя ТБ вызывать устойчивость к противотуберкулезным препаратам. BSATool сервис в настоящий момент опирается на каталог мутаций ВОЗ, опубликованный в 2023 и обновленный в 2024г. Однако тестирование 771 культура выявило только 69 штаммов, устойчивых к бедаквилину, линезолиду и деламаниду циркулировавших на территории Иркутской области и Якутии. Было отмечено более низкое, чем ожидалось распространение штаммов туберкулеза устойчивых к новым противотуберкулезным препаратам. Исследователи столкнулись с загадкой - значительное число штаммов, несмотря на наличие микробиологической устойчивости к противотуберкулезным препаратам нового поколениям бедаквилину, линезолиду и деламаниду не имела предсказанных каталогом ВОЗ мутаций отвечающих за это. Разрешение этой загадки в будущем обещает новые знания, которые будут применены персонализировано к конкретным штаммам и генотипам туберкулеза циркулирующим на территории России. Другим инструментом, разработанным в рамках проекта РНФ, является создание унифицированных наборов ПЦР в реальном времени для генотипирования возбудителя туберкулеза. Наиболее фундаментальным направлением нашего проекта является исследование сопутствующей микробиоты в очаге туберкулеза. Известно, что неспособность иммунной системы больного разрушить туберкулезный микроб, приводит к образованию специфических туберкулом (очагов туберкулезной инфекции) в центре которых происходит омертвение тканей легкого с образованием т.н. творожистого некроза. В рамках проекта методами молекулярной микробиологии доказано патогенетическое воздействие липолфильных анаэробов таких как S. hominis, S. epidermidis, C. ureicelerivorans, C. kefirresidentii. Методами молекулярного моделирования биохимических процессов в очаге туберкулеза показана: роль выделенных бактерий в процессах разжижения туберкулёзного некроза и роста очага инфекции; возможность повышения выживаемости возбудителя туберкулеза за счет защелачивания очага воспаления уреазами сателлитных бактерий; липазная и коллагеназная активность этих бактерий, разрушающая строму легочной ткани. Отдельным вопросом стоят иммунологические процессы, вызываемые этими бактериями. Изучению этих процессов будет посвящен следующий год нашего проекта.

Публикации

1. В. В. Синьков , Е. А. Орлова , О. Б. Огарков, А. Е. Суздальницкий, И. Г. Кондратов , Н. Л. Белькова , Л. В. Рычкова , Л. И. Колесникова The Genome of Staphylococcus epidermidis Isolated from Caseous Tuberculoma Pleiades Publishing, Ltd. (Плеадес Паблишинг, Лтд), The Genome of Staphylococcus epidermidis Isolated from Caseous Tuberculoma / V. V. Sinkov, E. A. Orlova, O. B. Ogarkov [et al.] // Russian Journal of Genetics. – 2024. – Vol. 60, No. 10. – P. 1451-1455. – DOI 10.1134/S1022795424701011. (год публикации - 2024)
10.1134/S1022795424701011

2. Огарков О.Б., Синьков В.В., Орлова Е.А., Суздальницкий А.Е., Кондратов И.Г., Белькова Н.Л. АНАЭРОБНЫЕ МИКРООРГАНИЗМЫ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО ОЧАГА Издательство ИГУ, PLAMIC2024 Материалы IV Международной научной конференции «Растения и микроорганизмы: биотехнология будущего» и III Всероссийской конференции с международным участием «Механизмы адаптации микроорганизмов к различным условиям среды обитания». Иркутск, 2024 Издательство: Издательство ИГУ (год публикации - 2024)

3. О.Б. Огарков, Е.А. Орлова, В.В. Синьков, И.Г. Кондратов, Я.Ш. Шварц САТЕЛЛИТНЫЕ АНАЭРОБЫ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО ОЧАГА: МЕТАГЕНОМИКА И НЕКОТОРЫЕ ИММУНОЛОГИЧЕСКИЕ ФЕНОМЕНЫ М.: Издательство «Перо», VI Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2024 XI Российский симпозиум БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ Российско-китайский конгресс в области наук о жизни (ПСБ «Патриот», 29 октября – 2 ноября 2024). Сборник тезисов докладов. – М.: Издательство «Перо», 2024 (год публикации - 2024)

4. Е.А.Орлова, В.В.Синьков, О.Б.Огарков, А.Е.Суздальницкий, И.Г.Кондратов, С.Н.Жданова, Л.В.Рычкова, Л.И.Колесникова МЕТАГЕНОМНЫЙ АНАЛИЗ КАЗЕОЗНОГО СОДЕРЖИМОГО ТУБЕРКУЛЁЗНЫХ ОЧАГОВ Springer New York Consultants Bureau, Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, 2024, Том 178, № (год публикации - 2024)
10.47056/0365-9615-2024-178-11-569-573

5. ПРОГНОЗИРОВАНИЕ МЕТАБОЛИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ И ФАКТОРОВ ВИРУЛЕНТНОСТИ ФАКУЛЬТАТИВНО-АНАЭРОБНЫХ БАКТЕРИЙ ИЗ ОЧАГОВ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО НЕКРОЗА НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ПРОГНОЗИРОВАНИЕ МЕТАБОЛИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ И ФАКТОРОВ ВИРУЛЕНТНОСТИ ФАКУЛЬТАТИВНО-АНАЭРОБНЫХ БАКТЕРИЙ ИЗ ОЧАГОВ ТУБЕРКУЛЕЗНОГО НЕКРОЗА НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, ПРОГНОЗИРОВАНИЕ МЕТАБОЛИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ И ФАКТОРОВ ВИРУЛЕНТНОСТИ ФАКУЛЬТАТИВНО-АНАЭРОБНЫХ БАКТЕРИЙ ИЗ ОЧАГОВ ТУБЕРКУЛЁЗНОГО НЕКРОЗА НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ (год публикации - 2024)
10.47056/0365-9615-2025-179-4-456-460

6. Орлова Е., Немкова Е., Шварц Я., Огарков О. Isolation and Immunogenicity Assessment of Facultative Anaerobic Microorganisms from the Caseum of Tuberculosis Foci Biomedical and Biotechnology Research Journal , Isolation and Immunogenicity Assessment of Facultative Anaerobic Microorganisms from the Caseum of Tuberculosis Foci. Biomedical and Biotechnology Research Journal 8(Abstract Supplement):p S20, July 2024. | DOI: 10.4103/bbrj.bbrj_121_24 (год публикации - 2024)
10.4103/bbrj.bbrj_121_24

7. Е.А.Орлова, О.Б.Огарков, И.Г.Кондратов, В.В.Синьков, Н.Л.Белькова, А.Е.Суздальницкий, С.В.Кирильчик, А.В.Небесных, Л.И.Колесникова АНАЛИЗ РАЗНООБРАЗИЯ И ФУНКЦИОНАЛЬНОГО ПОТЕНЦИАЛА БАКТЕРИАЛЬНЫХ СООБЩЕСТВ ТУБЕРКУЛЁЗНЫХ ОЧАГОВ Springer New York Consultants Bureau, Анализ разнообразия и функционального потенциала бактериальных сообществ туберкулёзных очагов / Е. А. Орлова, О. Б. Огарков, И. Г. Кондратов [и др.] // Клеточные технологии в биологии и медицине. – 2024. – № 1. – С. 29-36. – DOI 10.47056/1814-3490-2024-1-29-36. (год публикации - 2024)
10.47056/1814-3490-2024-1-29-36

Аннотация результатов, полученных в 2025 году
В рамках проекта РНФ «Комплексный подход к молекулярной диагностике МЛУ/ШЛУ туберкулеза с разработкой информационно-аналитической системы для персонализированной медицины и эпидемиологического надзора» проводилась научно-исследовательская работа, направленная на решение трех задач. В первую задачу входила разработка информационно-аналитической системы, направленной на предсказание развитие лекарственной устойчивости у M. tuberculosis по молекулярным данным. В отличие от зарубежного аналога Deeplex Myc-TB, оперирующего только полногеномными данными, разработчики ставили перед собой задачу разработки универсального алгоритма, способного выполнять анализ как полногеномных данных, так и результатов секвенирования по Сэнгеру. По результатам трех лет проекта зарегистрирована программа BSATool. Алгоритм, положенный в основу анализа, опирается на каталог специфических мутаций у M. tuberculosis, публикуемый ВОЗ, и постоянно обновляется при внесении в каталог изменений. Наиболее интересными и важными результатами работы по вышеназванной задаче стало обнаружение ряда мутаций в виде однунуклеотидного полиморфизма (SNP) у штаммов, циркулирующих в СФО и ДФО, а так же обнаружение феномена разрушения гена Rv0678, ответственного за устойчивость к бедаквилину (противотуберкулезному препарату нового поколения), инсерцией мобильным элементом IS6110. Эти результаты не описаны в каталоге ВОЗ и требуют отдельного внимания. Особенно это касается крупных мутаций, подобно описанной выше инсерции, практически «не заметных» при полногеномном секвенировании короткими прочтениями, в силу особенности технологии. Вторая задача проекта так же была направлена на разработку технологии мониторинга эпидемических штаммов возбудителя туберкулеза. В отличие от рекомендованной ранее ВОЗ технологии MIRU-VNTR генотипирования по 24 вариабельным локусам, разработанная технология опирается на 16 SNP, позволяющих «паспортизовать» в 99% случаев любые штаммы туберкулеза, циркулирующие в Северной Евразии. Целевые SNP выбраны на основе анализа нескольких тысяч геномов M. tuberculosis из России и других стран Евразии. Разработанный лабораторный образец, представляющий панель ПЦР тестов с детекцией в реальном времени, обладает существенными преимуществами относительно применяемого подхода MIRU-VNTR генотипирования по 24 вариабельным локусам. В первую очередь это совместимость с результатами полногеномного секвенирования, экономия времени и возможность автоматизации процесса генотпирования. Третья задача проекта носила наиболее фундаментальный характер и была посвящена исследованию сателлитной микробиоты туберкулезного очага. Впервые за 70 лет, после опубликования американским микробиологом и патологом Жоржем Канетти своей концепции механизмов разжижения туберкулезного некроза под воздействием сателлитных бактерий и клеток иммунной системы, получены прямые доказательства того, что это действительно так. Методом полногеномного секвенирования показано, что метагеном казеума (туберкулезного некроза) во многих случаях может быть «обогащен» сателлитными бактериальными анаэробами, в первую очередь Staphylococcus epidermidis. При этом наблюдается дополнительное привлечение в очаг туберкулезного воспаления клеток иммунной системы, что в результате стимулирует рост туберкулезного очага, разжижение его некротического центра и в конечном итоге попадание содержимого (в первую очередь M. tuberculosis) в окружающую среду. Авторами проекта выделены представители сателлитной микробиоты туберкулезного очага в виде отдельных штаммов и начато изучение их иммунологических свойств с целью возможного получения иммуномодуляторов, пригодных для влияния на процессы осложнения туберкулезной инфекции.

Публикации

1. Олег Огарков, Елизавета Орлова, Алексей Суздальницкий, Игорь Мокроусов Microbiota of the Lung Tuberculoma: Paucibacillary Bacterial Community International Journal of Mycobacteriology. Published by Wolters Kluwer - Medknow, Int. J. Mycobacteriol. 2025;14(3):209-218. doi: 10.4103/ijmy.ijmy_126_25. (год публикации - 2025)
10.4103/ijmy.ijmy_126_25.

2. С.Н.Жданова, И.Г.Кондратов, О.Б.Огарков, С.В.Кулинич, А.В.Нестеренко, С.Ю.Отева, Т.А.Кухтина, М.Е.Кощеев, С.Н.Шугаева, В.В.Синьков, Л.В.Рычкова, Л.И.Колесникова SNP ИДЕНТИФИКАЦИЯ ШТАММОВ MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS МЕТОДОМ TAQMAN ПЦР Бюллетень экспериментальной биологии и медицины, Жданова С.Н., Кондратов И.Г., Огарков О.Б., Кулинич С.В., Нестерен- ко А.В., Отева С.Ю., Кухтина Т.А., Кощеев М.Е., Шугаева С.Н., Синьков В.В., Рычкова Л.В., Колесникова Л.И. SNP идентификация штаммов Mycobacterium tuberculosis методом TaqMan ПЦР // Бюл. экспер. биол. 2025. Т. 180, № 10. С. 00–00. EDN: OHVWOA; doi: 10.47056/0365- 9615-2025-180-10 (год публикации - 2025)
10.47056/0365-9615-2025-180-10

3. Жданова С.Н. , Нестеренко А.В., Кондратов И.Г., Отева С.Ю., Огарков О.Б. Молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis из Красноярского края ACTA BIOMEDICA SCIENTIFICA, Иркутск (год публикации - 2025)

4. Огарков О.Б., Кондратов И.Г., Суздальницкий А.Е., Синьков В.В., Орлова Е.А., Белькова Н.Л., Немченко У.М., Жданова С.Н. ПОЛИБАКТЕРИАЛЬНОЕ СООБЩЕСТВО ТУБЕРКУЛЕЗНОГО НЕКРОЗА: «СТАФИЛОКОККОВАЯ» КАЗЕОМА КАК НАИБОЛЕЕ РАСПРОСТРАНЕННЫЙ И НЕБЛАГОПРИЯТНЫЙ ИСХОД Огарков О.Б., Кондратов И.Г., Суздальницкий А.Е., Синьков В.В., Орлова Е.А., Белькова Н.Л., Немченко У.М., Жданова С.Н. В книге: 5-й Российский микробиологический конгресс. Сборник тезисов докладов. Волгоград, 2025. С. 238-238а. Библиотечно-издательский центр ВолгГМУ Волгоград, 5-й Российский микробиологический конгресс : Сборник тезисов докладов, Волгоград, 29 сентября – 03 2025 года. – Волгоград: Волгоградский государственный медицинский университет, 2025. – С. 238-238а. (год публикации - 2025)

5. Синьков Вячеслав Владимирович, Огарков Олег Борисович, Кондратов Илья Геннадьевич, Жданова Светлана Николаевна Программа для ЭВМ BSATool (Bacterial SNP Annotation Tool) Федеральный институт промышленной собственности, ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ ПРОГРАММЫ ДЛЯ ЭВМ Номер регистрации (свидетельства): 2025689486 Дата регистрации: 29.10.2025 (год публикации - 2025)

6. Кондратов И.Г., Огарков О.Б., Синьков В.В., Суздальницкий А.Е., Кощеев М.Е., Орлова Е.А., Белькова Н.Л., Жданова С.Н., Рычкова Л.В., Колесникова Л.И. Прогнозирование метаболического профиля и факторов вирулентности факультативно-анаэробных бактерий из очагов туберкулёзного некроза на основе данных полногеномного секвенирования АНО "Издательство Российской академии медицинских наук", Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. – 2025. – Т. 179, № 4. – С. 456-460. – DOI 10.47056/0365-9615-2025-179-4-456-460 (год публикации - 2025)
10.1007/s10517-025-06508-6

7. Орлова Е.А., Огарков О.Б., Шварц Я.Ш., Лыков А.П., Немкова Е.К. Бактерии из казеозного некроза туберкулём (Corynebacterium и Staphylococcus) усиливают гранулёмогенез in vitro и стимулируют образование микобактериальных биоплёнок ИНФЕКЦИЯ И ИММУНИТЕТ (год публикации - 2025)
10.15789/2220-7619-TCN-17999

8. Синьков В.В., Огарков О.Б., Жданова С.Н. Высоковирулентный субтип Beijing B0/W148 Mycobacterium tuberculosis: филогенетический анализ и геномные маркеры для эпидемиологического надзора Новосибирск: Академиздат (год публикации - 2025)

Возможность практического использования результатов
Полученные решения по всем трем задачам в конечном итоге могут быть использованы в здравоохранении и эпидемиологическом надзоре. 1. По задаче 1. Зарегистрирована и поддерживается программа для определения лекарственной устойчивости возбудителя туберкулеза по наличию специфических SNP. Программа готова к коммерческому использованию, но по оценкам команды проекта не будет пользоваться спросом без коммерческого набора на ПЦР амплификацию целевых генов. Создание такого набора запланировано в рамках будущего проекта на продление. Имеющийся аналог – коммерческий набор/софт Deeplex Myc-TB https://www.deeplex.com/deeplex-myc-tb-tuberculosis-drug-resistance-diagnostic-kit/ 2. По задаче 2 панель тестов и TaqMan зондов еще будет дорабатываться в рамках будущего проекта на продление, однако уже сейчас разработка может рассматриваться как перспективный лабораторный образец. Предполагается создание совместно с промышленным партнером (Например, ООО Биолабмикс, Новосибирск) экспериментального образца (УГТ 5, Постановление Правительства Российской Федерации от 06.10.2025 № 15520). 3. По задаче 3. Результаты исследования метагеномики и микробиологии казеозного некроза – это наиболее фундаментальная часть закончившегося проекта РНФ. Соответственно полученные результаты могут иметь наиболее значимые перспективы для практического использования. Однако в силу получения пионерских результатов требуются весьма обширные исследования штаммов сателлитной микробиоты казеума в качестве источников иммуномодуляторов, для лечения и/или профилактики туберкулезной инфекции. Это направление команда проекта считает наиболее перспективным для получения прорывных результатов в будущем.