Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В первом году реализации проекта работа была сконцентрирована на образцах эллинистического периода, а также образцах из склепа 191 (2013 г. раскопок), являющемся крупнейшим склепом на территории Восточного некрополя Фанагории и имеющего широкую датировку от I вв. до н.э до II в н.э. Для проведения генетических исследований были отобраны 40 образцов костного материала из различных типов погребальных конструкций. Получение препаратов дДНК проводилось на базе университета “Сириус” в специальных помещениях, предназначенных для работы с древней ДНК. Каждый эксперимент по выделение ДНК сопровождалось негативным контролем. Было получено 36 препаратов дДНК, на основе которых для были приготовлены 36 нативных и 9 “репарированных” фрагментных геномных библиотек. Все библиотеки были тестово секвенированы на приборе Illumina MiSeq. 23 образца, отобранных по результатам тестового секвенирования, были секвенированы на приборе Illumina NovaSeq 6000 для получения большего покрытия. В ходе биоифноматической обработки полученных результатов секвенирования 23 образцов была проведена оценка эндогенное содержания ДНК человека, она составила от 9 до 84%. С помощью программы MapDamage, по характерным постмортальным модификациям ДНК,для всех 23 образов была подтверждена аутентичности дДНК. С помощью программы Schmutzi было показано, что уровень контаминации для исследуемых образцов не превышал порогового уровня в 5%. Среди 23 исследованных индивидов 14 индивидов оказались женщинами и 9 - мужчинами. В 79% случаев определённый генетическими методами пол совпал с определённым в ходе антропологического описания образца. У 22 из 23 секвенированных образцов средняя глубина покрытия митохондриального генома составила боле 10x, что позволило определить гаплогруппы мтДНК и геномные профили для этих образцов. Для 7 из 9 секвенированных образцов мужчин средняя глубина покрытия генома составила более 1,4x, что позволило определить гаплогруппы Y-хромосомы. В результате проведенного анализа было выявлено наличие митохондриальных линий принадлежащих базальным гаплогруппам H, HV, T, U, U5, X2, I, которые являются типично западно-евразийским. В исследуемой выборке было выявлено наличие гаплогруппы Y-хромосомы, относящихся к базальным линиям G2a2, J2a1 и R1a1. С помощью программы READ v2 была проведан анализ генетического родства исследуемых индивидов. Ожидаемо родственные группы были обнаружены между индивидами, погребенными в одном или близкорасположенные погребениях. Было выявлено 2 семейные группы.

Аннотация результатов, полученных в 2025 году
Во втором году реализации проекта работа была сконцентрирована на образцах римского (I–III вв. н.э.) и позднеантичного периодов (IV–V вв. н.э.) существования Восточного некрополя Фанагории. Для проведения генетических исследований были отобраны 42 образца костного материала из различных типов погребальных конструкций. Получение препаратов дДНК проводилось на базе Университета “Сириус” в специальных помещениях, предназначенных для работы с древней ДНК. Каждый эксперимент по выделению ДНК сопровождался негативным контролем. Было получено 44 препарата дДНК, на основе которых для были приготовлены 42 нативных и 21 “репарированных” фрагментных геномных библиотек. Все библиотеки были тестово секвенированы на приборе Illumina MiSeq и NovaSeq. 46 образцов, отобранных по результатам тестового секвенирования на первом и втором этапах реализации проекта, были секвенированы на приборе Illumina NovaSeq 6000 для получения большего покрытия. В ходе биоинформатической обработки полученных результатов секвенирования 46 образцов была проведена оценка эндогенного содержания ДНК человека, она составила от 5 до 93%. С помощью программы MapDamage, по характерным постмортальным модификациям ДНК. Для всех 46 образцов была подтверждена аутентичность дДНК. С помощью программ Schmutzi, ContamMix, и ANGSD (для образцов мужского пола) было показано, что уровень контаминации для 45 исследуемых образцов не превышал порогового уровня в 5%. Для всех секвенированных образцов средняя глубина покрытия митохондриального генома составила более 10x, что позволило определить гаплогруппы мтДНК и геномные профили для этих образцов. Для 17 из 20 секвенированных образцов мужчин средняя глубина покрытия генома составила более 1,2x, что позволило определить гаплогруппы Y-хромосомы. С помощью программы READ v2 был проведен анализ генетического родства исследуемых индивидов. Ожидаемо родственные группы были обнаружены между индивидами, погребенными в одном или близкорасположенных погребениях. Всего было выявлено 4 семейные группы. По результатам популяционного анализа с применением методов PCA и ADMIXTURE и f3-статистики описано генетическое разнообразие населения Фанагории. Выделены по меньшей мере 4 генетически различные группы населения.