Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В отчетном году получены следующие важные результаты. Проведено полногеномное генотипирование пород перепелов разного направления продуктивности. Идентифицированы локусы, находящиеся под давлением отбора. На основании данных GBS-генотипирования перепелов 8 пород разного направления продуктивности в геноме особей изученных популяций идентифицированы гомозиготные регионы ROH, предположительно подвергавшиеся воздействию отбора и локализованные на хромосомах 1–15, 17–21 и 23–28. Максимальное число данных островков ROH установлено у техасских и смокинговых перепелов, минимальное – в популяции японских перепелов. Проведено сравнение локализации гомозиготных регионов, общих для двух и более исследованных пород. В породах смокинговая и английская черная идентифицирован общий геномный регион на хромосоме 2 (2.248 Mb), не выявленный в других породах; в породах смокинговая и английская белая определен общий регион на хромосоме 25 (0.024 Mb). Для разных комбинаций пар исследованных пород перепелов проведен анализ альтернативных аллельных вариантов, закрепившихся в результате селекционной работы, с использованием оценки индекса фиксации FST и межпопуляционной гаплотипической гомозиготности XP-EHH. Проведена структурная аннотация установленных в исследуемых комбинациях пород перепелов геномных регионов, предположительно подвергшихся давлению отбора, и идентифицированы гены, локализованные в области данных регионов и, вероятно, затронутые действием отбора. В каждой паре исследуемых групп выявлены локусы, в которых закрепились альтернативные аллели. Максимальное значение выявленных общих геномных регионов установлено в комбинации пород маньчжурская – японская – 26 локусов, минимальное – в сравнении пород маньчжурская – смокинговая, маньчжурская – английская белая и английская белая – японская – 4–5 локусов. Оптимизированы и модифицированы методики оценки морфометрических параметров и качества перепелиных яиц. Предложен альтернативный индекс (EQI) для комплексной оценки качества перепелиных яиц как пищевого продукта. Его расчет базируется на измерении массы яйца, толщины плотного белка и высоты или диаметра желтка. Разработаны и проверены на практике математические формулы расчета объема (V) и площади поверхности (S) перепелиных яиц. При этом предложен новаторский метод наиболее точного определения S – путем замера V и соответствующего математического пересчета. Получены эмпирические зависимости, позволяющие определить параметры скорлупы (прочность, толщину и массу), а также содержимого перепелиных яиц (плотность содержимого и массу желтка) без их разрушения. При выводе уравнений был применен новый прием использования исходных параметров яйца в виде их соотношений. Такой метод позволил не только осуществить требуемый перерасчет, но и предоставить в распоряжение селекционеров ряд показателей, работа над которыми может оказать существенное влияние на улучшение качественных параметров яйца. На конкретном примере продемонстрирована возможность использования перепелиных яиц в качестве модельного объекта для научных птицеводческих, орнитологических и/или иных исследований. Данная работа позволила высказать гипотезу об адаптационном свойстве материнского организма птиц формировать яйцо таким образом, чтобы уровень метаболизма эмбриона, косвенно выражаемый соотношением S/V, оставался неизменным от яйца к яйцу. Дана сравнительная характеристика перепелов разных пород по показателям яичной продуктивности, в том числе с использованием оптимизированных и модифицированных методов оценки качества яиц. Обоснован выбор пород для получения F2 ресурсной популяции перепелов. В качестве контрастных пород для получения ресурсной популяции перепелов выбраны породы английская белая и фараон. Создана F1 ресурсная популяция перепелов. Проведено точное фенотипирование полученной F1 ресурсной популяции перепелов по показателям яичной продуктивности и качества яиц. На основании данных фенотипической оценки осуществлен отбор особей F1 для получения F2 ресурсной популяции перепелов.

Аннотация результатов, полученных в 2025 году
В отчетном году проведены комплексные исследования, направленные на получение F2 модельных ресурсных популяций перепелов, оценку фенотипа и генотипа особей полученных популяций, формирование сводной базы фенотипов и полногеномных генотипов для последующих полногеномных ассоциативных исследований, разработку и оптимизацию методик и математических индексов для оценки товарных и инкубационных качеств перепелиных яиц. Получены следующие важные результаты. Созданы две F2 ресурсные популяции перепелов с использованием контрастных по показателям роста и яичной продуктивности (высокая и низкая яйценоскость) пород, в частности, 1) японской и техасской, 2) английской белой и фараон. Проведено точное фенотипирование самок полученных F2 ресурсных популяций по показателям роста, развития и яичной продуктивности, в том числе с использованием оптимизированных и модифицированных на этапе 2024 года методик оценки качества яиц. На основании полученных данных сформирована база фенотипов F2 ресурсных популяции перепелов, включающая следующие показатели: живая масса, среднесуточный прирост и линейные промеры в возрасте от 1 суток до 10 недель; возраст начала яйцекладки; яйценоскость, весовые, морфометрические и качественные показатели яиц и их основных компонентов – желтка, белка, скорлупы за 180 дней яйцекладки; расчетные индексы качества яиц. Проведено полногеномное генотипирование перепелов ресурсных популяций. После LD-фильтрации данных отобрано 74387 SNPs. На основании полученных данных фенотипов и полногеномных генотипов самок исследованных популяций проведен поиск полногеномных ассоциаций с показателями живой массы самок перепелов в различные возрастные периоды. При пороговом значении p < 6.72 × 10−7 выявлено 142 SNPs и 42 гена-кандидата, ассоциированных с живой массой перепелов в возрасте 1, 14, 28, 35, 42, 49 и 56 дней. Установлено 25 SNPs, ассоциированных с двумя и более учитываемыми признаками. Идентифицировано 12 приоритетных генов-кандидатов, в области которых было локализовано 2 и более выявленных значимых SNP – MARCHF6, EGFR, ADGRL3, ADAM33, NPC2, LTBP2, ZC2HC1C, SATB2, ASTN2, ZBTB16, ADAR, LGR6. При этом в области 1 гена – ADAM33 – на хромосоме CJA4 выявлено 5 SNPs, каждый из которых был связан с 3–5 учитываемыми признаками (живая масса в возрасте 14, 21, 28, 35 и 42 дней). Установлены аллельные варианты гена ADAM33 в позициях данных SNPs, связанные с высокими показателями живой массы перепелов в возрасте 14, 21, 28, 35, 42 и 56 дней. Определены и предложены математические индексы для оценки товарных и инкубационных качеств перепелиных яиц на основании базы фенотипов F2 ресурсной популяции перепелов. Математический анализ различных моделей описания контуров птичьих яиц позволил выделить 3 основных индекса: формы, асимметрии и коничности, достаточные как для построения профиля конкретного яйца, так и для анализа взаимосвязи геометрических параметров с возможными хозяйственно полезными признаками, в том числе инкубационными свойствами. Также выделено несколько перспективных индексов, отражающих физические параметры яиц, в частности плотность, индекс метаболизма и коэффициент теплопередачи, косвенно характеризующий скорость естественного охлаждения яйца. Экспериментальные исследования геометрических и физических параметров яиц перепелов F2 ресурсных популяций выявили связь показателя плотности яйца с оплодотворенностью и выводимостью: оплодотворенные яйца характеризовались более высокой плотностью яйца. Также установлена связь коэффициента теплопередачи инкубационного яйца с полом эмбриона. Полученные в отчетном году экспериментальные данные составят основу для последующих исследований на этапе 2026 года, направленных на поиск и определение перспективных ДНК-маркеров яичной продуктивности перепелок-несушек, в том числе на идентификацию аллельных вариантов генов, детерминирующих проявление желательных фенотипов яичной продуктивности, а также определение перспективных математических индексов морфометрических и физических параметров яиц перепелов для прогнозирования и оценки продуктивного потенциала несушек, инкубационных и товарных качеств яиц.