КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 24-22-20042
НазваниеИсследование и разработка принципов локализации, управления и скрининга биологических объектов с помощью методов радиочастотного пленения
Руководитель Рудый Семён Сергеевич, Кандидат физико-математических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Национальный исследовательский университет ИТМО" , г Санкт-Петербург
Конкурс №90 - Конкурс 2024 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами» (региональный конкурс)
Область знания, основной код классификатора 02 - Физика и науки о космосе; 02-304 - Спектроскопия
Ключевые слова Квадрупольные ловушки, локализация микроструктур, люминесцентная спектроскопия, комбинационное рассеяние, иммобилизация клеток
Код ГРНТИ76.13.15
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Поиск новых методов иммобилизации одиночных клеток для проведения лабораторного скрининга является важной задачей в области современной цитометрии. На сегодняшний день для проведения измерения одиночных клеток методами люминесцентной спектроскопии и спектроскопии комбинационного рассеяния (КР) используются два основных метода иммобилизации клеток. Наиболее распространённым методом является иммобилизация на химически функционализированных подложках. Данный метод является простым, но при этом имеет большое количество ограничений, таких как существенное влияние межфазных и химические взаимодействий на объект исследования, отсутствие возможности селекции исследуемых объектов, трудоёмкий и времязатратный процесс поиска необходимого объекта на поверхности подложки оптическими методами. При использовании лазерных пинцетов, объекты исследования локализуются в “перетяжке” лазерного луча, что позволяет контролируемо управлять положением исследуемых объектов и позволяет исследовать истинно-одиночные объекты. При этом техника лазерного пинцета подразумевает взаимодействие объектов исследования с лазерным излучением с высокой плотностью мощности, что может сопровождаться существенным нагревом и разрушением исследуемых биологических объектов, фотоиндуцированной токсичностью. Кроме того устойчивая локализация оптически-неоднородных объектов существенно затруднена при использовании лазерного пинцета как метода иммобилизации. Так как с оптической точки зрения биологическая клетка является неоднородным объектом асферической формы, которая, кроме того, обладает заметным коэффициентом экстинкции.
В проекте предлагается разработка принципиально нового подхода иммобилизации биологических объектов основанном на методах квадрупольной масс-спектрометрии. Удержание и управление положением объекта исследования реализуется благодаря его взаимодействию с быстро-осциллирующим электрическим полем квадрупольной электродинамической ловушки. Квадрупольная электродинамическая ловушка не накладывает ограничений на оптические свойства локализованных объектов, а также на их форму. Различные конфигурации геометрии и электропитания ловушек позволяют локализовать объекты с размером от атомарных ионов до микрочастиц. Как и в случае лазерных пинцетов, электродинамические ловушки обеспечивают возможность интеграции с оптическим измерительным оборудованием. Таким образом, можно заключить, что использование методов иммобилизации биологических объектов основанных на принципах квадрупольной масс-спектрометрии является перспективным подходом для лабораторного скрининга социально-значимых заболеваний. Проект направлен на разработку аппаратного комплекса доставки и контролируемого удержания биологических объектов для проведения их спектрально-оптических измерений. Проект предполагает проведение математического моделирования процессов, создание лабораторных образцов электродинамических ловушек и экспериментальную верификацию полученных результатов с использованием клеточных линий. Задачи проекта являются новыми. Результаты полученные в ходе выполнения проекта будут достигнуты впервые. Проект имеет как фундаментальную и прикладную ценность; а также обладает социальной значимостью. Без сомнений, проект полностью соответствует направлению стратегии НТР РФ “Переход к персонализированной медицине, высокотехнологичному здравоохранению и технологиям здоровьесбережения, в том числе за счёт рационального применения лекарственных препаратов (прежде всего антибактериальных)” и тематике в рамках регионального конкурса по г. Санкт-Петербург “Разработка программно-аппаратных средств для неинвазивных масс-спектрометрических методов скрининга и диагностики социально значимых заболеваний.”
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
В рамках первого года проекта подготовлены протоколы приготовления биологических образцов таким образом включал в себя: Выращивание клеток культуры HeLa (Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» — коллекция ПНИП) в культуральных флаконах 25см с герметичными крышками (Nest, Китай), при стандартных условиях (37 ℃ и 5% СО2) и на стандартной среде (DMEM/F 12 без глутамина и HEPES (HiMedia, Индия), c добавлением 10% эмбриональной бычьей сыворотки (Fetal Bovine Serum), (HiMedia, Индия), 2мM L-глутамина (Биолот, Санкт-Петербург, Россия) и пенициллина со стрептомицином (Биолот, Санкт-Петербург, Россия). Выращенные клетки HeLa промывали культуральной средой, затем раствором Версена, дезагрегировали раствором Трипсин-Версена и центрифугировали в течение 5 мин при 1000 об/мин, супернатант сливали и фиксировали этиловым спиртом 95%. Получена аналитическая форма динамических уравнений движения одиночных клеток HeLa в трёхмерной ловушке Пауля и в линейной квадрупольной ловушке полученных с помощью метода дискретных элементов. Сформирована двух- и трёхкомпонентная генеративная модель одиночных клеток HeLa. Выполнено численное решение задачи Коши для уравнений движения одиночной клетки HeLa в трёхмерной ловушке Пауля и линейной квадрупольной ловушке. Получено решение уравнений для начальных условий координат, распределённых псевдослучайно вблизи геометрического центра ловушек. Выполнено исследование динамики в нестационарном случае и динамики, описываемой эквивалентной (автономной) моделью, полученной в результате усреднения в соответствии с моделью эффективного потенциала. Сформированы спектрограммы колебаний одиночных клеток HeLa, полученных в результате Фурье-преобразования временной развёртки траектории в трёхмерной ловушке Пауля и квадрупольной линейной ловушки. Произведено сравнение спектрограмм для оригинальной (нестационарной) и усреднённой моделей. Обнаружена зависимость частоты вращения клетки в ловушке от амплитуды переменного напряжения. Сформированы карты динамических режимов микрочастиц, локализованных в поверхностных радиочастотных ловушках. Выполнено построение карт значений нетривиального (старшего) показателя Ляпунова в зависимости от параметров питания ловушки и характерного размера частицы (при различных начальных условиях). Построены траектории, бифуркационные диаграммы, спектрограммы, карта значений числа Рейнольдса, обобщённые сечения Пуанкаре, для найденных режимов. Показана возможность реализации различных сценариев перехода к хаосу в зависимости от характерного размера частицы при фиксированной частоте переменного напряжения на электродах ловушки. Подготовлены протоколы оптимизации геометрии электродов ловушки для локализации биологических объектов с целью последующего спектрально-оптического анализа объектов в процессе локализации. Определены оптимальные размеры линейной квадрупольной ловушки, разработана и апробирована универсальная приставка-манипулятор (ловушка для микрочастиц) для коммерческих микроскопов. Подготовлены протоколы испытаний методов доставки paper-spray, ударной десорбции, электроспрей и пневмоспрей для доставки одиночных клеток HeLa. Выполнено микроскопическое исследование объектов доставки после иммобилизации на подложках. Получено, что метод пневмоспрей (PnS) не выявил недостатков при работе с зафиксированными клетками HeLa и может быть применён в дальнейших исследованиях. В рамках первого года проекта подготовлены две работы по материалам исследования, Rybin V. et al. Electrodynamic manipulator for commercial fluorescence microscope //Measurement. – 2024. – Т. 235. – С. 114915; Rudyi S., Shcherbinin D., Ivanov A. Butterflies and bifurcations in surface radio-frequency traps: The diversity of routes to chaos //Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science. – 2024. – Т. 34. – №. 10. Исследования входят в первый квартиль (Q1) по импакт-фактору JCR Science Edition.
Публикации
1.
Рыбин В.В., Богданов К.В., Рудый С.С., Черевков С.А., Иванов А.В., Щербинин Д.П.
Electrodynamic manipulator for commercial fluorescence microscope
Measurement: Journal of the International Measurement Confederation, Rybin V. et al. Electrodynamic manipulator for commercial fluorescence microscope //Measurement. – 2024. – Т. 235. – С. 114915. (год публикации - 2024)
10.1016/j.measurement.2024.114915
2.
Рудый С.С., Щербинин Д.П., Иванов А.В.
Butterflies and bifurcations in surface radio-frequency traps: The diversity of routes to chaos
Chaos, Rudyi S., Shcherbinin D., Ivanov A. Butterflies and bifurcations in surface radio-frequency traps: The diversity of routes to chaos //Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science. – 2024. – Т. 34. – №. 10. (год публикации - 2024)
10.1063/5.0223552