КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 24-24-00430
НазваниеИсследование молекулярных механизмов контроля продолжительности жизни у Drosophila melanogaster
Руководитель Былино Олег Валерьевич, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биологии гена Российской академии наук , г Москва
Конкурс №89 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-208 - Молекулярная биология
Ключевые слова старение, продолжительность жизни, дрозофила, молекулярные признаки старения, геномная нестабильность, эпигенетические изменения, нарушение макроаутофагии, потеря протеостаза, укорочение теломер, генетическая инженерия, трансгенез
Код ГРНТИ34.00.00
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
ВАЖНОСТЬ: Старение — фундаментальный процесс, характерный для подавляющего большинства многоклеточных организмов и наиболее изученный и понятный в эволюционной линии животных. У млекопитающих фенотип старения характеризуется утратой клетками функциональности, повреждением тканей, органов и сопровождается возрастающей со временем жизни предрасположенностью к хроническим заболеваниям, в том числе к сердечно-сосудистым, раку, нейродегенеративным и метаболическим нарушениям. Последним достижением в области изучения старения является формулировка набора молекулярных событий, лежащих в основе появления перечисленных выше фенотипов и заболеваний. Эти события получили название признаков/причин старения. Среди них выделяют пять так называемых базовых молекулярных причин/признаков старения (геномная нестабильность, укорочение теломер, эпигенетические изменения, потеря протеостаза (нарушение соотношения синтезированных и утилизированных белков), нарушенная макроаутофагия). Эти причины старения лежат в основе появления остальных признаков старения. Для борьбы с фенотипами старения и продления здорового периода жизни необходимо понимание того, на какие именно молекулярные причины старения необходимо воздействовать. Кроме того, чрезвычайно ценным будет представление о том, какие системы организма страдают от причин старения в первую очередь.
ЦЕЛЬ: Исходя из этого целью данного проекта является исследование вклада отдельных молекулярных причин старения в итоговую продолжительность жизни (ПЖ) дрозофилы. Кроме того, в ходе проекта будут получены результаты и сделан вывод о значении отдельных систем организма дрозофилы в контроле ПЖ. Короткий период жизни и удобство постановки экспериментов по оценке (ПЖ) делает дрозофилу незаменимы модельным объектом для работы над этими вопросами.
МЕТОДЫ: Будут получены генетические конструкции и линии трансгенных мух, в которых произведено таргетирование отдельных молекулярных причин/признаков старения как во всем организме, так и в отдельных органах и системах организма дрозофилы. Для полученных и контрольных линий будет выравнен генетический фон и произведено сравнение ПЖ. Кроме того, мы проведем оценку последствий таргетирования отдельных молекулярных причин старения в серии биологических и молекулярных тестов в полученных линиях.
РЕЗУЛЬТАТЫ: В результате реализации проекта будет получен ответ на вопрос о процентном вкладе отдельных молекулярных причин старения в итоговую ПЖ у дрозофилы. Кроме того, будет определено какая система(ы) организма у дрозофилы является ведущей(ими) в контроле ПЖ.
ПЕРСПЕКТИВЫ: Полученные данные позволят более прицельно подходить к исследованиям ПЖ у дрозофилы и других организмов и покажут эффективно ли, в принципе, направленное таргетирование отдельных молекулярных признаков/причин старения в плане борьбы со старением. Успешная валидация подхода по таргетированию отдельных молекулярных признаков/причин старения на дрозофиле сделает возможным проведение исследований с использованием генетического и фармакологического подходов на млекопитающих, в том числе на линиях прогерийных мышей (линии мышей с ускоренным старением), полученных в ИБГ РАН, с переходом к попыткам терапии старения (включая генную) на животных моделях.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
Продолжительность жизни является самым сложным количественным признаком у человека. Удивительным образом закономерности выживаемости у дрозофилы повторяют закономерности выживаемости у людей. Это явление было замечательным образом обнаружено еще в начале века ХХ-го века выдающимся исследователем, профессором Раймондом Перлом который, на основании исследований на дрозофиле, предложил использовать продолжительность жизни в качестве главного показателя приспособленности. Продолжительность жизни входит в число главных компонент Дарвинской приспособленности/признаков жизненного цикла особей, наряду с возрастом полового созревания, плодовитостью, фертильностью и возрастной динамикой выживания особей. Таким образом, продолжительность жизни является если не самым важным, то, по крайней мере одним из важнейших составляющих приспособленности. Поэтому чрезвычайно важным является знать закономерности распределения данных продолжительности жизни в изучаемых выборках, а также понимать, от чего зависят сдвиги такого распределения. Для оценки достоверности различий в продолжительность жизни используют сравнение выборок на основании медианной (50-й процентиль смертности выборки), средней (среднее арифметическое продолжительностей жизней всех особей выборки) и максимальной продолжительность жизни (90% смертности выборки). Все виды статистически тестов, оценивающие продолжительность жизни, предоставляют информацию лишь о значимости различий только в определенные моменты времени. Кривые Каплана-Мейера (кривые выживаемости), отражающие смертность особей от времени, также дают лишь общее представление о том, как нарастает смертность в изучаемой когорте (особи рожденные в одно время), в то время как четкое представление о распределении фенотипов по продолжительности жизни внутри изучаемой выборки отсутствует. Это требует развития новых подходов к анализу данных выживаемости, ясно показывающих различия в структуре сравниваемых выборок. Другой важной проблемой в исследованиях продолжительность жизни и старения является отсутствие математических критериев оценки силы генетического фона (генотипа) изучаемых линий, а также влияния на продолжительность жизни разнообразных интервенций, проводимых с целью увеличения продолжительности жизни. Некоторым приближением такой оценки является построение кривых смертности (кривая выживания наоборот), описываемых уравнением Гомберца ‒ законом смертности, сформулированным еще в конце первой четверти XIX-го века Бенджамином Гомперцом. Однако, в случае кривых смертности оценка генетического здоровья производится на основании числового значения показателя уравнения α (базовая уязвимость, начальная/ранняя смертность), тогда как, безусловно, надежнее оценивать здоровье линий на основе всего распределения данных о смертности когорты за весь период ее продолжительности жизни.
В работе были рассмотрены методы сравнения и анализа кривых выживания и было предложено разбивать данные по выживаемости на интервалы. Проведенный анализ показал, что с помощью такого подхода возможно наглядно оценивать распределения частот фенотипов по продолжительности жизни внутри выборки. С целью оценки состояния генетического фона линий и влияния производимых интервенций на онтогенез и продолжительность жизни, к данным выживаемости был применен критерий нормальности распределения. Было обнаружено, что линии, обладающие сниженной, либо увеличенной продолжительностью жизни характеризуются ненормальными распределением и/или бОльшим отклонением от нормальности, чем линии со средней продолжительностью жизни. Оценка состояния генетического фона линий с использованием дополнительного критерия нормальности позволяет делать вывод о состоянии генетического здоровья линии на основании на всей совокупности данных выборки целиком, а не только основании на смертности в ранний период жизни, как постулирует закон Гомперца. Полученные представления были подтверждены с использованием линий дрозофил, обладающих различной продолжительностью жизни. Использование критерия нормальности может стать важными инструментом в исследованиях продолжительности жизни и старения, поможет интегрировать оценки, предсказанными более простыми методами, позволит производить подбор и сравнивать пары линий со схожим генетическим здоровьем, лучше понимать и описывать процессы, происходящие в популяциях, а также поможет отслеживать влияние проводимых генетических и фармакологических интервенций на онтогенез и продолжительность жизни.
*Представлены данные подготовленной статьи «Kolmogorov-Smirnov and Shapiro-Wilk single distribution analysis methods in examining sample structure, strength of genetic background, and effects of interventions in lifespan and aging studies». Работа посвящена изучению распределений данных продолжительности жизни (выживаемости в зависимости от времени).
Аннотация результатов, полученных в 2025 году
Продолжительность жизни является самым сложным количественным признаком у человека. Удивительным образом закономерности выживаемости у дрозофилы повторяют закономерности выживаемости у людей. Это явление было замечательным образом обнаружено еще в начале века ХХ-го века выдающимся исследователем, профессором Раймондом Перлом который, на основании исследований на дрозофиле, предложил использовать продолжительность жизни в качестве главного показателя приспособленности. Продолжительность жизни входит в число главных компонент Дарвинской приспособленности/признаков жизненного цикла особей, наряду с возрастом полового созревания, плодовитостью, фертильностью и возрастной динамикой выживания особей. Таким образом, продолжительность жизни является если не самым важным, то по крайней мере, одним из важнейших составляющих приспособленности. Поэтому чрезвычайно важным является знать закономерности распределения данных продолжительности жизни в изучаемых выборках, а также понимать, от чего зависят сдвиги такого распределения. Для оценки достоверности различий в продолжительность жизни используют сравнение выборок на основании медианной (50-й процентиль смертности выборки), средней (среднее арифметическое продолжительностей жизней всех особей выборки) и максимальной продолжительность жизни (90% смертности выборки). Все виды статистически тестов, оценивающие продолжительность жизни, предоставляют информацию лишь о значимости различий только в определенные моменты времени. Кривые Каплана-Мейера (кривые выживаемости), отражающие смертность особей от времени, также дают лишь общее представление о том, как нарастает смертность в изучаемой когорте (особи рожденные в одно время), в то время как четкое представление о распределении фенотипов по продолжительности жизни внутри изучаемой выборки отсутствует. Это требует развития новых подходов к анализу данных выживаемости, ясно показывающих различия в структуре сравниваемых выборок. Другой важной проблемой в исследованиях продолжительность жизни и старения является отсутствие математических критериев оценки силы генетического фона (генотипа) изучаемых линий, а также влияния на продолжительность жизни разнообразных интервенций, проводимых с целью увеличения продолжительности жизни. Некоторым приближением такой оценки является построение кривых смертности (кривая выживания наоборот), описываемых уравнением Гомберца ‒ законом смертности, сформулированным еще в конце первой четверти XIX-го века Бенджамином Гомперцом. Однако, в случае кривых смертности оценка генетического здоровья производится на основании числового значения показателя уравнения α (базовая уязвимость, начальная/ранняя смертность), тогда как, безусловно, надежнее оценивать здоровье линий на основе всего распределения данных о смертности когорты за весь период ее продолжительности жизни.
Для решения проблемы структуры выборки мы преобразовали данные смертности в ряды продолжительности жизни, в которых единицей измерения выступает продолжительность жизни каждой отдельной особи. Далее, для сглаживания флуктуаций ежедневной смертности, мы объединили смертность ближайших дней, разбив данные выживаемости на интервалы по правилу Стерджеса, выбрав наиболее удобный размер интервала в 5 дней. Наложение полученных таким образом вероятностных рядов (частот фенотипов по продолжительности жизни) друг на друга для разных выборок, а также их формальное описание при помощи кривых нормального распределения позволило наглядно сравнивать выборки. Мы проанализировали нормальность исходных и полученных интервализированных распределений при помощи теста Колмогорова-Смирнова для одиночных выборок (KS тест) и теста Шапиро-Уилка (SW тест). Выяснилось, что из всех протестированных вариантов наиболее эффективным, чувствительным и информативным оказался SW тест на интервальных данных. Наилучшими условиями для применения этого теста к данным выживаемости оказались объем выборки до 200 особей и разбиение данных продолжительности жизни сравниваемых выборок на одинаковое количество интервалов, вычисленных по правилу Стерджеса (размера интервала допускается дробный и не одинаковый, но их количество одинаково между выборками). Для визуализации частотных распределений выборок кроме функции нормального распределения мы применили также β-функцию. При помощи β-функции показано, что распределения у дрозофилы могут принимать различный вид: левостороннее β-распределение, правостороннее β-распределение, симметричное колоколоподобное распределение схожее с нормальным, равномерное (платообразное)/линейное распределение. Установлено, что применение количественных критериев нормальности позволяет выявлять тонкие изменения структуры выборки даже в тех случаях, когда форма и/или положение кривых выживания сравниваемых когорт повторяют друг друга. Продемонстрировано, что проведение генетических интервенций (введение мутации white) сопровождаются изменением частот фенотипов внутри выборки, сменой типа распределения и изменением количественных показателей нормальности. Также установлено, что тип распределения в контрольных WT-подобных линиях, как можно предполагать a priori, не обязательно должен соответствовать характеру нормальному распределению и распределение этих линий может носить совершенно другой характер. Таким образом, представленное исследование покрывает весь спектр вопросов относительно того, каким бывают распределения продолжительности жизни у дрозофилы.
Публикации
1.
К.А. Юмухова, А.В. Конопатов, А.А. Штиль, О.В. Былино
Distribution Analysis of the Lifespan Trait in Drosophila
International Journal of Molecular Sciences, Int. J. Mol. Sci. 2025, 26, 11987. (год публикации - 2025)
10.3390/ijms262411987
2.
Конопатов А.В., Шидловский Ю.В., Былино О.В.
Роль гена white в контроле продолжительности жизни дрозофилы.
БИОТЕХНОЛОГИЯ, БИОТЕХНОЛОГИЯ, 2024, том 40, № 7, с. 231 (год публикации - 2024)
10.56304/S0234275824071529
3.
Токарев А.Т., Конопатов А.В., Шидловский Ю.В., Былино О.В.
Ген white контролирует функциональное состояние отдельных структур головного мозга дрозофилы.
БИОТЕХНОЛОГИЯ, БИОТЕХНОЛОГИЯ, 2024, том 40, № 7, с. 231 (год публикации - 2024)
10.56304/S0234275824071529
4.
Конопатов А.В., Шидловский Ю.В., Былино О.В.
Методы анализа одиночных распределений Колмогорова-Смирнова и Шапиро-Уилка при изучении структуры выборки в исследованиях продолжительности жизни.
Сборник материалов международной научной конференции, посвященной 120-летию со дня рождения академика А. Н. Белозерского и 90-летию со дня рождения академика В. П. Скулачёва Москва, 20–22 февраля 2025 г., Сборник материалов международной научной конференции Физико-химическая биология в год 270-летия МГУ, посвященной 120-летию со дня рождения академика А. Н. Белозерского и 90-летию со дня рождения академика В. П. Скулачёва. Москва, 20-22 февраля 2025 г. Стр. 54. (год публикации - 2025)
10.55959/MSU012229-9-2025
5.
Конопатов А.В., Шидловский Ю.В., Былино О.В.
Применение критерия нормальности для оценки силы генетического фона и влияния интервенций в исследованиях долголетия и старения.
Сборник материалов международной научной конференции, посвященной 120-летию со дня рождения академика А. Н. Белозерского и 90-летию со дня рождения академика В. П. Скулачёва Москва, 20–22 февраля 2025 г., Сборник материалов международной научной конференции, посвященной 120-летию со дня рождения академика А. Н. Белозерского и 90-летию со дня рождения академика В. П. Скулачёва Москва, 20–22 февраля 2025 г. Москва, 20-22 февраля 2025 г. Стр. 53. (год публикации - 2025)
10.55959/MSU012229-9-2025
6. Конопатов А.В., Былино О.В. Анализ распределений признака продолжительности жизни у дрозофилы. Сборник материалов научно-практической конференции по генетике с международным участием «ГЕНЕТИКА 2025». 5-7 ноября 2025 года, Москва. , Сборник материалов конференции в печати. (год публикации - 2025)
7. К. А. Юмухова, П. Г. Георгиев, О. В. Былино Генетический дрейф изменяет проявление признака продолжительности жизни в лабораторных линиях Drosophila melanogaster ДОКЛАДЫ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК. НАУКИ О ЖИЗНИ, ДОКЛАДЫ РОССИЙСКОЙ АКАДЕМИИ НАУК. НАУКИ О ЖИЗНИ (статья находится на рассмотрении) (год публикации - 2025)
8. Юдина В.А., Штиль А.А., Былино О.В. Сигнальный путь, регулируемый рецептором инсулина – механизм ответа на противоопухолевые воздействия. Сборник материалов межвузовской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием, приуроченной к 95-летию кафедры биологии и общей генетики Сеченовского Университета. 17 декабря 2025 г. , Сборник материалов межвузовской междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием, приуроченной к 95-летию кафедры биологии и общей генетики Сеченовского Университета. 17 декабря 2025 г. Сборник материалов конференции находится в печати. (год публикации - 2025)
Возможность практического использования результатов
Предложенная методика может быть использована для анализа распределений продолжительности человека, в том числе в Росстате.