КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 24-24-00541
НазваниеРаспределение паттернов мейотической рекомбинация у близкородственных видов с различными структурными особенностями геномов (на примере короткоцикловых рыб рода Nothobranchius)
Руководитель Симановский Сергей Анатольевич, Кандидат биологических наук
Организация финансирования, регион федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук , г Москва
Конкурс №89 - Конкурс 2023 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-103 - Гидробиология и ихтиология
Ключевые слова цитогенетика, митоз, мейоз, эволюция хромосом, кариотип, ихтиология, короткоцикловые рыбы
Код ГРНТИ34.33.33
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Структурные перестройки кариотипа характерны для многих представителей рыб. Они могут приводить как к изменению числа хромосом (хромосомные слияния/разделения), так и соотношению двуплечих и одноплечих хромосом (перицентрические инверсии, центромерный “шифт”). Для большинства исследованных видов рыб характерны диплоидные числа хромосом равное 48-50. Известна связь хромосомных перестроек с видообразованием. В нашем проекте мы фокусируемся на короткоцикловых рыбах, обитающих в экстремальных условиях среды, рода Nothobranchius, как на роде с максимально широкой вариацией диплоидных чисел хромосом и кариотипов среди рыб (2n = 16 - 50). Одним из факторов, способствующим быстрой дивергенции кариотипов короткоцикловых рыб является специфика мест обитания - временные изолированные водоемы. Однако, это скорее дает возможность быстрой фиксации определенных вариантов кариотипа за счёт генетического дрейфа и изоляции исходных форм. В то же время, по литературным данным известно, для отдельных представителей короткоцикловых рыб отмечено наличие большого количество повторов и транспозиционных элементов в геноме. Они могут играть определенную роль в эволюции генома, начальной эволюции половых хромосом у рыб и распределении паттернов мейотической рекомбинации. Однако до настоящего времени остаётся неясным, влияет ли структурная пластичность геномов рыб рода Nothobranchius (диплоидное число хромосом, плеч, соотношение двуплечих и одноплечих хромосом) и особенности их молекулярной организации на распределение рекомбинационных ландшафтов. Можно задать и такой вопрос: не является ли способность к множественным хромомосомным перестройкам способом управления мейотичсекой рекомбинацией и генетическим разнообразием в условиях жизни в экстремальных условиях? Рыбы рода Nothobranchius являются уникальной моделью для выявления связей между организацией генома и особенностями мейоза. Выявлению таких связей и будет посвящён наш проект. Полученные в ходе проекта данные будут иметь фундаментальное значение для понимания функционирования и эволюции хромосом как у рыб, так и у позвоночных в целом. Кроме того, полученные данные будут иметь прикладное значение и могут быть использованы в селекции рыб в среднесрочной перспективе.
ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ
Аннотация результатов, полученных в 2024 году
Изучена дифференциация кариотипов в группе видов Nothobranchius brieni. Наши результаты позволили выявить два независимых акта массовых разделений хромосом в двух филогенетических кладах группы видов Nothobranchius brieni от очевидно предкового состояния для группы 2n = 36 до 2n = 50–52 у сестринских таксонов N. brieni и N. sp. Manono и до 2n = 48–50 у сестринских N. malaissei и N. sp. Kasenga. Кроме того, в одной из филогенетических клад (Mweru complex) выявлена интенсивная дифференциация кариотипов – ни один из представителей не имеет предковое диплоидное число: кроме 2n = 48 и 50, представители имеют 2n = 38 и 40. В нашей работе мы увеличили число описанных видов с множественными половыми хромосомами с 3 (N. brieni, N. ditte и N. sp. Kasenga) до 5 – мы впервые описали систему множественных половых хромосом X1X2Y у N. sp. Kamilundu и N. sp. Mukobe. Анализ синаптонемных комплексов даёт основание предполагать, что neo-Y у этих видов образовался путём слияния предкового Y с одной из аутосом путем Робертсоновской транслокации. Данные филогенетики, в свою очередь, говорят о том, что имело место как минимум два независимых акта образования такой системы половых хромосом у представителей группы видов N. brieni. Наиболее интересные результаты были получены при изучении особей N. sp. Mukobe. Кроме связанного с полом полиморфизма по слиянию (множественные половые хромосомы X1X2Y), мы обнаружили полиморфизм по слиянию двух самых крупных акроцентрических аутосом с образованием метацентрика. Внутрипопуляционный полиморфизм по аутосомной перестройке был обнаружили впервые при изучении нотобранхиусов. Этот факт вносит важный вклад в понимание эволюции хромосом в роде Nothobranchius – за счет малых объёмов популяций, географической изоляции и дрейфа генов такие перестройки могут быстро фиксироваться в одном из гомозиготных состояний.
Изучена дифференциация кариотипов в группе видов Nothobranchius taeniopygus. Наши результаты показали, что для большинства представителей группы видов Nothobranchius taeniopygus характерно диплоидное число хромосом 2n = 36, которое характерно для всего подрода Zononothobranchius. Однако имеет место широкая вариабельность числа хромосомных плеч от NF = 58 до NF = 66, что говорит о большой роли перицентрических инверсий или других способов репозиции центромер в эволюционной истории группы. Кроме того, у одного из представителей – N. rungwaensis – было обнаружено 2n = 38. Благодаря имеющимся филогенетическим данным мы сделали вывод, что имело место разделение хромосом. Анализ синаптонемных комплексов у N. angelae выявил 18 стандартно спаривающихся бивалентов, что подтверждает вывод об отсутствии гетероморфных половых хромосом у этого вида.
Впервые описаны кариотипы N. elucens, N. nikifirovi, N. prognathus, N. sagittae. Для N. elucens, N. nikifirovi и N. sagittae установлено модальное для рода диплоидное число хромосом 2n = 36, для N. prognathous – 2n = 38 (есть основания предполагать хромосомное разделение).
Изучена межпопуляционная изменчивость у видов N. cardinalis, N. eggersi, N. foerschi, N. furzeri, N. makondorum, N. melanospilus, N. neumanni, N. orthonotus, N. pienaari, N. rachovii, N. wattersi. Для большинства случаев новые кариотипированные популяции соответствовали описанным ранее. Так для всех изученных популяций N. cardinalis, N. eggersi, N. neumanni и N. wattersi диплоидное число хромосом было равно 2n = 36; для N. melanospilus, N. furzeri, N. orthonotus – 2n = 38; для N. pienaari – 2n = 34; для N. rachovii – 2n = 16. Однако для N. foerschi и N. makondorum нами были обнаружены межпопуляционные отличия: 2n = 32/34 и 2n = 36/38 соответственно для этих видов. Такие отличия объясняются хромосомными слияниями/разделениями. Есть основания предполагать, что такие отличия могут быть следующим этапом фиксации хромосомных перестроек, которые мы выявили для N. sp. Mukobe.
Публикации
1. Симановский С.А., Крысанов Е.Ю., Надь Б., Уоттерс Б.Р., Сембер А. A case study of the Nothobranchius ugandensis species group in the context of Nothobranchius chromosome evolution Сборник тезисов Всероссийской научной конференции с международным участием, посвященной юбилею академика Б.Л. Астаурова «Генетика и индивидуальное развитие» 29–31 октября 2024 г. и Школы-конференции «Генетические модификации и анализ генома клеток» 31 октября – 1 ноября 2024 г. Москва, ИБР РАН. – М.: Издательство «Перо», 2024. – Мб. [Электронное издание]. , Simanovsky SA., Krysanov EYu, Nagy B, Watters BR, Sember A. A case study of the Nothobranchius ugandensis species group in the context of Nothobranchius chromosome evolution. Сборник тезисов Всероссийской научной конференции с международным участием, посвященной юбилею академика Б.Л. Астаурова «Генетика и индивидуальное развитие» 29–31 октября 2024 г. и Школы-конференции «Генетические модификации и анализ генома клеток» 31 октября – 1 ноября 2024 г. Москва, ИБР РАН. – М.: Издательство «Перо», 2024. – Мб. [Электронное издание]. ISBN 978-5-00244-964-4 УДК 575 ББК 28.04я43 (год публикации - 2024)
2. М.Г. Симонян, Е.Ю. Крысанов, С.А. Симановский Предварительные данные по гибридизации двух родственных видов рода Nothobrachius: Без гетероморфных половых хромосом и с системой множественных половых хромосом X1X2Y Современные проблемы и перспективы исследований клеточного ядра: сборник тезисов XIX Всероссийского симпозиума «Структура и функции клеточного ядра», Санкт-Петербург, 21–22 мая 2024 г. – СПб.: ПОЛИТЕХ-ПРЕСС, 2024. – С. 126–127. , М.Г. Симонян, Е.Ю. Крысанов, С.А. Симановский. Предварительные данные по гибридизации двух родственных видов рода Nothobrachius: Без гетероморфных половых хромосом и с системой множественных половых хромосом X1X2Y // Современные проблемы и перспективы исследований клеточного ядра: сборник тезисов XIX Всероссийского симпозиума «Структура и функции клеточного ядра», Санкт-Петербург, 21–22 мая 2024 г. – СПб.: ПОЛИТЕХ-ПРЕСС, 2024. – С. 126–127. https://www.elibrary.ru/item.asp?id=67242824&pff=1 eLIBRARY ID: 67242825 УДК 576.315 ББК 28.05 С56 ISBN 978-5-7422-8531-1 (год публикации - 2024)
Аннотация результатов, полученных в 2025 году
Кариотип популяции E. spilargyreius из Эфиопии (08°18'51.2"N, 034°04'24.9") имеет 2n = 34 и состоит из 18 метацентрических/субметацентрических и 16 субтелоцентрических/акроцентрических хромосом, FN = 52. В наборах хромосом самок и самцов не было обнаружено гетероморфных половых хромосом, что соответствует результатам предыдущих цитогенетических исследований представителей рода Epiplatys. Совместный анализ цитогенетических и филогенетических данных для рода позволил заключить, что эволюция хромосом в роде Epiplatys характеризуется следующими особенностями: 1) предполагаемым предковым кариотипом с 2n = 48 и FN = 48; 2) многочисленными независимыми Робертсоновскими транслокациями; 3) увеличением числа хромосомных плеч за счет перицентрических инверсий или других типов репозиции центромеры; 4) по крайней мере одним событием разделения хромосом.
Анализ синаптонемных комплексов у 7 изученных представителей рода Nothobranchius (8 популяций) выявил наличие стандартных бивалентов, число которых соответствовало числу пар аутосом: 8 СК-бивалентов у N. rachovii (2n = 16), 18 СК-бивалентов у N. angelae, N. hassoni и N.cardinalis (2n = 36), 17 СК-бивалентов у N. foerschi и 16 СК-бивалентов у N. virgatus (2n = 32). В профазе I мейоза у этих видов не были выявлены особенности спаривания, которые могли бы говорить о наличии гетероморфных половых хромосом, что соответствует ранее полученным цитогенетическим данным. У N. janpapi выявлялись 17 стандартных СК-бивалентов и 1 СК-тривалент, который соответствовал X1X2Y половым хромосомам, что так же соответствует ранее опубликованным данным.
Средняя сумма длин синаптонемных комплексов на клетку у изученных таксонов варьировала от 160.1 ± 15.9 у N. janpapi до 224.0 ± 38.7 мкм у N. hassoni. Количество фокусов MLH1 на клетку у представителей рода Nothobranchius варьировало от 13.0 ± 1.4 у N. rachovii до 31.1 ± 3.5 N. angelae. Количество точек рекомбинации на клетку у N. janpapi, N. hassoni, N. cardinalis и N. foerschi было схожим и составило 22.8 ± 1.9, 20.8 ± 2.2, 20.3 ± 1.2 и 19.8 ± 1.6 соответственно. Для N. virgatus это значение составило 16.3 ± 0.5 и 17.0 ± 1.2 для самцов из разных популяций. Наши данные дают основания предполагать связь общего количества точек рекомбинации на клетку с числом хромосомных плеч у представителей рода Nothobranchius, как минимум, в изученной нами выборке видов: хромосомные перестройки, приводящие к увеличению числа хромосомных плеч (например, перицентрические инверсии или другие способы репозиции центромер; тандемные разделения), увеличивают общее количество событий мейотической рекомбинации на клетку.
Фокусы рекомбинации присутствуют практически по всей длине акроцентрических хромосом N. virgatus, за исключением областей в непосредственной близости от центромеры и теломер. Кроме того, присутствуют 2 пика распределения по длине синаптонемных комплексов.
Распределение событий рекомбинации на проанализированных бивалентах N. rachovii (СК1-4) и N.angelae (СК1) обладает схожими особенностями: фокусы MLH1 покрывают практически все длины синаптонемных комплексов с выраженными пиками в прителомерных областях. Проанализированные биваленты являются двуплечими, они образованы мета- и субметацентрическими хромосомами. Мы не выявили полного подавление рекомбинации в областях этих бивалентов близких к предсказанным положениям центромер. Однако, по сравнению с одноплечими хромосомами N. virgatus мы наблюдаем существенный сдвиг пиков событий рекомбинаций на двуплечих хромосомах N. rachovii и N. virgatus в дистальные (дальние от центромеры) регионы. Наши результаты дают основание предполагать влияние структурных хромосомных перестроек на распределение паттернов рекомбинации у представителей рода Nothobranchius.
На длинном плече полового тривалента X1X2Y у N. janpapi наблюдается нетипичное распределение точек MLH1, характеризующееся отчетливым пиковым накоплением в прителомерной зоне и отсутствие точек рекомбинации на большей части плеча. Такая форма распределения свидетельствует о неравномерной частоте кроссинговера вдоль плеча хромосомы. На коротком плече полового тривалента также был выявлен пик в прителомерном регионе, но он был менее выраженным и был сдвинут ближе к центромере. Сравнительный анализ распределения MLH1 на коротком и длинном плечах полового тривалента дают нам основание предполагать, что на длинном плече находится блок генов, который отвечает за половое развитие у N. janpapi, рекомбинация в котором сильно подавлена.
Цитогенетический анализ гибридов F1 ♀N. guentheri х ♂N. ruudwildekampi выявил 2n = 36 у всех изученных особей. AgNOR окрашивание подтвердило наличие в кариотипах гибридов хромосомных наборов обоих родителей: для N. ruudwildekampi характерно наличие NOR в перицентромерном положении длинного плеча одной пары акроцентриков, для самок N. guentheri – на коротком плече одной пары субмета/субтелоцентрика.
Анализ личинок F1 N. rachovii х N. krysanovi выявил 2n = 17 у всех проанализированных особей. Благодаря наличию маркерных хромосом удалось установить, что кариотип гибридов содержит хромосомные наборы обоих родителей (8 хромосом N. rachovii и 9 хромосом N. krysanovi).
Хромосомный анализ личинок F1 N. korthausae x N. guentheri выявил 2n = 54 у всех проанализированных особей, то есть гибриды F1 N. korthausae x N. guentheri оказались триплоидными. AgNOR окрашивание показало, что кариотип гибридов содержит двойной набор хромосом N. korthausae (36 хромосом, 2n) и один набор хромосом N. guentheri (18 хромосом, n).
Гибриды F1 как от прямого, так и от обратного скрещивания N. cardinalis и N. rubripinnis были жизнеспособными и дорастали до половозрелого состояния. Цитогенетический анализ митотических хромосом выявил 2n = 36 у всех изученных гибридов F1. Анализ синаптонемных комплексов в профазе I мейоза половозрелых самцов прямых и обратных гибридов выявил идентичные особенности мейоза. В зиготене-ранней пахитене у гибридов выявлялись многочисленные нарушения синапсиса (спаривания, конъюгации): переключения партнёров спаривания, обширные зоны асинапсиса. В аномальные ассоциации было вовлечено большое количество хромосом гибридов. К стадии средней-поздней пахитены число таких нарушений сокращалось. Большинство хромосом образовывали гомоморфные биваленты. Однако кроме них обнаруживались сложные аномальные ассоциации хромосом – результат нарушения спаривания. Идентичная морфология аномальных ассоциаций у прямых и обратных гибридов дает основание предполагать, что причина нарушений – отличия хромосомных наборов родительских видов, неотличимые при рутинном окрашивании.
Публикации
1.
Симановский С.А., Скуратовская А.Ю., Симонян М.Г., Медведев Д.А., Тефера Ф., Голубцов А.С.
First karyotype description of Epiplatys spilargyreius (Duméril, 1861) with comments on chromosome evolution in the genus Epiplatys Gill, 1862 (Nothobranchiidae)
Comparative Cytogenetics, Simanovsky SA, Skuratovskaya AYu, Simonian MG, Medvedev DA, Tefera F, Golubtsov AS (2025) First karyotype description of Epiplatys spilargyreius (Duméril, 1861) with comments on chromosome evolution in the genus Epiplatys Gill, 1862 (Nothobranchiidae). Comparative Cytogenetics 19: 109-115. (год публикации - 2025)
10.3897/compcytogen.19.151345