КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер проекта 25-14-00490

НазваниеКонверсия молекулярных видов фосфолипидов как фундаментальная основа роста и адаптогенеза растений и грибов

Руководитель Котлова Екатерина Робертовна, Кандидат биологических наук

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Ботанический институт им. В.Л. Комарова Российской академии наук , г Санкт-Петербург

Конкурс №104 - Конкурс 2025 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-206 - Физиология и биохимия растений

Ключевые слова Мембранные липиды, фосфолипиды, молекулярные виды липидов, липидомика, клеточная стенка, цитоскелет, хроматография, масс-спектрометрия, метаболизм липидов, везикулярный транспорт, растения, арабидопсис, грибы

Код ГРНТИ34.31.00


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Аннотация
В современном понимании гетерогенная биологическая мембрана – сложный липид-белковый комплекс со своей динамикой, химическими и морфологическими особенностями, который коллективно координируется многими клеточными структурами, включая кортикальный цитоскелет и уникальную для растений и грибов клеточную стенку. Сочетание этих периферических клеточных компартментов получило название клеточного континуума. Понимание функциональной роли фосфолипидных молекул, многообразия реакций, приводящих к их образованию, а также исследование нового направления в биологии мембран – статики и динамики фосфолипидов как части периферического клеточного континуума рассматривают в качестве важнейших задач современной биохимии. Многообразие молекулярных видов фосфолипидов создается благодаря многим реакциям синтеза de novo, а также постсинтетической модификации (ремоделированию). У грибов и растений, ведущих прикрепленный образ жизни, ремоделирование полярных и ацильных групп липидов является одним из мощнейших инструментов адаптогенеза – комплекса приспособительных реакций, направленных на повышение функциональных возможностей организма. В качестве основных триггеров, запускающих реакции конверсии фосфолипидов обычно рассматривают дефицит фосфора, солевой и температурный стрессы. При этом дефицит фосфора способен активировать конверсию липидов на всех возможных уровнях, включая замещение фосфорсодержащих липидов бесфосфорными (глико- и бетаиновыми липидами), обмен полярными группами фосфолипидов, перегруппировку ацильных групп. Помимо химических механизмов, кинетики и регуляции открытым остается вопрос о возможных последствиях реакций конверсии липидов для цитологии и физиологии клеток. Например, в какой степени при этом изменяется ориентация кортикального цитоскелета, структура и механические свойства клеточной стенки, биогенез и функционирование органелл? Как в результате меняется морфология, рост и устойчивость всего организма? Почти ничего не известно о временной динамике реакций конверсии, как в коротком, так и в длительном эксперименте, когда организм долгое время находится под влиянием стрессора. Ответы на эти вопросы будут способствовать созданию универсального алгоритма для оценки участия реакций конверсии фосфолипидов в регуляции активности плазматической мембраны и других, связанных с ней периферических структур – клеточной стенки и кортикального цитоскелета. Полученные данные могут быть использованы для селекции сельскохозяйственных культур с повышенной устойчивостью, стабильным ростом и урожайностью. В частности, в условиях дефицита фосфора и засоления. Целью проекта является изучение комплекса реакций конверсии фосфолипидов в физиологических процессах, определяющих уникальную природу растительной и грибной клеток. К таким процессам в первую очередь следует отнести рост растяжением и широкую амплитуду адаптаций к экстремальным условиям внешней среды. Решение поставленных в проекте задач позволит нашей научной группе выйти на новый уровень исследований липидома – охарактеризовать масштабы его вариабельности в статике и динамике, оценить весь спектр возможных реакций конверсии, исследовать липидом в комплексе с изменениями клеточной стенки и кортикального цитоскелета, что послужит основой в развитии представлений о поверхностном клеточном континууме.

Ожидаемые результаты
Ожидаемые результаты 1. Будут определены масштабы вариабельности фосфолипидома на примере нескольких модельных видов организмов в зависимости от разнообразия состава других групп мембранных глицеролипидов. Полученные результаты позволят выявить классы липидов (среди глико- и бетаиновых липидов), являющиеся потенциальным субстратом для образования молекул фосфолипидов в реакциях ремоделирования. 2. На основе корреляций состава фосфолипидома модельных растений Arabidopsis thaliana с изменениями других элементов периферического континуума – состава и механических свойств клеточной стенки и архитектуры кортикального цитоскелета – при ингибировании одного из элементов будут выявлены молекулярные виды фосфолипидов, потенциально регуляторые, синтезирующиеся при определенных изменениях функционального состояния структур периферического континуума. 3. Будут выявленены реакции конверсии, определены и охарактеризованы классы и молекулярные видов липидов, участвующие в ответной реакции организмов (на моделях высших растений, водорослей и грибов) на дефицит фосфора, с акцентом на различия между ранними и поздними этапами адаптации. На примере Chlamydomonas reinhardtii будет выявлена зависимость конверсии фосфолипидов от длительности стрессового воздействия. 4. На примере модельных организмов растений и грибов будет определен спектр реакций конверсии липидов в условиях действия дефицита фосфора: 1) доступного неорганического фосфора, 2) недоступного неорганического фосфора в виде минералов апатита и гопеита, 3) доступного неорганического фосфора, полученного из минералов, переработанных (растворение, иммобилизация, минерализация) микромицетами, 4) фосфора органических соединений (экзогенных фосфатидилхолинов). Изучение формирования ответной реакции в зависимости от источника фосфора позволит выявить молекулярные виды липидов, синтез которых зависит от доступности фосфора в разной степени. 5. Будут выявлены различия в механизмах конверсии липидов на моделях статичного состояния мембраны, созданного путем ингибирования везикулярного потока, и динамичного состояния мембраны в процессе. В экспериментах с Arabidopsis thaliana Col-0 и двойным мутантом stl1stl2 с нарушением везикулярной секреции, затрагивающим сборку клеточной стенки, а также на Arabidopsis thaliana Col-0 при добавлении в среду ингибитора секреции брефельдина А будут определены изменения фосфолипидного компонента мембран на фоне их замедленного обновления за счет липидов, синтезированных в других органеллах. В экспериментах с Arabidopsis thaliana Col-0 и мутантом ixr1-1 (малочувствительном к изоксабену) в условиях воздействия изоксабена (на фоне активной интернализации в клетку интегральных мембранных белков комплекса целлюлозосинтазы создаются условия, стимулирующие обновление липидов) будет изучен спектр изменений молекулярных видов фосфолипидов на фоне их активного движения в пределах плазмалеммы.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2025 году
План работ по проекту включал три основных направления. Первое – исследование конверсии липидов в процессе роста в оптимальных для организма условиях. Изучали динамические изменения фосфолипидома, наблюдающиеся в активной фазе роста в условиях гетеротрофного питания: 1) в процессе диффузного роста клеток в этиолированных проростках растений (Arabidopsis thaliana), 2) на ранних стадиях развития культур одноклеточных зеленых водорослей на среде с ацетатом (Chlamydomonas reinhardtii), 3) в процессе монополярного роста в культурах мицелиальных грибов (Flammulina velutipes). Помимо общих тенденций, характерных для структуры липидного профиля в активной фазе роста, на модели 4 сут A. thaliana исследовали связь молекулярного состава липидов с ростом растяжением. В этой части работы сравнивали мембранные липиды A. thaliana в норме и в условиях подавления роста за счет ингибирования синтеза целлюлозы – основного биополимера клеточной стенки. В эксперименте использовали Col-0 и мутант ixr1-1, нечувствительный к действию ингибитора изоксабена. Показано, что при переходе с активной фазы роста, поддерживаемой резервом эндогенных и/или экзогенных питательных веществ, на умеренный рост происходит частичная замена полиненасыщенных молекулярных видов 18/18 на 16/18 с пальмитиновой кислотой (С16:0). Эта реакция липидной конверсии характерна для липидов, ассоциированных с наружной стороной мембран, в т.ч. для фосфатидилхолинов (ФХ) и диацилглицерилтриметилгомосеринов (ДГТС). Изменения в составе липидов, ассоциированных с внутренней стороной мембран, включая фосфатидилэтаноламины (ФЭ), фосфатидилсерины (ФС) и фосфатидилинозиты (ФИ), оказались более специфичными и менее выраженными. В эксперименте с ингибитором синтеза целлюлозы продемонстрированы другие примеры конверсии: 1) замена полярных групп с уменьшением значения ФХ/ФЭ у ixr1-1 при сохранении значения соотношения ФХ/ФЭ у Col-0, 2) частичное замещение фосфолипидов пластидными гликолипидами у ixr1-1, 3) увеличение вклада молекулярных видов ФЭ и ФС с длинной С22:0-С24:0 цепью у Col-0 при ингибировании синтеза целлюлозы. Результаты продемонстрировали связь полиненасыщенных ФХ 18/18 с активным ростом, а ФХ 16/18 с его физиологическим торможением. Для ФЭ 18/22-24 и ФС 18/22-24 подтверждена корреляция с подавлением роста вследствие ингибирования синтеза целлюлозы. Второе направление – изучение конверсии липидов в условиях ограничения роста, связанного с дефицитом фосфора. Индуцированное нехваткой фосфора изменение биосинтеза и транспорта мембранных липидов является классическим приемом инициации реакций конверсии. Однако, несмотря на изученность перераспределения липидов на уровне классов, пока неясно, как при этом происходит ремоделирование ацильных групп. Очевидно, что эти реакции обусловлены более тонкими механизмами, регулирующими физические свойства мембран и конформацию, ассоциированных с ними белков. Выявленные ответные реакции фосфолипидома, полученные на разных моделях и в разных экспериментах, позволили оценить масштабы его вариабельности, выделить уникальные, присущие фактору или организму липидные структуры, вовлеченные в ростовые процессы. Определен спектр реакций конверсии липидов в условиях действия дефицита фосфора: 1) доступного неорганического фосфора, 2) недоступного неорганического фосфора в виде минералов апатита и гопеита, 3) доступного неорганического фосфора, полученного из минералов, переработанных (растворение, иммобилизация, минерализация) микромицетами, 4) фосфора органических соединений (экзогенных фосфатидилхолинов). Изучение формирования ответной реакции в зависимости от источника фосфора позволило выявить молекулярные виды липидов, синтез которых зависит от доступности фосфора в разной степени. Третье направление исследований по проекту касалось аналитической работы. В ходе его выполнения поставлены и апробированы на 4 сут A. thaliana методы выделения клеточных стенок, гидролиза полисахаридов, GC-MS анализа образующихся моносахаридов, а также анализа фракции кристаллической целлюлозы. Отработка подходов в другой части аналитических исследований была направлена на получение результатов, характеризующих скорость диффузии липидов в плазматической мембране. В ходе FRAP-эксперимента, с использованием в качестве зонда 16:0/8:0 NBD-PC флуоресцентного фосфатидилхолина, методом конфокальной микроскопии наблюдали за восстановлением флуоресценции после фотообесцвечивания лазерным лучом. Метод отработан на корнях A. thaliana, однако в будущем планируется использовать его на протопластах, полученных из клеток гипокотилей, обработанных лизирующими клеточную стенку ферментами. Полученные результаты позволили скорректировать планы последующих экспериментов: подобрать наиболее удобные объекты исследований, сосредоточиться на более узком интервале их развития, сделать окончательные выводы относительно действующего фактора (концентрация, время инкубации, способ введения в систему). Отобранные модели и уточненные схемы экспериментов далее будут использованы для изучения связи фосфолипидома с остальными элементами поверхностного клеточного континуума (клеточной стенкой и цитоскелетом), а также его биогенезом (синтезом, связанным с гомеостазом эндоплазматического ретикулума, везикулярным транспортом, конверсией на уровне классов и молекулярных видов).

 

Публикации

1. Сазанова К.В., Родина О.А., Сеник С.В., Корнеев А.В., Зеленская М.С Растворение и минерализация фосфата цинка гопеита грибами XI Всероссийская Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» [Электронный ресурс]: сборник материалов конференции; г. Пущино, 2–4 декабря 2025 г., XI Всероссийская Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» [Электронный ресурс]: сборник материалов конференции; г. Пущино, 2–4 декабря 2025 г. / под ред. Т. А. Решетиловой. – СПб.: Наукоемкие технологии, 2025. – С. 98-99 (год публикации - 2025)

2. Манжиева Б.С., Сеник С.В., Малошенок Л.Г., Кияшко А.А., Брускин С.А., Серебряков Е.Б., Хакулова А.А., Котлова Е.Р. Влияние совместного культивирования грибов Flammulina velutipes и Sparassis crispa (Basidiomycota) на молекулярный профиль и метаболизм фосфолипидов Microbiology, Микробиология. 2026. Т. 95, №1 (год публикации - 2026)

3. Сеник С.В., Манжиева Б.С., Фролова Д.А., Котлова Е.Р. Структурное разнообразие и метаболизм мембранных липидов базидиальных грибов Липиды 2025: Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года: тезисы докладов, Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов. С. 174-175 (год публикации - 2025)

4. Манжиева Б.С., Сеник С.В., Фролова Д.А., Хакулова А.А., Котлова Е.Р. Определение структурной гетерогенности фосфолипидов в онтогенезе базидиального гриба Flammulina velutipes методами липидомики Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов, Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов. С. 115-117 (год публикации - 2025)

5. Сеник С.В., Фролова Д.А., Серебряков Е.Б., Котлова Е.Р. Структурное разнообразие и метаболизм бетаиновых липидов базидиальных грибов Тезисы докладов Всероссийской конференции с международным участием «Биохимия липидов», посвященной 90-летию со дня рождения В. Е. Васьковского. , Тезисы докладов Всероссийской конференции с международным участием «Биохимия липидов», посвященной 90-летию со дня рождения В. Е. Васьковского. С. 121-122 (год публикации - 2025)

6. Котлова Е.Р., Сеник С.В., Манжиева Б.С., Фролова Д.А., Хакулова А.А., Серебряков Е.Б., Пожванов Г.А., Суслов Д.В. Связь структуры и метаболизма фосфатидилхолинов с полярным ростом клеток растений и грибов Тезисы докладов Всероссийской конференции с международным участием «Биохимия липидов», посвященной 90-летию со дня рождения В. Е. Васьковского. , Тезисы докладов Всероссийской конференции с международным участием «Биохимия липидов», посвященной 90-летию со дня рождения В. Е. Васьковского. С. 64-66 (год публикации - 2025)

7. Суслов Д.В. Ингибиторы и мутации, вызывающие аналогичные изменения организации целлюлозы, кардинально различаются по влиянию на механику клеточных стенок Arabidopsis thaliana Сборник тезисов VII Всероссийской конференции "Фундаментальная гликобиология", Сборник тезисов VII Всероссийской конференции "Фундаментальная гликобиология". С. 95 (год публикации - 2025)

8. Пузанский Р.К., Кирпичникова А.А., Романюк Д.А., Шаварда А.Л., Шишова М.Ф. Анализ влияния нарушений работы авто- и гетеротрофных механизмов ассимиляции углерода и энергии на метаболизм Chlamydomonas reinhardtii Тезисы докладов 8-ой Международной научной конференции ГЕНЕТИКА, ГЕНОМИКА, БИОИНФОРМАТИКА И БИОТЕХНОЛОГИЯ РАСТЕНИЙ (PLANTGEN2025), Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений (PlantGen2025): 8-я Международная научная конференция (2–5 июля 2025 г., Новосибирск): тезисы докладов / Федер. исслед. центр Ин-т цитологии и генетики Сиб. отделения Рос. академии наук; Новосибирский нац. исслед. гос. ун-т. Новосибирск: ИЦиГ СО РАН, 2025. С. 169 (год публикации - 2025)
10.18699/PlantGen2025-Abstracts.

9. Амигуд Е.Я., Сеник С.В., Котлова Е.Р., Серебряков Е.Б., Кирцидели И.Ю. Молекулярный профиль фосфолипидов базидиальных дрожжей Rhodotorula diobovata (S. Y. Newell & I. L. Hunter) Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов, Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов. С. 21-23 (год публикации - 2025)

10. Котлова Е.Р., Сеник С.В., Фролова Д.А., Хакулова А.А., Родина О.А., Богданова Е.М., Пожванов Г.А., Пузанский Р.К., Суслов Д.В. Конверсия молекулярных видов фосфолипидов в процессе диффузного роста клеток растений Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов, Липиды 2025 : Всероссийская научная конференция с международным участием и школа для молодых ученых, 8–12 сентября 2025 года : тезисы докладов. С. 101-103 (год публикации - 2025)