КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ

Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.

 

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ


Номер проекта 25-24-00020

НазваниеРазработка новой технологии получения и очистки антимикробных цистеинбогатых пептидов, являющихся прототипами препаратов против антибиотикорезистентных форм инфекций.

Руководитель Локтюшов Евгений Владимирович

Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук» , Московская обл

Конкурс №102 - Конкурс 2025 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами»

Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-209 - Биотехнология (в том числе бионанотехнология)

Ключевые слова Рекомбинантные антимикробные пептиды, антибиотики, химерные белки, гибридные белки, резистентные к антибиотикам инфекции, биоинженерия, экспрессия, дрожжи.

Код ГРНТИ62.00.00


 

ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ


Ожидаемые результаты
На сегодняшний день в связи с ростом числа клинических изолятов патогенных микроорганизмов с высокой устойчивостью к антибиотикам существует необходимость в поиске новых АМП, а также в исследовании пространственной структуры, описании физико-химических свойств и тестировании антимикробной активности АМП, являющихся потенциальными лекарственными препаратами, что требует разработки технологии быстрого получения и простой очистки АМП. На продукцию практически любого белка, получаемого в P.pastoris, влияют такие факторы как количество копий экспрессионной кассеты; рекомбинационная стабильность экспрессионной кассеты; локус и способ интеграции экспрессионной кассеты; 5'- и 3'-нетранслируемые области мРНК; промотор, под контролем которого находится целевой ген; природа сигнала секреции; эндогенная протеазная активность и физиология штамма-хозяина; среда и условия роста штамма-продуцента, то есть параметры ферментации. Кроме того, следует учитывать, что, во-первых, большинство АМП в высоких концентрациях токсичны для штаммов-хозяев, а также то, что богатые цистеином бета-шпилечные пептиды должны иметь корректно замкнутые дисульфидные связи, что важно для достижения максимальной антимикробной активности. Для решения проблемы токсичности АМП будет произведен подбор «белков-носителей» для биоинженерии химерных белков (далее синонимичными считать словосочетания «химерный белок», «гибридный белок», «фьюжн белок», «белок слияния»), а для решения проблемы правильного фолдинга АМП будет создан штамм с повышенной экспрессией протеиндисульфидизомеразы, на основе которого будут получены штаммы-продуценты АМП. Несмотря на то, что многие из важных факторов, влияющих на экспрессию, учитывались в работах других исследователей, никто в мире (насколько это известно авторам) не применял комбинацию всех наиболее перспективных подходов для создания простой универсальной технологии экспрессии и очистки богатых цистеином бета-шпилечных АМП. Мы ожидаем получить в результате реализации проекта технологию, не имеющую аналогов в мире. Данная технология будет апробирована на модельных объектах исследования (ареницине-2 из семейства ареницинов; тахиплезине-1 из семейства тахиплезинов; HNP1 из семейства человеческих дефенсинов) и на перспективных прототипах антибиотиков (пептид АА139, аналог ареницина-3; NZX, аналог плектазина). Полученные пептиды будут охарактеризованы физико-химическими методами (масс-спектрометрия, КД, ЯМР и др.); будет показана их биологическая активность (антимикробная активность, гемолитическая активность, токсичность для клеточных линий млекопитающих). Мы ставим перед собой задачу получить в результате реализации проекта штаммы-продуценты, дающие выходы (в режиме культивирования в колбах) после выделения и очистки целевого пептида не менее средних значений по литературным данным. Стоит отметить, что экспрессия пептидов ареницина-2 и NZX в составе гибридных белков в дрожжах P.pastoris будет осуществлена впервые в мире.


 

ОТЧЁТНЫЕ МАТЕРИАЛЫ


Аннотация результатов, полученных в 2025 году
Цель этого проекта — разработка максимально универсальной технологии получения и очистки цистеинбогатых антимикробных пептидов. АМП будут экспрессироваться в составе химерных белков, что будет приводить к нейтрализации токсичности АМП для штамма-продуцента. В качестве организма для экспрессии генов АМП были выбраны дрожжи P. pastoris, которые способны осуществлять секрецию целевых белков в культуральную среду, что должно значительно облегчить и удешевить очистку АМП. 1. Для решения проблемы правильного (корректного) фолдинга цистеинбогатых АМП были созданы штаммы, несущие ген протеиндисульфидизомеразы (pdi) под контролем сильных промоторов. Для получения штаммов с геном pdi была создана серия векторов. В векторе (плазмиде) pGGA003::pdi-myc ген pdi находится в экспрессионной кассете под контролем метанол-индуцибельного AOX1-промотора, в векторе pGGA004::pdi-myc ген pdi находится в экспрессионной кассете под контролем конститутивного GAP-промотора. Сборка плазмид была проведена по технологии Golden Gate Assembly. Метод электропорации был использован для получения штаммов, несущих ген протеиндисульфидизомеразы. Было показано, что полученные штаммы (трансформанты) не теряют интегрированный ген pdi без селективного давления антибиотика. Сделана оценка копийности гена pdi в геноме полученных штаммов P. pastoris методом ПЦР в реальном времени. Полученные штаммы P. pastoris содержат по одной дополнительной копии гена pdi, копийность соответствует двум для всех проверенных штаммов. 2. Был получен штамм-продуцент фибринолитической протеазы-активатора протеина С плазмы крови из микромицета Aspergillus ochraceus VKM F-4104D (protease-activator of protein C, сокращённо PAPC). В данной работе штамм-продуцент PAPC используется для решения задачи контроля гетерологической экспрессии методом белкового электрофореза в денатурирующих условиях образцов культуральной среды, то есть является «положительным» контролем. Для получения штамма-продуцента PAPC был собран вектор, несущий ген papc. Этим вектором были трансформированы дрожжи P. pastoris, проведена селекция трансформантов на среде, содержащей антибиотик зеоцин. При помощи селекции на агаризованной среде с казеином, а также анализа культуральной жидкости методом белкового электрофореза в ПААГ были отобраны наиболее эффективные клоны-продуценты целевого фермента. Исследована динамика накопления активной формы PAPC в культуральной жидкости после индукции белкового синтеза при глубинном культивировании продуцирующего клона в колбе. LC-MS-анализ подтвердил присутствие фермента в культуральной среде, а также показал, что его накопление происходит в зрелой ферментативно активной форме. 3. Для выявления потенциальных белков-кандидатов, пригодных для получения химерных белков с цистеинбогатыми антимикробными пептидами (АМП), был проведён систематический анализ доступных литературных источников, содержащих сведения о различных белках, экспрессируемых в клетках дрожжей вида Pichia pastoris (по состоянию на март 2025 года). 4. Были получены трансформанты Pichia pastoris, несущие гены (векторы pD912::MFa-NZX и pD912-AFSnoEAEA::TrxAM37L-ArV8R), кодирующие гибридные белки TrxAM37L-ArV8R и MFa-NZX. 5. Был собран вектор pD912-AFSnoEAEA::I9-NZX, кодирующий химерный белок I9-NZX, включающий в себя сигнал секреции AFSnoEAEA, пропептидный домен I9 белка PAPC с His-Tag, короткий линкер и АМП NZX. В настоящее время ведутся работы по получению штаммов-продуцентов I9-NZX, также выполняются работы по выбору следующих белков-кандидатов и дизайну сборок векторов для экспрессии химерных белков.

 

Публикации

1. Комаревцев С.К., Лаптева Ю.С., Зиганшин Р.Х., Фарофонова В.В., Степаненко В.Н., Осмоловский А.А., Мирошников К.А., Локтюшов Е.В. Construction of a Producer Strain of the Fibrinolitic Enzyme PAPC Based on Pichia pastoris Yeast Russian Journal of Bioorganic Chemistry, Komarevtsev, S.K., Lapteva, Y.S., Ziganshin, R.H. et al. Construction of a Producer Strain of the Fibrinolitic Enzyme PAPC Based on Pichia pastoris Yeast. Russ J Bioorg Chem 51, 2022–2033 (2025). https://doi.org/10.1134/S1068162025602046 Журнал: Russian Journal of Bioorganic Chemistry Тип: статья в журнале - научная статья Язык: английский Том: 51 Номер: 5 Год: 2025 Страницы: 2022-2033 Поступила в редакцию: 15.05.2025 Принята к печати: 28.05.2025 (год публикации - 2025)
10.1134/S1068162025602046

2. Дерюшева Е.И., Лаптева Ю.С., Соколов А.С., Кудряшов Т.А., Шульчева И.В., Пантелеев П.В., Баландин С.В., Комаревцев С.К., Локтюшов Е.В. Дизайн химерных белков для создания универсальной технологии экспрессии и очистки цистеинбогатых антимикробных пептидов Сборник трудов "Материалы XIV Международной научной конференции «Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты»", Микробные биотехнологии: фундаментальные и прикладные аспекты : материалы XIV Междунар. науч. конф. (Минск, 2–7 июня 2025 г.) / орг. ком.: А.А. Шепшелев (пред.) [и др.]. – Минск : Беларуская навука, 2025. – 447 с. XIV МЕЖДУНАРОДНАЯ НАУЧНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ "МИКРОБНЫЕ БИОТЕХНОЛОГИИ: ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ И ПРИКЛАДНЫЕ АСПЕКТЫ" Минск, 02–07 июня 2025 года Организаторы: Институт микробиологии НАН Беларуси Издательство: Беларуская навука УДК 606:579.6(082) ББК 30.16я43 Всего страниц в сборнике: 447 Страницы: 135-136 (год публикации - 2025)

3. Мирошников К.А., Комаревцев С.К., Степаненко В.Н., Осмоловский А.А., Локтюшов Е.В. Фибринолитическая протеаза Aspergillus ochraceus: рекомбинантный синтез и потенциал применения Журнал "Актуальная биотехнология", Журнал "Актуальная биотехнология", 2025, №2, с. 40 - 41. (год публикации - 2025)