КАРТОЧКА ПРОЕКТА ФУНДАМЕНТАЛЬНЫХ И ПОИСКОВЫХ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ,
ПОДДЕРЖАННОГО РОССИЙСКИМ НАУЧНЫМ ФОНДОМ
Информация подготовлена на основании данных из Информационно-аналитической системы РНФ, содержательная часть представлена в авторской редакции. Все права принадлежат авторам, использование или перепечатка материалов допустима только с предварительного согласия авторов.
ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ
Номер проекта 25-24-00946
НазваниеМолекулярные механизмы взаимодействия белков с лекарственно-подобными лигандами
Руководитель Петухов Михаил Геннадьевич, Доктор физико-математических наук
Организация финансирования, регион Федеральное государственное бюджетное учреждение "Петербургский институт ядерной физики им. Б.П. Константинова Национального исследовательского центра "Курчатовский институт" , Ленинградская обл
Конкурс №118 - Конкурс на получение грантов РНФ по мероприятию «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами» приоритетного направления деятельности Российского научного фонда «Поддержка проведения научных исследований и развития научных коллективов, занимающих лидирующие позиции в определенных областях науки»
Область знания, основной код классификатора 04 - Биология и науки о жизни; 04-202 - Протеомика; структура и функции белков
Ключевые слова новые методы виртуального скрининга лигандов белков для конструирования лекарств с помощью современных компьютерных технологий
Код ГРНТИ34.17.15
ИНФОРМАЦИЯ ИЗ ЗАЯВКИ
Аннотация
Проект посвящен исследованию физико-химических механизмов, лежащих в основе взаимодействия белков с их лигандами. Целью работы является разработка методов оценки возможности использования белков в качестве терапевтических мишеней на основе анализа их структурных и физико-химических характеристик. В работе с помощью теоретических методов молекулярного моделирования, молекулярной динамики, докинга и виртуального скрининга лигандов будет проведен анализ всех основных физических межмолекулярных взаимодействий (включая гидрофобные, электростатические, Ван-дер-Ваальсовы взаимодействия, водородные связи и стерические напряжения) в репрезентативном наборе комплексов белок-лиганд, пространственная структура и характеристики связывания которых хорошо изучены экспериментально. Будут идентифицированы свойства белков, как благоприятствующие, так и препятствующие связыванию лигандов с белками- мишенями. На основе этих результатов будут предложены молекулярные механизмы для решения проблемы "protein druggability". Будут сформулированы универсальные правила отбора белков-мишеней для поиска потенциальных высокоэффективных лигандов с помощью методов виртуального скрининга в процессах разработки новых лекарственных средств. Работоспособность полученных таким образом правил будет проверена на различных наборах комплексов белков с низкомолекулярными лекарственно-подобными органическими соединениями и пептидами. Будет создано программное обеспечение для автоматической оценки возможности связывания произвольных пар белков и лигандов и соответствующей фильтрации лигандов еще до начала их виртуального скрининга.
Ожидаемые результаты
Физико-химические факторы, как благоприятствующие ,так и препятствующие связыванию лигандов с белками-мишенями будут исследованы. На основе этих результатов будут сформулированы универсальные правила отбора белков-мишеней и перспективных лигандов. Будет создано программное обеспечение для автоматической оценки возможности связывания произвольных пар белков и лигандов.